EPIDÉMIOLOGIE COVID-19 - (DÉTERMINANTS DE L'INFECTION PAR SARS-COV-2) FABRICE CARRAT - SYNERGIE ET ...
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Epidémiologie COVID-19 (déterminants de l’infection par SARS-CoV-2) Fabrice Carrat Institut Pierre-Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, Sorbonne Université et Inserm, Département de santé publique, Hôpital Saint-Antoine, APHP, Paris, France
Déterminants de la transmission interhumaine
d'un agent pathogène Climat, saisonnalité
Cadre de vie et de travail
Facteurs sociaux
Politique de santé publique
Facteurs environnementaux
Agent pathogène Exposition - transmission Hôte
Transmissibilité Voies de transmission Susceptibilité
Pathogénicité Comportement, perception des risques Réponse à l'infection
F Carrat. IPLESP. 2021
Résistance Mobilité et contacts sociaux Fragilité
Mesures préventives
Déterminants de la transmission interhumaine
d'un agent pathogène Climat, saisonnalité
Cadre de vie et de travail
Facteurs sociaux, ex: profession
Politique de santé publique
Facteurs environnementaux
Facteurs de risque
individuels
de l'infection par
le SARS-CoV-2,
par exemple, l'âge
Agent pathogène Exposition - transmission Hôte
Transmissibilité Voies de transmission Susceptibilité, ex: vaccination
Pathogénicité Comportement, perception des risques Réponse à l'infection F Carrat. IPLESP. 2021
Résistance Mobilité et contacts sociaux Fragilité
Mesures préventives
Types d'études pour explorer les déterminants (facteurs de risque) de l'infection par le SARS-CoV-2 • Investigation d’épidémies • Études sur la transmission au sein des foyers • Enquêtes sérologiques • Études de cas-témoins et de cohortes • Essai randomisé (chimioprévention, vaccin, mesures préventives - masques-hygiène,..., stratégies de distanciation sociale,...)
Facteurs de risque identifiés par des enquêtes
sérologiques
• Un âge plus jeune (chez les adultes)
• Ethnicité non-blanche
• Statut socio-économique inférieur Risque accru
• Exposition professionnelle (HCW)
• Densité de population plus élevée
(Stringhini S, et al. Lancet 2020 ; https://www.ukbiobank.ac.uk/.../covid-19-hub ;
Gudbjartsson DF et al. N Engl J Med 2020 ; Pollan M et al. Lancet 2020 ; Ward H et
al. medRxiv, 2020 ; Vena A et al. J Clin Med 2020 ; Herzog S et al. medRxiv, 2020 ;
Xu X et al. Nat Med 2020 ; Siveura MF et al. Nat Med 2020 ; Havers FP et al. JAMA
Intern Med 2020 ; Sood N et al. JAMA 2020 ; ....)
Etudes SAPRIS et SAPRIS-SERO
• Appréhender les principaux enjeux épidémiologiques, sociaux et
comportementaux de l’épidémie de SARS-CoV2 et de contribuer à
l’évaluation de l’impact des mesures prises pour la combattre.
• Objectifs (sélection)
• Estimer l’incidence cumulée de l’infection en population générale, et
caractériser la fraction « immune » de la population
• Etudier les facteurs de risque d’infection
Dispositif mis en place
• Participants recrutés dans 4 grandes cohortes généralistes totalisant
environ 450 000 participants, dont plus de 200 000 sont suivis par
internet
• Existence de bio-banques pré-épidémiques (100 000 sujets)
7
Inclusion / suivi
• 4 questionnaires : Q1 (avril 20), Q2 (mai 20), Q3 (juin 21), Q4 (juin 22)
• 3 prélèvements sur 4 campagnes :
• initial P1a : 18 000 volontaires sollicités en mai-juin 2020 dans 3 régions
• initial P1b : 80 000 volontaires sollicités en juillet-septembre 2020 dans
toutes les régions
• suivi P2 : 22 500 volontaires en juillet-septembre 2021. dont 6000
contacts familiaux
• suivi P3 : 22 500 volontaires en mai-juillet 2022
8
Sérologie sur buvard
• Prélèvement sang capillaire sur buvard: organisé avec le soutien de
Santé Publique France
• Centralisation: au CEPH (fondation Jean Dausset) – « punchage »
• Analyse: Unité des virus émergents, (UMR IRD 190, Inserm 1207,
Xavier de Lamballerie)
9
Analyse SAPRIS-SERO
• ELISA IgG Spike (tous) et séroneutralisation et ELISA IgG NP sur tous
les échantillons ≥0.7 DO en IgG S
.0 .7 .8 1.1
ELISA S (IgG EuroImmun®) ELISA-S- uncertain ELISA S+
Seroneutralisation < 40 (SN-) uncertain ≥ 40 (SN+)
.0 .8 1.1
uncert
ELISA NP (IgG EuroImmun®) ELISA NP- ain ELISA NP+
10Supplementary Box S1 Figure 1. Details of serological results. 14 628
Bilan : 139 253 participants, 88 232 sérologies
QUESTIONNAIRES 1 OU 2
53 288 36 247 43 445 6 193
BUVARDS EXPLOITABLES POUR LA SÉROLOGIE
2 675 enfants
35 904 22 049 24 929
2 674 parents
12Résultats de la sérologie adulte
Estimations de la séroprévalence chez les adultes après la
première vague pandémique : 5,1% (4,9% ; 5,4%) - SAPRIS-
SERO (estimations post-stratifiées par âge et par sexe)
Séroprévalence par âge Séroprévalence par région et symptômes de
COVID-19 en mars-mai 2020
Haut
Faible
Séroprévalence COVID-19 clinique
par région par région
14Relation en forme de U entre l'âge Diminution significative au fil du temps
et la positivité à ELISA-NP et SN chez de la positivité de l'ELISA-NP et du SN
les participants positifs à ELISA-S chez les participants positifs à l'ELISA-S
ELISA-NP+ SN+
B. Participants ELISA-S+ C. Participants ELISA-S+
80,0% 60,0%
70,0%
50,0%
60,0%
40,0%
50,0%
40,0% 30,0%
30,0%
20,0%
20,0%
10,0%
10,0%
0,0% 0,0%
20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80+ Mai Jun Juillet Août Sep
Groupe d'âge Mois (2020)
15Figure 2.
Résultats sérologiques chez les participants positifs au test ELISA-S en
fonction des symptômes signalés lors de la première vague de la pandémie
de SARS-CoV-2. SN 10 20 40 80 160
(en cours de révision)
16Facteurs associés à une sérologie positive
(analyse multivariable)
Facteurs associés à une sérologie positive - SAPRIS-Sero
2,5 Région Âge Sexe Enfant Prof Fumeur
à la Santé
2 maison
Risque .
Augmentation de
1,5
1
Risque
Diminué 0,5
0Sérologie de suivi
• Questions détaillées sur la vaccination, les symptômes, les diagnostics par
RT-PCR
• Prévu : juin 2021 & juin 2022
• 5000 participants avec un ELISA-S1 > 0,7 au premier échantillon ou un PCR+ ou
SN>40
• 11000 participants avec un ELISA-S1Pour étudier
• Persistance des anticorps chez les participants positifs après
la première vague pandémique
• Le risque d'infection (sujet négatif devenant positif) lors de
la deuxième vague ou le risque de réinfection (GMT x2).
• Réponse sérologique après la vaccination et sa durabilité.
• Transmission intra-ménage et communautaire (dans l'étude
des personnes vivant dans le même ménage) – en cours
19Risque d’infection (RT-PCR +) selon titre
neutralisant à l’issue de la première vague
Jours depuis la sérologie initialeSérologie de suivi selon suivi PCR / histoire vaccinale
et sérologie initiale
Group
No Vacc n=507
No Infec. n=1259 Baseline ELISA PVaccination et sérologie de suivi (2 vaccins >14jrs, n=2792)
Délai entre sérologie et date
Age de la seconde injection
Schéma vaccinal
n=239 n=37
n=721
n=174
n=28
n=288 n=729
n=141 n=434
n=886 n=633
n=251
n=898
n=2133 n=709
n=75ComCor: A study of sociodemographic characteristics, behaviours
and habits associated with SARS-CoV-2 infection in France
Arnaud Fontanet
Institut Pasteur & CnamStudy design
Cases
• Caisse Nationale d’Assurance Maladie (CNAM) receives notification of all cases of SARS-CoV-2 infection in
France.
• CNAM sends an email to all individuals inviting them to participate in the study.
• Cases complete informed consent and questionnaire online (participation rate: 8%).
Controls
• IPSOS is a market research and public opinion company which maintains a panel that is representative of the
French population.
• IPSOS selects controls at regular intervals from the panel using frequency-matching with cases on:
• age (18-28, 29-58, 59+ years),
• sex,
• region of residence,
• population density,
• time period
• Controls complete informed consent and similar online questionnaire as cases (participation rate: 10%).Cas nationaux
Recruitment:
187 000 cases:
• 155 000 non HCW
• 32 000 HCW
Cas ComCor 9 500 controlsChildren attending daycare centre or school
October - November 2020
2,5 8700 cas
4351 controls
2
1,92
1,5
1,31 1,27 1,3
1,18
1
0,87
0,5
0
Daycare Childminder Kindergarten Primary Middle High school
centre school school (Galmiche et al, Lancet RHE, 2021)Work-related activities & travel
October – November 2020
2,5
2
1,5 1,55
1,15
1
0,76
0,65
0,5
0
Partial teleworking Complete Professional Travel abroad
teleworking meeting
(Galmiche et al, Lancet RHE, 2021)Gatherings, transports & sport
October – November 2020
2,5
2 1,95
1,5 1,57
1,47
1,36
1 1,08
0,83 0,96 0,83
0,66
0,5
0
(Galmiche et al, Lancet RHE, 2021)Children attending daycare centre or school
Comparison across original virus and variants
February - April 2021
8521 cas 29312 cas 2501 cas
Original virus B.1.1.7 B.1.351
Feb-April 2021 Feb-April 2021 Feb-April 2021
2,5 2,5 2,5
2 2 2
1,77 1,84
1,62
1,5 1,5 1,5
1,33
1,23 1,19 1,21 1,2
1,12 1,13 1,14 1,07 1,14 1,16 1,12 1,13
1 1,03 1 1
0,97
0,5 0,5 0,5
0 0 0
Daycare Childminder Kindergarten Primary Midlde school High school Daycare Childminder Kindergarten Primary Midlde school High school Daycare Childminder Kindergarten Primary Midlde school High schoolProtection against COVID-19 (in %)
February-April 2021
100
90 88 88
84 86
83 83
80
76 77
74
70
60
50
40
30
20 Original B.1.1.7 B.1.351
10 virus
0
Past Past Vaccine 2 Past Past Vaccine 2 Past Past Vaccine 2
infection infection doses infection infection doses infection infection doses
>6m 2-6 m mRNA >6m 2-6 m mRNA >6m 2-6 m mRNA
(Charmet et al, Lancet RHE, 2021)Conclusion • Indoor places where masks cannot be worn systematically were associated with increased risk of infection • Having a child attending a daycare centre or school was associated with increased risk of infection • Places and circumstances of transmission were identical across variants • Two doses mRNA vaccines were associated with 88% (81-92), 86% (81-90), and 77% (63-86) protection against the original virus, alpha and beta variants symptomatic infections, respectively
Limitations of the study
• Selection bias in cases and controls due to requirement to complete
online questionnaire
• Young, female, educated, health conscious: associations may still be the same
• Information bias derived from self-reported behaviours and activities
• Answers may reflect public health advice, rather than true behaviours and
activities
• Confounding: protection associated with teleworking is not the same
as protection associated with taking the bus
Despite these limitations, the results are in many ways in line with
published scientific literature on SARS-CoV-2 infectionEn conclusion • Âge -> hôte (enfants vs adultes) & exposition/transmission • (Genre -> hôte & exposition/transmission) • Taille du ménage, Vivre avec au moins un enfant -> exposition/transmission • Fumer -> hôte (Susceptibilité) • Ethnicité-> hôte ( ?) & exposition/transmission • Statut socio-économique, densité de population, professions -> exposition/transmission • Réunions et lieux où le respect de la distance physique, le port du masque et une ventilation adéquate sont difficiles à maintenir -> exposition/transmission
Acknowledgements
In collaboration with:
Simon Galmiche
Tiffany Charmet
Laura Schaeffer
National health insurance agency National public health agency Market research company
Juliette Paireau
Rebecca Grant
Olivia Chény Carole Blanc Alexandra Septfons Omar Faïza
Cassandre van Platen Annika Dinis Alexandra Mailles David Christophe
Arnaud Fontanet Sophie Martin Daniel Levy-BruhlMERCI AUX PARTICIPANTS DES COHORTES !
The SAPRIS/SAPRIS-SERO study group
Nathalie Bajos (co-Principal investigator), Fabrice Carrat (co-Principal investigator), Pierre-Yves Ancel, Marie-Aline Charles, Florence Jusot, Claude
Martin, Laurence Meyer, Ariane Pailhé, Gianluca Severi, Alexis Spire, Mathilde Touvier, Marie Zins (SAPRIS questionnaires).
Fabrice Carrat (Principal investigator), Pierre-Yves Ancel, Marie-Aline Charles, Gianluca Severi, Mathilde Touvier, Marie Zins (Scientific co-coordinators
of SAPRIS-SERO)
Sofiane Kab, Adeline Renuy, Stephane Le-Got, Celine Ribet, Emmanuel Wiernik, Marcel Goldberg, Marie Zins (Constances cohort),
Fanny Artaud, Pascale Gerbouin-Rérolle, Mélody Enguix, Camille Laplanche, Roselyn Gomes-Rima, Lyan Hoang, Emmanuelle Correia, Alpha Amadou
Barry, Nadège Senina, Gianluca Severi (E3N-E4N cohort)
Julien Allegre, Fabien Szabo de Edelenyi, Nathalie Druesne-Pecollo, Younes Esseddik, Serge Hercberg, Mathilde Touvier (NutriNet-Santé cohort)
Marie-Aline Charles, Pierre-Yves Ancel, Valérie Benhammou, Anass Ritmi, Laetitia Marchand, Cecile Zaros, Elodie Lordmi, Adriana Candea, Sophie de
Visme, Thierry Simeon, Xavier Thierry, Bertrand Geay, Marie-Noelle Dufourg, Karen Milcent (Epipage2 and Elfe child cohorts)
Céline Dorival, Clovis Lusivika-Nzinga, Gregory Pannetier, Nathanael Lapidus, Isabelle Goderel, Jérôme Nicol, Olivier Robineau, Fabrice Carrat (IPLESP –
methodology and coordinating data center)
Delphine Rahib, Nathalie Lydié (Santé Publique France)
Cindy Lai, Hélène Esperou, Liza Belhadji, Sandrine Couffin-Cadiergues, Frédérique Lesaulnier (Inserm)
Jean-Marie Gagliolo, Rémy Slama (Institut de Santé Publique)
Hélène Blanché, Jean-Marc Sébaoun, Jean-Christophe Beaudoin, Laetitia Gressin, Valérie Morel, Ouissam Ouili, Jean-François Deleuze (CEPH-Biobank)
Laetitia Ninove, Stéphane Priet, Paola Mariela Saba Villarroel, Toscane Fourié, Souand Mohamed Ali, Abdenour Amroun, Morgan Seston, Nazli Ayhan,
Boris Pastorino, Xavier de Lamballerie (Unité des Virus Emergents)
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