NOTRE OFFRE 2018 DE SERVICES ET DE R&D - Le partenaire de vos projets de recherche en santé à Nantes - Université ...
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NOTRE OFFRE 2018
DE SERVICES ET DE R&D
Le partenaire
de vos projets de
recherche en santé
à Nantes
UNE PORTE D’ENTRÉE UNIQUE POUR VOS
PROJETS EN SANTÉ
La SFR-Santé François Bonamy
UN FED 4203/UMS Inserm 016/CNRS 3556/CHU Nantes
ü coordonne les activités de 19 plates-formes de R&D à Nantes
ü accompagne vos projets des phases in vitro aux développements
précliniques et cliniques
+ 200 équipements
143 ingénieurs-techniciens
+ 40 publications/an
4 brevets + 2 licences
7 labellisations IBiSA
NOS DOMAINES D’APPLICATIONS
IMMUNOBIOTHÉRAPIES MÉDECINE RÉGÉNÉRATRICE
CANCER, TRANSPLANTATION BIOTHÉRAPIES, BIOMATÉRIAUX
+
RADIOPHARMACEUTIQUES MÉDECINE PERSONNALISÉE
MÉDECINE
MÉDECINE NUCLÉAIRE,
NUCLÉAIRE, GÉNÉTIQUE, BIOINFORMATIQUE
RAYONNEMENTS
RAYONNEMENTS IONISANTS
IONISANTS BIOMARQUEURS, ÉPIDÉMIOLOGIE
NOTRE OFFRE TECHNOLOGIQUE
MODÈLES CELLULAIRES ET GÉNIQUES
Cellules souches • Collection d’échantillons • Génie-génétique • Vecteurs viraux
précliniques et cliniques
ANALYSES IN VITRO, IMAGERIE CELLULAIRE & TISSULAIRE
Cytométrie • Tri cellulaire • Radiomarquage • Microscopie à fluorescence et
électronique • Histologie
MODÈLES IN VIVO ET EXPÉRIMENTATION (PRÉ)CLINIQUE
Animaleries rongeurs et grands animaux • Transgénèse • Radio-immunothérapie •
Exploration fonctionnelle sur le petit animal • Immuno-monitorage clinique
ANALYSES–OMIQUES, PURIFICATION & CRIBLAGE
Génomique • Protéomique fonctionnelle • Lipidomique et Biomarqueurs •
Bio-informatique • Production & Purification de protéines et peptides
QUELQUES EXEMPLES DE PROJETS
Caractérisation de Lymphocytes B
IMMUNOBIOTHÉRAPIES régulateurs dans l’asthme
MÉDECINE Du développement embryonnaire à la
RÉGÉNÉRATRICE régénération du disque intervertébral
MÉDECINE Mécanismes physiopathologiques d’une
PERSONNALISÉE
+
maladie cardiovasculaire héréditaire
S
RADIOPHARMACEUTIQUE Caractérisation de radio-pharmaceutiques
ciblant le cancer de la prostate
DES ÉQUIPEMENTS ET DES COMPÉTENCES
Liste non exhaustive
Microscopie à fluorescence et histologie
2 microscopes confocaux
1 microscope super-résolution
1 vidéomicroscope
1 scanner de lames
Microscopie électronique
et microtomographie
Génomique Protéomique fonctionnelle
2 séquenceurs haut-débit (NGS) 3 SPR
1 station de génotypage et profilage 1 microcalorimètre
d'expression 1 spotteur
2 scanners de microarray 1 scanner puces à protéines
3 analyseurs biophysiques
1 lecteur label free et α-screen
Spectrométrie de masse
Cytométrie
3 GC-MS & 1 GC-C-IRMS
4 analyseurs multiparamétriques
1 UPLC-MS/MS & 1 UPLC-HRMS
1 analyseur avec passeur de plaques haut-débit
1 trieurs jet-in-air Influx
Cellules souches 1 trieur FACS ARIA III
1 cytomètre imageur ISX
NOTRE RÉSEAU DE PLATES-FORMES
iPSC GenoCellEdit CPV DTC UTCG CRB
Modèles cellulaires Cellules
Edition à Production Transfert Collections
et géniques souches Thérapie
façon du de vecteurs clinique de d’échantillons
pluripotentes Cellulaire
génome viraux Biothérapies humains
induites
Cytocell MicroPICell SC3M
Analyses in vitro, Histologie Histologie
Imagerie cellulaire & Cytométrie
- - MET & MEB
tissulaire Microscopie à Micro- Radioactivité
Tri cellulaire
fluorescence tomographie Radiochimie
Radiobiologie
Therassay CIMNA TRIP Exp. in vivo UTE LGA
Modèles in vivo Exploration
et expérimentation Immuno- Animalerie
fonctionnelle Transgénèse Animalerie
monitorage grands
(pré)clinique sur le petit rat Rongeurs
clinique animaux
animal
GenoBiRD IMPACT Spec. Masse P2R
Analyses–omiques, Protéines
Génomique Biomarqueurs
purification & criblage &
Protéomique
- recombinantes
fonctionnelle Production
Bioinfo. Lipidomique
Purification
NOUS CONTACTER
facilities-sfr@univ-nantes.fr
Structure Fédérative de
Recherche en santé
François Bonamy
Institut de Recherche en Santé
de l'Université de Nantes
(IRS-UN)
8, quai Moncousu
BP 70721
44007 Nantes Cedex 01
www.sfrsante.univ-nantes.fr
MODÈLES CELLULAIRES ET GÉNIQUES
NOTRE OFFRE
Vous recherchez des échantillons biologiques, des vecteurs de thérapie génique, des outils
d’édition du génome ou des cellules souches ?
CELLULES SOUCHES & THÉRAPIE
CELLULAIRE
Culture et cryoconservation de cellules
souches pluripotentes humaines et
GÉNIE GÉNÉTIQUE & VECTORISATION animales
Reprogrammation de cellules adultes en
Production de vecteurs viraux de grade
cellules souches pluripotentes
préclinique (qualité recherche) et
clinique Différenciation in vitro des cellules souches
RESSOURCES BIOLOGIQUES en cellules spécialisées (cœur, foie, …)
Conseil (design, utilisation) sur le choix
des vecteurs viraux Transfert à la clinique de protocoles de
Collections d’échantillons production cellulaire issus de la recherche
biologiques humains Conseil sur la stratégie CrispR expérimentale
Type de Cas9, vecteurs, sgRNA, protocoles
sérum, plasma, cellule, urine… Délivrance de produits de biothérapie
cellulaire conformes aux plus hauts
Design, validation fonctionnelle in silico et
standards de qualité, de sécurité et de
construction de sgRNA et ADN donneur
traçabilité
ANALYSES IN VITRO, IMAGERIE CELLULAIRE ET TISSULAIRE
NOTRE OFFRE
Vous souhaitez cribler des molécules et Vous avez besoin de technologies
observer l’expression de biomarqueurs ? d’imagerie cellulaire ou d’histologie ?
PURIFICATION ET CARACTÉRISATION IMAGERIE CELLULAIRE & TISSULAIRE
DE POPULATIONS CELLULAIRES PAR (HISTOLOGIE)
CYTOMÉTRIE
Analyse simultanée de l’expression de biomarqueurs
Tri cellulaire (Tissue Micro Array)
Imagerie en cytométrie Coloration, immunomarquage, hybridation in situ
Détection de molécules membranaires, Création de lames virtuelles de tissus
intracellulaires et intranucléaires Analyse de tissus en 3D
Détection, tri et phénotypage de LT par Analyse intracellulaire de tissus vivants en
tétramères CMH/peptide microscopie électronique
Etude de l'apoptose, du cycle cellulaire et Observation de la structure de biomatériaux ou de
de la prolifération cellulaire tissus calcifiés par MEB
Dosage multiplex de cytokines et Criblage de processus biologiques (High Content
phospho-protéines Screening)
Microscopie à fluorescenceMODÈLES IN VIVO ET EXPÉRIMENTATION (PRÉ)CLINIQUE
NOTRE OFFRE
Vous souhaitez étudier des modèles Vous avez besoin d’identifier l’activité biologique
de pathologies ou des voies de d’extraits de plantes, de composés
signalisation ? pharmaceutiques ou nutritionnels ?
EXPLORATION FONCTIONNELLE IN VIVO,
MODÈLES ANIMAUX DE PATHOLOGIE EX VIVO, IN VITRO
HUMAINE Fonctions cardio-vasculaire,
métabolique, digestive et musculaire
Modèles précliniques de grands animaux
d’allo- et de xéno-transplantation, Allergie
chirurgie expérimentale Analyse du comportement
Modèles murins de pathologie humaine Radiopharmaceutique
Développement de rats transgéniques IMMUNOMONITORAGE
(microinjection, lentivirus) et de rats KO et
KI (CRISPR) Techniques d’analyse des réponses
immunes
Hébergement de souris et rats en secteurs Immunophénotypage
de confinement A1 et élevage de souris
Dosage multiplex de cytokines et
phospho-protéinesANALYSES –OMIQUES, PURIFICATION & CRIBLAGE
NOTRE OFFRE
Vous avez des projets de séquençage, de Vous avez besoin d’une étude globale
génotypage ou d'analyse d'expression des des interactions biomoléculaires ?
génomes ?
PROTÉOMIQUE FONCTIONNELLE
Recherche de biomarqueurs
Profils d’expression protéiques, de SPECTROMÉTRIE DE MASSE
phosphorylation, de signalisation ou
d’interaction Matrices biologiques
GÉNOMIQUE & BIO-INFORMATIQUE
Recherche de nouveaux agents thérapeutiques Profils d’expressions de lipides,
potentiels
Séquençage de génomes/exomes, lipoprotéines et métabolites
produits de PCR, détection de Structure-Activity Relationship
Analyses quantitatives ciblées de
variants génétiques Détermination des paramètres d’interaction lipides, acides aminés, protéines,
Transcriptomique : puces à ADN, Affinité, Kin, Koff, stœchiométrie, … xénobiotiques...
RNA-seq, DGE-Seq Analyses cinétiques
Génotypage haut-débit Analyses structurales et élémentaires
Mise à disposition de ressources de PROTEINES RECOMBINANTES
Mesures de masses exactes
calcul et de stockage (cluster,
Développement de systèmes de
cloud), traitement et analyse de
production procaryotes ou eucaryotes.
données « omiques »
Purification de la protéine d'intérêt
Production de CMH/peptide humains ou
murinsCARACTÉRISATION DE LYMPHOCYTES B RÉGULATEURS DANS L’ASTHME
EXEMPLE
1. UTE Purification des
2. Cytocell
Lymphocytes B
Modèle sain Tri des LB
totaux
de souris IL10+ vs IL10-
7. CRB
Echantillons de patients asthmatiques
plasma, PBMC, expectorations
Absence de lymphocyte B 3. GenoBiRD
CD9 régulateur chez les patients
asthmatiques
Génomique comparative
lymphocyte B IL10+ vs IL10-
Biomarqueur spécifique
CD9 lymphocyte B régulateur
6. Therassay
Analyse de la fonction respiratoire
pléthysmographie, Flexivent
Retour d’une fonction pulmonaire 4. Cytocell
normale par rétablissement d’un Purification des lymphocytes CD9+
équilibre immunitaire favorable. Phénotypage (Récepteurs, Sous-type, …)
5. UTE
Injection des LB CD9+ dans un
modèle de souris asthmatiqueDU STADE EMBRYONNAIRE À LA RÉGÉNÉRATION DU DISQUE INTERVERTÉBRAL
EXEMPLE
1. CRB 2. UTE 3. SC3M
Biopsies de patients Modèle de souris Caractérisation en histologie
présentant une biomarqueurs, état des tissus,
dégénérescence progression de la dégénérescence
discale
A.
4. iPSC
Production et
10. Spec. Masse Caractérisation différenciation des
Profil protéomique de la maladie progéniteurs humains
Comprendre le
développement du disque
chez l’homme
C. B.
9. IMPACT
Thérapie
Interactions protéiques Perspectives
futures cellulaire 5. Cytocell
Comment activer le programme Purification par tri des
transcriptionnel de différenciation cellules régénératrices
en cellule du disque
du disque
8. GenoBiRD
6. SC3M/MicroPICell
Analyse single cell
7. GenoCellEdit Caractérisation de l’identité et
Marquage génétique des du comportement cellulaire
progéniteurs des iPSC différenciéesMÉCANISMES PHYSIOPATHOLOGIQUES D’UNE MALADIE CARDIOVASCULAIRE
EXEMPLE
+
1. iPSC
CRB Reprogrammation
Échantillons de sang cellulaire
et d’urine du patient
contrôles intrafamiliaux 2. GenoBiRD
Séquençage de l’ADN des
cellules reprogrammées pour
Etude de la famille vérifier la mutation du clone
d’un patient
présentant un QT
6. GenoCellEdit long et ayant subi
Correction de la mutation dans une mort subite 3. Cytocell
les cellules du patient Vérification de la
Création d’un modèle pluripotence des cellules
isogénique
mutation dans les cellules saines
4. MicroPICell
5. Therassay
Vérification de la structure des
Electrophysiologie
mesure de PA
cellules
cellules musculaires, présence des
Comprendre l’influence du sarcomères
médicament sur le profil
électriqueCARACTÉRISATION DE RADIO-PHARMACEUTIQUES CIBLANT UN CANCER
EXEMPLE
Cyclotron - Arronax
Radioactivité Production du radioélément
Fabrication de
vecteur radiomarqué
UTE CARACTÉRISATION DU VECTEUR
Modèle murin de cancer
de la prostate
sous-cutané et orthotopique
P2R
Production du vecteur
ETUDE IN VIVO DE BIODISTRIBUTION ET
PHARMACO-CINÉTIQUE IMPACT
Test d’affinité du vecteur
anticorps et dérivés
Cytocell MicroPICell
Tri des cellules Immunohistochimie des Spec. Masse
sanguines à froid organes d’intérêt à froid Analyse structurale du
vecteur
Radioactivité – Arronax+
Mesure de la radioactivité
sur coupeiPSC
CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES INDUITES
ü Plate-forme dédiée à la culture et aux techniques spécifiques des cellules souches CONTACT
pluripotentes (humaines et non humaines) et plus particulièrement à la
reprogrammation de cellules adultes en cellules souches pluripotentes induites 02 28 08 01 46
(iPSC).
laurent.david@univ-nantes.fr
ü Un outil de choix pour les approches de médecine régénératrice, de recherche de
nouveaux médicaments et l'étude de maladies génétiques.
MOTS-CLÉS
• Cellules souches pluripotentes
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Physiopathologie
• Reprogrammation à façon de cellules adultes Secteur dédié de culture • Modèle pour criblage
d'intérêt en cellules souches pluripotentes (iPSC) cellulaire [L2] pharmacologique
• Caractérisation de cellules souches Equipements de culture • Thérapie cellulaire
pluripotentes : caryotypes, recherche de cellulaire dédiés à la culture
marqueurs, capacités de différenciation, etc. des cellules souches
pluripotentes :
• Expertise sur les cellules souches pluripotentes :
étude de faisabilité, conseil, élaboration de • 3 PSM (Poste de Sécurité
plans expérimentaux, aide à la décision (choix Microbiologique)
technologique)
• 4 incubateurs dont 2
• Mise à disposition de cellules souches incubateurs trigaz
pluripotentes (PSC) humaines, murines et de rats permettant de placer les Laboratoires ass
cellules en hypoxie ociés
• Formation spécialisée de haut niveau aux
techniques de culture cellulaire de • 1 cryoconservateur -150°C
reprogrammation de cellules souches • CRTI - Centre de
pluripotentes (iPSC) • 2 microscopes inversés en TransplantatioRecherche
Immunologie n et
• 2 loupesGenoCellEdit
ÉDITION À FAÇON DU GÉNOME
ü Plate-forme promouvant l'édition à façon du génome des cellules, en particulier CONTACT
avec le système CRISPR.
ü Une solution complète, depuis le conseil dans la conception du projet jusqu'à la 02 40 08 74 10
vectorisation de l'outil, en passant par la formation technique. jean-marie.heslan@univ-nantes.fr
MOTS-CLÉS
• Thérapie génique
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • CRISP-R
• Design in silico de sgRNA ciblant un site • Parc d’équipements de • Transgénèse
génomique d'intérêt biologie moléculaire
• Parc d’équipements de
• Validation fonctionnelle in cellulo de sgRNA
biologie cellulaire
• Design du donneur ADN pour modifier à façon
le génome et sa détection
• Vectorisation : plasmides, ARN, vecteurs viraux
• Conseil sur la stratégie, le type de Cas9, les
vecteurs et leur utilisation Laboratoires ass
ociés
• CRTI - Centre de
Transplantation Recherche en
et ImmunologieCPV
PRODUCTION DE VECTEURS VIRAUX
ü Un service intégré de développement d’un vecteur viral « candidat médicament » CONTACT
depuis la preuve de concept jusqu’à la production de lots précliniques caractérisés
pour les études de toxicologie règlementaire. 02 28 08 04 33/40
ü Un service accompagné de l’expertise technique et réglementaire acquise depuis veronique.blouin@univ-nantes.fr
20 ans dans le domaine de la thérapie génique.
MOTS-CLÉS
• Vecteurs viraux/transfert de gènes/
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES virus adéno-associés/ adénovirus/
clonage plasmides/baculovirus
• Production de grade recherche de vecteurs • Production de vecteurs AAVr
viraux - Par transfection transitoire • Biothérapies innovantes
− Adénovirus-Associés (AAV) de sérotypes de 1 à 10rh de cellules HEK293 avec • Procédés compatibles BPF
et de nombreux variants des plasmides
− Adénovirus de sérotype 5 - Par infection de cellules • Développement de gènes
− Baculovirus recombinants (AcMNPV) d’insectes avec des médicaments
baculovirus recombinants
• Clonage moléculaire
Purification selon les besoins
• Immortalisation de cellules primaires - Gradient de densité (CsCl)
- Chromatographie par
• Développement des méthodes analytiques échange d’ions ou affinité
associées Laboratoires ass
- Filtration tangentielle (TFF) ociés
Une équipe R&D développe des procédés innovants de
production et purification ainsi que les méthodes • Contrôle Qualité
analytiques permettant de caractériser ces vecteurs
viraux. •
• Outils et méthodes Inserm UMR1089
L'utilisation de la technologie baculovirus/cellules analytiques de
d’insectes en suspension permet de répondre à des
besoins de fortes quantités de « vecteurs médicaments ».
caractérisation (quantité et
qualité) des vecteurs viraux
Les procédés de production et les contrôles qualité
développés sont directement transférables au sein d’un
établissement pharmaceutique.DTC
TRANSFERT CLINIQUE DE BIOTHÉRAPIES
ü Plate-forme Développement et Transfert à la Clinique CONTACT
ü Adapte les protocoles de thérapie cellulaire issus des laboratoires de recherche aux
contraintes d'une utilisation clinique. 02 28 08 02 37
marc.gregoire@nantes.inserm.fr
MOTS-CLÉS
• Thérapie cellulaire
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Transfert clinique
• Optimisation des protocoles élaborés en • Equipements de culture • Production cellulaire
recherche en les élevant à un niveau « grade cellulaire dédiés et qualifiés
clinique ». Pour cette activité, la plate-forme • Différenciation cellulaire
• Elutriation : centrifugation
travaille en collaboration avec l'unité de
production thérapeutique en charge de la permettant de faire un tri
production des cellules. spécifique des cellules sans
sensibiliser les récepteurs
membranaires
• Purification de cellules sanguines humaines • Système qualité de
(notamment monocytes et lymphocytes) dans traçabilité et de
les conditions les plus proches de la clinique afin standardisation suivant la
de faciliter un éventuel transfert dès la phase norme ISO 9001
Laboratoires ass
initiale d’un projet de recherche ociés
• CRCINA - Centre
• Production de cellules dendritiques et de en Cancérolog de Recherche
ie et Immunolog
macrophages par différenciation de monocytes Nantes Angers ie
humains • CIC biothérapies
BT 0503
L'ouverture de la plate-forme est proposée aux
équipes de recherche académiques.UTCG
UNITÉ DE THÉRAPIE CELLULAIRE ET GÉNIQUE
ü Unité dédiée à l’ingénierie cellulaire et plus particulièrement, à la production de CONTACT
cellules humaines manipulées ex vivo selon les Bonnes Pratiques de Fabrication
ou Good Manufacturing Practices (BPF-GMP) de produits de thérapies cellulaire et 02 40 08 31 18
génique destinés à être administrés à des patients dans le cadre d’une recherche
biomédicale, à la demande de promoteurs ou au titre de prises en charges brigitte.dreno@univ-nantes.fr
médicales de routine (contextes autologue et allogénique)
MOTS-CLÉS
• Thérapie cellulaire
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Thérapie génique
• Développement • Cryopréservation • Médicament de thérapie innovante
- Mise au point d’outils cellulaires • Banking
- Création de modèles d’étude et de dispositifs • Production GMP
de production • Clonage
• Transfert technologique • Tests fonctionnels
- Validation : stabilité PTC, transposition
d’échelle, MP grade clinique, QC
- Encadrement : e.g. dossier réglementaire,
• Optimisation
- Adaptation et amélioration de process :
rendement, efficacité, facilité, temps, Laboratoires ass
exigences réglementaires, … ociés
• Production
- Production de thérapie cellulaire
- Médicament de thérapie Innovante • CIC biothérapies
BT 0503
- Conditionnement vaccins
• Contrôle qualitéCRB
COLLECTIONS D’ÉCHANTILLONS HUMAINS
ü Centre de Ressources Biologiques CONTACT
ü Gère de manière professionnelle et règlementaire des collections d’échantillons
02 53 48 22 02
biologiques humains à visée de recherche, pour des équipes académiques ou des
laboratoires privés. crb@chu-nantes.fr
ü Structure hospitalière certifiée NF S96/900 (référentiel qualité Afnor pour les CRB).
MOTS-CLÉS
• Echantillons biologiques humains
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Données cliniques et biologiques
• Mise en place et gestion de bio-collections • Centrifugation • Bio-collections
• Réception de prélèvements frais ou • Gradient de ficoll • Cohortes
d’échantillons congelés • Extraction semi-automatique • Multi-thématique
de l’ADN
• Préparation d’échantillons de diverses natures : • Recherche en santé médicale
ADN, ARN, cellules mononucléées du sang, • Extraction d’ARN à partir de
liquide cérébrospinal, plasma, sérum, tubes PAXgene
splénocytes, urine, etc. • Spectrophotométrie
• Stockage organisé des échantillons et • Robot de distribution et de
localisation informatisée à l’unité normalisation
Laboratoires ass
• Conservation dans des congélateurs (-25°C ± • Logiciels pour la gestion des ociés
10°C et -80°C ± 15°C) ou dans des cuves d’azote collections, la traçabilité des • Unités d’investiga
tion clinique
liquide (CytoCell
CYTOMÉTRIE ET TRI CELLULAIRE
ü Plateforme proposant un ensemble de prestations axées autour de la cytométrie de CONTACT
flux multi-paramétrique, du tri cellulaire et de l’imagerie en cytométrie.
06 42 03 49 31 – 07 84 20 50 89
ü Permet de caractériser et séparer des populations de cellules, procaryotes comme
nadege.marec@univ-nantes.fr
eucaryotes, ou de particules (vésicules, nanoparticules, organites…) pour la nicolas.jouand@univ-nantes.fr
recherche fondamentale et/ou clinique.
MOTS-CLÉS
• Cytométrie en flux
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Cytométrie en image
• Immunophénotypage sur échantillons • 4 cytomètres analyseurs • Analyse multi-paramétrique
biologiques (jusqu’à 15 fluorochromes) : standard (2 lasers, 4 PMTs) :
expertise sur la création de panels comptage en valeur abs. • Tri cellulaire
multiparamétriques
• 4 cytomètres analyseurs
• Détection de molécules membranaires, multi-paramétriques (3/4
intracellulaires (cytokines, phosphoprotéines) et lasersMicroPICell
HISTOLOGIE – MICROSCOPIE À FLUORESCENCE
ü Plate-forme d’imagerie cellulaire et tissulaire in vitro CONTACT
ü Propose un accompagnement ou une prise en charge des projets de recherche 02 28 08 03 28
fondamentale et préclinique : histologie animale et végétale, caractérisation
fonctionnelle à l’échelle cellulaire et moléculaire par fluorescence, analyse d’image philippe.hulin@univ-nantes.fr
et modélisation.
MOTS-CLÉS
• Microscopie de pointe : imagerie
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES multidimensionnelle (temps, 3D,
multi spectral, super résolution)
• Préparation d’échantillons allant de l’inclusion, • Histologie : préparation,
congélation et coupe des échantillons jusqu’à numérisation et partage de • Criblage moyen et haut débit
la mise en œuvre de techniques de coloration lames
• Préparation avancée de tissus
et d’immuno-marquages • Criblage : microscopes et
• Traitement et analyse d’image
• Caractérisation de nouveaux matériaux analyses d’image automatisés
(quantum dots, microsphères etc..) et de tissus en environnement contrôlé
(incubation, impression de
animaux ou végétaux protéines)
• Mesures de changement d’environnement
• Localisation spatiale haute
localisée spatialement : hypoxie, ions, pH, résolution : microscopie de
calcium super résolution par illumination
• Phénotypes moléculaire et cellulaire : imagerie structurée, microscopie plein Laboratoires ass
multidimensionnelle et quantification par champ avec apotome pour ociés
champ large
analyse d’image
• Dynamique moléculaire et
• Prestations spécifiques : microfluidique, cellulaire vidéo « time lapse »,
déconvolution spectrale confocale, imagerie • SFR-Santé Franço
microscopie confocale rapide, is Bonamy
confocale à très haute résolution temporelle, mesures de temps de vie de
mesures de temps de vie de fluorescence, fluorescence, microfluidique
impression 3DSC3M
HISTOLOGIE – MET & MEB – MICROTOMOGRAPHIE – CATWALK
ü Plate-forme proposant un ensemble de techniques spécifiques pour l’analyse
d’organismes vivants ou de matériaux. CONTACT
ü Traite un très vaste panel d’échantillons allant de l’échelle macroscopique à
microscopique. 02 40 41 29 44/99
sc3m@univ-nantes.fr
ü Ces différentes technologies peuvent être employées de façon complémentaire ou
indépendamment les unes des autres.
MOTS-CLÉS
• Tissus squelettiques
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Histologie
• Plateau technique d’histologie spécialisé dans le • Histologie • MET
traitement des tissus durs et squelettiques - Tissus mous et calcifiés • MEB
- Analyse de ces tissus en microscopie - Inclusions en résine, en
paraffine et congélation • Microtomographie
photonique (hybridation in situ,
immunohistochimie, colorations) - Colorations spécifiques • Analyse 2D et 3D
- Immunohistologie et • Analyse quantifiée de la marche
• Plateau de microscopie électronique : hybridation in situ (rat, souris)
- Microtomographie et analyse d’images • MicroCT : microtomographie
intracellulaires de tissus vivants (MET), de la aux rayons X
topographie de surface et de l’homogénéité
chimique d’échantillons (MEB) • MEB : microscopie
- Analyse extérieure et intérieure d’un électronique à balayage
Laboratoires ass
échantillon en 3D (microtomographie, i.e. • EDX : microanalyse en ociés
micro-scanner) dispersion d’énergie
• Plateau technique « Catwalk » : • ME T: microscopie
- Analyse des troubles de la marche sur des électronique à transmission • Inserm UMR 1229
modèles de souris/rats : motricité, activité -Rm eS
spontanée, coordination motrice, • Analyse d’images
biomatériaux, dégénérescence liée à l’âge, • Catwalk : CW XT10,6,
molécules d’intérêt thérapeutique ImageJ, Prism5Plateau technique de radioactivité
RADIOCHIMIE – RADIOBIOLOGIE – EXPERIMENTATIONS IN VIVO
ü Plateau technique destiné à la recherche, à l’enseignement et ouvert aux CONTACT
entreprises.
02 28 08 04 90
ü Offre l’accès à 10 salles d’expérimentation permettant l'utilisation de radioactivité
dans des conditions de travail en conformité avec la réglementation et les principes scr@univ-nantes.fr
de radioprotection.
MOTS-CLÉS
• Produits radiopharmaceutiques
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Métabolisme
• Radiochimie et radiopharmacie : • Equipements spécifiques :
- Boite-à-gants (6) • Modèles animaux
radiomarquage, purification et analyse,
automatisation - Animalerie autonome • Imagerie
blindée
• Radiobiologie : biologie moléculaire, culture et - PSM Blindé (5 mm), PSM • Irradiation
pharmacologie cellulaire (normoxie et hypoxie), KSP12 double filtration
irradiation de cellules - Chambre à hypoxie
- HPLC, MS, HPTLC
• Modèles animaux : validation préclinique de - Microtome
radiopharmaceutiques, études de
biodistribution, protocoles de radio- • Détecteurs :
immunothérapie, études du métabolisme, - Compteur gamma (1)
irradiation, imagerie de tissus et petits animaux - Compteurs beta à Laboratoires ass
ociés
scintillation liquide (2)
• Missions liées à la réglementation : constitution et - Cyclone Plus et Image • CRCINA - Centre
en Cancérolog de Recherche
suivi du dossier d'autorisation, gestion des sources Eraser ie et Immunolog
Nantes Angers ie
et des déchets, contrôles périodiques - Activimètre
réglementaires, etc. - Compteur puits NaI • Cyclotron Arrona
x
- Détecteurs radioactivité • CHU Nantes
en flux continu (HPLC)
- Autoradiographe
numérique BeaverTherassay
EXPLORATION FONCTIONNELLE DU PETIT ANIMAL
ü Plate-forme d’exploration des fonctions et des pathologies sur le petit animal CONTACT
ü Accompagne des projets pour valider à un niveau préclinique de nouvelles cibles 02 28 08 00 81
d’intérêt thérapeutique, évaluer des effets thérapeutiques/protecteurs de molécules
d’intérêt, caractériser les effets fonctionnels d’un produit (action, cible, dose...) maud.chetiveaux@univ-nantes.fr
MOTS-CLÉS
• Modèles animaux
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Développement médicament
• Modèles animaux de pathologies (asthme, • Métabolisme : FPLC et • Nutrition santé
hypertension, diabète, motricité digestive…) cages métaboliques
• Criblage
• Etude des effets pharmacologiques et/ou • Vasculaire : artériographe,
nutritionnels de molécules sur : chambres hypoxiques, tail-
- l’homéostasie des glucides et des lipides cuff télémétrie
- la fonction vasculaire • Cardiaque : écho-doppler,
- la fonction respiratoire ECG
- la fonction digestive et son système nerveux
• Asthme et allergie :
• Etude de l’effet de molécules/extraits sur Flexivent, pléthysmographie
l’activité électrique ou contractile cardiaque
• Musculaire : actimètre, grip Laboratoires ass
• Etude de la fonction musculaire [e.g. analyse du test, rotarod, analyseur de ociés
comportement, tests de contraction, flux marche
calciques, tests d’anxiété/dépression] • Inserm UMR 1087
• Digestif : chambre de 6291-institut du /CNRS UMR
• Etude des effets toxiques, antitumoraux et thorax
ussing, endomicroscope •
immunomodulateurs de molécules et suivi de la confocal Inserm UMR 1235
-TENS
progression tumorale • Inserm UMR 1089
• Cancer : imageur
bioluminescent
• Criblage : LuminexCIMNA
IMMUNOMONITORAGE CLINIQUE
ü Centre d’ImmunoMonitorage Nantes-Atlantique
CONTACT
ü Des prestations techniques destinées à la recherche clinique et thérapeutique
02 40 08 42 88
ü Des techniques d’analyse des réponses immunes dans le cadre de pathologies ou
de thérapeutiques impliquant le système immunitaire (auto-immunité, cancer, regis.josien@univ-nantes.fr
infection, transplantation, allergologie…).
MOTS-CLÉS
• Immuno-monitorage
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Recherche clinique
• Identification et quantification des populations • Cytomètres de flux : 2 • Validation de méthode
cytomètres de flux BD
cellulaires immunes circulantes par cytométrie FACSCanto II (8 couleurs), 1 • ISO15189
en flux (8-10 couleurs) cytomètre de flux Beckman
Coulter Navios (10 couleurs) • Cytométrie en flux
• Analyse fonctionnelle (prolifération, cytokines
intracellulaires) par cytométrie en flux • Analyse Multiplex
• Lecteurs ELISPOT : bioreader
• Préparation de PBMC 5000-pro-S BIOSYS GmbH, iSpot • Elispot
• Mesure de molécules solubles par ELISA et essai AID
multiplex (Luminex)
• Microcytomètre Luminex
• Analyse fonctionnelle par ELISPOT
• Dosage multiplex : appareils Laboratoires ass
• Validation de méthode (ISO15189)
nécessaires à la préparation
ociés
L'ensemble des prestations est réalisé au des plaques, Luminex 100,
Laboratoire d’Immunologie du CHU de Nantes Magpix • Laboratoire d’im
m
dont la majorité des analyses répond aux du CHU de Nan unologie
• Lecteur Elisa : ELx800 Biotek tes
exigences de la norme ISO15189 • CRTI - Centre de Re
• 1 compteur de cellules : Sysmex cherche en
Transplantation
et Immunologie
• Pièce de culture cellulaire
équipéeTRIP
TRANSGÉNÈSE RAT
ü Plate-forme Transgénèse Rat et ImmunoPhénomique
CONTACT
ü Développe des modèles à façon de rats transgéniques, knock-out ou knock-in pour
l’étude de pathologies humaines ou pour des études de gènes et de fonctions 02 40 08 74 15
biologiques particulières ignacio.anegon@univ-nantes.fr
ü Activités d’immunophénotypage, d’analyse de la réponse immune de modèles de
rats génétiquement modifiés et de R&D
MOTS-CLÉS
• Rat transgénique
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Rat Knock-Out
• Production de rats transgèniques par • Microinjection de zygotes • Rat Knock-In
microinjection d’ADN (incluant les BAC) ou de
vecteurs lentiviraux • Electroporation de zygotes • Ciblage de gènes
• Génotypage : • CRISPR nucléases
• Génération de rats KO et KI par microinjection
ou électroporation de CRISPR-Cas9 nucléases - PCR
• Modèles animaux
+/- ADN donneur - électrophorèse capillaire
- Southern blot • Immunophénomique
• Immunophénotypage et analyse de la réponse
immune de modèles de rats trangéniques, KO - LAM-PCR
ou KI
• Tri single cell
• Tri de cellules B spécifiques d’antigènes et
production d’anticorps monoclonaux humains à • Immunophénotypage Laboratoires ass
partir de rats humanisés - Cytométrie en flux ociés
Génotypage - Western Blot •
• CRTI - Centre de
- Dosage ELISA Transplantation Recherche en
• R&D: développement de technologies et Immunologie
innovantes et transfert vers l’académique ou - Immunohistochimie • Institut de Transpl
l’industrie Urologie-Néphrol antation-
ogie (ITUN)
• Formation, diffusion scientifiqueUnité thérapeutique expérimentale
ANIMALERIE RONGEURS
ü Plate-forme mutualisée accueillant rongeurs (rats et souris) et lagomorphes dans des CONTACT
animaleries protégées en A1 ou en A2
02 28 08 03 82
ü Permet l’hébergement d’animaux destinés à la recherche publique ou privée
marie.liabeuf@univ-nantes.fr
MOTS-CLÉS
• Rongeurs, lagomorphes
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Hébergement
• Hébergement des rats et souris en portoirs • Portoirs ventilés • Elevage
ventilés ou isolateurs
• Isolateurs • Expérimentation animale
• Hébergement de lapins • Equipements
d’expérimentation et de
• Elevage à façon de souris ou de rats chirurgie (Postes à
transgéniques isoflurane, microscopes,
PSM)
• Mise à disposition de structures et de matériels • D’autres équipements sont
de pointe en expérimentation animale présents et disponibles via la
plate-forme d’exploration
• Soutien à l’expérimentation animale fonctionnelle sur le petit Laboratoires ass
animal Therassay ociés
• Conseils sur la réglementation en
expérimentations animale (soutien à la
rédaction des projets, mise en place de
formations…) • SFR-Santé Franço
is BonamyLGA
ANIMALERIE GRANDS ANIMAUX
ü Animalerie académique possédant une expertise dans le domaine chirurgical et CONTACT
d’immuno-intervention sur les primates et les porcs
02 40 08 74 10
ü Propose un accompagnement par un personnel formé, dans un travail en
collaboration, en partenariat ou en prestation, pouvant aller de la conception à la gilles.blancho@chu-nantes.fr
réalisation du projet en passant par son autorisation éthique règlementaire.
MOTS-CLÉS
• Modèles précliniques grands
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES animaux
• Modèles expérimentaux pré-cliniques d’allo- et • Expérimentation animale • Transplantation
de xéno-transplantation - Chirurgie ouverte et • Immuno-intervention
coelioscopique (urologie,
• Enseignement de procédures chirurgicales • Immuno-monitoring
gynécologie, gastro-
variées dans différentes disciplines entérologie, ophtalmologie, • Formations chirurgicales
• Evaluation de dispositifs chirurgicaux cardiologie), biopsies
d’organes • Test de dispositifs chirurgicaux
• Modèles précliniques d’immunisation - Endoscopie, échographie
• Modèles précliniques d’hypersensibilité retardée - Plasmaphérèse, perfusion/
(DTH) reconditionnent d’organes
• Modèles précliniques d’administration de - Neurostimulation
molécules (cytokines, anticorps monoclonaux, Laboratoires ass
etc.)
• Suivi des animaux ociés
- Analyses hématologiques et • CRTI - Centre de
• Suivi et immuno-monitorage d’animaux traités : biochimiques Transplantation Recherche en
et Immunologie
PK/PD, toxicologie réponses immunitaires, etc. - Populations cellulaires par • Ecole de Chirurg
cytométrie en flux ie et de
Pratiques Interven
- ELISA de Nantes tionnelles
- Immuno-histo-fluorescence
- qPCRGenoBiRD
GÉNOMIQUE HAUT DÉBIT – BIOINFORMATIQUE
ü Plate-forme contribuant à l’amélioration des connaissances dans les domaines de la CONTACT
génomique et de la bioinformatique appliqués aux sciences du vivant (pas de
limitation en terme d’espèces) 02 28 08 01 60
ü Propose la mise à disposition d’équipements, de compétences, de savoir-faire et de pf-genomique@univ-nantes.fr
formations nécessaires à la réalisation de vos projets. pf-bird@univ-nantes.fr
MOTS-CLÉS
• ADN/ARN/Génomique/
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES Transcriptomique/
Séquençage haut-débit/
• Conduite de projets • HiSeq2500 et MiSeq Génotypage/SNPs/qPCR/NGS
- génomique : séquençage de génomes/ (Illumina)
exomes, détection de variants génétiques • Bioinformatique/Analyse et gestion
• Station GeneTitan de données/Workflows/Portail
- transcriptomique : puces à ADN, RNA-seq, (Affymetrix) Galaxy/Cloud/e-infrastructure
DGE-seq
- génotypage haut-débit • Séquenceur 48 Capillaires
AB3730 (Life)
• Prestations séquençage et génotypage capillaire • Cluster de calcul 512 cœurs
- détection de mutations
• Parc « à disposition »
- séquençage de produits de PCR
- MiSeq
• Mise à disposition de ressources - TapeStation Laboratoires ass
- expérimentales (séquençage, contrôle - Bioanalyzer ociés
qualité, qPCR…) - Scanners de lames
- bioinformatiques (Cluster, Galaxy, Cloud) (Agilent, InnoScan900) • Inserm UMR 1087
- Sonicateur 6291-institut du /CNRS UMR
thorax
• Formation - Appareil qPCR LC480 • LS2N
- introduction au langage de programmation R - Nanodrop
- analyse de données RNA-seq sur Galaxy - Cluster de 944 cœurs
- formation aux équipements à disposition - Cloud OpenStack 160
cœursIMPACT
PROFILS D’EXPRESSIONS – CRIBLAGE
ü Plate-forme Interactions Modéculaires Puces ACTivités CONTACT
ü Offre un ensemble unique au niveau national de technologies de pointe dédiées à 02 51 12 56 24
l’étude globale des interactions biomoléculaires, depuis le criblage jusqu’à la
caractérisation des molécules pierre.weigel@univ-nantes.fr
ü Activités en protéomique fonctionnelle pour répondre aux besoins des laboratoires
académiques et privés dans le domaine de la santé et des biotechnologies MOTS-CLÉS
• Biomarqueurs
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Criblage
• Recherche de biomarqueurs • Profiling • Interaction médicament/cible
- Profils d’expression protéiques - Puces à protéines
- Profils de phosphorylation, de signalisation ou - SPR imaging • Phosphorylation
d’interaction - Technologie alpha • Analyses des données
• Recherche de nouveaux agents thérapeutiques • Criblage
potentiels - SPR–SPRi
- Structure-Activity Relationship - ITC
• Détermination des paramètres d’interaction - BRET–FRET
- Affinité, Kin, Koff, stœchiométrie, contributions - Label free
enthalpique et entropique - Technologie alpha
• Traitement des données Laboratoires ass
- Analyses statistiques sous Galaxy
• Caractérisation/validation ociés
- SPR • CRCINA - Centre
- Définition de profils différentiels (médecine - iTC de Recherche
en Cancérolog
personnalisée) - Label free Nantes Angers
ie et Immunolog
ie
- Approches bioinformatiques d’intégration des - Fluorescence
données • CNRS UMR 6286
- Dichroisme circulaire -UFIP
• Cancéropôle G
rand Ouest
• Analyse de données
- GalaxySpectrométrie de masse
LIPIDOMIQUE ET BIOMARQUEURS
ü Plate-forme dédiée à l’exploration des maladies métaboliques et des risques CONTACT
cardiovasculaires associés, par l'exploration ciblée ou non ciblée (in vivo et in vitro)
des composants des lipoprotéines humaines et animales (lipides et apolipoprotéines) 02 28 08 03 75
ü Etudie également la mesure des flux métaboliques et lipoprotéiques via l'utilisation mikael.croyal@univ-nantes.fr
de traceurs enrichis en isotopes stables
MOTS-CLÉS
• Lipoprotéine
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Lipide
La plate-forme de spectrométrie de masse propose Isolement/fractionnement : • Apolipoprotéine
divers types d'analyses dans tous types de matrices ultracentrifugation,
biologiques (in vivo, in vitro, animales et humaines). électrophorèse • Isotope stable
• Analyses non ciblées Séparation : chromatographie • Cinétique
Lipidomique, métabolomique liquide (UPLC), de • Métabolisme
convergence (UPC² ) et
• Analyses quantitatives ciblées • Lipidomique
gazeuse (GC)
Lipides, acides aminés, protéines,
xénobiotiques... Sources d’ionisation :
electrospray, impact
• Analyses cinétiques
électronique, ionisation
Protocoles impliquant l'utilisation de traceurs chimique
enrichis en isotopes stables (fluxomique, Laboratoires ass
protéines et métabolites) Détection : spectromètres de ociés
masse haute résolution (temps • Plate-forme Cor
• Analyses structurales et élémentaires saire-
de vol [TOF], secteur Biogenouest
Mesures de masses exactes magnétique) et basse • Centre de Rech
erch
résolution (quadripôle [Q]). Nutrition Humaine e en
Spectrométrie de masse en de l’Ouest
tandem (Q-TOF, QqQ) • INRA UMR 1280-P
hANP2R
PROTÉINES RECOMBINANTES
ü Plate-forme de production de protéines recombinantes CONTACT
ü Propose son expertise pour la réalisation de projets de production et/ou purification 02 28 08 03 78
de protéines recombinantes utilisées dans la recherche en santé et pour la
production de complexes CMH/peptide et protéines apparentées p2r.pf@univ-nantes.fr
ü Accessible aux équipes académiques et aux entreprises dans le cadre de prestations
de service ou de collaborations scientifiques
MOTS-CLÉS
• Ingénierie des protéines
NOTRE OFFRE DE SERVICES/R&D NOS TECHNOLOGIES • Protéines recombinantes
• Etude de faisabilité de production et/ou • Production eucaryote • CMH/peptides
purification d’une protéine d’intérêt : définition - Equipements de culture
de la stratégie, production de lots pilotes cellulaire • Chromatographie liquide
• Production - Bioréacteur à usage • Formation
- Procaryote : expression sous forme soluble. unique CelligenBlu™
Préparation de corps d’inclusion en bactéries • Chromatographie liquide
et tests de renaturation - 6 stations de purification
- Eucaryote : expression transitoire ou stable en (FPLC et HPLC)
cellules de mammifères. Production moyenne - Exclusion stérique
échelle en bioréacteur (10-20L) - Affinité
Purification - Echangeuse d’ions
• Laboratoires ass
- Clarification par filtration tangentielle et - Interactions hydrophobes ociés
filtration frontale - Phase inverse
- Purification des protéines/peptides par - Mixed mode
chromatographie liquide • CRCINA - Centre
en Cancérolog de Recherche
ie et Immunolog
• Contrôle qualité : pureté des protéines purifiées Nantes Angers ie
et dosage des endotoxines
• Formation sur les équipements de production et
de chromatographieVous pouvez aussi lire
