PATHOFLAX Développement de stratégies de lutte durables contre Verticillium sur le lin

PATHOFLAX
Développement de stratégies de lutte
 durables contre Verticillium sur le lin

Verticillium dans le lin

Agent pathogène: Verticillium dahliae
La fréquence des attaques est en augmentation
Infection précoce (microsclérotes dans le sol
infectant les racines de jeunes plants de lin)
Symptômes apparaissent à la fin de la saison de
croissance (notamment au cours du rouissage)
Pertes de rendement importantes ainsi que perte
de qualité (résistance)
Aucune stratégie de contrôle, autres que des
mesures prophylactiques

Verticillium dans le lin
 Symptômes:
En végétation,
jaunissement puis
dessèchement de la
partie supérieure des
plantes
Renflement des tiges
qui deviennent
cassantes
Symptômes le plus
caractéristique au
cours du rouissage
formation de
microsclérotes, aspect
bleu métallique

AVEC LE SOUTIEN DU FONDS EUROPÉEN DE DÉVELOPPEMENT RÉGIONAL
                                                           MET STEUN VAN HET EUROPEES FONDS VOOR REGIONALE ONTWIKKELING

Développement de stratégies de lutte durables contre
              Verticillium sur le lin
 Objectifs :
           La réalisation d'une étude épidémiologique de la verticilliose
           sur l'ensemble des territoires où le lin fibre est cultivé (France
           – Belgique)
           L'étude et la mise en œuvre d'approches basées sur la
           stimulation des défenses naturelles de la plante par des
           souches de Verticillium non-infectieuses ou des éliciteurs
           L'utilisation de la biodiversité naturelle du lin afin d'identifier
           des variétés résistantes à la maladie.
 Durée:
           4 ans – 1er janvier 2019 au 31 décembre 2022

Collaboration transfrontalière
Collaboration entre 11 partenaires en France, en
Flandre et en Wallonie, chacun avec son expertise

                      Leader du projet=

5 Work Packages

1. Management de projet
   (Inagro)
2. Communication (Arvalis)
3. Monitoring (ILVO)
4. Gestion intégrée de la
   maladie (UPJV)
5. Essais au champ (FytoFend)

WP3: Monitoring

ILVO, CRA-W, Arvalis, Inagro & UGent

Activité 1: Evaluation/validation des test de diagnostic
Activité 2: Monitoring de V. dahliae dans le sol
Activité 3: Réponse à la dose
Activité 4: Surveillance de V. dahliae dans la semence
Activité 5: Isolation et caractérisation d’isolats de V. dahliae

WP3 act. 1. Evaluation/validation des test de
                     diagnostic
Comparaison de 3 méthodes de diagnostic de Verticillium dahliae dans le sol

Avoir au moins une technique validée disponible pour les producteurs de chaque
région
                                   Flottaison par densité (DF) + qPCR
   Etalement classique
                                          (Debode et al., 2011)
            (CP)
    (Harris et al., 1993)

  Tamisage humide 12,5g
    de sol + placage sur
    milieu semi-sélectif

centrifugation Zonale (ZC) + qPCR

WP3 act.2. Monitoring
50 champs / région / année: échantillonnage et analyse
+ enquête
Connaissance de la quantité de Verticillium dahliae dans
les sols de champs de lin dans les différentes régions ->
sera présentée sur une carte
Sur la base des enquêtes: analyses de régression pour
déterminer les liens entre la qualité ou la quantité de lin
(= variables de réponse) et la quantité de V. dahliae,
rotation, gestion des sols, cultivar, etc. (= variables
prédictives)
Utiliser ces données comme un outil pour sensibiliser les
producteurs

WP3 act.3. Réponse à la dose
1 mini parcelle / parcelle du WP3 act.2.: analyse du sol et notation des symptômes (y
compris les microsclérotes après rouissage)

Établir une courbe dose-réponse entre la quantité de Verticillium et la quantité de
symptômes

             predi ctor va riables

  Wei et al. (2015) Phytopathology 105:220-229.       Blum et al. (2018) Phytopathology 102:2421-2429.

WP3 act.4. Surveillance de V. dahliae
                          dans la semence
 Déterminer si Verticillium peut être détecté dans la graine à partir de plantes
 infectées source de propagation de Verticillium
 Si oui, établir si elle est présente dans ou sur la graine

Remarque: une analyse préliminaire réalisée en 2018 a montré la présence dans un seul lot de semences commerciales (basé sur le
broyage au N2 de sous-échantillons, l'extraction d'ADN, qPCR). On ne sait pas encore si cela est dû à une présence interne ou externe.

WP3 act.5. Isolation et caractérisation
                  d’isolats de V. dahliae
Quelle est la diversité génétique des isolats de V. dahliae entre champs de lin & entre
lins?

   Dans le champs
   Dans la même région
   Entre régions

Quelle est la diversité pathogénique parmi les isolats de V. dahliae?
    Différences de virulence (pathotypes)?
    Différences d'agressivité?

                                               Blum et al. (2018) Phytopathology 102:2421-2429.

WP4: Gestion intégrée de la maladie
UPJV, Linea, Terre de Lin, Ugent, Fytofend, UNamur

Activité 1: Optimisation de bio essais Verticiulium lin
Activité 2: Criblage de variétés de lin pour leur réponse à l'élicitation et
leur sensibilité à Verticiulium
Activité 3: Criblage de l'efficacité de BCP (produits de bio contrôle) contre
la verticilliose du lin
Activité 4: Caractérisation du mode d'action des BCP

WP4 act.1. Optimisation de bio essais Verticiulium lin
LINEA, Terre de lin, UGent, UPJV
Outils pour tester:
     Tolérance variétale
     Produits de bio contrôle (BCPs)

   WP4 act.2. Criblage de variétés de lin pour leur réponse à
         l'élicitation et leur sensibilité à Verticiulium
Actuellement, aucune variété de lin n'est résistante au Verticillium
Criblage de 50 variétés de lin pour la sensibilité au verticillium et la stimulation de
la défense (Terre de Lin, LINEA, Fytofend, UNamur)
Sélection des variétés les plus tolérantes et des variétés présentant la meilleure
réponse aux éliciteurs (activité 3)

WP4 act.3. Criblage de l'efficacité de BCP contre la
                            verticilliose du lin
Actuellement, aucun produit phytopharmaceutique (PPP) disponible pour lutter
contre Verticillium dans le lin
Criblage de:
     Souches antagonistes (UGent)
       a. V. isaacii est capable de contrôler V. longisporum sur chou-fleur
       b. Souches de Pseudomonas productrices de lipopeptides cycliques (CLP)
     Eliciteurs (Fytofend, UNamur): biopesticides FytoSave® et FytoSol®
      o Stimule les défenses naturelles des plantes: COS – OGA
      COS = chitooligosaccharides => chitosane                  Imite l'interaction plante-
      OGA = oligogalacturonides => pectine                               pathogène
      o contre un éventail de maladies parmi lesquelles l'oïdium sur diverses
        cultures (raisin, fraise,…), le mildiou sur le raisin,…
    Évaluation de combinaisons de différentes variétés de lin et de BCP (UPJV)
   WP4 act.4. Caractérisation du mode d'action des BCP
  Une caractérisation minimale des mécanismes de
  fonctionnement des BCP est nécessaire pour
  l’homologation de BCP en lin (UGent, UNamur).

WP5: Essais au champ

Essais terrain de lin textile pour définir la meilleure méthode de lutte
intégrée contre Verticillium
    Variétés
    Produits de biocontrôle (BCP)
    Essais de démonstration
Coordinateur: FytoFend
Essais sur le terrain: Arvalis, Inagro, ILVO, Linea, Terre de Lin

WP5: Essais au champ
                          Variétés
Actuellement, aucune variété de lin n'est résistante
au Verticillium
2 types d'essais sur le terrain seront conduits:
  Essais avec des variétés disponibles dans le commerce
      pour pouvoir évaluer correctement les différences de tolérance
     au Verticillium des différentes variétés
  Essais avec de nouvelles lignées et / ou variétés de la
  collection INRA
      sélectionner des variétés plus résistantes que celles actuellement
     disponibles pour les producteurs de lin belges et français

WP5: Essais au champ
                Produits de bio controle (BCP)
Tester les BCP contre V. dahliae dans des essais sur le lin
   Eliciteur (par exemple FytoSave® de FytoFend)
   Souches antagonistes (fournies par Ugent, sélectionnées après les tests de
   laboratoire)

Facteurs de test:
   Différents BCP
   Période d’intervention (stade BBCH)
   Nombre de traitements
   Effet de la variétés

         Définir la stratégie de controle la
         plus efficace dans le lin

WP5: Essais au champ
                   Essais de démonstration
En dernière année du projet (2022)
Validation de la stratégie de contrôle et des essais de
démonstration:
   Un nombre limité de variétés pour lesquelles une réponse positive au BCP a
   été trouvée
   Doses optimales des BCP
   Nombre optimal d'applications
   Au stade le plus pertinent de la culture

        Démonstration de stratégies de lutte
        durables contre Verticillium sur le lin

WP2 Communication
Coordination ARVALIS, en collaboration étroite avec INAGRO et
impliquant les partenaires du projet
Act. 1. Communication générale du projet
Act. 2. Communication transfrontalière vers les acteurs de la
filière
Act. 3. Communication scientifique

WP2 Communication
Act. 1. Communication générale du projet
   Communiqué de presse transfrontalier
   Réunion de lancement de projet associé à la réunion
   technicien lin 27/11/19 Amiens
   Séminaire de clôture du projet + conf de presse
   Portail internet (Inagro)
   Réseau sociaux #PATHOFLAX

WP2 Communication
Act. 2. Communication transfrontalière vers les acteurs de la
filière
   Présentation des avancées en comité technique Lin
   Présentation des avancées en réunion techniciens ARVALIS (fr) et
   INAGRO + ABV (Be) tous les ans
    Visites d’essais (agriculteurs & techniciens) INAGRO, ARVALIS,
   LINEA, TERRE de LIN et ILVO
   Articles de presse
   …
Act. 3. Communication scientifique (INAGRO, Unamur, ILVO,
ARVALIS, CRA-W, UPJV, Ugent
   Posters / communication orale en conférences & congrés
   scientifiques
   Publications en revues scientifiques
   Thèse de doctorat