Serveur Multi-Terminologies - Meetup Health Data Hub ANS 03/06/2021 - CGTS - Documentation du SNDS
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Serveur Multi-Terminologies
Meetup Health Data Hub ANS
03/06/2021 - CGTS
Sommaire
La naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et gouvernance
u Le SMT
Le projet SMT
u Ontologies et standards sémantiques
u Modélisation des terminologies : Métier et sémantique
u Fonctionnement du SMT
< Catalogue des terminologies
< Catalogue des concepts
u Temps d’échange
Les services SMT
u Traduction automatique
u Consommation automatique : API, SPARQL et FHIR.
u Alignement
u Temps d’échange
2
La naissance du SMT 3
La naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et
gouvernance
u Le SMT
4
La naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et
gouvernance
u Le SMT
5
Historique
Des constats… …deux décisions fondatrices
Hétérogénéité des processus de gouvernance, de
1 publication des Terminologies en France
• Le 10 avril 2018, le Copil « terminologies du
domaine santé-social » désigne l’ANS pour
être la maîtrise d'ouvrage opérationnelle de la
L’éventail actuel des Terminologies en usage ne permet mise à disposition des terminologies de
2 pas de couvrir de façon optimale l’ensemble des besoins référence ;
• Le CGTS est inscrit dans la feuille de route «
3 Croissance continue du volume de Terminologies à gérer Accélérer le virage numérique » Dans le
cadre de la stratégie « Ma santé 2022 » .
Les utilisateurs souhaitent un guichet unique de
4 publication des Terminologies et des services
d’accompagnement
5 Peu de norme de qualité de gestion de Terminologie
(format, mise à jour, accès, conditions d’utilisation)
6 Un benchmark international montrant des structures
opérationnelles (NL, Allemagne, Canada, Norvège)
6 | Meetup ANS SMT
La naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et
gouvernance
u Le SMT
7
Le Centre de Gestion des Terminologies de Santé (CGTS)
Diffuser Accompagner Améliorer Définir
les terminologies de le développement de la qualité des échanges les normes et standard
référence l’interopérabilité interprofessionnels pour la structuration des
sémantique données
8 | Meetup ANS SMT
Le CGTS en résumé
Instances internationales
Comité de pilotage
E-health centers, OMS,
Interopérabilité
Gouvernances internationales
CGTS
Publication standardisée
Terminologies
Cercle SMT Industriels
d’experts
Centre Jeux de valeurs
de gestion Alignements
Traduction
Terminologies MOA
CONTRÔLE
de santé Offre de services
Autres utilisateurs de
(MOA) Recueil des besoins
TESTS Documents Formation Terminologie de santé
Outils (PF) de tests
Licence utilisation
Unités de production
Production et
Terminologies Maintenance des
Techn Med. Terminologies
NOS ROR SI-SAMU CISP2 LOINC ORPHA ADICAP CIM
Virtuel
X…
Lab
Assistance
Utilisateurs
Unités de Orphanet
production ANS ANSM ADICAP ATIH Médicabase YYY
INSERM Contrat avec le CGTS
9 | Meetup ANS SMT
La naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et
gouvernance
u Le SMT
10La gouvernance du CI-SIS : comitologie et rôles
Le CGTS est une instance au service de la gouvernance du CI-SIS
Ø COPIL
Ø Objectif : Alignement de la stratégie des institutionnels du secteur de la santé et du médico-social. Donne les orientations de la
feuille de route d’interopérabilité
Ø Bénéfice attendu : L’implication institutionnelle va faciliter les usages les usages des référentiels d’interopérabilité sur le terrain
Ø Composition : DNS, Les financeurs de l’ANS ANS, CNAM, CNSA, les administrations centrales (DGOS, DGS, DGCS) et les
agences/groupes publics partenaires (Healthdata hub, HAS, GIE SV).
Ø Comité de concertation
Ø Discussion et Priorisation des expressions de besoins selon les orientations du COPIL, fixation de la feuille de route
Ø Arbitrages renvoyés au COPIL
Ø Composition : membres du Copil, fédération d’industriels, Interop’Santé, fédération des établissements de santé, représentants
des professionnels de santé, des Grades/ARS ….
Ø Comités de suivi (syntaxique/sémantique/tests)
Ø Suivre la mise en œuvre de la feuille de route
Ø Alerter sur les problèmes de mise place/usages
Ø Faire émerger et discuter les nouveaux besoins.
11 | Meetup ANS SMTFocus sur l’adoption de ressources sémantiques
Etude métier
Ø Identification des besoins
sémantiques (domaines,
granularité, besoin point A, vs
besoins point B, etc...) ;
Ø Etat des lieux des référentiels
existants, cartographie en fonction
des cas d'usage ;
Ø Préconisation et validation des
besoins en référentiels (priorité aux
Terminologies en usage) ;
Publication
Ø Rapprochement avec/ ou
construction d'UP pour la
production de référentiels ;
Ø Pérennisation/Mise en qualité des
référentiels.
12 | Meetup ANS SMTL’écosystème terminologiques
Un ensemble lié de ressources sémantiques dans différents domaines de
connaissances spécifiques
Environnement Parcours de soins
PS, ES, caractéristiques socioprofessionnelles etc…
Conditions :
Maladies , symptômes
Mesures :
Site et type d’Observations :
Capacités fonctionnelles ,
Anatomie, Cytopathologie
Examens et résultats
génomique,
questionnaires
Procédures Produits de santé
Médicales, soins de suite Médicaments, Dispositifs
https://www.hetop.eu/hetop/documentation/sem_net.htm
CHU Rouen, LIMICS, HeTOP terminologies de recherche
13 | Meetup ANS SMTLe catalogue des Terminologies de Santé
CIM 11
CIM-O
ICF
ICHI
Medicabase/IDMP
Referentiel Ucd
Cladimed /CND/EMDN
Referentiel e-prescription (médecin)
LPPR
Referentiel UID
+ NRT (ANSM)
HGNC
HPO
NCBI Taxon
SNOMED CT
Mise en Qualité, Mise sous gestion Terminologies en instruction
14 | Meetup ANS SMTDéfinition de la feuille de route 2020 CGTS
3 groupes de priorité peuvent être définis (chiffres basés sur l’analyse globale)
15 | Meetup ANS SMTCGTS : plan à 3 mois (décembre 2020)
Mission 1 : Analyse des besoins, Evaluation de terminologies, Instruction de la mise sous gestion
Cadrage action CCAM LOINC radiologie
1- sourcing editeur 1- Diagnostic Travaux SNOMED CT
2- Analyse Format dbf NX 2- Sourcing Cadrage médicament (licences/cas d'usage, traductions, juridiques)
1- Cible (ATC/DCI, MV, CIS, UCD, CIP)
NCBI Taxonomy 2- Faisabilité
3- License ATC /UP ATC FR
CIM 11 (définir JdV allergènes) 1- Définition de l’UP
2- Définition du périmètre
3- Preparation du format
Mission 2 : Publication de terminologies sur le SMT
Préparation de l’intégration
CIM -10 Medicabase CCAM (formatage)
de LOINC sur SMT
CIM-11(traduction & formatage)
Mission 3 : Accompagnement et Support
LOINC SMT Développement de l’offre de
Formations CIM10- CIM 11
(documentation - accompagnement OWL) Réflexion backlog de la v3 service « traductions »
LEGENDE :
16 | Meetup ANS SMT
A réaliser a minima dans le cadre du ccOMSLa naissance du SMT
u Historique
u Le CGTS
u Feuille de route et
gouvernance
u Le SMT
17Le SMT : Contexte et enjeux
Contexte
Face à :
• à l’accélération du Virage Numérique de l’ANS, Enjeux
• la croissance continue du nombre de
Terminologies,
• au manque d’harmonisation des processus de
gestion des Terminologies, La mise en œuvre de ce serveur multi-terminologies
• à l’hétérogénéité des formats, des canaux de permet alors à l’ANS de répondre aux enjeux de :
publication et de support.
• Standardisation de la diffusion des Terminologies
L’ANS, se dote d’un serveur multi-terminologies via un point d’entrée unique et institutionnel à
afin d’assurer un service de publication des destination des professionnels et du grand public ;
terminologies public et gratuit via un guichet unique. • Centralisation de l’hébergement et de la gestion
des Terminologies ;
• Amélioration des processus de gestion et de
diffusion des Terminologies au sein de l’ANS ;
• Constitution d’un service de référence
18 | Meetup ANS SMTDu catalogue au SMT
L’ANS, par l'intermédiaire de son Centre de Gestion des Terminologies de Santé (CGTS), assure la
création d'un Espace de Confiance des Terminologies du secteur santé-social en se rapprochant des Catalogue du CGTS
acteurs producteurs de Terminologies appelés « Unités de production ». Terminologies
Au sein de cet espace de confiance, le CGTS met à disposition les Terminologies et leurs
métadonnées qui constituent, dès lors, une « base de termes de référence ».
Les industriels, éditeurs, et institutions peuvent compter sur cet espace de confiance et sur la « base de
termes de référence » qu’il produit pour dématérialiser leurs échanges d’informations médico-sociales.
Le catalogue actuel du CGTS, regroupant 32 terminologies (ou liens vers les terminologies), n’est pas
interopérable : Les terminologies peuvent être téléchargées et consultées, mais elles ne peuvent pas
être mises en relation.
Catalogue du CGTS
Terminologies
Le SMT va permettre de créer des liaisons entre les terminologies.
Le projet « Mise en œuvre d’un service de gestion et de publication de Terminologies » passe par
l’acquisition et la mise en œuvre d’un serveur multi-terminologies (SMT).
Cet objectif a pour finalité le développement d’une offre de service à destination des gestionnaires et
consommateurs (industriels, professionnels de santé) de Terminologies, en lien avec le CGTS.
19 | Meetup ANS SMTLe SMT : l’outillage du CGTS
Gestion Publication
Le SMT concentre Le SMT permet de
toutes les Terminologies mettre à disposition de
mises à disposition par tous les acteurs les
le CGTS. C’est ici A ce jour… Terminologies gérées.
qu’elles pourront être
32 au catalogue du CGTS et
gérées (version,
13 à l’étude
évolution,…)
01 04
02 03
Validation Mise en relation
Avant la mise à
Réelle valeur ajoutée du
disposition, une
SMT, la mise en relation
Terminologie doit être
de concepts entre
validée. Son format,
Terminologies facilite
mais également son
grandement
contenu, doit être
l’interopérabilité.
analysé.
20 | Meetup ANS SMTLe SMT : les acteurs cibles du projet
Les unités de production internes à l’ANS Les unités de production partenaires de Les unités de production externes à l’ANS :
(services métier et infrastructure) : SI SAMU, l’ANS : une UP partenaire peut confier à l’ANS une UP externe peut profiter du canal de
ROR, SI CAP, NOS, SI MDPH, Jeu de valeurs une ou plusieurs Terminologies dont elle est publication institutionnel smt.esante.gouv.fr,
« circuit de la biologie », etc. responsable pour gestion dans le SMT et qui peut renvoyer un utilisateur vers le site de
publication sur smt.esante.gouv.fr (exemple : l’UP via l’affichage de liens hypertextes.
WONCA / CISP Club pour la gestion de la
CISP-2, ...).
Les établissements de santé, comme les Les maitrises d’ouvrages nationales et Les éditeurs de logiciels :
départements d’information médicale (DIM) ou régionales : ARS, etc. ils accèdent aux Terminologies mises à
les professionnels de santé : en tant disposition par l’ANS, en consultation et en
qu’utilisateurs finaux de logiciels métiers téléchargement, via le site smt.esante.gouv.fr.
mettant à disposition des fonctionnalités de Grâce à cela, les éditeurs peuvent développer
codage ou des d’échanges dématérialisés. des solutions à valeur ajoutée pour leurs
clients.
21 | Meetup ANS SMTLe projet SMT
u Ontologies et standards
sémantiques
u Modélisation des
terminologies : Métier et
sémantique
22
u Fonctionnement du SMTLe projet SMT
u Ontologies et standards
sémantiques
u Modélisation des
terminologies : Métier et
sémantique
23
u Fonctionnement du SMTLes principes FAIR et Five Stars
Critère de sélection
Findable Licence
ouverte
des référentiels
Accessible
Interoperable Réseau
inter-ressource
Link Open
Data Computable
Données
Reusable 5 étoiles
RDF Standard Format non
RDFS Web propriétaire
OWL
SKOS
24 | Meetup ANS SMTLangages du web sémantique
Ontologie : En informatique, une ontologie permet de représenter un domaine de connaissance en utilisant un
vocabulaire défini formellement et composé de classes et de relations.
RDF
RDFS
OWL
SKOS
Organisation en Enrichissement Réseau sémantique Réseau inter-
hiérarchie terminologique des défini par une ressources par
classes logique formel alignements
Exploitation de données
Navigation Indexation, annotation, Raisonnement
structurée par d’autres
recherche textuelle automatique
ressources
25 | Meetup ANS SMTLe projet SMT
u Ontologies et standards
sémantiques
u Modélisation des
terminologies : Métier et
sémantique
26
u Fonctionnement du SMTHarmoniser les ontologies pour faciliter leurs usages
L’ANS a mis en place une ligne éditoriale des ontologies hébergées dans le SMT permettant d’uniformiser les
éléments communs entre différentes ressources.
skos:notation : identifiant Organisation rdfs:subClassOf
rdfs:label : libellé en hiérarchie
Enrichissement skos:altLabel Réseau inter- skos:exactMatch
terminologique xskos:inclusion ressources par skos:broaderMatch
des classes alignements skos:narrowerMatch
27 | Meetup ANS SMTProcessus de modélisation et publication
Récupération de Talend Validation métier API
la ressource
FHIR
initiale TopBraid
Sparql
SMT Utilisation
Analyse des Production au Mise en production
éléments à format OWL SMT
modéliser
OWLAPI
Mise à jour
28 | Meetup ANS SMTLe projet SMT
u Ontologies et standards
sémantiques
u Modélisation des
terminologies : Métier et
sémantique
29
u Fonctionnement du SMTFonctionnement du SMT
Catalogue SMT
• Métadonnées
• Recherche d’une terminologie
• Télécharger une terminologie
Recherche et exploration des terminologies
• Recherche des concepts
• Affichage d’un concept
• Affichage hiérarchique
30Les services SMT
u Traduction automatique
u Consommation automatique :
API, SPARQL et FHIR.
u Alignement
31Les services SMT
u Traduction automatique
u Consommation automatique :
API, SPARQL et FHIR.
u Alignement
32Traduction automatique : architecture
Pipeline d’entrainement
Module de traduction
APIs de
traduction
Utilisateurs
Application
Web (site)
Admin Interface
Konstantinos Skianis, Yann Briand, Florent Desgrippes: Admin
Evaluation of Machine Translation Methods applied to Medical
Terminologies.Les services SMT
u Traduction automatique
u Consommation automatique :
API, SPARQL et FHIR
u Alignement
34API
https://smt.esante.gouv.fr/api-docs/
35 | Meetup ANS SMTSPARQL 36 | Meetup ANS SMT
SPARQL 37 | Meetup ANS SMT
Le service FHIR du SMT FHIR Terminology Service: ressources FHIR liées à la gestion des terminologies 38 | Meetup ANS SMT
Le service FHIR du SMT
FHIR Terminology Service: ressources FHIR liées à la gestion des terminologies
+ opérations Rest
translate CRUDSH
expend,
CRUDSH validate-
code
CRUDSH lookup,
CRUDSH validate-code,
39 | Meetup ANS SMT
subsumesLes services SMT
u Traduction automatique
u Consommation automatique :
API, SPARQL et FHIR.
u Alignement
40Vers un service d'alignement automatique
Word Embedding,
Clustering
41 | Meetup ANS SMTAlignement
Dans le SMT :
1. Intégration des alignements dans le SMT (valides, automatiques validés et/ou manuels).
2. CIPC2 ->CIM-10 déjà visible sur les termes CISP2 (exemple: asthme).
Collaborations :
1. Dictionnaire CépiDC et AP-HP vers CIM-11 (traduite par l'ANS).
2. Orphanet vers CIM-11
3. Pathos vers CIM-11.
42 | Meetup ANS SMTesante.gouv.fr
Le portail pour accéder à l’ensemble
des services et produits de l’agence
du numérique en santé et s’informer
sur l’actualité de la e-santé.
@esante_gouv_fr
linkedin.com/company/agence-du-numerique-en-santeVous pouvez aussi lire
