Enregistrement électronique des données : faites-nous part de votre expérience ! - Réseau GABRIEL
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MEMBERS NEWS
Restons informés !
Enregistrement électronique des données : faites-nous
part de votre expérience ! Sommaire
De nombreux projets de recherche développés et menés ■■ Enregistrement électronique
au sein des équipes GABRIEL ont une composante clinique des données : faites-nous part
de votre expérience !
intégrant les données personnelles des patients, ainsi que
leurs métadonnées, requises pour l’analyse des résultats. ■■ Étude sur l’étiologie des
Par exemple, les projets HINTT-TB, PEARL et Typhoïde pneumonies chez les réfugiés
requièrent des données personnelles telles que l’âge des et la population libanaise
(PEARL)
patients, la présence éventuelle de comorbidités, le statut
vaccinal, etc. De plus, le partage de données dans le cadre ■■ Le suivi d’adolescentes
de projets multisites pose problème. Jusqu’à présent, les enceintes infectées par le
VIH en Haïti : une population
informations recueillies sur un formulaire papier ne peuvent
hautement vulnérable
être partagées entre plusieurs partenaires, ce qui limite les
échanges en amont de l’analyse et ralentit les analyses ■■ Évaluation d’un nouvel outil
elles-mêmes, surtout lorsque les informations « sources » de diagnostic immunologique
(QFT-P + HBHA) et
sont nécessaires. L’adoption d’un outil d’enregistrement
identification de nouveaux
électronique de données permettrait d’améliorer la dimension biomarqueurs pour le suivi
collaborative des projets multisites du réseau GABRIEL. Cet de l’efficacité de traitements
antituberculeux
outil doit intégrer les bonnes pratiques en recherche clinique,
afin d’assurer le respect de la confidentialité des données ■■ Utilisation d’un test
des patients et la traçabilité des connexions à la base de d’amplification isotherme pour
données. De tels systèmes informatiques sont nombreux : le dépistage de la tuberculose
pulmonaire dans quatre
citons, par exemple, LabBook, Redcap ou Castor. Dans
centres pilotes de microscopie
l’optique d’acquérir un de ces outils et de le déployer au au Cameroun
sein du réseau GABRIEL, nous souhaiterions connaître votre
expérience avec ce type d’outils, en particulier les avantages ■■ Diagnostic de la TB
extrapulmonaire dans les pays
et les inconvénients de leur utilisation, les coûts, etc. Merci de en développement : utilisation
nous contacter par e-mail à l’adresse suivante : d’un outil prometteur
jean-luc.berland@fondation-merieux.org
■■ Le projet «MDR-TB en
Géorgie»
■■ Publications des membres
du réseau GABRIEL depuis
octobre 2017
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Étude sur l’étiologie des pneumonies chez été analysés afin d’identifier les agents
étiologiques bactériens et viraux de PAC.
les réfugiés et la population libanaise
Les tests ont été réalisés dans quatre
(PEARL) laboratoires, dont deux sont membres de
GABRIEL : le Laboratoire Rodolphe Mérieux
à Beyrouth et le Laboratoire Microbiologie
Santé et Environnement à Tripoli.
Les résultats préliminaires ont été présentés à
la réunion GABRIEL au centre de conférence
Les Pensières, France, ainsi qu’au 28ème
Congrès Européen de Microbiologie Clinique
et Maladies Infectieuses à Madrid en
Espagne et au 7ème Congrès International
de la Faculté de Pharmacie de l’Université
Les conditions difficiles affectant
Saint-Joseph de Beyrouth. Le protocole a
régulièrement les réfugiés au Liban ont une
été publié sur la plate-forme Gates Open
influence sur la transmission des pathogènes
Research. Nos résultats indiquent que les
respiratoires, l’histoire naturelle et la gravité
cas de PAC étaient d’une intensité faible à
de la pneumonie acquise en communauté
moyenne dans la population étudiée et que
(PAC). Les étiologies de la PAC peuvent
l’incidence était inférieure au cours de la
donc être modifiées, entraînant ainsi des
seconde saison hivernale. Les virus semblent
conséquences sur la prise en charge de
jouer un rôle prédominant dans l’étiologie de
la maladie. Notre étude PEARL, portant
la PAC, surtout au cours de la première saison
sur l’étiologie des pneumonies chez les
hivernale. Streptococcus pneumoniae avait
réfugiés et la population libanaise, a été
une implication très faible ou nulle pendant
menée pendant la crise syrienne au Liban,
la première saison hivernale, mais a été la
afin d’évaluer le rôle des différents agents
principale cause de la PAC lors du second
pathogènes retrouvés dans les voies
hiver. Les 5 sérotypes de Streptococcus
respiratoires d’enfants et adultes présentant
pneumoniae les plus fréquemment observés
des signes de la PAC.
sont contenus dans le vaccin PCV13.
PEARL est une étude cas-témoins
Le profil transcriptomique de l’hôte va
prospective multicentrique réalisée dans des
être réalisé au Nationwide Children’s
établissements de soins de santé primaires
Hospital (Ohio, États-Unis) : cette analyse
libanais desservant essentiellement une
complémentaire contribuera à mieux
population de réfugiés syriens. L’inclusion
identifier le rôle de ces divers agents
des patients a commencé en novembre
pathogènes dans la PAC.
2016 et s’est achevée en mars 2018.
Les prélèvements nasopharyngés et les Thomas Kesteman, Fondation Mérieux,
échantillons d’urine et de sang provenant Beyrouth (Liban)
de plus de 1 400 cas et témoins ont
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Le suivi d’adolescentes enceintes rétrospectives concernant les femmes
enceintes séropositives et de leurs
infectées par le VIH en Haïti : une
nourrissons faisant partie du programme
population hautement vulnérable PTME GHESKIO entre janvier 1999 et juillet
2014.
À l’admission au programme PTME, la
prise en charge des femmes enceintes
séropositives s’appuie sur l’analyse des
antécédents médicaux et d’un examen
clinique, sur des tests de laboratoire
courants, dont celui du taux de CD4, ainsi
que sur l’évaluation prénatale, la classification
OMS selon les stades de l’infection à VIH,
le dépistage de la syphilis et un traitement
rapide pour celles testées positives.
La transmission mère-enfant du VIH (TME)
constitue le principal facteur contribuant Nous avons évalué le suivi des femmes
à l’épidémie de VIH pédiatrique. Bien enceintes séropositives dans les groupes
qu’un diagnostic et une prise en charge d’âge suivants : adolescentes (15 à 19 ans) ;
précoces soient essentiels pour bloquer jeunes femmes (20 à 24 ans) ; femmes
une transmission verticale, l’interruption adultes (de plus de 24 ans).
courante du suivi post-partum est un Les données sont présentées dans le tableau
obstacle important au traitement de ci-joint. Parmi 4 665 femmes enceintes,
l’infection au VIH chez les femmes et les 65% (235 / 364) des adolescentes ont
enfants. Le programme de la prévention de reçu des médicaments antirétroviraux
la transmission mère-enfant (PTME) B + de avant l’accouchement, comparativement
l’Organisation mondiale de la santé (OMS) à 74% (547 / 739) des jeunes femmes et
préconise un traitement antirétroviral (TAR) à 76% (2 719 / 3 562) des femmes adultes.
toutes les femmes enceintes séropositives, Les adolescentes étaient également moins
quel que soit leur état de santé. Ce principe prises en charge par la PTME après leur
s’applique en Haïti actuellement depuis accouchement : 64% comparées à 74%
2009. C’est programme le plus important de et 76% respectivement. Au total, 3 218
la PTME aux Caraïbes. nourrissons nés vivant ont été déclarés
L’objectif de notre analyse consistait à évaluer parmi 3 214 femmes retenues dans le cadre
le suivi post-partum des adolescentes de l’accouchement (94%), un taux qui ne
enceintes séropositives comparativement à diffère pas entre les groupes d’âge (92%
celui des jeunes femmes et femmes adultes à 95%). Chez les nourrissons inscrits à la
enceintes. PTME, 84% (183 / 217) parmi ceux nés de
mères adolescentes ont été testés pour
Nous avons analysé les données le VIH, par rapport à 89% (438 / 494) et
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93% (2.334 / 2.507) de ceux nés de jeunes problème majeur de santé publique à l’échelle
femmes et femmes adultes respectivement. mondiale. Les effets secondaires associés à
Le taux de transmission du VIH varie de 7,7% l’antibiothérapie à long terme peuvent inciter
chez les adolescents (14 / 183) à 5,3% chez les patients à abandonner le traitement, ce
les jeunes femmes (23 / 438) et les femmes qui peut mener à un échec thérapeutique,
adultes (124 / 2.334). La participation des le développement d’une tuberculose
femmes séropositives 12 mois après leur pharmacorésistante et la propagation de
inscription à la PTME était significativement la maladie dans la communauté. Selon
moindre chez les adolescentes, par rapport à l’Organisation Mondiale de la Santé, tous les
celle des jeunes femmes et femmes adultes : patients sous traitement doivent être suivis
72.7% (IC à 95% de 67,6 à 77.2%), 80.4% pour évaluer leur réponse au traitement
(IC à 95% de 77,2 à 83.2%) et 83,8 % (IC (succès ou échec). Cependant, à l’heure
à 95% 82,5 à 85,0%), respectivement (log actuelle, il manque des outils fiables,
rang p = 0,0003). sensibles et rapides permettant de contrôler
Les adolescentes enceintes et séropositives l’efficacité du traitement. La détection
pour le VIH connaissent un suivi moins bon de biomarqueurs sanguins serait un outil
dans la gestion de soins dans le cadre de la potentiel prometteur répondant à ce besoin.
PTME comparativement aux jeunes femmes Dans ce contexte, le réseau GABRIEL a
et aux femmes adultes. Ce premier groupe initié une étude pilote multicentrique visant
représente une population extrêmement à identifier de nouveaux biomarqueurs
vulnérable nécessitant des interventions pronostiques de la TB. Les objectifs
adaptées, afin d’améliorer le TAR et de l’étude comprennent, entre autres,
d’éradiquer la transmission. l’identification, l’évaluation et la validation de
nouveaux outils et de biomarqueurs fiables
Marie Marcelle Deschamps, Jerry
permettant de contrôler l’efficacité de la
Bonhomme, Claudin Bertil, Margareth
thérapie antituberculeuse. Notre étude se
McNairy, Jean William Pape. The Haitian
réalisera :
Group for the Study of Kaposi’s Sarcoma
and Opportunistic Infections (Les centres • En évaluant, in vitro, si la réponse de
GHESKIO), Port-au-Prince, Haïti l’interféron-γ de l’hôte mesurée par un
test sanguin commercial IGRA (Test
de détection de l’Interféron-γ), appelé
Évaluation d’un nouvel outil de diagnostic
QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-
immunologique (QFT-P + HBHA) et
Plus), en combinaison avec un test
identification de nouveaux biomarqueurs non commercial basé sur la réponse
pour le suivi de l’efficacité de traitements à un antigène mycobactérien appelé
antituberculeux «hémagglutinine se liant à l’héparine »
(HBHA), peut constituer un outil
La tuberculose (TB) causée par
performant permettant de contrôler
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) est une
l’efficacité du traitement antituberculeux,
maladie traitable et curable, mais qui reste un
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• En identifiant de nouveaux biomarqueurs Utilisation d’un test d’amplification
permettant de contrôler l’efficacité du
isotherme pour le dépistage de la
traitement antituberculeux par l’utilisation
de méthodes d’analyse cellulaire à tuberculose pulmonaire dans quatre
haut débit (par exemple, la cytométrie centres pilotes de microscopie au
de masse), ainsi que par l’analyse Cameroun
transcriptomique de l’hôte.
Enfin, de tels outils devraient apporter une
meilleure prise en charge des patients sous
traitement, augmenter le taux de guérison
et réduire l’émergence et la circulation de
souches de Mtb résistantes. Ces outils
pourraient également servir à développer
de nouvelles stratégies thérapeutiques plus
rapides et plus efficaces.
En collaboration avec d’autres membres
du réseau GABRIEL, le Laboratoire de
Microbiologie, Santé et Environnement de Contexte
l’Université libanaise collabore à ce projet La microscopie reste le principal outil de
et organise le recrutement de patients dépistage de la tuberculose (TB) dans les
tuberculeux au niveau local. Cela constitue pays en développement. Cependant, en
une opportunité pour renforcer notre 2016, l’OMS a recommandé l’utilisation
collaboration active à l’échelle internationale de tests de diagnostic rapide (TDRs) pour
et pour élargir notre réseau de recherche permettre l’identification précise et rapide de
vers d’autres membres de GABRIEL afin la TB. L’amplification isotherme en boucle
d’améliorer ensemble la prise en charge des (LAMP) est le nouveau TDR capable d’établir
patients atteints de tuberculose. un premier diagnostic de la tuberculose
Monzer Hamze, Laboratoire de chez les personnes présentant des signes
Microbiologie, Santé et Environnement, et symptômes de TB. Notre objectif était
Tripoli (Liban) de mettre en place la technique de TB-
LAMP au Cameroun en remplacement
de la microscopie puis d’évaluer ses
performances cliniques et opérationnelles.
Intervention
Quatre centres de microscopie situés dans
deux régions du Cameroun (Centre et Sud)
ont mis en œuvre cette technique pour le
dépistage de la tuberculose pulmonaire
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chez l’adulte. Ces sites ont été sélectionnés prévalence de TB. Cependant, l’accès des
en fonction de leur charge de travail. Aucune médicaments à travers le Dispositif mondial
modification particulière n’a été effectuée d’approvisionnement en médicaments (GDF)
dans ces laboratoires. Les données ont été reste problématique.
recueillies de juin 2017 à mars 2018. Au Valérie Flore D. Donkeng, Laboratoire
cours de cette période, tous les patients national de référence de la Tuberculose,
suspects de TB (adultes) se présentant Centre Pasteur du Cameroun, Jean Louis
dans ces centres de microscopie ont été Abena Foe, Ministère de la Santé, Cameroun,
diagnostiqués par TB-LAMP. Vincent Mbassa, Programme National de la
Données Tuberculose, Cameroun et Sara Eyangoh,
Laboratoire national de référence de la
De juin 2017 à mars 2018, un total de Tuberculose, Centre Pasteur du Cameroun,
7503 patients suspects de tuberculose ont (Cameroun)
été dépistés par TB-LAMP. Concernant
les performances cliniques, au cours Diagnostic de la TB extrapulmonaire dans
du premier trimestre 2017, TB-LAMP a les pays en développement : utilisation
augmenté la positivité globale de l’ordre de
d’un outil prometteur
21,53% dans l’ensemble les quatre sites
par rapport aux données obtenues par Bien que la tuberculose affecte les poumons
microscopie. Les médecins ont détecté une chez environ 85% des patients atteints de
corrélation d’environ 80% entre les données cette maladie, l’infection peut toutefois
de TB-LAMP et la radiographie. Concernant provoquer des lésions partout ailleurs dans
les performances opérationnelles, les l’organisme. La TB extrapulmonaire (TBEP)
techniciens sont très satisfaits. La technique représente 15 à 20% des cas de tuberculose.
TB-LAMP est robuste, plus facile à utiliser et On dispose de plusieurs méthodes permettant
une formation en biologie moléculaire n’est de diagnostiquer la tuberculose pulmonaire
pas requise. TB-LAMP ne nécessite pas de (TBP) de façon concluante. Cependant, à ce
maintenance et aucune panne d’équipement jour, le diagnostic de la TBEP s’avère très
n’a encore été reportée. problématique, en particulier dans les pays
à ressources limitées. Bien que la TBEP ne
Conclusion
soit pas transmissible, le retard de diagnostic
TB-LAMP a été facilement mis en place entraîne de façon significative un surcroît de
dans les quatre centres de microscopie morbidité et de mortalité chez les patients.
au Cameroun. En plus des performances L’objet de notre étude consistait à évaluer la
opérationnelles et cliniques, sa facilité performance du GeneXpert® en tant qu’outil
d’utilisation et sa robustesse sont de bons de diagnostic pour la TBEP.
critères pour justifier l’utilisation de TB- Au total, 78 échantillons cliniques ont été
LAMP comme TDR pour le dépistage prélevés sur des patients suspects de TBEP,
initial de la TB pulmonaire chez les adultes sur une période de 17 mois entre janvier
dans les pays à faible revenu et à forte
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2017 et mai 2018. Parmi ces échantillons, 48 and Infectious Diseases, Chittagong
ont été prélevés du liquide céphalorachidien (Bangladesh)
(LCR) chez des patients suspects de
méningite, 4 de pus provenant de plaies Le projet « MDR-TB en Géorgie »
infectées, 2 de biopsies ganglionnaires Le Centre National de la Tuberculose et des
lymphatiques, 16 de liquide pleural, 4 de maladies pulmonaires (NCTLD) en Géorgie,
liquide ascitique, 1 de liquide synovial et le Laboratoire des Pathogènes Emergents
2 d’urines. Afin de vérifier la présence de (LPE) en France et le Centre national de
MTB, ces échantillons ont été analysés au référence TB en France ont commencé
Laboratoire Rodolphe Mérieux à Chittagong la mise en œuvre du projet “MDR-TB en
(Bangladesh) avec le test GeneXpert MTB / Géorgie”. Cette étude est financée par
Rif, ainsi que par la culture conventionnelle Expertise France suite à son appel d’offres
(milieux LJ) et la microscopie (coloration ZN). lancé au travers de l’initiative 5% en 2017.
Sept échantillons prélevés du LCR, un du L’initiative 5%, contribution indirecte de la
pus et un des ganglions lymphatiques se France au Fonds mondial de lutte contre
sont révélés positifs par le test GeneXpert le sida, la tuberculose et le paludisme, est
MTB / Rif. placée sous l’autorité du Ministère des
Un seul échantillon de LCR s’est révélé affaires étrangères et du développement
positif en culture et par microscopie, ainsi international (MAEDI) et est gérée par
que par GeneXpert. Expertise France.
Mis à part un échantillon de pus qui Le projet “MDR-TB en Géorgie” a pour but
s’est révélé positif par GeneXpert et par de diminuer l’acquisition et la transmission
microscopie, mais négatif en culture, primaire des résistances aux antituberculeux
aucun autre échantillon prélevé de patients au travers de 3 objectifs spécifiques :
suspects de TBEP n’était positif à la fois en i) former le personnel de laboratoire du
culture et par microscopie. NCTLD aux techniques de l’antibiogramme
aux antituberculeux nouvellement introduits
Le diagnostic de la TBEP est un défi à dans le pays, la bédaquiline et le delamanid,
surmonter partout dans le monde. Etant ii) former les cliniciens à la gestion des
donné que le MTB est paucibacillaire, effets secondaires des antituberculeux et iii)
sa détection par des tests de diagnostic identifier les « hot-spots » de transmission
est difficile. GeneXpert s’avère être un en Géorgie. Pour atteindre ce dernier
outil prometteur permettant la détection objectif, les résultats des enquêtes de
précoce des cas de TBEP potentiellement contacts menées auprès des patients seront
mortels, tels que la méningite tuberculeuse, challengés avec les résultats obtenus par
une maladie sévissant dans les pays en comparaison des génomes des souches de
développement. M. tuberculosis isolés des patients. Grâce à
Jabin Akhter and Prof. MA Hassan la technique de séquençage massivement
Chowdhury, Bangladesh Institute of Tropical parallèle, il est désormais possible d’analyser
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les similitudes entre les souches de façon Kasper MR, Ford G, Newell SW, An US, Sokhal
bien plus résolutive qu’avec les techniques B, Touch S, Turner P, Jacobs J, Messaoudi M,
Komurian-Pradel F, Tarantola A. Serotype Distribution
de génotypages conventionnels, tels que
of Clinical Streptococcus pneumoniae Isolates before
le spoligotypage et MIRU-typage, et de the Introduction of the 13-Valent Pneumococcal
suivre les transmissions entre patients. Conjugate Vaccine in Cambodia. Am J Trop Med
Les résultats de cette étude permettront Hyg. 2018 Mar;98(3):791-796.
de compléter et de définir le périmètre des
Autres publications
enquêtes de contacts. Sur les 36 mois de
Guerra, Alaine B. ; Oliveira, Jorge S. ; Silva-Portela,
durée du projet, environ 600 cas de MDR-
Rita C.B. ; Araújo, Wydemberg ; Carlos, Aline C. ;
TB devraient être inclus dans l’étude. Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Freitas, Ana Teresa ;
Domingos, Yldeney Silva ; De Farias, Mirna Ferreira
Tsira Chakhaia, Nestani Tukvadze, Centre ; Fernandes, Glauber José Turolla ; Agnez-Lima,
National de la Tuberculose et des maladies Lucymara F. . Metagenome Enrichment Approach
pulmonaires, (Géorgie) Jean-Luc Berland, Used For Selection Of Oil-Degrading Bacteria
Laboratoire des Pathogènes Emergents, Consortia For Drill Cutting Residue Bioremediation.
Fondation Mérieux, (France) Environmental Pollution, V. 235, P. 869-880, 2018.
Nicolás, Marisa F. ; Ramos, Pablo Ivan Pereira ;
Publications des membres du réseau Marques De Carvalho, Fabíola ; Camargo, Dhian
GABRIEL depuis octobre 2017 R. A. ; De Fátima Morais Alves, Carlene ; Loss De
Morais, Guilherme ; Almeida, Luiz G. P. ; Souza,
Rangel C. ; Ciapina, Luciane P. ; Vicente, Ana C.
Publications collaboratives
P. ; Coimbra, Roney S. ; Ribeiro De Vasconcelos,
Dananché C, Sánchez Picot V, Bénet T, Messaoudi
Ana T. . Comparative Genomic Analysis Of A
M, Chou M, Wang J, Pape JW, Awasthi S, Bavdekar
Clinical Isolate Of Klebsiella Quasipneumoniae
A, Rakoto-Andrianarivelo R, Sylla M, Nymadawa
Subsp. Similipneumoniae, A Kpc-2 And Okp-B-6
D, Russomando G, Komurian Pradel F, Endtz H,
Beta-Lactamases Producer Harboring Two Drug-
Paranhos-Baccalà G, Vanhems P and on behalf of the
Resistance Plasmids From Southeast Brazil. Frontiers
pneumonia GABRIEL network. Burden of influenza in
In Microbiology, V. 9, P. 1-10, 2018.
under 5-year-old children admitted to hospital with
pneumonia in developing and emerging countries: a
Guedes, Rafael Lucas Muniz ; Rodrigues, Carla
descriptive, multicenter study. Accepted. Am J Trop
Monadeli Filgueira ; Coatnoan, Nicolas ; Cosson, Alain
Med Hyg. 2017.
; Cadioli, Fabiano Antonio ; Garcia, Herakles Antonio
; Gerber, Alexandra Lehmkuhl ; Machado, Rosangela
Raboni SM, Moura FEA, Caetano BC, Avanzi VM,
Zacarias ; Minoprio, Paola Marcella Camargo ;
Pereira LA, Nogueira MB, Vidal LR, Tavares ICF,
Teixeira, Marta Maria Geraldes ; De Vasconcelos, Ana
Pradel FK, Picot VS, Puig-Barbera J, Siqueira MM.
Tereza Ribeiro . A Comparative In Silico Linear B-Cell
Global Influenza Hospital-based Surveillance Network
Epitope Prediction And Characterization For South
(GIHSN): results of surveillance of influenza and other
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respiratory viruses in hospitalized patients in Brazil,
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Côrtes, Marina Farrel ; Costa, Maiana Oc ; Lima,
Nicholas Cb ; Souza, Rangel C ; Almeida, Luiz Gp ;
Inghammar M, By Y, Farris C, Phe T, Borand L,
Guedes, Luciane Prioli Ciapina ; Vasconcelos, Ana Tr
Kerleguer A, Goyet S, Saphonn V, Phoeung C, Vong
; Nicolás, Marisa F ; Figueiredo, Agnes Ms . Complete
S, Rammaert B, Mayaud C, Guillard B, Yasuda C,
Genome Sequence Of Community-Associated
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Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus (Strain 2017-1080.xml.
Usa400-0051), A Prototype Of The Usa400 Clone.
Memorias Do Instituto Oswaldo Cruz, V. 112, P. 790- Aogu Setsuda, Alexis Ribas, Kittipong Chaisiri,
792, 2017. Serge Morand, Monidarin Chou, Fidelino Malbas,
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