SI-DEP* Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la Santé ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID sur le ...
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SI-DEP *
Un outil numérique innovant, agile et efficace au service de la
Santé…
…ou comment prévenir et limiter la transmission de la COVID
sur le territoire national
v.2.0
* SI-DEP = Système d‘Information national de DEpistage Populationnel
D. Laurent TRELUYER
Directeur des Systèmes d’Information de l’AP-HP
Equipe SI-DEP
Dr. Bruno GAUTHIER
Trésorier de la SFIL
Equipe SI-DEP 1
Pourquoi SI-DEP – Mise en contexte (crise sanitaire )
• Depuis le début de l’année 2020, la France est touchée par la COVID-19, ou SARS-CoV-2, un
nouveau coronavirus, identifié en Chine dès janvier 2020
• Le 11 mars 2020, l’OMS qualifie l’épidémie devenue mondiale de pandémie
• Dans un souci de répondre aux besoins de contact-tracing, de surveillance de la dynamique de
l’épidémie, d’anticiper l’évolution, de prévenir et limiter la transmission du virus sur le territoire
national, la Direction Générale de la Santé retient l’AP-HP en avril 2020 comme maître d‘œuvre
d’un Système d’Information national de DÉpistage Populationnel le SIDEP est né pour
accompagner le déploiement des tests virologiques de dépistage du Covid19, transmettre les
résultats au plus vite pour mettre en œuvre les mesures de prévention adaptées, rompre
efficacement les chaines de contamination
Le SI-DEP est un outil national sécurisé visant à informatiser le processus de dépistage des tests (RT-PCR) réalisés par
l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2
• informatisation pré-analytique - enregistrement des patients au moment du prélèvement, avec un portail web accessible
depuis tous types de terminaux, en organisant une descente des données de prélèvement dans les logiciels des laboratoires
concernés
• informatisation post-analytique - une remontée des données de résultats par les logiciels de chaque laboratoire, privé ou public
vers SI-DEP avec une concentration dans un serveur de résultats national.
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Qu’est-ce que SI-DEP ? Objectifs du SI-DEP
• Organiser et mettre en œuvre un dépistage du COVID-
• Le Système d’Information de dépistage populationnel est une
19, afin d’envoyer les résultats aux patients, pour qu’ils
Plateforme autonome sécurisée du SIH AP-HP CyberLab V10
puissent appliquer au plus vite les mesures de prévention
appelé CyberCOVID
• Déclencher le contact-tracing le plus rapidement possible,
• 2 automates MGI d’une capacité globale de 4 000 tests par en transmettant les résultats avec des données de
jour contact et de priorisation pour rompre les chaines de
• Plateforme basée sur l’architecture du serveur de résultats contamination
• 1er niveau - aux médecins traitants
national Belge • 2ème niveau - à l’Assurance Maladie
• Ce système de gestion de laboratoire est connecté avec l’outil • 3ème niveau - aux cellules des ARS et de Santé Publique
Cyberlab afin de répondre à des besoins de dépistage France en région
populationnel et de serveur de résultats pour les patients et • Transmettre les résultats pseudonymisés à Santé
prescripteurs sur l’ensemble du territoire. publique France et à la DREES pour la production en
temps réel d’indicateurs de suivi épidémiologique
• SI-DEP est aussi en charge de fournir aux Patients le moyen de • Adapter les politiques de lutte contre l’épidémie
se déclarer dans « Tous Anti-COVID » • Publier de nombreux indicateurs territoriaux : taux
d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage,…
Cyberlab national
SI-DEP • Permettre une réutilisation des données pseudonymisées
Concentrateur
pour la recherche sur le virus et les mécanismes de
propagation
Tous les patients testés : identification, coordonnées, situation
• Envoyer aux patients dont les tests virologiques sont
(soignant, hospitalité, résident, EPHAD etc.), résultat de test, médecin traitant/prescripteur, laboratoire
positifs un document d’information avec les dernières
Résultats individuels
(pour les patients Covid-Positifs
et pour les patients dont les tests sont Pseudonymisation des
Pseudonymisation des
consignes sanitaires
• Outiller les professionnels de santé avec un portail
réalisés dans les CHU équipés données transmises
de prescription connectée) données transmises
permettant la saisie des données des patients et de leurs
Patient Médecin
résultats de test de dépistage, et leur permettre d’éditer
Enquêtes sanitaires Enquêtes sanitaires Enquêtes sanitaires de Suivi épidémiologique Recherche un document récapitulatif de la saisie qui peut-être remis
de 1er niveau de 2ème niveau 3ème niveau
au patient 3
Utilisation de Contact Covid (AmeliPro) et d’outils métiers
complémentaires pour le contact tracing
Chronologie de SI-DEP
13 mai 2020 26 juin 2020 9 novembre 2020
Déploiement officiel de Mise en production de Mise en production de
SI-DEP I SI-DEP II SI-DEP III
28 mai 2020 25 août 2020 15 octobre 2020
Lancement SI-DEP II Lancement SI-DEP III Lancement SI-DEP IV
Collecte des résultats de Doublement des Adaptation à l’arrivée des
sérologie Covid-19 capacités quotidiennes tests antigéniques
28 avril 2020
Premier test RT-PCR de
la Plateforme Broussais
09 avril 2020
Lancement la 11 mai 2020 25 janvier 2021
Plateforme Broussais
Plateforme autonome du Déconfinement progressif Lancement de la
SIH mise en place pour remontée des
l’hôpital AP-HP Broussais Variants
4
De SI-DEP I à SI-DEP IV
SI-DEP I SI-DEP Virologie SI-DEP II SI-DEP Sérologie SI-DEP III SI-DEP étendu SI-DEP IV SI-DEP pour les P.S.
• Ouverture de la plateforme • Ouverture de la plateforme SI-DEP • Mise en place d’un dossier • Ouverture de la plateforme SI-DEP
SI-DEP au niveau national sur le aux flux des examens sérologiques d’interopérabilité incluant 2 aux tests rapides antigéniques
périmètre des tests virologiques Covid des laboratoires déjà nouveaux codes d’analyses – tests remontés par les professionnels de
RT-PCR après l’annonce du connectés à SI-DEP et d’environ rapides de diagnostic TRD, santé de ville, dont 22 000
déconfinement progressif 220 nouveaux laboratoires salivaires et autres virus d’infection pharmacies, 30 000 médecins et
• Exploitation des données issues de respiratoire aigüe 30 000 infirmiers libéraux
SI-DEP par SPF afin d’alimenter • Lancement 21/06/2020 • Introduction de nouveaux champs
les représentations – FINESS géographique du LBM, • Volumétries TA
Code du pays de l’adresse courante, • 870 000 / Jour
cartographiques des données en
Informations relatives à un lieu de • 2 000 000 TA par semaine en
santé publique résidence temporaire… plafond sur les mois suivants
• 18 laboratoires RT-CPR de l’AP- • Capacité de gérer plusieurs
HP analyses dans un même dossier • Lancement 16/11/2020 pour prise
• Amélioration des performance du en compte de contraintes
• Lancement officiel 13/05/2020 système et de sa supervision juridiques
• Passage de 200 000 tests/jour à • SIDEP IV+ :Variants (fin janvier :
500 000 tests/jour 25/01/2021)
Salivaires et dépistage massif dans
• Lancement 09/11/2020 les écoles (pilote le 11 février avec
annonce du Ministre.
Déploiement massif depuis)
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Un projet collectif mené à bien dans un planning contraint qui répond aux besoins identifiés lors de sa conception
Comment fonctionne SI-DEP au quotidien ?
La Plateforme SI-DEP est le maillon indispensable dans la lutte du Covid, elle contient des données
de natures différentes de façon sécurisée Les données colligées sont
PF SI-DEP versées dans Health Data
Hub. Préalablement, elles
1. Données concernant la personne dépistée 2. Données concernant le prélèvement et son origine 3. Données concernant le résultat du test sont monitorées, chaque
• Nom de naissance, nom usuel, prénom - Sexe • N° RPPS du médecin prescripteur et du médecin traitant • Code de l’analyse réalisée
• Date de naissance • Code de campagne de dépistage • Résultat de l’analyse : P (Positif) - N (Négatif) - I (Ininterprétable) - X
jour, par l’AP-HP. Ce flux
• Téléphone mobile N° de dossier ou de prélèvement (Prélèvement non conforme) continu fait l’objet d’un
• Adresse e-mail, adresse postale (lieu de résidence à date) • Date et heure du prélèvement contrôle qualité et d’une
• Matricule Identifiant National de Santé (INS) • Identifiant national (RPPS ou ADELI pour les infirmiers en attendant la bascule au
RPPS prévue en 2021) vérification mais également
d’une analyse sept jour sur
Données recueillies auprès du patient, générées automatiquement ou au travers d’appel à des services externes (télé-service INS de recherche, annuaire santé) sept par Santé publique
Données conservées dans le traitement pendant une durée maximale de trois mois à compter de leur collecte
France.
SI-DEP, le Projet fédérateur pour
prévenir et lutter contre la COVID
SI-DEP, le Projet agile pour rompre
efficacement les chaines de contamination
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La cinématique de SI-DEP
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Le SI-DEP, la sécurité IT et la protection des données
Outre l’avis de la CNIL sur les textes créant le traitement, la mise en œuvre opérationnelle du
traitement s’effectue dans le respect des principes posés par le RGPD et la loi informatique et
libertés, conjointement par le ministère chargé de la santé et l’AP-HP. La volumétrie des données
Les garanties suivantes entourent le traitement : (structurées et non structurées)
médicales AP-HP utilisées : 60 Po
Homologation RGS Certification HDS Analyse d’impact relative à
Puissance de la PF
(Référentiel Général de Sécurité) (Hébergeur de Données de Santé) la protection des données
6 serveurs – 4 serveurs 200K et 2
serveurs 500K
Démarche d’analyse de risques et de tests de Conformément à la nouvelle procédure Cette analyse (AIPD) s’appuie sur une
sécurité sur la solution, qui implique décrite à l’article L. 1111-8 du code de la description détaillée du traitement de
l’intégralité des acteurs mobilisés dans le santé publique, l’AP-HP dispose de la données mis en œuvre par la solution, Les serveurs SI-DEP relais & de
programme (Direction générale de la santé, certification HDS (Hébergeur de Données de évalue les risques qu’il représente pour la vie
Haut fonctionnaire de défense et de sécurité Santé). privée des personnes et précise les mesures médiation sont supervisés 7 jours /
des ministères sociaux, AP-HP, ANSSI). prises pour les limiter.
7 en heures ouvrées :
• Supervision technique - Charge des
processeurs, mémoire, base de données et
machines virtuelles, avec des alarmes
déclenchées à partir de 80 %
Ce dispositif est encadré par l’arrêté du 16 octobre 2020 modifiant l'arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures générales • Supervision métier - capacité à supprimer
nécessaires pour faire face à l'épidémie de covid-19 dans les territoires sortis de l'état d'urgence sanitaire et dans ceux où il a été prorogé ou à écrire des fichiers, des arrêts de
ainsi que, pour les questions de facturation, par l’arrêté du 26 octobre 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020 prescrivant les mesures service, de l’inactivité des services (à partir
d’organisation et de fonctionnement du système de santé nécessaires pour faire face à l’épidémie de covid-19 dans le cadre de l’état de 30 minutes) pour assurer le bon transfert
d’urgence sanitaire des résultats vers SI-DEP
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Le SI-DEP au niveau national
• Les données recueillies puis conservées dans SI-DEP sont remontées par 4 500 laboratoires d’analyse dits
« MGI », les laboratoires publics et privés et les professionnels de santé de ville, sur +3.000 laboratoires.
• Les données issues de SI-DEP publics et privés, quel que soit leur système informatique permettent de mieux
contrôler l’épidémie en débouchant sur le contact tracing systématique et l’isolement de tous les cas confirmés
sur l’ensemble du territoire
• Nous réalisons actuellement 2 100 000 millions de tests chaque semaine sur l’ensemble du territoire
800000 400000
700000 350000
LBM MGI LBM hors MGI LBM privés
# de sites inclus Connectés Opérationnels # de sites inclus Connectés Opérationnels # de sites inclus Connectés Opérationnels
dans le périmètre SI-DEP SI-DEP dans le périmètre SI-DEP SI-DEP dans le périmètre SI-DEP SI-DEP 600000 300000
Auvergne-Rhône-Alpes 2 100% 50% 44 100% 30% 411 100% 66%
Bourgogne-Franche-Comté 1 100% 0% 19 100% 53% 140 100% 84%
Bretagne 1 100% 0% 15 100% 27% 144 100% 88%
500000 250000
Centre-Val de Loire 2 100% 0% 11 100% 18% 131 100% 68%
Corse 0 3 100% 100% 25 100% 36% 400000 200000
Grand Est 2 100% 0% 27 100% 26% 354 100% 81%
Hauts-de-France 2 100% 0% 33 100% 33% 286 100% 58%
Île-de-France 66 100% 29% 779 100% 67% 300000 150000
Normandie 1 100% 0% 24 100% 42% 149 100% 46%
Nouvelle-Aquitaine 2 100% 0% 35 100% 29% 340 100% 49% 200000 100000
Occitanie 2 100% 50% 27 100% 44% 395 100% 51%
Provence-Alpes-Côte d'Azur 1 100% 0% 27 100% 19% 583 100% 60%
Pays de la Loire 1 100% 0% 11 100% 27% 170 100% 68% 100000 50000
Guyane 0 2 100% 50% 7 100% 14%
La Réunion 0 3 100% 33% 59 100% 85%
0 0
Martinique 0 1 100% 100% 33 100% 97%
Guadeloupe 0 3 100% 0% 30 100% 87%
Mayotte 0 1 100% 0% 2 100% 0%
Total 17 100% 12% 352 100% 32% 4 038 100% 64%
Nbr tests Nbr Patients Positifs
Mettre à jour – données du 26/10
Nombre de tests réalisés depuis le lancement de SI-DEP I
Nombre de tests positifs 9
Les données de SI-DEP – Utilisations au niveau national
• Les indicateurs de surveillance virologique sont issus du système d’information de dépistage SI-DEP, dont l’objectif est de remonter les
données de tests (RT-PCR) à l'échelle EPCI, commune et IRIS
• La production des indicateurs épidémiologiques aide significativement à la détection des clusters
• SI-DEP contient des données anonymisées concernant le patient ayant
passé le test (âge, sexe, lieu de résidence) et le test (date de prélèvement,
résultat). Ces données permettent de calculer les indicateurs de
surveillance de l’évolution de la pandémie en France, qui sont restitués
dans Géodes
Suivi de l’épidémie
• Taux d’incidence : le nombre de personnes positives ramené à la population,
pour 100 000 habitants (nationale, régionale ou départementale)
• Taux de positivité : le nombre de personnes positives parmi le nombre de
personnes testées dont le résultat est positif ou négatif
• Taux de dépistage : le nombre de tests dont le résultat est exploitable, le
positif ou négatif, rapporté à la population, pour 100 000 habitants (nationale,
régionale ou départementale) corrigé des dépistages réalisés dans les aéroports à
l’arrivée des vols internationaux
• Les données peuvent être déclinées à un niveau régional ou départemental,
pour une période de temps précise (quotidienne, hebdomadaire, semaine
glissante)
10Évolutions SI-DEP
Vers de nouveaux challenges…
• Intégrer dans les données SI-DEP, les résultats des tests sérologiques
• Ajouter deux nouveaux codes d'analyse avec l'arrivée des tests antigéniques
1 3 2
code RT-PCR, test
virologique par prélèvements
nasopharyngés
+ codes tests
sérologiques + codes test
antigéniques
Actuellement
• Intégrer les futurs outils potentiels de dépistage avec de nouveaux codes de codage ajoutés au fil
de l'eau, sous l'égide de la Direction générale de la santé
• Test rapide de diagnostic -TRD
• Examen virologique avec prélèvement salivaire
• Examen virologique avec prélèvements oropharynghés
• Détection d'antigènes et de protéines virales
• Pérenniser la solution en l’étendant à d’autres pathogènes (HPV)
• Tests salivaires : Lancement des campagnes massives de dépistages dans les écoles (février
2021)
SI-DEP est la pierre angulaire de la stratégie de test TAP* COVID
*TAP – Tester, Alerter, Protéger 11Les partenaires, un projet collaboratif d’ampleur national…
…dans un contexte hors norme.
Portage et pilotage Réalisation
ÉTABLISSEMENTS PUBLICS ÉDITEURS PROFESSIONNELS DE SANTÉ
Porteur de la solution
Cyberlab, concentrateur et portail de
prélèvement
Pharmaciens Médecins Infirmiers
Maitrise d’œuvre d’officine de ville libéraux
Maitrise d’ouvrage
Solution d’interopérabilité
et de sécurité des données
ACCOMPAGNEMENT ORDRES PROFESSIONNELS
interopérabilité avec le Dossier
18 Agences Patient Informatisé de l’AP-HP
Régionales (ORBIS)
de Santé
102 Caisses
Assurance
Maladie 12SI-DEP, le Projet fédérateur pour prévenir et lutter contre la COVID
Plateforme informatique très innovante construite pour répondre à tout moment aux décisions du Gouvernement et du
Ministère de la Santé
La DSI de l’AP-HP s’est mobilisée pour lutter avec le Ministère de la Santé sur
La Prévention,
La Détection,
La Lutte contre le Coronavirus
Mise en œuvre en un temps record lors de la 1ère vague la réhabilitation d’un hôpital de
l’AP-HP (Hôpital Broussais) pour en faire le centre informatique de dépistage de la Covid
(
Un engagement total des équipes en 24/7 pour accompagner les décisions
gouvernementales en adaptant rapidement et à tout moment, efficacement la
plateforme informatique SIDEP
La plateforme informatique SI-DEP
Accompagne le déploiement des tests sérologiques et antigéniques de dépistage du Covid-19,
Transmets les résultats au plus vite pour mettre en œuvre les mesures de prévention adaptées,
Romps efficacement les chaines de contamination
Accompagne de façon très efficace et rapide les décisions du Gouvernement sur la lutte contre la
COVID
Plateforme SI-DEP, reconnue par le Ministère de la Santé et par les professionnels de la Santé
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Une Plateforme, efficace, performante pilotée par une équipe de professionnels totalement engagée pour contrer la COVIDMerci
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