SYNTHÈSE Le 7 février 2021 - Ce que nous savons jusqu'à présent sur le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2)
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SYNTHÈSE
Le 7 février 2021
Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant
préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2)
Introduction
Santé publique Ontario (SPO) surveille, examine et évalue activement les renseignements pertinents
concernant la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). La série de documents « Ce que nous savons
jusqu’à présent sur… » offre un aperçu des données probantes relatives à divers aspects ou enjeux
émergents liés à la COVID-19.
Pour obtenir de l’information sur le variant préoccupant (VOC) provenant du Royaume-Uni (R.-U.),
veuillez consulter la synthèse intitulée Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant
VOC-202012/01 de la COVID-19 du Royaume-Uni.1
Principales constatations
• Le variant B.1.351 (501Y.V2) est apparu vers la fin de 2020 dans la province du Cap-Oriental, en
Afrique du Sud, et s’est ensuite propagé dans toute l’Afrique du Sud et dans plus de 40 pays du
monde entier, dont le Canada. En date du 4 février 2021, un cas de B.1.351 avait été détecté en
Ontario.
• Des études épidémiologiques et de modélisation montrent que le variant B.1.351 est plus
contagieux que les lignées qui ont circulé pendant la première vague de la pandémie. À l’heure
actuelle, on ne sait pas encore si le variant B.1.351 peut influer sur la gravité de la COVID-19.
• Le variant B.1.351 ne semble pas déjouer les tests de transcription inverse suivie de réaction en
chaîne de la polymérase (RT-PCR) en temps réel, y compris ceux présentement utilisés en
Ontario, ce qui signifie qu’ils détecteront toujours le B.1.351.
• Les données probantes émergentes soulèvent des inquiétudes quant au risque accru de
réinfection par le variant B.1.351. Des études préliminaires ont montré que les mutations du
variant B.1.351 pouvaient partiellement ou complètement déjouer trois classes d’anticorps
monoclonaux pertinents sur le plan thérapeutique et d’anticorps neutralisants dans le plasma de
convalescent de la COVID-19.
• Des études ont montré que les anticorps neutralisants induits par le vaccin avaient une capacité
de neutralisation réduite contre les mutations du variant B.1.351. Les fabricants de vaccins ont
mis au point et évaluent actuellement des mises à jour des vaccins à ARNm qui intègrent les
mutations du variant B.1.351.
Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2)Contexte De nouveaux variants du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) apparaissent à mesure que le virus continue de se propager dans le monde. À ce jour, trois variants du SRAS-CoV-2 d’importance pour la santé publique ont été identifiés : la lignée B.1.1.7 (501Y.V1, VOC 202012/01, originaire du Royaume-Uni [R.-U.]); la lignée P.1 (désignée auparavant comme P.1.1.28, originaire du Brésil); et la lignée B.1.351 (501Y.V2, originaire d’Afrique du Sud). Ces variants ont été qualifiés de variants préoccupants (VOC) et ont été associées à des données probantes de transmissibilité et de sévérité accrues ou d’évasion immunitaire possible avec des répercussions potentielles sur la réinfection et l’efficacité des vaccins. Ces variants préoccupants présentent notamment de nombreuses mutations, dont certaines dans le domaine de liaison au récepteur (DLR) de la protéine de spicule (S), codée par le gène S. Les mutations du SRAS-CoV-2 se produisent naturellement par réplication virale. Les mutations d’intérêt dans le DLR du gène S comprennent les substitutions d’acides aminés suivantes : N501Y, K417N/T et E484K. La mutation N501Y est présente dans les trois variants préoccupants. La mutation E484K se trouve dans les variants P.1 et B.1.351. De plus, le variant P.1 est porteur de la mutation K417T, tandis que le variant B.1.351 est porteur de la mutation K417N.2 L'émergence du variant B.1.351 a été attribuée à l'évolution intra-hôte lors d'une infection prolongée à la COVID-19 de patients dont le système immunitaire était compromis, et chez lesquelles les mutations E484K et N501Y ont été détectées.3,4 Tegally et coll. (2021) ont émis l’hypothèse qu’une population présentant une séroprévalence et une immunité élevées pouvait entraîner une forte pression sur le plan de la sélection favorisant l’évolution des mutations du variant B.1.351.5 Lorsque la transmissibilité d’un variant préoccupant est plus élevée, cela peut conduire à une augmentation rapide des cas, ce qui mettrait à rude épreuve les ressources des soins de santé. La surveillance des variants préoccupants et des mutations émergentes est essentielle à l’identification précoce et à l’atténuation des répercussions potentielles, ainsi qu’à l’identification rapide de nouveaux variants préoccupants. Nous présentons ici une synthèse de la documentation scientifique actuelle traitant du variant préoccupant B.1.351. Par souci de simplicité, nous utilisons l’expression variant B.1.351 pour désigner le variant préoccupant B.1.351, le « variant d’Afrique du Sud », la lignée B.1.351 ou 501Y.V2. Méthodologie En examinant la faisabilité, la portée et la nécessité de fournir des réponses, nous avons choisi de procéder à un examen rapide comme approche appropriée pour comprendre le variant B.1.351. Un examen rapide est une synthèse des connaissances où certaines étapes du processus d’examen systématique sont omises afin d’économiser du temps (p. ex. l’évaluation de la qualité).6 Du 17 janvier au 4 février 2021, les Services de bibliothèque de SPO ont effectué des recherches quotidiennes dans la documentation primaire de plusieurs bases de données (p. ex. MEDLINE; les stratégies de recherche sont disponibles sur demande). Les articles pertinents ont été recensés quotidiennement. De plus, nous avons effectué des recherches de la littérature grise à l’aide de Google. Les documents en anglais, évalués par les pairs et non évalués par les pairs (préimpression), qui décrivent le variant B.1.351 ont été inclus. Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 2
Tous les documents de la série « Ce que nous savons jusqu’à présent sur… » sont examinés par des
experts en la matière de SPO avant leur affichage.
Comme l’épidémie de COVID-19 continue d’évoluer et que les données probantes scientifiques
s’accumulent rapidement, l’information contenue dans le présent document est à jour à la date des
diverses recherches documentaires.
Constatations
Épidémiologie
Le variant B.1.351 est apparu dans la baie de Nelson Mandela (province du Cap-Oriental) au début du
mois d’octobre 2020. À la fin du mois de novembre 2020, il était devenu la lignée virale dominante dans
les provinces du Cap-Oriental et du Cap-Occidental, remplaçant les lignées du virus qui circulaient
jusqu’à ce moment, soit les lignées B.1.1.54, B.1.1.56 et C.1.5 Dans une analyse phylogéographique
spatiotemporelle, Xie et coll. (2021) ont indiqué que le variant B.1.351 était apparu dès le début du mois
d’août 2020 (densité postérieure maximale de 95 % : du début de juillet à fin d’août 2020).5
En décembre 2020, le variant B.1.351 s’était propagé au Botswana, en France, en Écosse, en Corée du
Sud, en Suède, en Suisse et au Royaume-Uni.2 De plus, en janvier 2021, le variant a été détecté dans au
moins huit pays de l'Union européenne (Autriche, Belgique, Danemark, Finlande, Allemagne, Irlande,
Pays-Bas et Norvège) et huit autres pays (Australie, Brésil, Canada, Chine, Japon, Taiwan, États-Unis et
Zambie).7,8 En date du 2 février 2021, l'Organisation mondiale de la Santé signalait des cas du variant
B.1.351 dans 41 pays.9
En date du 19 janvier 2021, il y avait environ 570 cas confirmés du variant B.1.351 dans le monde (dont
447 en Afrique du Sud).7 Hors de l’Afrique du Sud, les cas confirmés dans les pays touchés vont d’un à six
cas, le Royaume-Uni étant une exception notable avec 54 cas. Dans l’Union européenne, la plupart des
cas ont été liés à des voyages, mais tous n’ont pas d’antécédents de voyage en Afrique du Sud.
Le nombre de cas du variant B.1.351 signalés dans le monde est probablement sous-estimé, car
l’identification repose sur la méthode utilisée par chaque pays pour analyser les échantillons positifs
au SRAS-CoV-2.
Aux États-Unis, trois cas du variant B.1.351 avaient été signalés par deux États (Caroline du Sud [n=2],
Maryland [n=1]) en date du 2 février 2021.8 Au Canada, sept cas du variant B.1.351 ont été signalés en
Alberta (au 1er février 2021), quatre en Colombie-Britannique (au 23 janvier 2021) et un en Ontario (au
4 février 2021).10-12
Transmissibilité et sévérité de la maladie
Comme mentionné dans la section précédente, les données d’Afrique du Sud indiquent que le variant
B.1.351 a rapidement déplacé en quelques semaines d’autres lignées en circulation dans le pays.5
• Les résultats préliminaires obtenus par Mahasse (2021) à l’aide d’un modèle mathématique
permettent d’estimer que le variant B.1.351 est 50 % (intervalle de confiance de 95 % : de 20
à 113) plus contagieux que les variants qui circulaient précédemment en Afrique du Sud.13
Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 3À l’heure actuelle, on ne sait pas encore si le variant sud-africain influe sur la sévérité de la maladie.7
Toutefois, des études sont en cours au Royaume-Uni et en Afrique du Sud afin de décrire
l’épidémiologie du variant B.1.351.14
Tests diagnostiques
Contrairement au variant B.1.1.7 (provenant du Royaume-Uni), les mutations du variant B.1.351 ne
semblent pas déjouer les tests diagnostiques, y compris ceux qui sont présentement utilisés en Ontario.
• Peñarrubia et coll. (2021) ont indiqué que les mutations du variant B.1.351 n’ont pas d’incidence
sur les tests moléculaires de réaction en chaîne de la polymérase par transcription inverse
(RT-PCR) en temps réel ciblant les gènes RdRp et E, ni ceux ciblant les gènes Nsp2 et N.15
• Dans le cadre d’un examen des tests moléculaires de dépistage du SRAS-CoV-2, Arena et coll.
(2021) ont indiqué que les mutations du variant B.1.351 ont peu ou pas d’effet sur la sensibilité
des tests de RT-PCR.16
Immunité et réinfection
Deux études en prépublication ont souligné un risque accru de réinfection par le variant B.1.351
à la suite d’une infection initiale par une autre souche du SRAS-CoV-2.
• Wibmer et coll. (2021) (prépublication) ont indiqué que des mutations du variant B.1.351 lui
permettent de déjouer complètement trois classes d’anticorps monoclonaux pertinents sur le
plan thérapeutique et ont montré une capacité substantielle ou complète à déjouer des
anticorps neutralisants dans le plasma de convalescents de la COVID-19.17
• Cele et coll. (2021) (prépublication) ont indiqué une réaction similaire face au variant B.1.351
de la réponse des anticorps neutralisants provoquée par une infection naturelle par des variants
antérieurs.18
Efficacité des vaccins
Plusieurs articles parus en prépublication portent sur l’analyse du plasma de personnes qui ont reçu
les deux vaccins à ARNm autorisés (Moderna et Pfizer-BioNTech) contre des SRAS-CoV-2 présentant
diverses mutations de spicule (c’est-à-dire des variants préoccupants).19-21 Ces études in vitro ont
montré que les anticorps neutralisants induits par le vaccin avaient une capacité de neutralisation
réduite contre les mutations du variant B.1.351. Toutefois, l’ampleur de cette réduction variait selon les
études.
• Dans une étude (Wu et coll., 2021) qui a examiné la réponse des anticorps neutralisants aux
anticorps provoqués par le vaccin de Moderna, une neutralisation réduite a été observée par
rapport aux mutations du variant B.1.351. Toutefois, les titres étaient toujours supérieurs aux
titres neutralisants qui protégeaient les primates non humains de la provocation virale de type
sauvage.21
Les vaccins à ARNm préviennent l’infection par une immunité à la fois humorale et à médiation
cellulaire. Il est donc difficile de savoir avec certitude si la diminution de la réponse des anticorps
neutralisants aux mutations du variant B.1.351 observée dans le cadre des études in vitro se traduira
par une protection réduite.
Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 4La société Moderna a annoncé publiquement qu’elle avait l’intention de développer et d’évaluer dans
des études précliniques un nouveau candidat vaccin à ARNm qui tiendra compte des mutations du
variant B.1.351.22 Moderna a également lancé une étude de phase 1 visant à déterminer si le
renforcement immunologique avec une dose supplémentaire de son vaccin actuel peut améliorer la
protection contre les variants préoccupants. Les anticorps induits par le vaccin semblent moins puissants
contre le variant B.1.351, par rapport à la souche originale. Pfizer a également déclaré publiquement qu’il
était possible de mettre à jour son vaccin avec une séquence visant le nouveau variant, si nécessaire.7
L’efficacité vaccinale des deux vaccins sans ARN non autorisés actuellement au Canada est
potentiellement diminuée.
• Mahase 2021 a signalé les résultats d’un essai de phase III au Royaume-Uni et en Afrique du Sud
avec le vaccin Novavax.23 Novavax était efficace à 95,6 % contre la souche originale du
SRAS CoV-2 et à 60,0 % contre le variant B.1.351.
• Johnson & Johnson a annoncé que son vaccin candidat avait une efficacité de 72 % au chapitre
de la prévention de la COVID-19 modérée à sévère, 28 jours après la vaccination aux États-Unis,
contre 57 % en Afrique du Sud.24
Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 5Bibliographie 1. Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (Santé publique Ontario) Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant VOC-202012/01 de la COVID-19 du Royaume-Uni [Internet]. Toronto, ON: Imprimeur de la Reine pour l’Ontario; 2020 [cité le 2 février 2021]. Disponible à : https://www.publichealthontario.ca/-/media/documents/ncov/covid-wwksf/2020/12/what-we- know-uk-variant.pdf?la=fr 2. Tang JW, Toovey OTR, Harvey KN, Hui DDS. Introduction of the South African SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 into the UK. J Infect. 2021 Jan 17 [Diffusion en ligne avant l’impression]. Disponible à : https://doi.org/10.1016/j.jinf.2021.01.007 3. Choi B, Choudhary MC, Regan J, Sparks JA, Padera RF, Qiu X, et al. Persistence and evolution of SARS-CoV-2 in an immunocompromised host. N Engl J Med. 2020;383(23):2291-3. Disponible à : https://doi.org/10.1056/NEJMc2031364 4. Avanzato VA, Matson MJ, Seifert SN, Pryce R, Williamson BN, Anzick SL, et al. Case study: prolonged infectious SARS-CoV-2 shedding from an asymptomatic immunocompromised individual with cancer. Cell. 2020;183(7):1901-12. Disponible à : https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.049 5. Tegally H, Wilkinson E, Giovanetti M, Iranzadeh A, Fonseca V, Giandhari J, et al. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv 20248640 [Préimpression]. 2020 Dec 22 [cité le 2 février 2021]. Disponible à : https://doi.org/10.1101/2020.12.21.20248640 6. Khangura S, Konnyu K, Cushman R, Grimshaw J, Moher D. Evidence summaries: the evolution of a rapid review approach. Syst Rev. 2012;1:10. Disponible à : https://doi.org/10.1186/2046-4053-1-10 7. European Centre for Disease Prevention and Control. Risk related to the spread of new SARS- CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update: 21 January 2021 [Internet]. Stockholm: European Centre for Disease Prevention and Control; 2021 [cité le 2 février 2021]. Disponible à : https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new- SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf 8. Centers for Disease Control and Prevention. US COVID-19 cases caused by variants [Internet]. Atlanta, GA: Centers for Disease Control and Prevention; 2021 [cité le 2 février 2021]. Disponible à : https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/transmission/variant-cases.html 9. World Health Organization. Weekly epidemiological update - 2 February 2021 [Internet]. Geneva: World Health Organization; 2021 [cité le 4 février 2021]. Disponible à : https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update---2-february-2021 10. Government of Alberta. Cases in Alberta [Internet]. Edmonton, AB: Government of Alberta; 2021 [cité le 4 février 2021]. Disponible à : https://www.alberta.ca/covid-19-alberta-data.aspx 11. BC Centre for Disease Control. British Columbia (BC) COVID-19 situation report: week 3: January 17 – January 23, 2021 [Internet]. Vancouver, BC: Provincial Health Services Authority; 2021 [cité le 4 février 2021]. Disponible à : http://www.bccdc.ca/Health-Info- Site/Documents/COVID_sitrep/Week_3_2021_BC_COVID-19_Situation_Report.pdf Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 6
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23. Mahase E. Covid-19: Novavax vaccine efficacy is 86% against UK variant and 60% against South African variant. BMJ. 2021;372:n296. Disponible à : https://doi.org/10.1136/bmj.n296 24. Johnson & Johnson. Johnson & Johnson announces single-shot Janssen COVID-19 vaccine candidate met primary endpoints in interim analysis of its Phase 3 ENSEMBLE trial [Internet]. New Brunswick, NJ: Johnson & Johnson Services; 2021 [cité le 2 février 2021]. Disponible à : https://www.jnj.com/johnson-johnson-announces-single-shot-janssen-covid-19-vaccine-candidate- met-primary-endpoints-in-interim-analysis-of-its-phase-3-ensemble-trial Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 8
Modèle proposé pour citer le document Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (Santé publique Ontario). Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2). Toronto, ON. Imprimeur de la Reine pour l’Ontario, 2021. Avis de non-responsabilité Santé publique Ontario (SPO) a conçu le présent document. SPO offre des conseils scientifiques et techniques au gouvernement, aux agences de santé publique et aux fournisseurs de soins de santé de l’Ontario. Les travaux de SPO s’appuient sur les meilleures données probantes disponibles au moment de leur publication. L’application et l’utilisation du présent document relèvent de la responsabilité des utilisateurs. SPO n’assume aucune responsabilité relativement aux conséquences de l’application ou de l’utilisation du document par quiconque. Le présent document peut être reproduit sans permission à des fins non commerciales seulement, sous réserve d’une mention appropriée de Santé publique Ontario. Aucun changement ni aucune modification ne peuvent être apportés à ce document sans la permission écrite explicite de Santé publique Ontario. Santé publique Ontario Santé publique Ontario est un organisme du gouvernement de l’Ontario voué à la protection et à la promotion de la santé de l’ensemble de la population ontarienne, ainsi qu’à la réduction des iniquités en matière de santé. Santé publique Ontario met les connaissances et les renseignements scientifiques les plus pointus du monde entier à la portée des professionnels de la santé publique, des travailleurs de la santé de première ligne et des chercheurs. Pour obtenir plus de renseignements au sujet de SPO, veuillez consulter santepubliqueontario.ca. Ce que nous savons jusqu’à présent sur… le variant préoccupant de la COVID-19 B.1.351 (501Y.V2) 9
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