Un partenaire essentiel pour les sciences de la vie, au service de la société - Data scientists for life
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Un partenaire essentiel
pour les sciences de la vie,
au service de la société
Data scientists for life
www.sib.swiss
introduction au SIB
La science des données au service de la biologie,
la santé et l’environnement
Depuis sa création il y a plus de 20 ans, le SIB est devenu l’une des principales
organisations de science des données biologiques et biomédicales en Europe,
grâce au soutien du SEFRI*.
* Secrétariat d’Etat à la Formation, à la Recherche et à l’Innovation.
Présent dans les principales institutions
académiques de Suisse, le SIB mène de
nombreux projets d’infrastructure, au ni-
veau national et international.
Ceux-ci ont un impact majeur sur la re-
cherche en sciences de la vie, avec des
bénéfices directs pour la société.
en chiffres
25 85 800
partenaires groupes membres
institutionnels dont 190
à travers toute employé·e·s
la Suisse
*au 1er Janvier 2022
décryptage
Ponts, réseaux routiers ou encore internet
permettent à un pays de développer ses richesses
et ses connaissances au bénéfice de sa population.
De même, l’infrastructure développée
par les bioinformaticien.ne.s du SIB
permet aux chercheur.euse.s d’accélérer
leurs découvertes et aux clinicien.ne.s
de développer leurs capacités de
diagnostic et de traitement.
le SIB en vidéo
Dans le cadre de sa mission confiée par le SEFRI,
le SIB développe une infrastructure qui comprend:
Moyens financiers:
des plateformes et réseaux informatiques
budget annuel de l’institut pour
sécurisés d’ampleur nationale
réaliser sa mission d’intérêt
national est d’environ 30 millions
des logiciels et des bases de données de
de francs suisses.
pointe pour une science ouverte
La contribution du SEFRI
des applications de diagnostic clinique
est d’environ 40% (hors
financement BioMedIT/SPHN)
des expertises ciblées pour répondre aux
et permet au SIB de lever près
besoins des chercheurs et professionnels
de 20 millions additionnels,
de la santé
notamment auprès d’autres insti-
tutions telles qu’universités,
hôpitaux et fonds internationaux.
Des solutions au bénéfice de la société: quelques exemples
Bénéfice n°1 - Recherche
Accélérer la recherche en sciences de la vie.
Dans le cadre de sa mission, le SIB fournit aux chercheurs
des logiciels et des bases de données de référence
qui permettent d’accélérer leurs découvertes, avec
des retombées pour la santé, la nature, l’agriculture…
Par exemple, le groupe Swiss-Prot développe
et nourrit des bases de connaissances, telles que
UniProt et Rhea grâce à la «biocuration experte».
Cette activité hautement spécialisée permet la sélection
et l’annotation des données scientifiques les plus
fiables et complètes sur un sujet biologique donné,
comme les protéines. Les chercheurs peuvent ainsi
appuyer leurs travaux sur les meilleures connais-
sances, disponibles en accès libre (Open Access).
→
Un gain de temps et de qualité crucial pour permettre des découvertesExemple d’application: identification de marqueurs biologiques précoces qui constitueraient des cibles thérapeutiques pour le traitement de la schizophrénie. plus d’infos
Les bases de données du SIB constituent des sources d’apprentissage fiables pour alimenter les algorithmes de machine learning en biologie et en médecine. → Une fiabilité accrue des algorithmes et la possibilité d’expliquer les modèles
Exemple d’application: la prédiction des liens gène-maladie ou des interactions protéine-médicament
Le SIB propose plus de 60 cours par an dans une large palette de domaines de la bioinformatique pour permettre aux biologistes et aux clinicien.ne.s de s’assurer les meilleures compétences.
Parmi les infrastructures développées par le SIB pour la communauté
scientifique du monde entier, on trouve par exemple:
Swiss Drug Design premier environnement complet 30 000 utilisateur.rice.s / mois
et librement accessible de conception 180 000 requêtes / mois
de médicaments par ordinateur
UniProt ressource d’information 2,1 millions d’utilisateur.rice.s / mois
sur les protéines la plus utilisée 9,8 millions de pages vues / mois
dans le monde
STRING ressource qui permet 95 000 utilisateur.rice.s / mois
de comprendre les interactions 1 730 000 pages vues / mois
entre protéinesParmi les infrastructures développées par le SIB pour la communauté
scientifique
SWISS-MODEL du mondeplateforme
entier, on
quitrouve
génère par exemple: 55 000 utilisateur.rice.s / mois
et met à disposition des modèles 162 000 modèles générés / mois
3D de protéines
Cellosaurus base de données 49 000 utilisateur.rice.s / mois
de lignées cellulaires 219 000 pages vues / moisBénéfice n°2 - Santé
Permettre le développement
de la santé personnalisée.
En 2017, la confédération a lancé l’initiative Swiss Personalized Health Network
(SPHN) pour accélérer la recherche en santé personnalisée. Le SIB est au cœur
de cette initiative…
En tant que centre de coordination
des données (DCC) de SPHN, le SIB
est responsable de l’implémentation
technique de l’initiative et de la coordi-
nation des différents acteurs impliqués,
comme les hôpitaux qui détiennent les
données patients, les chercheurs qui
A project of and éprouvent la construction de l’infrastruc-
ture et les différents groupes d’experts.
→
Permettre aux citoyens de bénéficier des dernières avancées en médecine
personnalisée permises par des projets de recherche portant par exemple
sur les facteurs impliqués dans l’apparition ou le traitement de certaines
pathologies (maladies chroniques, cancer…)Le SIB orchestre l’harmonisation
et la mise à disposition à des fins
de recherche des données
de santé issues des hôpitaux
suisses, au travers du réseau
informatique national et sécurisé
BioMedIT.
→
Les chercheurs autorisés peuvent accéder de manière sécurisée à une masse
critique de données consenties par les patients, pour conduire leurs études.focus Booster l’oncologie de précision Le SIB répond à des besoins spécifiques des clinicien.ne.s dans les hôpitaux universitaires en développant des infrastructures de long terme, en particulier dans le domaine de l’oncologie de précision. Quelques exemples:
Développement et optimisation d’un outil sample-
to-report OncoBench®, avec les Hôpitaux Universitaires
de Genève (HUG), utilisé par la pathologie moléculaire
des HUG depuis 2016 pour la gestion et l’analyse
des données de séquençage des tumeurs dans
OncoBench®:
le diagnostic de routine des cancers (actuellement
en v.4).
→
Gain d’une journée dans le diagnostic
avec une précision accrue.
Une plateforme nationale permettant aux clinicien.ne.s
suisses d’avoir une interprétation clinique commune
des variants génétiques identifiés dans les tumeurs
Swiss Variant Interpretation de leurs patients.
Platform for Oncology →
(SVIP-O):
Interprétation harmonisée et cliniquement approu-
vée des variants trouvés chez des patients atteints de
cancer pour guider le choix du traitement le plus ap-
proprié.Formation des clinicien.ne.s grâce à un CAS
en oncologie moléculaire personnalisée en collaboration
avec les Hôpitaux Universitaires de Bâle et Lausanne
et l’Université de Bâle.
Certificat d’Etudes Avancées:
→
Préparer les médecins et professionnel.le.s
de la santé aux défis et enjeux de la médecine
moléculaire
Un logiciel utilisé par le Tumour Board Moléculaire de
Romandie (CHUV & HUG) pour soutenir le travail des
oncologues.
Swiss Precision Oncology →
(Swiss-PO) : Trouver quelles mutations génétiques sont suscep-
tibles d’avoir un impact dans le développement d’un
cancer et participer à l’identification du traitement le
plus efficace.Bénéfice n°3 - Surveillance des épidémies
Equiper la Suisse pour faire face aux épidémies
Afin de doter la Suisse d’un outil de surveillance
indispensable dans la lutte contre les maladies
infectieuses, le SIB a développé une plateforme
nationale permettant de centraliser les données
issues du séquençage de virus et de bactéries
pathogènes, la Swiss Pathogen Surveillance
Platform (SPSP).
Cette plateforme a été adaptée à la pandémie de
COVID-19 en un temps record et sert de Swiss
SARS-CoV-2 Data Hub pour l’Office fédéral de
la santé publique OFSP.
→
Un important gain de temps pour l’OFSP qui reçoit des rapports sur mesure
et standardisés 3 fois par semaine avec des données représentatives de toute
la SuisseLa plateforme SPSP permet également
de mettre à disposition de la recherche
internationale les séquences génétiques
du virus en Open Access.
→
Plus de 100 000 séquences ont été partagées depuis le début
de la pandémie, plaçant la Suisse dans le top 5 international des pays
contributeurs, pour accélérer la recherche sur le virus.
Grâce à cette infrastructure nationale, la Suisse
possède un outil destiné à surveiller l’émergence
d’autres virus et de bactéries multi-résistantes.Bénéfice n°4 - Environnement L’étude du génome au service de l’environnementet de l’agriculture Les initiatives de séquençage génétique à grande échelle transforment notre compréhension de la biodiversité. Elles apportent des connaissances fondamentales sur le fonctionnement des systèmes biologiques et la façon dont les espèces réagissent aux changements environnementaux. Les applications sont nombreuses, tant pour l’agriculture que pour la préservation de l’environnement. Les groupes du SIB participent à des initiatives internationales visant à soutenir la conservation des espèces en approfondissant la connaissance de leurs caractéristiques génétiques.
En tant que membres du nœud suisse de l’initiative ERGA, l’atlas européen des génomes de référence (European Reference Genome Atlas), cinq groupes du SIB participent à un projet pilote visant à séquencer les génomes d’espèces sélectionnées en Europe. Les résultats de la première phase ont été présentés lors de la conférence Biodiversity Genomics 2021. Plus d’infos…
Une étude internationale codirigée par des chercheurs du SIB s’est penchée sur le bourdon, grand pollinisateur de l’agriculture et des milieux naturels. Grâce à la ressource du SIB SwissOrthology, l’étude de 17 espèces de bourdons a notam- ment pu révéler que les bourdons possèdent moins de gènes impliqués dans la détoxification des pesticides ou la défense contre les agents pathogènes que de nombreux autres insectes. → Cette découverte permet aux chercheurs de mieux comprendre les impacts croisés entre l’agriculture et l’environnement. Plus d’infos…
Bénéfice n°5 - International
Renforcer l’attractivité de la Suisse
et encourager l’innovation.
Le SIB représente la Suisse dans de nombreuses initiatives internationales
de recherche de pointe, malgré un contexte européen fragile.
Le SIB est un partenaire de référence pour
les projets européens public-privés (Innovative Medi-
cines Initiatives) pour la gestion et l’analyse des
données sensibles provenant de dizaines de pays.
→
Trouver des solutions concrètes de prévention
et de traitement du diabète, du cancer ou encore
de l’obésité en analysant des cohortes
de différents pays.Le SIB co-pilote un projet européen visant à partager librement et de manière harmonisée les données des séquençages génétiques du Sars-CoV-2 en provenance du monde entier. → Accroitre le volume de données disponibles pour la recherche mondiale en s’appuyant sur le modèle du Swiss SARS-CoV-2 data hub. Le SIB développe des bases de données et des outils utilisés par les chercheurs du monde entier: parmi cette vingtaine de ressources utilisées par près de 2,5 millions de personnes chaque mois, UniProt, STRING, Rhea et Cellosaurus bénéficient du label européen d’excellence “ELIXIR Core Data Resource”. → Accélérer la recherche et contribuer à la renommée internationale de l’expertise suisse.
Le SIB est un partenaire stratégique dans la réflexion sur la pérennité des infrastructures de recherche cruciales pour les sciences de la vie. L’institut a participé à la création de la Global Biodata Coalition, et continue de s’y impliquer; il est également membre de la Global Alliance For Genomics & Health (GA4GH) oeuvrant pour le partage des données génomiques. → Porter la voix de la Suisse dans la recherche de solutions sur les grandes problématiques qui touchent les infrastructures de recherche et la science des données biologiques et biomédicales.
Le SIB c’est tout cela et plus encore :
crédits . Illustration du décrytage: © Aurel Märki . Photos: © SIB Swiss Institute of Bioinformatics – photo : Nicolas Righetti |Lundi13 . Animation de la protéine: CC BY-SA 4.0 | SWISS-MODEL, SIB & University of Basel . Vidéos: CC BY 4.0 . Photos by Milad Fakurian on Unsplash . Photos by Arek Socha on Pixabay . Photos by Claude Rizzo on Unsplash . Photos by Arnold Francisca on Unsplash . Photos by The Public Health Image Library from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) on Unsplash . Photos by Aiwok on wikipedia . Photos by Vlada Karpovich on Pexels
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