SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...

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SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
SI-DEP                        *

        Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la
        Santé…

        …ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID
        sur le territoire national

v.2.0
                                  * SI-DEP = Système d‘Information national de DEpistage Populationnel

                                                                                                    D. Laurent TRELUYER
                                                                                                    Directeur des Systèmes d’Information de l’AP-HP
                                                                                                    Equipe SI-DEP

                                                                                                    Dr. Bruno GAUTHIER
                                                                                                    Trésorier de la SFIL
                                                                                                    Equipe SI-DEP               1
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Pourquoi SI-DEP – Mise en contexte (crise sanitaire )

• Depuis le début de l’année 2020, la France est touchée par la COVID-19, ou SARS-CoV-2, un
  nouveau coronavirus, identifié en Chine dès janvier 2020
• Le 11 mars 2020, l’OMS qualifie l’épidémie devenue mondiale de pandémie

• Dans un souci de répondre aux besoins de contact-tracing, de surveillance de la dynamique de
  l’épidémie, d’anticiper l’évolution, de prévenir et limiter la transmission du virus sur le territoire
  national, la Direction Générale de la Santé retient l’AP-HP en avril 2020 comme maître d‘œuvre
  d’un Système d’Information national de DÉpistage Populationnel le SIDEP est né pour
  accompagner le déploiement des tests virologiques de dépistage du Covid19, transmettre les
  résultats au plus vite pour mettre en œuvre les mesures de prévention adaptées, rompre
  efficacement les chaines de contamination

           Le SI-DEP est un outil national sécurisé visant à informatiser le processus de dépistage des tests (RT-PCR) réalisés par
           l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2
             •   informatisation pré-analytique - enregistrement des patients au moment du prélèvement, avec un portail web accessible
                 depuis tous types de terminaux, en organisant une descente des données de prélèvement dans les logiciels des laboratoires
                 concernés
             •   informatisation post-analytique - une remontée des données de résultats par les logiciels de chaque laboratoire, privé ou public
                 vers SI-DEP avec une concentration dans un serveur de résultats national.
                                                                                                                                                    2
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Qu’est-ce que SI-DEP ?                                                                                                                                                                                    Objectifs du SI-DEP

                                                                                                                                                                                        • Organiser et mettre en œuvre un dépistage du COVID-
                • Le Système d’Information de dépistage populationnel est une
                                                                                                                                                                                          19, afin d’envoyer les résultats aux patients, pour qu’ils
                  Plateforme autonome sécurisée du SIH AP-HP CyberLab V10
                                                                                                                                                                                          puissent appliquer au plus vite les mesures de prévention
                  appelé CyberCOVID
                                                                                                                                                                                        • Déclencher le contact-tracing le plus rapidement possible,
                                           • 2 automates MGI d’une capacité globale de 4 000 tests par                                                                                    en transmettant les résultats avec des données de
                                             jour                                                                                                                                         contact et de priorisation pour rompre les chaines de
                                           • Plateforme basée sur l’architecture du serveur de résultats                                                                                  contamination
                                                                                                                                                                                             • 1er niveau - aux médecins traitants
                                             national Belge                                                                                                                                  • 2ème niveau - à l’Assurance Maladie
                • Ce système de gestion de laboratoire est connecté avec l’outil                                                                                                             • 3ème niveau - aux cellules des ARS et de Santé Publique
                  Cyberlab afin de répondre à des besoins de dépistage                                                                                                                         France en région
                  populationnel et de serveur de résultats pour les patients et                                                                                                         • Transmettre les résultats pseudonymisés à Santé
                  prescripteurs sur l’ensemble du territoire.                                                                                                                             publique France et à la DREES pour la production en
                                                                                                                                                                                          temps réel d’indicateurs de suivi épidémiologique
                • SI-DEP est aussi en charge de fournir aux Patients le moyen de                                                                                                             • Adapter les politiques de lutte contre l’épidémie
                  se déclarer dans « Tous Anti-COVID »                                                                                                                                       • Publier de nombreux indicateurs territoriaux : taux
                                                                                                                                                                                               d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage,…
                                                                                             Cyberlab national
                                                                                                   SI-DEP                                                                               • Permettre une réutilisation des données pseudonymisées
                                                                                                                          Concentrateur
                                                                                                                                                                                          pour la recherche sur le virus et les mécanismes de
                                                                                                                                                                                          propagation
                                       Tous les patients testés : identification, coordonnées, situation
                                                                                                                                                                                        • Envoyer aux patients dont les tests virologiques sont
                  (soignant, hospitalité, résident, EPHAD etc.), résultat de test, médecin traitant/prescripteur, laboratoire
                                                                                                                                                                                          positifs un document d’information avec les dernières
             Résultats individuels
                (pour les patients Covid-Positifs
             et pour les patients dont les tests sont                                                                           Pseudonymisation des
                                                                                                                                                             Pseudonymisation des
                                                                                                                                                                                          consignes sanitaires
                                                                                                                                                                                        • Outiller les professionnels de santé avec un portail
                 réalisés dans les CHU équipés                                                                                                                données transmises
                   de prescription connectée)                                                                                    données transmises

                                                                                                                                                                                          permettant la saisie des données des patients et de leurs
   Patient   Médecin
                                                                                                                                                                                          résultats de test de dépistage, et leur permettre d’éditer
Enquêtes sanitaires                                     Enquêtes sanitaires       Enquêtes sanitaires de                             Suivi épidémiologique                  Recherche     un document récapitulatif de la saisie qui peut-être remis
   de 1er niveau                                          de 2ème niveau              3ème niveau
                                                                                                                                                                                          au patient                                       3
                 Utilisation de Contact Covid (AmeliPro) et d’outils métiers
                           complémentaires pour le contact tracing
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Chronologie de SI-DEP
                                      13 mai 2020                           26 juin 2020                                               9 novembre 2020

                                 Déploiement officiel de                Mise en production de                                       Mise en production de
                                        SI-DEP I                              SI-DEP II                                                   SI-DEP III

                                                 28 mai 2020                                        25 août 2020            15 octobre 2020
                                             Lancement SI-DEP II                                Lancement SI-DEP III      Lancement SI-DEP IV
                                            Collecte des résultats de                              Doublement des        Adaptation à l’arrivée des
                                              sérologie Covid-19                                capacités quotidiennes      tests antigéniques

                            28 avril 2020

                     Premier test RT-PCR de
                     la Plateforme Broussais

     09 avril 2020
       Lancement la                    11 mai 2020                                                                                           25 janvier 2021
  Plateforme Broussais
 Plateforme autonome du         Déconfinement progressif                                                                                    Lancement de la
  SIH mise en place pour                                                                                                                     remontée des
l’hôpital AP-HP Broussais                                                                                                                      Variants

                                                                                                                                                 4
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
De SI-DEP I à SI-DEP IV

SI-DEP I     SI-DEP Virologie           SI-DEP II     SI-DEP Sérologie        SI-DEP III      SI-DEP étendu              SI-DEP IV      SI-DEP pour les P.S.

 • Ouverture de la plateforme           • Ouverture de la plateforme SI-DEP   • Mise en place d’un dossier                • Ouverture de la plateforme SI-DEP
   SI-DEP au niveau national sur le       aux flux des examens sérologiques     d’interopérabilité incluant 2               aux tests rapides antigéniques
   périmètre des tests virologiques       Covid des laboratoires déjà           nouveaux codes d’analyses – tests           remontés par les professionnels de
   RT-PCR après l’annonce du              connectés à SI-DEP et d’environ       rapides de diagnostic TRD,                  santé de ville, dont 22 000
   déconfinement progressif               220 nouveaux laboratoires             salivaires et autres virus d’infection      pharmacies, 30 000 médecins et
 • Exploitation des données issues de                                           respiratoire aigüe                          30 000 infirmiers libéraux
   SI-DEP par SPF afin d’alimenter      • Lancement 21/06/2020                • Introduction de nouveaux champs
   les représentations                                                           – FINESS géographique du LBM,            • Volumétries TA
                                                                                 Code du pays de l’adresse courante,         • 870 000 / Jour
   cartographiques des données en
                                                                                 Informations relatives à un lieu de         • 2 000 000 TA par semaine en
   santé publique                                                                résidence temporaire…                         plafond sur les mois suivants
 • 18 laboratoires RT-CPR de l’AP-                                            • Capacité de gérer plusieurs
   HP                                                                           analyses dans un même dossier             • Lancement 16/11/2020 pour prise
                                                                              • Amélioration des performance du             en compte de contraintes
 • Lancement officiel 13/05/2020                                                système et de sa supervision                juridiques

                                                                              • Passage de 200 000 tests/jour à           • SIDEP IV+ :Variants (fin janvier :
                                                                                500 000 tests/jour                           25/01/2021)
                                                                                                                          Salivaires et dépistage massif dans
                                                                              • Lancement 09/11/2020                      les écoles (pilote le 11 février avec
                                                                                                                          annonce du Ministre.
                                                                                                                             Déploiement massif depuis)

                                                                                                                  5
    Un projet collectif mené à bien dans un planning contraint qui répond aux besoins identifiés lors de sa conception
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Comment fonctionne SI-DEP au quotidien ?
               La Plateforme SI-DEP est le maillon indispensable dans la lutte du Covid, elle contient des données
                                           de natures différentes de façon sécurisée               Les données colligées sont
                                                                                                        PF SI-DEP                                                                                                                                      versées dans Health Data
                                                                                                                                                                                                                                                       Hub. Préalablement, elles
1. Données concernant la personne dépistée                              2. Données concernant le prélèvement et son origine                                        3. Données concernant le résultat du test                                           sont monitorées, chaque
    • Nom de naissance, nom usuel, prénom - Sexe                            • N° RPPS du médecin prescripteur et du médecin traitant                                   • Code de l’analyse réalisée
    • Date de naissance                                                     • Code de campagne de dépistage                                                            • Résultat de l’analyse : P (Positif) - N (Négatif) - I (Ininterprétable) - X
                                                                                                                                                                                                                                                       jour, par l’AP-HP. Ce flux
    • Téléphone mobile                                                        N° de dossier ou de prélèvement                                                            (Prélèvement non conforme)                                                    continu fait l’objet d’un
    • Adresse e-mail, adresse postale (lieu de résidence à date)            • Date et heure du prélèvement                                                                                                                                             contrôle qualité et d’une
    • Matricule Identifiant National de Santé (INS)                         • Identifiant national (RPPS ou ADELI pour les infirmiers en attendant la bascule au
                                                                               RPPS prévue en 2021)                                                                                                                                                    vérification mais également
                                                                                                                                                                                                                                                       d’une analyse sept jour sur
                           Données recueillies auprès du patient, générées automatiquement ou au travers d’appel à des services externes (télé-service INS de recherche, annuaire santé)                                                               sept par Santé publique
                                                   Données conservées dans le traitement pendant une durée maximale de trois mois à compter de leur collecte
                                                                                                                                                                                                                                                       France.

                                                                                                                                                                                               SI-DEP, le Projet fédérateur pour
                                                                                                                                                                                               prévenir et lutter contre la COVID

                                                                                                                                                                                               SI-DEP, le Projet agile pour rompre
                                                                                                                                                                                               efficacement les chaines de contamination

                                                                                                                                                                                                                                                                      6
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
La cinématique de SI-DEP

                           7
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Le SI-DEP, la sécurité IT et la protection des données

  Outre l’avis de la CNIL sur les textes créant le traitement, la mise en œuvre opérationnelle du
  traitement s’effectue dans le respect des principes posés par le RGPD et la loi informatique et
  libertés, conjointement par le ministère chargé de la santé et l’AP-HP.                                                                             La volumétrie des données
  Les garanties suivantes entourent le traitement :                                                                                                   (structurées et non structurées)
                                                                                                                                                      médicales AP-HP utilisées : 60 Po
         Homologation RGS                                  Certification HDS                         Analyse d’impact relative à
                                                                                                                                                      Puissance de la PF
       (Référentiel Général de Sécurité)               (Hébergeur de Données de Santé)               la protection des données
                                                                                                                                                      6 serveurs – 4 serveurs 200K et 2
                                                                                                                                                      serveurs 500K
  Démarche d’analyse de risques et de tests de     Conformément à la nouvelle procédure             Cette analyse (AIPD) s’appuie sur une
  sécurité sur la solution, qui implique           décrite à l’article L. 1111-8 du code de la      description détaillée du traitement de
  l’intégralité des acteurs mobilisés dans le      santé publique, l’AP-HP dispose de la            données mis en œuvre par la solution,             Les serveurs SI-DEP relais & de
  programme (Direction générale de la santé,       certification HDS (Hébergeur de Données de       évalue les risques qu’il représente pour la vie
  Haut fonctionnaire de défense et de sécurité     Santé).                                          privée des personnes et précise les mesures       médiation sont supervisés 7 jours /
  des ministères sociaux, AP-HP, ANSSI).                                                            prises pour les limiter.
                                                                                                                                                      7 en heures ouvrées :
                                                                                                                                                      •   Supervision technique - Charge des
                                                                                                                                                          processeurs, mémoire, base de données et
                                                                                                                                                          machines virtuelles, avec des alarmes
                                                                                                                                                          déclenchées à partir de 80 %
Ce dispositif est encadré par l’arrêté du 16 octobre 2020 modifiant l'arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures générales                     •   Supervision métier - capacité à supprimer
nécessaires pour faire face à l'épidémie de covid-19 dans les territoires sortis de l'état d'urgence sanitaire et dans ceux où il a été prorogé           ou à écrire des fichiers, des arrêts de
ainsi que, pour les questions de facturation, par l’arrêté du 26 octobre 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures               service, de l’inactivité des services (à partir
d’organisation et de fonctionnement du système de santé nécessaires pour faire face à l’épidémie de covid-19 dans le cadre de l’état                      de 30 minutes) pour assurer le bon transfert
d’urgence sanitaire                                                                                                                                       des résultats vers SI-DEP

                                                                                                                                                                                          8
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Le SI-DEP au niveau national
            • Les données recueillies puis conservées dans SI-DEP sont remontées par 4 500 laboratoires d’analyse dits
              « MGI », les laboratoires publics et privés et les professionnels de santé de ville, sur +3.000 laboratoires.
            • Les données issues de SI-DEP publics et privés, quel que soit leur système informatique permettent de mieux
              contrôler l’épidémie en débouchant sur le contact tracing systématique et l’isolement de tous les cas confirmés
              sur l’ensemble du territoire
            • Nous réalisons actuellement 2 100 000 millions de tests chaque semaine sur l’ensemble du territoire
                                                                                                                                                                                    800000                                                        400000

                                                                                                                                                                                    700000                                                        350000
                                                  LBM MGI                                          LBM hors MGI                                        LBM privés
                              # de sites inclus   Connectés   Opérationnels    # de sites inclus    Connectés     Opérationnels    # de sites inclus   Connectés    Opérationnels
                             dans le périmètre      SI-DEP       SI-DEP       dans le périmètre       SI-DEP         SI-DEP       dans le périmètre      SI-DEP        SI-DEP       600000                                                        300000
Auvergne-Rhône-Alpes                  2              100%         50%                 44               100%           30%                411              100%          66%
Bourgogne-Franche-Comté              1              100%           0%                19               100%            53%                140             100%           84%
Bretagne                             1              100%           0%                15               100%            27%                144             100%           88%
                                                                                                                                                                                    500000                                                        250000
Centre-Val de Loire                  2              100%           0%                11               100%            18%                131             100%           68%
Corse                                0                                                3               100%            100%               25              100%           36%         400000                                                        200000
Grand Est                            2              100%           0%                27               100%            26%                354             100%           81%
Hauts-de-France                      2              100%           0%                33               100%            33%                286             100%           58%
Île-de-France                                                                        66               100%            29%                779             100%           67%         300000                                                        150000
Normandie                            1              100%           0%                24               100%            42%                149             100%           46%
Nouvelle-Aquitaine                   2              100%           0%                35               100%            29%                340             100%           49%         200000                                                        100000
Occitanie                            2              100%          50%                27               100%            44%                395             100%           51%
Provence-Alpes-Côte d'Azur           1              100%           0%                27               100%            19%                583             100%           60%
Pays de la Loire                     1              100%           0%                11               100%            27%                170             100%           68%         100000                                                        50000
Guyane                               0                                                2               100%            50%                 7              100%           14%
La Réunion                           0                                                3               100%            33%                59              100%           85%
                                                                                                                                                                                         0                                                        0
Martinique                           0                                                1               100%            100%               33              100%           97%
Guadeloupe                           0                                                3               100%             0%                30              100%           87%
Mayotte                              0                                                1               100%             0%                 2              100%            0%
Total                               17              100%          12%                352              100%            32%               4 038            100%           64%

                                                                                                                                                                                                           Nbr tests   Nbr Patients Positifs
                                         Mettre à jour – données du 26/10
                                                                                                                                                                                             Nombre de tests réalisés depuis le lancement de SI-DEP I
                                                                                                                                                                                             Nombre de tests positifs                        9
SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
Les données de SI-DEP – Utilisations au niveau national
• Les indicateurs de surveillance virologique sont issus du système d’information de dépistage SI-DEP, dont l’objectif est de remonter les
  données de tests (RT-PCR) à l'échelle EPCI, commune et IRIS
• La production des indicateurs épidémiologiques aide significativement à la détection des clusters

• SI-DEP contient des données anonymisées concernant le patient ayant
  passé le test (âge, sexe, lieu de résidence) et le test (date de prélèvement,
  résultat). Ces données permettent de calculer les indicateurs de
  surveillance de l’évolution de la pandémie en France, qui sont restitués
  dans Géodes

                                                                                            Suivi de l’épidémie
     • Taux d’incidence : le nombre de personnes positives ramené à la population,
        pour 100 000 habitants (nationale, régionale ou départementale)
     • Taux de positivité : le nombre de personnes positives parmi le nombre de
        personnes testées dont le résultat est positif ou négatif
     • Taux de dépistage : le nombre de tests dont le résultat est exploitable, le
        positif ou négatif, rapporté à la population, pour 100 000 habitants (nationale,
        régionale ou départementale) corrigé des dépistages réalisés dans les aéroports à
        l’arrivée des vols internationaux

• Les données peuvent être déclinées à un niveau régional ou départemental,
  pour une période de temps précise (quotidienne, hebdomadaire, semaine
  glissante)
                                                                                                                                  10
Évolutions SI-DEP
   Vers de nouveaux challenges…
      • Intégrer dans les données SI-DEP, les résultats des tests sérologiques
      • Ajouter deux nouveaux codes d'analyse avec l'arrivée des tests antigéniques

                                   1                                  3                                  2
                          code RT-PCR, test
                    virologique par prélèvements
                           nasopharyngés
                                                        +         codes tests
                                                                 sérologiques    +                codes test
                                                                                                 antigéniques
                                                  Actuellement

      • Intégrer les futurs outils potentiels de dépistage avec de nouveaux codes de codage ajoutés au fil
        de l'eau, sous l'égide de la Direction générale de la santé
           • Test rapide de diagnostic -TRD
           • Examen virologique avec prélèvement salivaire
           • Examen virologique avec prélèvements oropharynghés
           • Détection d'antigènes et de protéines virales
      • Pérenniser la solution en l’étendant à d’autres pathogènes (HPV)
      • Tests salivaires : Lancement des campagnes massives de dépistages dans les écoles (février
        2021)

     SI-DEP est la pierre angulaire de la stratégie de test TAP* COVID
                                                                                  *TAP – Tester, Alerter, Protéger   11
Les partenaires, un projet collaboratif d’ampleur national…
                 …dans un contexte hors norme.

                Portage et pilotage                                                                      Réalisation

                ÉTABLISSEMENTS PUBLICS                                    ÉDITEURS                                        PROFESSIONNELS DE SANTÉ

                                                                        Porteur de la solution
                                                                 Cyberlab, concentrateur et portail de
                                                                            prélèvement
                                                                                                           Pharmaciens            Médecins          Infirmiers
                              Maitrise d’œuvre                                                               d’officine            de ville          libéraux
Maitrise d’ouvrage

                                                                   Solution d’interopérabilité
                                                                   et de sécurité des données
                     ACCOMPAGNEMENT                                                                                       ORDRES PROFESSIONNELS

                                                                 interopérabilité avec le Dossier
                                                    18 Agences    Patient Informatisé de l’AP-HP
                                                    Régionales                (ORBIS)
                                                    de Santé

                                      102 Caisses
                                      Assurance
                                      Maladie                                                                                                                    12
SI-DEP, le Projet fédérateur pour prévenir et lutter contre la COVID
           Plateforme informatique très innovante construite pour répondre à tout moment aux décisions du Gouvernement et du
           Ministère de la Santé

                          La DSI de l’AP-HP s’est mobilisée pour lutter avec le Ministère de la Santé sur
                           La Prévention,
                           La Détection,
                           La Lutte contre le Coronavirus

                          Mise en œuvre en un temps record lors de la 1ère vague la réhabilitation d’un hôpital de
                          l’AP-HP (Hôpital Broussais) pour en faire le centre informatique de dépistage de la Covid
                          (

                          Un engagement total des équipes en 24/7 pour accompagner les décisions
                          gouvernementales en adaptant rapidement et à tout moment, efficacement la
                          plateforme informatique SIDEP

                              La plateforme informatique SI-DEP
                                     Accompagne le déploiement des tests sérologiques et antigéniques de dépistage du Covid-19,
                                     Transmets les résultats au plus vite pour mettre en œuvre les mesures de prévention adaptées,
                                     Romps efficacement les chaines de contamination
                                     Accompagne de façon très efficace et rapide les décisions du Gouvernement sur la lutte contre la
                                       COVID
                  Plateforme SI-DEP, reconnue par le Ministère de la Santé et par les professionnels de la Santé
                                                                                                                          13
    Une Plateforme, efficace, performante pilotée par une équipe de professionnels totalement engagée pour contrer la COVID
Merci

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