COVID-19 - Ce que nous savons jusqu'à présent sur les origines zoonotiques - Public Health Ontario
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SYNOPSIS
Le 26 février 2020
COVID-19 – Ce que nous savons jusqu’à présent
sur… les origines zoonotiques
Introduction
La série de documents « Ce que nous savons jusqu’à présent sur… » vise à donner un aperçu des
rapports publiés et non publiés au sujet de nouveaux enjeux liés à la maladie à coronavirus 2019
(COVID-19). Ces rapports sont trouvés grâce à des recherches régulières dans la documentation publiée
et la littérature grise scientifique (p. ex., ProMED, CIDRAP, Johns Hopkins Situation Reports), ainsi que
dans les reportages des médias. Il est possible que d’autres renseignements ne soient pas inclus dans le
présent document. Comme l’épidémie de COVID-19 évolue rapidement, cette information est à jour à la
date de la rédaction des documents.
Éléments clés
Les analyses génomiques et phylogénétiques des séquences du virus de la COVID-19 montrent
une grande similitude avec les coronavirus de type SRAS des chauves-souris, ce qui suggère que
les chauves-souris pourraient être le réservoir animal d’origine.
Certaines données génomiques suggèrent que les pangolins pourraient être des hôtes
intermédiaires. Toutefois, des études supplémentaires sont nécessaires.
Contexte
Les infections zoonotiques (également appelées « zoonoses ») sont des infections transmises des
animaux aux humains. Ces transmissions ont conduit à l’émergence de multiples maladies
infectieuses, dont tous les coronavirus connus qui infectent les humains.
On pense que le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) est un
coronavirus de chauve-souris qui a été transmis aux civettes de palmiers dans les marchés
alimentaires avant d’infecter les humains par la suite. On estime que cet événement zoonotique
(« débordement ») s’est produit quelques mois avant que la première infection humaine par le
SRAS-CoV ne soit signalée.
Le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) est issu également de
multiples coronavirus de chauve-souris au Moyen-Orient et en Afrique, qui ont ensuite été
transmis à des dromadaires comme réservoir intermédiaire à partir duquel les humains ont été
infectés par la suite. Cette contagion a pu se produire vers 2010 et l’infection par le MERS-CoV
chez l’humain a été identifiée pour la première fois en 2012.
Les coronavirus saisonniers, qui provoquent des maladies respiratoires bénignes chez l’humain,
sont également d’origine animale. Les coronavirus humains (HCoV)-NL63 et HCoV-229E sont
COVID-19 - Ce que nous savons jusqu’à présent sur… les origines zoonotiquespeut-être originaires des chauves-souris et on suppose que les HCoV-OC43 et HCoV-HKU1 sont
peut-être originaires des rongeurs.
Le du virus de la COVID-19 est un autre coronavirus probablement issu d’une réaction en chaîne.
Les chauves-souris à l’origine du virus précurseur
non humain
En utilisant le séquençage du génome entier et l’analyse phylogénétique, trois études ont
indépendamment identifié une similarité de séquence d’environ 96 % entre le virus de la COVID-
19 et une souche de coronavirus de chauve-souris (RaTG13, isolée d’une chauve-souris
Rhinolophus affinis dans la province du Yunnan en 2013), ce qui suggère fortement une origine
ancestrale de chauve-souris.
Adaptation du virus de la COVID-19 aux hôtes humains
Plusieurs études montrent que la protéine Spike du virus de la COVID-19 peut se lier au
récepteur humain de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (récepteur ACE2). Il s’agit du
même récepteur utilisé par le SRAS-CoV et qui est présent dans le tractus respiratoire et gastro-
intestinal humain.
Bien que similaire aux coronavirus de chauve-souris qui n’infectent pas les humains, la protéine
Spike du virus de la COVID-19 en diffère sur des aspects essentiels, notamment : i) un domaine
de liaison au récepteur (c’est-à-dire la partie de la protéine Spike qui se lie aux cellules hôtes)
qui peut optimiser la liaison du virus au récepteur ACE2 humain;
ii) un site de clivage unique qui peut améliorer la fusion des cellules (une étape importante de
l’entrée du virus dans les cellules humaines).
Rôle des hôtes intermédiaires
Un document d’information traite d’une analyse non publiée d’un ensemble de données de
métagénome (c’est-à-dire un ensemble de données portant sur des génomes de diverses
espèces de coronavirus) qui a identifié une souche de coronavirus du pangolin présentant une
séquence semblable à environ 99 % à celle du virus de la COVID-19.
Deux études qui n’ont pas été examinées par des pairs ont trouvé une similarité de séquence
variant de 85,5 à 92,4 % entre le virus de la COVID-19 et les souches de coronavirus trouvées
dans le pangolin Manis javanica (un mammifère fourmilier écailleux). Bien que ce niveau
d’homologie (similarité) soit inférieur à celui de la souche de chauve-souris RaTG13, les souches
du pangolin partagent les mêmes résidus de liaison clés que le virus de la COVID-19, qui
joueraient un rôle important dans l’infection humaine.
L’analyse en laboratoire et la modélisation structurelle de la protéine Spike du virus de la COVID-
19 suggèrent que celle-ci peut se lier au récepteur ACE2 chez un groupe diversifié d’animaux
(porcs, furets, chats, primates non humains, civettes, chauves-souris). Si c’est le cas, cela signifie
qu’il existe d’autres hôtes intermédiaires possibles.
Une étude émettant l’hypothèse que les serpents seraient des hôtes intermédiaires potentiels a
été réfutée par la suite à l’aide d’une analyse plus approfondie.
D’autres études sont nécessaires afin de déterminer si les pangolins ou d’autres animaux
servent d’hôte intermédiaire. Lieu et moment de transfert des zoonoses
COVID-19 - Ce que nous savons jusqu’à présent sur… les origines zoonotiques 2 L’émergence du virus de la COVID-19 est liée sur les plans temporel et épidémiologique au
marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, dans la province de Hubei, en Chine. Ce
marché est l’un des plus grands marchés de fruits de mer de Chine centrale, mais on y vendrait
également des animaux sauvages, notamment des grenouilles, des serpents et des hérissons,
ainsi qu’une variété d’autres espèces. On ne sait pas si des pangolins y étaient vendus, car il
s’agit d’animaux braconnés illégalement et faisant l’objet d’un trafic.
Selon un communiqué de presse, le Centre chinois pour le contrôle et la prévention des
maladies a isolé le virus de la COVID-19 dans 5,6 % (33/585) des échantillons environnementaux
prélevés dans le marché de gros de fruits de mer de Huanan, la majorité des échantillons positifs
ayant été prélevés dans la zone où se concentre le commerce des espèces sauvages. Cela est
cohérent avec l’observation que ce milieu d’exposition a été couramment signalé dans les
premiers cas d’infection à la COVID-19.
À l’heure actuelle, on ne sait pas si le transfert zoonotique s’est produit au marché. Sur les 47
patients diagnostiqués avant la fermeture du marché à Wuhan, 17 cas (dont le premier cas avec
apparition des symptômes le 1er décembre 2019) n’avaient pas d’antécédents d’exposition au
marché, ce qui soulève des questions sur la possibilité d’une transmission indépendante du
marché.
Le moment de l’apparition de l’ancêtre commun le plus récent, qui peut être utilisé pour
déduire l’émergence du virus de la COVID-19, est estimée entre le 28 septembre 2019 et le
21 décembre 2019.
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COVID-19 - Ce que nous savons jusqu’à présent sur… les origines zoonotiques 6Modèle proposé pour citer le document Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (Santé publique Ontario). « Ce que nous savons jusqu’à présent sur… les origines zoonotiques ». Toronto, ON. Imprimeur de la Reine pour l’Ontario, 2020. Avis de non-responsabilité Santé publique Ontario (SPO) a conçu le présent document. SPO offre des conseils scientifiques et techniques au gouvernement, aux agences de santé publique et aux fournisseurs de soins de santé de l’Ontario. Les travaux de SPO s’appuient sur les meilleures données probantes disponibles au moment de leur publication. L’application et l’utilisation du présent document relèvent de la responsabilité des utilisateurs. SPO n’assume aucune responsabilité relativement aux conséquences de l’application ou de l’utilisation du document par quiconque. Le présent document peut être reproduit sans permission à des fins non commerciales seulement, sous réserve d’une mention appropriée de Santé publique Ontario. Aucun changement ni aucune modification ne peuvent être apportés à ce document sans la permission écrite explicite de Santé publique Ontario. Santé publique Ontario Santé publique Ontario est une société d’État vouée à la protection et à la promotion de la santé de l’ensemble de la population ontarienne, ainsi qu’à la réduction des iniquités en matière de santé. Santé publique Ontario met les connaissances et les renseignements scientifiques les plus pointus du monde entier à la portée des professionnels de la santé publique, des travailleurs de la santé de première ligne et des chercheurs. Pour obtenir plus de renseignements au sujet de SPO, veuillez consulter santepubliqueontario.ca. COVID-19 - Ce que nous savons jusqu’à présent sur… les origines zoonotiques 7
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