SARS-COV-2 IN SWITZERLAND: LABORATORY ISSUES AND LESSONS LEARNED SO FAR
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P I P E T T E – S W I S S L A B O R AT O R Y M E D I C I N E | W W W. S U L M . C H NR. 1 | MÄRZ 2022 E D U C ANTEI W
ONS 25
Gilbert Greub 1
SARS-CoV-2 in Switzerland: laboratory
issues and lessons learned so far
Introduction: épidémiologie
Le SARS-CoV-2 s’est propagé en
quelques mois de la ville de Wuhan
jusqu’à travers le monde, arrivant le 25
février au Tessin puis le 28 février dans
le canton de Vaud. Dans cette région,
la vague épidémique fut brutale, avec
un impact important sur le système de
soins (42 patients aux soins intensifs
et 152 patients hospitalisés au CHUV
avec une infection SARS-CoV-2 le 1er
avril 2020; figure 1), mais heureuse-
ment de courte durée grâce au contact
tracing et au «soft lockdown». Ainsi, la
plupart des clusters de cas documen-
tés dans le 1er semestre 2020, l’ont été Figure 1. Vagues successives: L’encadré en haut à gauche montre les 5 vagues ayant tou-
entre le 7 mars et le 7 avril (1). Cette ché l’Europe et le continent américain entre mars 2020 (vague 1) et décembre 2021 (début
analyse épidémiologique a démontré de la vague 5). Sur cette figure tiré du site de l’OMS (www.who.int), la vague 5 n’es pas en-
qu’il y avait un lien entre la charge vi- core à son apogée car son ampleur s’est accrue en janvier en raison de la dissémination du
rale de l’un des 3 cas index du cluster variant omicron. Le graphique principal montre lui les pentes et la taille des vagues
et le nombre de cas documenté dans d’hospitalisation qui ont été observés au CHUV. Notez les pentes plus raides des vagues 1
le cluster (1). Ainsi, les superspreaders et 2 (en l’absence de vaccin) et la pente plus pentue en vague 5 (effet du variant omicron
(> 1 million de copies/ml) étaient as- échappant partiellement au vaccin et plus contagieux) qu’en vague 4 (effet du vaccin et de
sociés à des clusters plus larges, par- l’été). La vague 3 lié au variant alpha paraît peu importante, car cette vague était noyée par
fois incluant plus de trente cas secon- le nombre encore important de cas hospitalisés des suites de la vague 2. Ce graphique a
daires (1). Une 2ème vague a ensuite été préparé par Pierre Merminod (CHUV, Lausanne) et est publié avec son accord.
été observée en automne 2020 avec un
pic le 23 novembre de 276 cas hospi-
talisés au CHUV (Figure 1), suivi de la de la vaccination sur le taux de repro- menté dans la population est fonc-
3ème vague liée au variant alpha (long- duction (Re), va cependant s’accentuer tion du nombre de personnes ayant
temps cachée par la fin de la 2ème durant la période de Noël, en raison la possibilité ou le souhait de se faire
vague) et dont l’apogée fut le 2 mars de la dissémination en Suisse du vari- tester, ainsi que de l’accès à des tests
2021 avec 142 patients hospitalisés au ant Omicron, qui avec une contagiosité fiables dont le résultat est rendu ra-
CHUV avec une infection SARS-CoV-2. majeure (R0 d’environ 10) va progres- pidement. Il paraît donc important
En Suisse, le variant alpha fut progres- sivement remplacer le variant delta. de discuter ci-dessous de l’accès aux
sivement remplacé par le variant delta Aujourd’hui, alors que cet article part tests (et le développement initial de
en juin 2020, et ce variant delta (encore sous presse, il n’est pas certain que le tests «home-made» avant la disponi-
plus contagieux qu’alpha) causa une pic de la 5ème vague d’hospitalisation bilité de tests commerciaux).
4ème vague épidémique au retour des soit atteint, avec 286 cas hospitalisés 2. Le nombre de personnes hospitali-
vacances d’été avec un pic de cas le 31 au CHUV le 14 février 2022, dont 14 sées infectées par SARS-CoV-2 inclut
août 2021 et un pic d’hospitalisation cas aux soins intensifs. Notez que les (i) les personnes hospitalisées en rai-
au CHUV le 11 septembre 2021 avec mêmes vagues épidémiques ont été son de l’infection SARS-COV-2 ou (ii)
60 cas (Figure 1). Notez la pente as- décrites au niveau international (dé- pour d’autres raisons. Les caractéris-
cendante moins raide, témoin de l’effet finissant l’état pandémique; figure 1 tiques de cette 2ème catégorie (par
de frein de l’été et de l’efficacité vac- – encadré), et que les vagues de cas exemple en terme d’âge) devrait être
cinale sur le variant delta. Ce variant documentés par PCR ont à chaque fois similaire aux caractéristiques hors
delta causa une nouvelle vague dès la précédés les vagues intra-hospitalières. pandémie de SARS-CoV-2, et dépend
mi-novembre 2021. La pente de cette Cette introduction épidémiologique directement de la prévalence de
5ème vague, moins raide que celle des permet de dresser le décor pour l’infection dans la population géné-
vagues 1 et 2 notamment grâce à l’effet l’analyse des enjeux pour le laboratoire rale (courbes synchrones), alors que
de cette pandémie de SARS-CoV-2. Elle les patients hospitalisés en raison de
permet aussi de rappeler quelques évi- l’infection SARS-COV-2 n’impactent
1 Professeur Gilbert Greub, Service de
dences: le système de soin qu’avec un certain
Microbiologie du CHUV et Institut de
microbiologie de l'Université de Lausanne 1. Le nombre de cas d’infection docu- délai (courbes asynchrones).
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l’union européenne et les Etats-Unis,
ont vu les législations se durcirent pro-
gressivement sur le diagnostic in vi-
tro, avec comme corollaire, un frein à
l’innovation dans les laboratoires diag-
nostics de centre hospitalo-universita-
ire et des pertes progressives de com-
pétences en R&D.
Automatisation pour une capacité
élevée en terme de volume de tests
Notez que grâce à la disponibilité
d’une plateforme automatisée de PCR
offrant plus de 100 tests PCRs dif-
Figure 2. Automatisation et qualité de la phase pré-analytique pour la PCR SARS-CoV-2: férents pour des bactéries, virus, para-
Cette figure présente le robot Hamilton disponible au laboratoire de microbiologie du CHUV sites et champignons (5), nous avons
à Lausanne, qui garantit une excellente reproducibilité et une bonne traçabilité grâce à un pu non seulement proposer des tests
système de barres-codes. Ce robot permet de préparer des plaques de 384 puits pour tes- fiables dès le 14 février 2020, mais
ter par PCR plus de 100 agents pathogènes différents. Photographie de Heidi Diaz (CHUV, nous avons pu les proposer en grand
Lausanne). L’encadré montre des écouvillons utilisés dans des centres de tests en mars nombre grâce aux stocks réactifs dis-
2020. En raison de la pénurie de matériel, de large écouvillons (à gauche) ont été utilisés au ponibles et à la versatilité de cette
lieu des écouvillons nasopharyngés (à droite), avec comme corollaire une perte de sensibilité plateforme vaudois avec les réactifs
et des blessures des muqueuses nasales (veuillez noter l’aspect sanguinolent de l’écouvillon prévus pour d’autres pathogènes, dont
de droite). Photographie de Katia Jaton (CHUV, Lausanne). divers virus ARN (hors amorces et
sondes qui sont-elles spécifiques). Ceci
3. L’ensemble de ces statistiques épidé- tests, afin que toute personne symp- nous a permis en mars 2020 de tester
miologiques dépendent de la fiabilité tomatique puisse idéalement être tes- des échantillons provenant des can-
des tests utilisées, que ce soit des tée. Ce développement R&D fut ef- tons de Vaud, Fribourg, Neuchâtel et
tests RT-PCRs, des tests antigènes, fectué rapidement en janvier et nous Valais (et pour partie, du Jura), dans
ou des tests permettant d’assigner un avons pu proposer dès le 14 février l’attente de l’arrivée de tests commer-
variant (typage par PCR ou par gé- 2020 (2 semaines avant le 1er cas vau- ciaux dont par exemple les tests dével-
nomique). Nous allons donc discuter dois) un test diagnostic spécifique (> oppés par Roche (Cobas 6800) et dans
ci-dessous de la fiabilité de ces tests. 99.99) et sensible (>96%) sur échan- l’attente de la mise en place dans ces
4. La contagiosité d’une personne est tillons nasopharyngés, avec des résul- autres cantons de tests diagnostiques
notamment liée à la charge virale, tats rendus dans > de 99% des cas en SARS-CoV-2. Cependant, le manque
aux symptômes des personnes infec- moins de 24h (2-4). de capacité de la plupart des autres
tées et au variant. Ce thème de la laboratoires romands de proposer des
contagiosité est important puisque Importance des compétences et des tests diagnostiques «home-made», les
lié à la sensibilité des tests diagnos-
procédures R&D blocages des «réactifs» aux frontières
tiques et sera donc repris ci-dessous.L’activité R&D nécessaire à la mise en et le délai de quelques mois avant la
5. Les vagues épidémiques se succè- place de ce test, avant que les indus- disponibilité de tests Rt-PCR commer-
dent chaque année, malgré la vacci- tries ne proposent une solution com- ciaux ont entrainé un manque crucial
nation d’une part conséquente de la merciale, fut facilitée par le fait que d’accès aux tests de dépistage et aux
population, et avec une ampleur ac- (i) nos équipes étaient entrainées à tests à but diagnostique. Au pic de la
crue en hiver. Les laboratoires doi- de tels développements, (ii) que des 1ère vague, ceci a conduit nos autori-
vent donc être dotés en conséquence procédures simplifiées existaient en tés sanitaires à prioriser les tests au
et la capacité d’échantillonner les pa-
aval décrivant les étapes des dével- profit des personnes vulnérables (dans
tients doit être anticipée. oppements et (iii) nous avions par le un but diagnostique et de prise en
passé implémenté plus d’une centaine charge médicale) et au profit des per-
1. Activité R&D et accès au test de PCRs différentes, dont par exem- sonnes admises dans les hôpitaux ou
Développement d’un test fiable ple, en urgence, la RT-PCR ciblant le établissements socio-médicaux (afin
Les médias suisses ont annoncé virus grippe H1N1 (2009). Cette activ- de réduire les transmissions nosoco-
l’épidémie de Coronavirus fin décem- ité R&D, qui consiste à développer de miales), le traçage n’étant plus néces-
bre 2019. Il était alors déjà évident novo une nouvelle RT-PCR ou à implé- saire transitoirement en raison du
que nous allions dans notre labora- menter des PCR décrites par d’autres, confinement instauré.
toire mettre rapidement en place une est heureusement encore possible en
méthode diagnostique par RT-PCR fi- Suisse grâce à une certaine souplesse Capacité des centres de tests pour
able, avec un délai de rendu du résul- sur la législation en terme de diagnos- faire les frottis
tat court, et avec une large capacité de tic in vitro. D’autres pays, dont ceux de Dès fin mars 2020, avec l’avènementP I P E T T E – S W I S S L A B O R AT O R Y M E D I C I N E | W W W. S U L M . C H NR. 1 | MÄRZ 2022 E D U C ANTEI W
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des tests RT-PCR Cobas (Roche), la ca- lique (besoin d’un certificat 3G ou 2G+ l’une des options à envisager est que
pacité de testing en Suisse s’est accru par exemple), et n’est pas uniquement les laboratoires mettent à disposition
considérablement et de facto, dans le lié à l’incidence dans la population. par exemple via les réseaux de phar-
canton de Vaud, le facteur limitant a De plus, il est important d’accroitre macies des kits diagnostiques pour
été davantage les centres de tests (ca- ces capacités de test hors d’une vague que les gens puissent faire un auto-
pacité d’échantillonner) que les lab- épidémique, lorsque le personnel prélèvement de salive pour RT-PCR,
oratoires (capacité de faire les RT- peut former d’autres collègues et in- envoyé ensuite par courrier postal
PCR). Notre laboratoire d’ailleurs, qui staller de nouveaux instruments (et (selon les normes UN3373). Notez que
avait formé plus de 50 personnes du- non dans l’urgence d’une vague épi- cette approche fait partie des recom-
rant la 1ère vague, n’a pas pu se re- démique). Un immobilisme en fin mandations de la société suisse de
dimensionner faute de budget et de de vague est peu prévoyant, puisque microbiologie (SSM) préparées le 6
besoin hors des vagues épidémiques. l’histoire de cette pandémie durant ces décembre 2020 (6). La SSM proposait
Ainsi, en octobre 2021, nous ne recev- 2 dernières années nous a bien démon- d’ailleurs également une distribution
ions qu’environ 150 échantillons par tré la capacité du virus SARS-CoV-2 à de ces kits dans les stations de ski (of-
jour, malgré une capacité théorique en échapper aux anticorps neutralisants fice du tourisme ou départ des remon-
terme d’automates supérieure à 2000 qu’ils soient naturels (variant gamma tées mécaniques) et dans les gares (6).
tests par jour dans notre laboratoire et au Brésil) ou post-vaccinaux (vari- Notre laboratoire a ainsi préparé plus
un besoin pour le traçage durant cet ant Omicron BA.1). Nul doute qu’il d’un millier de kits, mais leur déploie-
automne 2021. Notre laboratoire ne faut s’attendre à d’autres vagues et ment a été limité par manque d’intérêt
fut clairement pas le seul dans cette qu’il faut dès aujourd’hui essayer de des acteurs de la santé publique, et
situation et il est clair que la capacité réduire l’ampleur des conséquences de seulement quelques stations de ski ont
d’échantillonnage (centres de tests) et la vague de l’hiver 2022-2023 (i) en suivi cette proposition en 2021.
de testing par RT-PCR (laboratoires) ayant dans l’idéal davantage de capac-
devrait être augmentée progressive- ité d’échantillonnage et de testing et Fiabilité des tests diagnostiques
ment dans notre pays, afin de pouvoir Sensibilité des tests RT-PCRs
(ii) en ayant la possibilité de protéger
garantir au long terme un accès aux La sensibilité analytique des tests RT-
les populations les plus vulnérables
tests PCR, que ce soit à but diagnos- PCRs est excellente, de l’ordre de 10 à
(et les soignants / proches de per-
tique (chez les personnes vulnérables 100 copies/ml. Cette sensibilité n’est
sonnes vulnérables) grâce à un vaccin
ou non), à but épidémiologique (éviter pas affectée par les mutations présen-
adapté aux anciens (Alpha, Delta) et
d’exposer un proche vulnérable) ou tes chez les variants, puisque dès le
nouveaux variants (i.e. Omicron Ba.1,
en raison de contraintes réglemen- Ba.2 et Ba.3). début, les laboratoires suisses ont im-
taires (voyages, accès aux bars et dis- plémenté des tests ciblant plus d’un
cothèques). Les autoprélèvements gène, afin d’éviter qu’un variant ne
Notons d’ailleurs que ce besoin de Pour garantir au long terme un accès puisse échapper au testing, et avoir
tests dépend beaucoup de la période large aux tests RT-PCRs, avec flexibil- ainsi un avantage sélectif par rapport
de l’année (vacances scolaires, fêtes ité, et sans devoir laisser en place des à d’autres variants. Ceci est également
de Noël), des règles de santé pub- structures coûteuses (centres de test), le cas pour le variant Omicron, avec
des PCRs qui restent fiables malgré
plus de 50 mutations (7).
Par contre, la sensibilité est dépen-
Table 1. Sensibilité des tests diagnostiques pour la détection du SARS-CoV-2
(estimée sur la base des références 2, 4, 7, 8, 10 et 12). Notez que ces données ont été dante du type d’échantillon, de la
obtenus en 2020 et 2021, avant l’arrivée du variant Omicron. Une étude est en cours au qualité de l’échantillonnage, et de la
CHUV afin d’évaluer ces sensibilités avec le variant Omicron. Ce variant, qui cause temporalité du test par rapport à des
initalement souvent des odynodysphagies, avec la rhinite, pourrait à ce stade précoce
être également détectable par frottis salivaire avec une sensibilité d’environ 88% (Kritikos symptômes d’infection des voies aéri-
et al, manuscrit en préparation). ennes supérieures, s’ils sont présents.
Sensibilité de la Sensibilité du Ainsi, nous avons noté la supériorité
Type d’échantillon Patient testé RT-PCR test antigène des tests RT-PCRs effectués sur des
Frottis nasopharyngé Sujet hospitalisé 98% 35-41% échantillons nasopharyngés (sensibil-
pour COVID en ité de l’ordre de 98% si l’échantillon
Frottis salivaire médecin interne ou 69% 4-8%
aux soins intensifs est effectué de manière correcte) par
Frottis nasopharyngé Patient hospitalisé n.a. 64-69%*
rapport aux tests PCRs salivaires (sen-
avec < 4 jours de sibilité de 69%), comme résumé dans
symptômes la Table 1 (4).
Frottis nasopharyngé Avec 4-7 jours de n.a. 25-37%* Notons que lors de la 1ère vague,
symptômes la sensibilité élevée de la PCR naso-
Frottis nasopharyngé Avec > 7 jours de n.a. 13-18%* pharyngée était remise en question
symptômes par divers acteurs de santé publique,
* 74%, 44% et 32% respectivement avant 4 jours, entre 4 et 7 jours et après 7 jours de qui se basaient sur des publications
symptômes avec le test One Step (ExDia) qui a une lecture automatisée (8).
précoces chinoises rapportant 60 à28 ED
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70% de sensibilité. Mais ces publi- des patients dépistés qui mentionnent effet une problématique que l’on ren-
cations (i) se basaient le plus sou- un échantillon effectué au niveau de contre dans les laboratoires de biolo-
vent sur un gold standard radiologique la narine, pas comme par le passé gie moléculaire où les PCRs sont ef-
mélangeant potentiellement des cas (aujourd’hui, la plupart des personnes fectuées manuellement avec une étape
de SARS-COV-2 avec des cas dus à ont été dépistés plus de 3x). La preuve de visualisation des amplicons sur gel.
d’autres virus respiratoires dont in- d’un problème qualité fut apporté par Mais dans un laboratoire moderne ac-
fluenza et (ii) étaient des résultats exemple lors de l’investigation d’un crédité comme le nôtre, ce type de
d’études observationnelles où la qual- cluster de cas (tous testés au même contamination est exceptionnelle pour
ité de l’échantillonnage n’était pas ga- centre de soins), qui étaient positifs à plusieurs raisons:
rantie. J0 et négatifs à 24h: tous les échantil- 1. Les amplicons sont visualisés par
L’échantillonnage nasopharyngé doit lons négatifs ont démontré des valeurs des lasers de manière automatisée,
être effectué avec des frottis adéquats et d’actine (un gène humain utilisé sou- sans ouvrir les cupules (PCRs en
par du personnel formé. Durant la pre- vent pour évaluer la qualité des échan- temps réel)
mière vague, en raison d’une pénurie tillons) plus basses (et l’analyse géné- 2. Le degré élevé d’automatisation et de
de frottis nasopharyngés, nous avons tique a confirmé qu’il s’agissait bien à robotisation réduit considérable-
observé l’utilisation de frottis épais, chaque fois du même patient), confir- ment les risques de contamination
occasionnant saignements muqueux mant l’absence d’inversion des tubes. 3. L’utilisation d’une sonde nucléique
et associés à des résultats faux néga- en plus d’amorces accroit encore la
tifs (Figure 2). Si l’approvisionnement Spécificité des tests RT-PCRs spécificité de la PCR
en frottis adéquat fut ensuite assuré, Après avoir remis en question la sen-
la pénurie a aussi touchée les milieux sibilité des tests RT-PCRs, les mêmes Certains médecins se sont ensuite in-
de transport avec un impact qual- acteurs de santé ont remis en question quiétés du nombre de cycles effectués:
ité (milieux inadéquats parfois utili- leur spécificité. Ainsi, certains épidé- 50 avec le Cobas de Roche et 45 avec
sés). De plus, la qualité insuffisante miologistes ont suggéré qu’une part d’autres appareils. Mais là encore, il
de la formation des personnes effectu- significative des résultats positifs de faut bien comprendre que ces 50 cy-
ant le frottis est un problème qui fut PCRs seraient des faux positifs. Cer- cles sont davantage utilisés comme
récurrent, dans plusieurs centres de tains se sont basés pour ces propos outil de qualité. En effet, une RT-PCR
tests ou centres de soins. La suspicion sur ces vieilles notions de contami- positive au-delà de 45 cycles nous per-
d’erreurs de pratiques pré-analytiques nations horizontales et verticales des met de détecter un problème de sonde
est souvent apportée par des plaintes PCRs par des amplicons. Ceci est en car dans la vraie vie de notre labora-
toire, nous avons le plus souvent des
résultats positifs en-dessous de 40 cy-
Table 2. Contagiosité et charge virale: les raisons d’une corrélation imparfaite. cles, et ce n’est qu’occasionnellement
Cette table n’est pas exhaustive, mais permet de relativiser la charge virale comme qu’une copie de l’ARN de SARS-COV-2
mesure de contagiosité.
présent dans le tube peut donner un
1. La charge virale varie beaucoup d’un prélèvement à l’autre et peut être basse au signal faible (mais bien réel) avec 41
niveau nasopharyngée et plus élevée au niveau pulmonaire (ou inversement),
ou 42 cycles.
2. La charge virale dépend de la qualité de l’échantillon et donc de la qualité de la
formation des personnes effectuant l’échantillonage
Contagiosité et charges virales faibles
3. La charge virale varie au cours du temps et est plus importante généralement après 1 Lorsque ces inquiétudes de sensibilité
à 4 jours de symptômes
ou spécificité imparfaites sont parta-
4. La charge virale peut être basse au temps zéro et peut augmenter rapidement en 24h,
gées avec nous, responsables de lab-
ce qui questionne l’utilité des certificats COVID basés sur les tests antigènes et PCR ;
le certificat basé sur la vaccination ou la sérologie positive paraît plus facilement appli- oratoire, il est possible de rassurer
cable au long terme et surcharge moins les centres de tests et les laboratoires. ou proposer des analyses complémen-
5. La transmissibilité plus élévée de certains variants (delta et omicron par exemple) taires en fonction de la situation. Par
est lié à une plus grande affinité de leur protéine spike avec le récépteur, permettant contre, certains ont discrédités les
une plus grande infectiosité à charge virale similaire ; ainsi la contagiosité dépend du
tests RT-PCRs par des communica-
variant infectant le patient source.
tions dans les médias. Par exemple, le
6. La présence d’IgA dans les sécrétions nasopharyngés pourraient réduire un peu la 14 novembre 2020, alors que l’on était
contagiosité, s’il y a parmi ces anticorps certains se liant à la protéine spike au niveau
du «receptor-binding domain» (RBD). Ceci explique la moindre infectiosité en culture au pic de la 2ème vague, une médecin
cellulaire des échantillons plus tardifs (14) et explique partiellement la sensibilité médio- vaudoise mentionnait dans le journal
cre des tests antigènes au-delà de 7 jours d’infection (7) Le Temps qu’«… il serait possible de
7. Le risque de transmission dépend des mesures mises en place (masque de soin, dire que l’on s’arrête à 25 ou 30 cy-
distance sociale et des activités des personnes sources ; ainsi le chant ou les cris de cles, partant du principe que les cas
supporters dans un stade sont considérés comme des facteurs favorisants)
situés au-dessus de ces valeurs ne con-
8. Le risque de transmission dépend de nombreux facteurs relatifs au type d’exposition
tribueraient pas beaucoup à l’épidémie
(manu porté ou aérien), à la durée d’exposition, à la susceptibilité de personne exposée
(vaccinée ou non, immunosupprimée ou non, …), ; il est donc illusoire de vouloir baser …». Une affirmation aussi absurde que
un risque de transmission sur une charge virale et difficile de préciser la contagiosité de proposer aux laboratoires d’incuber
effective au niveau individuel.
les hémocultures que 48h partant duP I P E T T E – S W I S S L A B O R AT O R Y M E D I C I N E | W W W. S U L M . C H NR. 1 | MÄRZ 2022 E D U C ANTEI W
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principe que les infections les plus cou- sibilités de l’ordre de 98% et les RT- cent pour Omicron (12), il n’est plus
rantes (S. aureus et E. coli) sont docu- PCR salivaires de 69% (4). acceptable de rendre un résultat néga-
mentés généralement en moins de 48h. Cette médiocre sensibilité des tests an- tif de tests antigènes, sans effectuer en
Vouloir ainsi considérer que les tests tigènes a d’ailleurs été démontrée chez aval une RT-PCR et l’utilité même des
ne sont utiles que si un sujet à plus les patients arrivant aux urgences au tests antigènes est aujourd’hui remise
d’un million de copie est clairement CHUV, avec une sensibilité de 28% en question.
une hérésie pour la prise en charge si les symptômes datent de plus de 4
clinique des cas. D’un point de vue jours et de 21% de plus d’une semaine Conclusions
épidémiologique, ceci ne fait pas non (7). La sensibilité du test antigène était Les laboratoires ont su rapidement
plus de sens, puisque la contagiosité aussi basse chez les sujets asymptom- développés et mettre à disposition plu-
d’un agent pathogène n’est pas nul au- atiques, de l’ordre de 28% et 33% re- sieurs outils diagnostiques dont la PCR
dessous d’un certain seuil, et que si spectivement à l’hôpital de Morges et et la sérologie, dont les indications et
cette contagiosité peut être considéré au CHUV (7, 8). Seuls les patients les limites ont été résumé par Caruana
comme probablement négligeable, ce avec 1 à 4 jours de symptômes, peu- et al (13). Les laboratoires ont aussi
n’est pour la plupart des experts qu’en vent être testés par tests antigènes, démontré (en tous les cas en Suisse)
dessous de 1000 copies/ml (et non 1 comme le souligne d’ailleurs les re- leur capacité à tester en grand nombre
million de copies/ml car 1 million dé- commandations de la SSM (9). La par RT-PCR en assurant un temps de
finit plutôt le superspreader). SSM se basait d’ailleurs pour ces re- rendu des résulats courts, une grande
De plus, nous avons discuté ci- commandations sur l’expertise de plu- fiabilité analytique tant en terme de
dessus de la qualité variable de sieurs laboratoires qui ont évalués une sensibilité que de spécificité. Par con-
l’échantillonnage. Ainsi, un patient trentaine de tests antigènes (10). Cette tre, il est indispensable que les divers
avec 1000 copies/ml est de facto in- étude a démontré que les tests avaient acteurs de santé publique s’assurent
fecté et il peut présenter une charge des performances très variables et que de garantir au long terme cette capac-
virale effective de 10 ou 100 millions les meilleurs sont ceux avec lecture ité, (i) en soutenant les laboratoires
de copies/ml (charge virale sous-esti- automatisée grâce à de petits instru- dans leur développement et (ii) en met-
mée par l’effet d’un mauvais échan- ments (10), confirmant une étude de tant en place des structures de testing
tillonnage). De plus, la charge virale Caruana et al, qui montrait la supéri- pérennes, respectant les règles et us-
nasopharyngée ne peut refléter la con- orité d’un test dont la lecture est au- ages et avec du personnel formé pour
tagiosité puisqu’après environ 4 jours, tomatisée (7). effectuer des échantillons de qualité.
celle-ci diminue même chez des pa- Par ailleurs, il faut être prudent avec Le changement abrupt et répété des
tients présentant une pneumonie vi- les tests antigènes chez les personnes tarifs d’analyses en pleine pandémie
rale. Ainsi, la charge virale mesurée asymptomatiques car la valeur pré- est contre-productif, et il est néces-
dans des expectorations, aspirations dictive positive hors des vagues épi- saire qu’un tarif similaire à celui effec-
bronchiques ou lavage broncho-alvéo- démiques est médiocre, de l’ordre tué pour les autres virus respiratoires
laire peut-être considérablement plus par exemple de 50% dans l’étude ef- soit appliqué de matière pérenne, afin
élevée que celle dans le frottis na- fectuée à Morges (8). Inversement, que tous les laboratoires poursuiv-
sopharyngé et de facto, un patient les faux négatifs, y compris pour les ent leur développement en terme de
avec 1000 copies/ml au niveau na- auto-tests antigènes, peuvent avoir capacité de testing avec un modèle
sopharyngé peut être contagieux. des conséquences néfastes. Ainsi, des économique viable et robuste.
La table 2 résume les raisons pour personnes vulnérables vaccinées et Il est aussi important de lutter contre
lesquelles, il n’est pas possible de particulièrement prudentes depuis 2 les centres de tests sauvages qui pro-
déduire la contagiosité basée sur la ans se sont vus infectés à Noël 2021 posent des tests antigènes (parfois sal-
charge virale nasopharyngée. Enfin, par des visites rassurées par un auto- ivaires). Le testing doit rester entre les
rappelons l’importance du tracing ré- test négatif. Le risque de réduire les mains de professionnels de la santé
trograde: même un cas positif peu gestes barrières suite à un autotest bien formé car la qualité du prélève-
contagieux peut être utile à retrouver négatif est réel et nous pensons im- ment influe de manière considérable
sa source, qui elle peut être très conta- portant que des communications adé- sur la qualité de l’analyse. De plus, il
gieuse (et peut ne pas avoir été testée). quates soient faites auprès de la pop- faut s’assurer que les recommanda-
ulation (11), voire que les auto-tests tions soient suivies car il n’est pas ac-
Les tests antigènes antigènes soient progressivement rem- ceptable avec les connaissances ac-
Kritikos et al. a clairement démontré placés par des auto-prélèvements sui- tuelles que des tests antigènes soient
la très faible sensibilité analytique des vis de PCR (6). utilisés pour des personnes avec plus
tests antigènes, qui en comparaison, De plus, aujourd’hui il est reconnu de 4 jours de symptômes.
sur les mêmes échantillons de patients qu’avec le variant Omicron, un faux né- De plus, 2 ans après le début de
positifs par RT-PCR, n’étaient positifs gatif a des conséquences significatives l’épidémie, il n’est plus acceptable de
que pour 35 à 41% des tests antigènes en terme de contrôle de l’épidémie, vu justifier l’utilisation de tests antigènes
sur frottis nasopharyngés et 4 à 8% sur un taux de reproduction de 10. Ainsi, (y compris sous forme d’autotests)
frottis salivaires (Table 1), alors que les avec des sensibilités des tests anti- en raison d’une capacité (considérée
RT-PCRs nasopharyngés ont des sen- gènes estimés à une vingtaine de pour- comme) insuffisante en tests RT-PCRs.30 ED
N EW
UCSA T I O N P I P E T T E – S W I S S L A B O R AT O R Y M E D I C I N E | WWW. S U L M . C H NR. 1 | MÄRZ 2022
References
Il faut ajuster cette capacité et concen-
1. Ladoy A, Opota O, Carron PN, Guessous I, A, Opota O, Foerster M, Brouillet R, Senn L,
trer l’activité des acteurs pré-analyt- Vuilleumier S, Joost S, Greub G. Size and Lienhard R, Egli A, Pantaleo G, Carron PN,
iques sur l’échantillonnage de qualité duration of COVID-19 clusters go along with Greub G. Implementing SARS-CoV-2 Rapid
a high SARS-CoV-2 viral load: A spatio-tem- Antigen Testing in the Emergency Ward of a
plutôt que diversifier leur formation poral investigation in Vaud state, Switzer- Swiss University Hospital: The INCREASE
en tentant d’en faire des apprentis land. Sci Total Environ. 2021 Sep Study. Microorganisms. 2021 Apr
laborants. Au vu de leur sensibilité 15;787:147483. 10;9(4):798.
2. Opota O, Brouillet R, Greub G, Jaton K. 9. Egli A, Lienhard R, Jaton K, Greub G. Rec-
et spécificité imparfaite (4, 7, 8), les Comparison of SARS-CoV-2 RT-PCR on a ommendation of the Swiss Society of Micro-
tests antigènes doivent être progres- high-throughput molecular diagnostic plat- biology for usage of SARS-CoV-2 specific
form and the cobas SARS-CoV-2 test for antigen tests. Pipettes. 2020:18-20. https://
sivement abandonnés, afin d’éviter (i)
the diagnostic of COVID-19 on various clini- www.sulm.ch/pipette_magazin/files/pi-
de fausses impressions de sécurité et cal samples. Pathog Dis. 2020 Nov pette/2020-06/pipette_6-2020-018_Adrian-
(ii) des contaminations secondaires de 11;78(8):ftaa061. Egli-et-al_Recommendation-of-the-Swiss-
3. Marquis B, Opota O, Jaton K, Greub G. Im- Society-of-Microbiology-for-usage-of-SARS-
gens vulnérables suite à des résultats pact of different SARS-CoV-2 assays on lab- CoV-2-specific-antigen-tests.pdf
faux négatifs de leurs contacts (11). oratory turnaround time. J Med Microbiol. 10. Greub G, Caruana G, Schweitzer M, Imperi-
2021 May;70(5):001280. ali M, Muigg V, Risch M, Croxatto A, Opota
Il est également important de consi-
4. Kritikos A, Caruana G, Brouillet R, Miroz JP, O, Heller S, Albertos Torres D, Tritten ML,
dérer au côté des RT-PCR, les analy- Abed-Maillard S, Stieger G, Opota O, Crox- Leuzinger K, Hirsch HH, Lienhard R, Egli A.
ses de génomique SARS-COV-2 qui atto A, Vollenweider P, Bart PA, Chiche JD, Multicenter Technical Validation of 30 Rapid
Greub G. Sensitivity of Rapid Antigen Test- Antigen Tests for the Detection of SARS-
permettent le typage et qui apportent ing and RT-PCR Performed on Nasopharyn- CoV-2 (VALIDATE). Microorganisms. 2021
des utiles sur la résistance du virus geal Swabs versus Saliva Samples in CO- Dec 15;9(12):2589.
au traitement (par exemple mutation VID-19 Hospitalized Patients: Results of a 11. Coste AT, Egli A, Greub G. Self-testing for
Prospective Comparative Trial (RESTART). SARS-CoV-2: importance of lay communi-
340 conférant une résistance au trait- Microorganisms. 2021 Sep 9;9(9):1910. cation. Swiss Med Wkly. 2021 Jun
ement de Sotrovimab). Il faut aussi 5. Greub G, Sahli R, Brouillet R, Jaton K. Ten 5;151:w20526.
years of R&D and full automation in molecu- 12. Meriem Bekliz, Francisco Perez-Rodriguez,
considérer dans l’arsenal des tests
lar diagnosis. Future Microbiol. Olha Puhach, Kenneth Adea, Stéfane
SARS-CoV-2 les sérologies et dosages 2016;11(3):403-25. Marques Melancia, Stephanie Baggio, Anna-
des anticorps neutralisants, et pour 6. Greub G, Lienhard R, Egli A. Recommenda- Rita Corvaglia, Frédérique Jacquerioz-
tions of CCCM-SSM SARS-CoV-2 diagnos- Bausch, Catia Alvarez, Manel Essaidi-Lazi-
ces différentes méthodes, il est impor- tics working group on indications and limita- osi, Camille Escadafal, Laurent Kaiser,
tant que des tarifs OFAS qui couvrent tions of the SARS-CoV-2 PCR testing from Isabella Eckerle. Sensitivity of SARS-CoV-2
correctement les coûts effectifs soient saliva. First draft written on 6.12.2020 and antigen-detecting rapid tests for Omicron
final version published online on 21.12.2020 variant. MedRxiv 2022, https://doi.org/10.11
proposés et que les indications soient on the SSM website: https://www.swissmi- 01/2021.12.18.21268018. https://www.me-
bien identifiées. crobiology.ch/en/sars-cov-2-pcr-tests drxiv.org/content/10.1101/2021.12.18.2126
7. Caruana G, Lebrun LL, Aebischer O, Opota 8018v2.article-info
O, Urbano L, de Rham M, Marchetti O, 13. Caruana G, Croxatto A, Coste AT, Opota O,
Correspondence
Greub G. The dark side of SARS-CoV-2 Lamoth F, Jaton K, Greub G. Diagnostic
Gilbert.Greub@chuv.ch
rapid antigen testing: screening asymptom- strategies for SARS-CoV-2 infection and in-
atic patients. New Microbes New Infect. terpretation of microbiological results. Clin
2021 Jul;42:100899. Microbiol Infect. 2020 Sep;26(9):1178-1182.
8. Caruana G, Croxatto A, Kampouri E, KritikosVous pouvez aussi lire
