AT 12 Biotechnologies - Thème : ECBU Semaine 5 Antibiogramme d'un germe responsable d'une infection urinaire - Biotechnologies Lycée ...
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AT 12 Biotechnologies
Thème : ECBU
Semaine 5
Antibiogramme d’un germe
responsable d’une infection urinaire
Yves DABAT Ste-Anne ANGLET
Antibiogramme
Antibiogramme en milieu solide de
Mueller Hinton
INTRODUCTION
J1 : Antibiogramme
LES ANTIBIOTIQUES :
Molécule qui détruit ou bloque la croissance
des bactéries
Les AB ne guérissent que les infections
bactériennes
Ils sont inactifs sur les autres « microbes »
(les virus, les parasites, les champignons)
Aucun Ab n’est actif sur
l’ensemble des bactéries
J1 : Antibiogramme
LES ANTIBIOTIQUES :
BACTERIES VIRUS
Ex: E. Coli (infection urinaire) Ex: v.influenzae (grippe)
TT= ANTIBIOTIQUES TT= ANTIVIRAUX
(ou symptomatique)
PARASITES
CHAMPIGNONS
Ex: sarcoptes (gale)
Ex: C Albicans (mycose buccale)
TT= ANTIFONGIQUES TT= ANTIPARASITAIRES
J1 : Antibiogramme LES ANTIBIOTIQUES : Chez l’homme 2 types de bactéries Commensales Pathogènes Les antibiotiques ne doivent détruire que les bactéries pathogènes !
Antibiogramme
Antibiogramme en milieu solide de
Mueller Hinton
Jour 1
J1 : Orientation
MACROSCOPIE
On dispose d’une souche pure isolée sur une gélose
lactosée au BCP. Lecture du milieu :
Observation :
Un seul type de colonies.
Les colonies sont de type M,
translucides.
Le milieu a viré du violet au jaune sous
les colonies.
Les bactéries sont donc lactose+.
J1 : Orientation
MACROSCOPIE
On dispose d’une souche pure isolée sur une gélose
lactosée au BCP. Lecture du milieu :
Interprétation :
Les bactéries ont dégradé le lactose en
composés acides.
Le pH a diminué.
L’indicateur coloré est passé du violet au
jaune.
J1 : Orientation
MACROSCOPIE
On dispose d’une souche pure isolée sur une gélose
lactosée au BCP. Lecture du milieu :
Conclusion :
Les bactéries sont non-exigeantes et
lactose +
J1 : Orientation
Étude microscopique :
Gram :
BGN polymorphes, 2 à 8 µm de longs
pour 1 µm de large, extrémités
arrondis.
Beaucoup de coccobacilles, coloration
bipolaire, en amas irréguliers.
État frais :
Bacilles mobilesJ1 : Orientation
Recherche de l’oxydase :
Bactéries oxydase moinsJ1 : Orientation
Orientation (caractères de famille) :
BGN
Famille des
Non-exigeants
Enterobacteriaceae
Oxydase moins
On peut supputer que la bactérie fait partie du groupe des
Coliformes qui contient quatre genres lactoses + :
Genres Escherichia, Klebsiella, Citrobacter et Enterobacter.J1 : Antibiogramme
Antibiogramme : On ensemence un milieu de Mueller
Hinton par la technique de l’écouvillonnage :
Matériel
Isolement sur milieu
non-sélectif
2 tubes de 5 ml EDS
1 pipette Pasteur
MacFarland 0,5
1 Mueller Hinton
1 écouvillon stérile
6 disques Ab
Abaque
Pince métalliqueJ1 : Antibiogramme Milieux en fonction des bactéries Organismes Milieu Enterobactéries Pseudomonasspp. Stenotrophomonas maltophilia Acinetobacterspp. Staphylococcusspp. Enterococcusspp. Gélose de Mueller-Hinton
J1 : Antibiogramme Milieux en fonction des bactéries Streptococcus pneumoniae Streptococcus des groupes A, B, C et G Streptocoques du groupe viridans Haemophilusspp. Moraxella catarrhalis Listeria monocytogenes Pasteurella multocida Campylobacter jejunietC.coli Corynebacteriumspp. Gélose de Mueller-Hinton + 5% de sang de cheval défibriné + 20 mg/L β-NAD (MH-F)
J1 : Antibiogramme On prépare une dilution au 1/100 en EDS : Dans un tube EDS 5 mL, on prépare une suspension d’opacité Mac Farland 0,5. On dilue cette suspension au 1/100 : 1 goutte dans 5 mL d’EDS.
J1 : Antibiogramme On ensemence un milieu de Mueller Hinton par la technique de l’écouvillonnage : On trempe l’écouvillon dans la suspension diluée au 1/100
J1 : Antibiogramme On ensemence un milieu de Mueller Hinton par la technique de l’écouvillonnage : Trois beurrages à 3 fois soixante degrés. Technique
J1 : Antibiogramme On ensemence un milieu de Mueller Hinton par la technique de l’écouvillonnage : Trois beurrages à 3 fois soixante degrés. Technique
J1 : Antibiogramme
On ensemence un milieu de Mueller Hinton par la
technique de l’écouvillonnage :
Trois
beurrages Technique
à 3 fois
soixante Il existe des
degrés. méthodes
automatiquesJ1 : Antibiogramme On dépose ensuite les six antibiotiques fournis grâce à une abaque (boîte posée sur l’abaque) :
J1 : Antibiogramme
Il existe des
distributeurs
automatiques qui
distribuent 4 ou 6
disques en même
temps.J1 : Antibiogramme Aspect de la boîte après dépôt des disques : Voici les disques posés. On incube la boîte 24 heures à 37°C
J1 : Antibiogramme Résumé du protocole d’inoculation des boîtes : • Partir de colonies obtenues après une nuit de culture sur des milieux non sélectifs. • Ajuster l’inoculum de façon à obtenir un trouble comparable à celui du tube 0.5 de la gamme de McFarland de préférence à une méthode spectrométrique. Utiliser l’inoculum ainsi préparé dans un délai 15 minutes. • Plonger un écouvillon stérile dans la suspension bactérienne , rejeter l’excès de liquide en tournant sur la paroi interne du tube. • Bien étaler l’inoculum sur la totalité de la surface de la gélose • Après ensemencement des boîtes, déposer les disques dans un délai maximum de 15 minutes et incuber les boîtes dans un délai maximum de 15 minutes.
J1 : Antibiogramme LA REGLE DES TROIS FOIS 15 MINUTES : • Utiliser l’inoculum dans les 15 minutes suivant sa préparation sans jamais dépasser 60 minutes. • Appliquer les disques dans les 15 minutes qui suivent l’inoculation des boîtes. • Incuber dans les 15 minutes qui suivent l’application des disques.
J1 : Antibiogramme
Diffusion des antibiotiques pendant l’incubation :
Pendant 24 heures les
bactéries se multiplient pour
donner des colonies tandis
que les antibiotiques
migrent lentement dans la
gélose.J1 : Antibiogramme
Diffusion des antibiotiques pendant l’incubation :
Début :
Le disque vient d’être posé
à la surface de la gélose.
Fin :
Pendant 24 h,
l’antibiotique migre
lentement dans la gélose
en créant un gradient de
concentration.Antibiogramme
Antibiogramme en milieu solide de
Mueller Hinton
Jour 2J2 : Antibiogramme Lecture des résultats : On mesure la valeur de tous les diamètres d’inhibition en millimètres. Pour chaque antibiotique, on compare le diamètre mesuré aux valeurs des diamètres critiques « d » et « D » qui correspondent aux concentrations critiques en antibiotiques « C » et « c ».
J2 : Antibiogramme Lecture des résultats : Aspect de la boîte après 24 h d’incubation à 37°C.
J2 : Antibiogramme
Lecture des résultats :
On mesure
le diamètre
d’inhibition
avec une
règle
Diamètre
d’inhibition =
28 mmJ2 : Antibiogramme Lecture des résultats : Aux regards des concentrations et des diamètres critiques sont considérées comme : • Sensibles(S), les souches pour lesquelles la CMI de l'antibiotique testé est inférieure ou égale à la concentration critique basse (c), ce qui équivaut à un diamètre supérieur ou égal au diamètre critique D; • Résistantes (R), les souches vis-à-vis desquelles la CMI de l'antibiotique testé est supérieure à la concentration critique haute C, correspondant à un diamètre inférieur au diamètre critique d; • De sensibilité intermédiaire (I), les souches vis-à-vis desquelles la CMI de l'antibiotique testé et du diamètre correspondant sont compris entre les deux concentrations critiques et les deux diamètres critiques.
J2 : Antibiogramme Lecture des résultats :
J2 : Antibiogramme Lecture des résultats :
J2 : Antibiogramme
Lecture des résultats :
Germe résistantJ2 : Antibiogramme
Lecture des résultats :
Germe intermédiaireJ2 : Antibiogramme
Lecture des résultats :
Germe sensibleJ2 : Antibiogramme
Lecture des résultats :
Exemple de lecture d’une zone d’inhibition pour GM
Le diamètre
d’inhibition est
supérieur à D ;
La CMI est donc
inférieure à la CCI
(c) ;
Le germe est donc
sensible à cet
antibiotique.J2 : Antibiogramme Lecture des résultats : Trois catégories cliniques ont été retenues pour l'interprétation des tests de sensibilité in vitro : Sensible (S), Résistant (R) et Intermédiaire (I). • Les souches catégorisées S sont celles pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est forte dans le cas d’un traitement par voie systémique avec la posologie recommandée dans le résumé des caractéristiques du produit (RCP). • Les souches catégorisées R sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique quels que soient le type de traitement et la dose d'antibiotique utilisée. • Les souches catégorisées I sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible. Ces souches forment un ensemble hétérogène pour lequel les résultats obtenus in vitro ne sont pas prédictifs d'un succès thérapeutique
J2 : Antibiogramme
Interprétation des résultats :
Sigle Diamètre zone CMI ? Conclusion :
Nom Ab inhibition (mm) R = résistant
Ab À comparer avec c et C I = intermédiaire
S = sensible
Tétracycline TE 19 S
Ampicilline AM 5 R
Gentamycine GM 25 S
Néomycine N 25 S
Kanamycine K 23 S
Pénicilline P 19 RJ2 : Antibiogramme Interprétation des résultats : Une thérapie est inenvisageable pour les quatre antibiotiques : Tétracycline, Kanamycine, Néomycine et Gentamycine. Une thérapie est impossible avec les deux antibiotiques : Pénicilline et ampicilline. Conclusion L’antibiotique le plus approprié semble être la gentamycine car c’est lui qui présente le plus grand diamètre d’inhibition sur milieu MH.
CONCLUSION Conclusion à la semaine 5
CONCLUSION Toutes ces techniques permettent de conclure sur la résistance ou la sensibilité de la souche d’E. coli à divers antibiotiques. Elles permettent aussi de dire si un antibiotique est utilisable ou non pour une thérapie.
CMI et Antibiogramme
Semaine 5 : Antibiotiques
FIN
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