BIOEPAR Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque en santé animale Sélection de résultats de recherche 2015-2018
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BIOEPAR
Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque en santé animale
Sélection de résultats de recherche 2015-2018
www.angers-nantes.inra.fr/bioepar
Une sélection de nos résultats de recherche en
Santé animale (biologie, épidémiologie et analyse de risque)
Prédire l’imprévisible ? Moustiques & météo
Du modèle de recherche à l’outil d’aide à la décision
Diffusion aérienne de la fièvre Q
Du vent et des vaches
Maîtrise de la paratuberculose bovine
Durée de gestation raccourcie lors d’infection virale chez la vache
Mieux surveiller la santé du troupeau en élevage Bio
Mieux évaluer l’apport du conseil en élevage
La dose d’antibiotique ne fait pas la résistance...
Traitement anthelminthique sélectif chez la génisse laitière
Rationaliser les traitements anthelminthiques
Strongles gastro-intestinaux chez la chèvre
Vaccination contre la babésiose des ruminants : une course de vitesse ?
Vaccination contre la piroplasmose ovine
Des pratiques vers-tueuses
Stratégies de contrôle des maladies vectorielles
Les micro-mammifères, les tiques et les paysages agricoles
Quels gènes s’expriment chez les tiques ?
La vache, le lait et les oméga-3
Intérêt du croisement pour les troupeaux Holstein
Traiter plus vite les bronchopneumonies infectieuses bovines
Réduction de l’usage des antibiotiques en élevage porcin
2015 - 2018
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
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Prédire l’imprévisible ? Moustiques & météo
Vers une aide à la surveillance des populations de moustiques en environnements fortement
variables
espèce particulière dans une zone donnée sur plusieurs années. Pour cela, il suffit de préciser
le genre de l’espèce, les valeurs numériques de ses paramètres biologiques, et les variables
météorologiques de la zone (pluviométrie, températures). Nous avons mis en évidence des
différences notables de périodes de forte abondance entre des espèces présentes dans une
même zone. Ainsi, en Camargue, Anopheles hyrcanus présente un pic d’abondance marqué en
fin de période estivale (août-oct.), Culex pipiens a une abondance moindre mais plus précoce
(dès mi-juin), et Aedes caspius a une abondance fortement variable en lien avec les mises en
eau locales (naturelles ou non). Pour les trois genres étudiés, l’émergence des moustiques
(passage du stade immature aquatique au stade adulte aérien) a été identifiée comme une
phase clé de leur cycle de vie grâce à l’analyse de la sensibilité du modèle. Elle nécessite d’être
mieux connue pour améliorer la précision de nos prédictions.
Les moustiques sont vecteurs de maladies majeures, comme le paludisme, la dengue ou le Partenaires : ces résultats sont le fruit d’une collaboration scientifique initiée en 2008 entre
chikungunya. Leur abondance impacte directement le risque d’émergence de ces maladies. les unités BIOEPAR (Inra, Oniris), CMAEE (Inra, Cirad) et AGIRs (Cirad). Une complémentarité
Mieux prédire la variation d’abondance des moustiques de différentes espèces potentielle- d’expertises en modélisation mécaniste (P. Ezanno), géomatique (A. Tran) et entomologie (T.
ment vectrices de maladies est un enjeu majeur des gestionnaires, notamment pour mieux Balenghien) a été mobilisée dans le cadre de la thèse de P. Cailly et des stages de master de P.
cibler la surveillance et la lutte anti-moustique. Une approche intégrative de modélisation Cailly et M. Aubry-Kientz. Ces travaux ont été conduits en collaboration avec l’Entente Interdé-
mécaniste permet de tenir compte de toutes les connaissances disponibles à ce jour sur les partementale de Démoustication (EID-Méditerranée) et l’IRD.
espèces d’intérêt, et de fournir un outil prédictif aux gestionnaires en complément des suivis Publication associée : Ezanno P., Aubry-Kientz M., Arnoux S., Cailly P., L’Ambert G.,
de terrain classiquement réalisés. Toty C., Balenghien T., Tran A. (2015). A generic weather-driven model to predict mos-
Nous avons développé et validé un modèle mécaniste prédisant l’abondance des moustiques quito population dynamics applied to species of Anopheles, Culex and Aedes genera of
par stade du cycle de vie et au cours du temps, en fonction des conditions météorologiques. southern France. Preventive Veterinary Medicine. http://dx.doi.org/10.1016/j.prevet-
Ce modèle générique permet de représenter des espèces des genres Anopheles, Culex et Ae- med.2014.12.018.
des. Tenant compte de la diapause hivernale, il permet de prédire les effectifs par stade d’une Contact : Pauline Ezanno, UMR BIOEPAR, pauline.ezanno@oniris-nantes.fr
Du modèle de recherche à l’outil d’aide à la décision
Aide à la gestion des maladies infectieuses du bétail par la modélisation épidémiologique
prédictive
phie, conduite, commerce d’animaux) et à la transmission du virus entre animaux. Cet outil
représente un troupeau bovin allaitant de type naisseur et tient compte de la structuration
du troupeau en lots d’animaux. Différentes tailles et conduites de troupeau peuvent être
considérées. Cet outil est flexible d’utilisation, performant, et possède une interface web
pour une utilisation simplifiée. Il permet d’évaluer des stratégies de vaccination ciblées et
de dépistage-élimination via des critères épidémiologiques (persistance, prévalence, mor-
talités, avortements) et économiques (impact de la maladie, gains de maîtrise escomptés).
Notre outil prédit que le BVDV peut persister des années en l’absence de mesure de maîtrise,
même suite à une introduction unique. Lorsque ce virus est introduit en troupeau indemne,
sa circulation induit une forte diminution de la productivité du troupeau pendant 3 ans,
l’impact se réduisant lorsqu’une immunité de troupeau s’installe. En situation endémique,
des pertes annuelles moindres sont attendues, mais sont à mettre en balance avec la per-
L’infection des bovins par le virus du complexe de la maladie des muqueuses (Bovine Viral sistance du virus (les pertes cumulées pouvant être fortes) et avec le risque de transmission
Diarrhea Virus ou BVDV) engendre de nombreuses pertes pour les éleveurs. Il est difficile de aux autres troupeaux.
comparer des stratégies de maîtrise sur la seule base d’observations de terrain du fait de l’ab- Partenaires : cet outil est développé dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir MI-
sence de situation de référence. Une approche par modélisation prédictive s’avère alors perti- HMES (ANR-07-BINF-10), cofinancé par le FEDER des Pays de la Loire. Il est le fruit d’une col-
nente, car elle permet d’évaluer un large panel de situations, toutes choses égales par ailleurs. laboration entre l’unité BIOEPAR (Inra, Oniris), Inosys Réseaux d’élevages (Idele & Chambres
Cependant, les résultats des modèles épidémiologiques développés par la recherche sont diffi- d’Agriculture), et le Groupement de Défense Sanitaire de Bourgogne.
cilement transférables aux gestionnaires de la santé animale. Publication associée : Damman A., Viet A-F, Arnoux S., Guerrier-Chatellet M-C, Petit E,
Nous avons développé un outil d’aide à la gestion de la circulation du BVDV en élevage bovin Ezanno P. (2015). Modeling the spread of bovine viral diarrhea virus (BVDV) in a beef cattle
allaitant, permettant d’estimer les pertes attendues suite à la circulation du virus dans un herd and its impact on herd productivity. Veterinary Research 46:12, DOI 10.1186/s13567-
troupeau par rapport à une situation sans maladie, avec ou sans mise en œuvre de stratégies 015-0145-8.
de maîtrise. Notre outil tient compte des aléas liés à la dynamique de population (démogra- Contact : Pauline Ezanno, UMR BIOEPAR, pauline.ezanno@oniris-nantes.fr
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Diffusion aérienne de la fièvre Q
Vitesse du vent et prévalence dans le voisinage contribuent conjointement
chaque temps de mesure, nous avions également connaissance de la vitesse et de la
direction du vent, et d’une estimation du niveau de contamination des troupeaux voisins
(nombre de bactéries Coxiella burnetii présentes dans leur environnement et susceptibles
d’être dispersées par le vent). Nous avons alors montré que pour un troupeau encore
indemne, le risque qu’il s’infecte par voie aérienne était accru s’il se situait dans une zone
très ventée et si les troupeaux dans son voisinage, et localisés dans la direction principale
du vent, étaient fortement contaminés.
Le vent n’a donc d’impact que s’il existe des sources de contamination peu éloignées.
Pour maîtriser ce risque, il est nécessaire de mettre en œuvre des mesures permettant de
diminuer la prévalence de l’infection dans les troupeaux. Ainsi sur un territoire venté à
fréquence d’infection élevée, la vaccination des animaux apparaît indiquée pour protéger
les troupeaux encore indemnes.
La fièvre Q, causée par la bactérie Coxiella burnetii, est une maladie très répandue en Partenaires : cette étude a été réalisée dans le cadre du projet Investissement d’Avenir
élevage de ruminants. Elle en affecte les performances de reproduction ; c’est aussi ANR-10-BINF-07 (MIHMES), coordonné par P. Ezanno de l’UMR BIOEPAR, en partenariat
une zoonose pouvant engendrer chez l’homme des troubles de santé sévères. Tous les avec les Groupements de Défense Sanitaire de Bretagne.
scientifiques s’accordent quant au rôle majeur de la transmission aérienne dans la dif-
fusion de Coxiella burnetii entre troupeaux. Cependant les mécanismes impliqués dans Publication associée : Nusinovici S., Hoch T., Brahim M. L., Joly A., Beaudeau F. (2015).
ce processus sont mal connus. Nous les avons explorés afin de mieux définir les mesures The effect of wind on Coxiella burnetii transmission between cattle herds: a mecha-
nistic approach. Transboundary and Emerging Diseases. http://dx.doi.org/10.1111/
permettant de protéger les troupeaux encore indemnes.
tbed.12423.
Pour ce faire, nous avons suivi 95 troupeaux bovins laitiers du Finistère sur une période Contact : François Beaudeau, UMR BIOEPAR, francois.beaudeau@oniris-nantes.fr
d’un an, et déterminé leur statut infectieux tous les 4 mois. Pour chaque troupeau, et à
Du vent et des vaches
La transmission aérienne est majeure dans la propagation de la Fièvre Q
Pour ce faire, un modèle épidémiologique représentant la dynamique de transmission
de Coxiella burnetii par le vent et par les échanges commerciaux entre les troupeaux bo-
vins d’une région a été construit. L’application de ce modèle à la situation du Finistère a
permis de montrer que 92% des troupeaux nouvellement infectés l’étaient par voie aé-
rienne. Dans ces troupeaux, le niveau et la durée d’infection des animaux étaient limités,
alors qu’ils étaient élevés dans les troupeaux infectés suite à des échanges commerciaux.
Cette différence pourrait être due à des niveaux d’excrétion en général plus limités et
temporaires dans le cas des infections résultant de la transmission par voie aérienne à
partir d’autres troupeaux. De plus, ces deux modalités de transmission entre les trou-
peaux agissaient de façon indépendante.
Le modèle développé est actuellement utilisé pour évaluer a priori l’efficacité à long-
terme de différentes stratégies de vaccination et/ou de dépistage à l’échelle régionale.
La fièvre Q, causée par la bactérie Coxiella burnetii, est une maladie très répandue en Partenaires : cette étude a été réalisée dans le cadre du projet Investissement d’Avenir
élevage de ruminants, chez lesquels elle affecte essentiellement les performances de ANR-10-BINF-07 (MIHMES), cofinancé par le FEDER des Pays de la Loire, et coordonné
reproduction. C’est aussi une zoonose pouvant engendrer chez l’homme des troubles par P. Ezanno de l’UMR BIOEPAR (Oniris-Inra), en partenariat avec les Groupements de
de santé parfois sévères. La propagation de Coxiella burnetii entre troupeaux bovins ré- Défense Sanitaire de Bretagne.
sulte d’une part, de la transmission par voie aérienne d’aérosols contenant la bactérie,
et d’autre part de l’introduction par achat d’animaux infectés dans un troupeau encore Publication associée : Pandit P., Hoch T., Ezanno P., Beaudeau F., & Vergu E. (2016).
indemne. Cependant, l’importance relative de ces deux voies de transmission est mal Spread of Coxiella burnetii between dairy cattle herds in an enzootic region: modelling
connue. Nous l’avons estimée afin de mieux orienter les mesures permettant de protéger contributions of airborne transmission and trade. Veterinary Research, 47(1), 48. DOI:
les troupeaux encore indemnes. http://dx.doi.org/10.1186/s13567-016-0330-4.
Contact : Pauline Ezanno, UMR BIOEPAR, pauline.ezanno@oniris-nantes.fr
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Maîtrise de la paratuberculose bovine
Nécessité de changer de stratégie
Ainsi, un modèle épidémiologique a été construit pour représenter la dynamique de
propagation de Map au sein de troupeaux et entre les troupeaux d’une région par les
échanges commerciaux. Ce modèle a permis d’évaluer, par simulation, l’efficacité de
stratégies de maîtrise sur la propagation de Map en région Bretagne.
Les résultats indiquent clairement que l’extinction de la paratuberculose bovine ne peut
être atteinte à moyen terme avec les stratégies disponibles actuellement. Cependant, il a
été possible d’identifier des combinaisons de mesures de maîtrise permettant le contrôle
de la propagation de Map.
Tout en soulignant les difficultés liées au contrôle de la paratuberculose, ce travail pose
les bases pour des outils flexibles et efficaces pour aider les décideurs en santé animale à
définir des stratégies de maîtrise pertinentes au niveau régional.
Partenaires : cette étude a été réalisée dans le cadre du projet Investissement d’Avenir
La paratuberculose bovine, causée par la bactérie Mycobacterium avium subsp. para- MIHMES, cofinancé par le FEDER des Pays de la Loire, et coordonné par P. Ezanno de
tuberculosis (Map), est l’une des maladies les plus importantes chez les bovins laitiers. l’UMR BIOEPAR, en partenariat avec l’UR MaIAGE et les Groupements de Défense Sani-
Cette infection lente et progressive est une entérite (inflammation de l’intestin) chro- taire de Bretagne.
nique, contagieuse, qui touche les bovins et d’autres espèces de ruminants. Elle a des
conséquences économiques importantes pour les producteurs en raison d’une baisse de Publication associée : Beaunée G., Vergu E., Joly A. and Ezanno P. (2017). Controlling
la production de lait et de l’abattage précoce des bovins infectés. Elle est principalement bovine paratuberculosis at a regional scale: Towards a decision modelling tool. Journal of
introduite dans les exploitations par l’achat d’animaux infectés. Pour l’instant il n’existe Theoretical Biology. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2017.09.012
pas de traitement pour cette maladie, mais des stratégies de maîtrise peuvent être en- Contact : Pauline Ezanno, UMR BIOEPAR, pauline.ezanno@oniris-nantes.fr
visagées. Afin de déterminer si une intervention collective est en mesure de limiter ou
stopper la propagation, une étude sur des scénarios hypothétiques a été réalisée.
Durée de gestation raccourcie lors d’infection virale chez la vache
Ce phénomène pourrait être utile pour des alertes à l’échelle territoriale
L’exposition au virus s’est avérée être associée à une augmentation de la fréquence des
gestations courtes dans les 2 catégories d’exploitations. Toutefois, elles étaient particuliè-
rement plus nombreuses dans les troupeaux avec signes cliniques formellement rappor-
tés. Enfin, l’augmentation de fréquence des gestations courtes était d’autant plus élevée
que l’exposition au virus des vaches était survenue à un stade de gestation avancé. La
fréquence des durées de gestation courtes s’élevait ainsi à 19,4% en l’absence d’expo-
sition au virus et à 33,6% chez les vaches exposées entre 270 et 278 jours de gestation
(+14,2%).
Cette étude est à notre connaissance la première à quantifier l’effet associé à l’exposition
à un virus chez les bovins. Les mécanismes physiopathologiques sous-jacents restent
toutefois à démontrer. Notre étude confirme cependant, pour les maladies ne donnant
lieu qu’à des signes cliniques inconstants et discrets et/ou non ou peu spécifiques, l’inté-
Au cours de la dernière décennie, plusieurs maladies virales transmises par des insectes rêt de la surveillance de la fréquence des durées de gestation courtes comme indicateur
ont émergé chez les ruminants d’Europe. C’est le cas de la fièvre catarrhale ovine (FCO) de suspicion d’émergence ou de réintroduction dans un territoire.
due au sérotype 8 du Bluetongue Virus (BTV) qui, après être déjà apparue en 2007, s’est Partenaires : ce travail a été réalisé à l’UMR BIOEPAR.
à nouveau répandue en France en 2015. Une première étude conduite à l’UMR BIOEPAR
avait permis d’identifier que l’augmentation de la proportion de vaches laitières pré- Publication associée : Nusinovici S., Madouasse A., Fourichon C. (2016). Quantification
sentant une durée de gestation courte (inférieure au premier quartile de la distribution of the increase in the frequency of early calving associated with late exposure to blue-
considérée comme normale, c’est-à-dire inférieure à 279 jours en race Holstein – où tongue virus serotype 8 in dairy cows: implications for syndromic surveillance. Vet. Res.
la durée de gestation moyenne allait de 282 jours en race Holstein à 287 jours en race 47, 18. DOI: 10.1186/s13567-015-0296-7.
montbéliarde) pouvait offrir un intérêt pour le dépistage d’une épidémie de FCO. L’objec- Contact : Aurélien Madouasse, UMR BIOEPAR, aurelien.madouasse@oniris-nantes.fr
tif de cette seconde étude était de quantifier l’augmentation de la fréquence des durées
de gestation courtes dans les troupeaux exposés au virus, en distinguant les exploitations
pour lesquelles au moins un cas clinique avait été notifié, de celles pour lesquelles au-
cune déclaration n’était intervenue.
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Mieux surveiller la santé du troupeau en élevage Bio
Un outil de surveillance co-construit entre éleveurs et conseillers et adapté à chaque troupeau
résulté en 40 combinaisons d’indicateurs spécifiques à chaque troupeau et qui assurent
la surveillance de sa santé. L’analyse qualitative des explications des choix d’indicateurs
par les éleveurs a confirmé leur souhait d’adaptation selon les maladies rencontrées et
leurs objectifs de production .Par exemple, au lieu d’utiliser l’indicateur proposé par les
chercheurs ‘taux de mortalité des veaux dans les 30 premiers jours de vie’ un éleveur a
pu proposer l’indicateur ‘taux de mortalité’ des veaux due à des diarrhées dans les 15
premiers jours de vie’.
Les conseillers de proximité des agriculteurs doivent réfléchir à un recours accru aux ap-
proches participatives qui permettent de transformer les outils de surveillance créés par
des chercheurs en outils opérationnels spécifiques à l’élevage. Le dialogue entre conseil-
ler et éleveur, favorisé avec cet outil, flexible, doit aussi permettre une prise en charge
sanitaire améliorée en cas de problèmes dans un troupeau.
Partenaires : cette étude a été réalisée par l’UMR BIOEPAR en collaboration avec les
En agriculture biologique, les éleveurs laitiers, limités dans l’usage des intrants chimiques épidémiologistes du Swedish University of Agricultural Sciences dans le cadre du projet
pour soigner les animaux, misent sur la prévention et la surveillance du troupeau. Cepen- Européen IMPRO, les groupements d’Agriculture Biologique 44 et 56, la Chambre d’Agri-
dant, dans les faits, les dérives de la santé du troupeau sont repérées tardivement faute culture de la Moselle, Meurthe-et-Moselle, la Meuse et des Vosges et des vétérinaires
d’outils de surveillance structurés et adaptés aux besoins des éleveurs. Les chercheurs de praticiens. Elle a également bénéficié d’un financement de la Région Pays de La Loire.
l’UMR BIOEPAR ont ainsi développé une approche participative permettant aux éleveurs
et leurs conseillers d’adapter des indicateurs sanitaires prédéfinis relatifs à la santé glo- Publication associée : Duval J. E., Fourichon C., Madouasse A., Sjöström K., Emanuelson
bale du troupeau (santé mammaire, boiteries, reproduction, maladies métaboliques et U., Bareille, N. (2016). A participatory approach to design monitoring indicators of pro-
santé des veaux) pour concevoir leur propre outil de surveillance. duction diseases in organic dairy farms. Preventive Veterinary Medicine, 128, 12-22. DOI:
Les 40 éleveurs et conseillers français et suédois impliqués ont saisi l’occasion qui leur http://dx.doi.org/10.1016/j.prevetmed.2016.04.001.
était donnée de garder/refuser les indicateurs proposés, d’en intégrer d’autres. Ceci a Contact : Nathalie Bareille, UMR BIOEPAR, nathalie.bareille@oniris-nantes.fr
Mieux évaluer l’apport du conseil en élevage
Mesurer l’impact du conseil sanitaire au-delà du résultat technique
été conçue et testée en France et en Suède, où le suivi sanitaire des troupeaux déjà bien
développé.
La méthode d’évaluation confirme bien que, même si aucun impact sur la santé animale
n’a pu être démontré à court terme, l’outil de conseil permet de mettre en place des pré-
requis pour un conseil efficace. Ainsi, éleveur et conseiller ont partagé leur vision de l’éle-
vage pour mieux se comprendre et gagner en confiance mutuelle. De plus, le dispositif
a renforcé la surveillance et la mise en place de prévention sanitaire dans les troupeaux.
Les difficultés méthodologiques rencontrées pour mesurer un effet sur la santé animale
dans ce type d’étude démontrent la nécessité de développer et mettre en œuvre des mé-
thodes rigoureuses d’évaluation de l’impact du conseil sur les connaissances, perceptions
et pratiques des éleveurs.
Partenaires : cette étude a été réalisée en collaboration avec les épidémiologistes du
En agriculture biologique, les éleveurs, limités dans l’usage des médicaments pour Swedish University of Agricultural Sciences dans le cadre du projet Européen IMPRO ), les
soigner leurs animaux, misent sur la prévention sanitaire et l’identification précoce des groupements d’Agriculture Biologique 44 et 56, la Chambre d’Agriculture de la Moselle,
animaux malades. Afin de progresser sur ces bonnes pratiques, l’accompagnement des Meurthe-et-Moselle, la Meuse et des Vosges et des vétérinaires praticiens. Elle a égale-
éleveurs par un conseiller sanitaire est souvent pratiqué en élevage conventionnel. Les ment bénéficié d’un financement de la Région des Pays de La Loire.
chercheurs de l’UMR BIOEPAR ont conçu un outil de suivi sanitaire de troupeau adapté Publication associée : Duval J. E., Bareille N., Madouasse A., de Joybert M., Sjöström K.,
à l’élevage biologique qui formalise la fréquence et le contenu des interactions entre Emanuelson U., Bonnet-Beaugrand F., & Fourichon C. (2017). Evaluation of the impact of
l’éleveur et son conseiller. a Herd Health and Production Management programme in organic dairy cattle farms: a
L’évaluation de l’impact de cet outil, et plus largement des dispositifs de conseil, est diffi- process evaluation approach. Animal: an international journal of animal bioscience, 1-9.
cile car de multiples éléments interagissent et influent sur ses résultats. Par conséquent, http://doi.org/10.1017/s1751731117002841
la seule mesure de l’évolution de la fréquence de maladies de production (mammites, Contact : Nathalie Bareille, UMR BIOEPAR, nathalie.bareille@oniris-nantes.fr
boiteries, …) ne suffit pas : l’ensemble du processus, de sa mise en œuvre à son utilisa-
tion, demande d’être évalué. C’est à cette fin qu’une méthode d’évaluation innovante a
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
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La dose d’antibiotique ne fait pas la résistance…
Selon le type de populations de bovins, le portage d’entérobactéries résistantes aux fluoro-
quinolones diffère, alors que la dose administrée est sans effet…
(en moyenne plus de 60% des entérobactéries). Après traitement, le nombre d’entérobac-
téries totales n’a pas été modifié par rapport aux animaux contrôle, alors que la proportion
d’entérobactéries résistantes a légèrement augmenté.
Ces résultats montrent une différence spectaculaire du portage d’entérobactéries résistantes
à la marbofloxacine entre les animaux étudiés. Les effets observés ne sont pas corrélés à
la dose d’antibiotique administrée mais plutôt à la flore initialement présente. En effet,
l’absence de modifications importantes ou durables des entérobactéries résistantes chez
les animaux traités peut être expliquée, soit parce que les animaux n’étaient pas porteurs
de souches résistantes pouvant être sélectionnées, soit parce que les souches résistantes
étaient déjà présentes en proportions majoritaires dans leurs flores digestives (veaux).
Au final, ces résultats incitent à développer les travaux pour comprendre et analyser les
facteurs expliquant les niveaux de portage d’entérobactéries résistantes chez le veau dans
Exposées au antibiotiques utilisés en médecine vétérinaire, les bactéries commensales, nor- un contexte d’usage prudent des antibiotiques pour la préservation de la santé publique.
malement présentes dans le tube digestif, peuvent devenir résistantes et être transmises à Partenaires : travail mené en collaboration entre l’UMR BIOEPAR (Nantes) et UMR TOXA-
l’Homme (lait, viande, produits transformés). LIM (Toulouse), la société Vétoquinol et le Groupement Ter’Elevage, dans le cadre de la
Une étude a évalué, sur plusieurs populations, l’impact de deux doses uniques (2 ou 10 mg/ thèse de doctorat de Guillaume Lhermie.
kg) de marbofloxacine sur la flore commensale digestive de jeunes bovins (JB, 7-10 mois)
ou de veaux (2-3 semaines). Le nombre d’entérobactéries totales et résistantes a été évalué Publication associée : Lhermie G., Dupouy V., El Garch F., Ravinet N., Toutain P.L., Bous-
dans les fèces prélevées avant le traitement et après le traitement jusqu’à 40 jours. Chez quet-Mélou A., Seegers H., Assié S. (2017) “Impact of Low and High Doses of Marbofloxa-
les jeunes bovins, la marbofloxacine a eu un effet modéré et transitoire sur le nombre to- cin on the Selection of Resistant Enterobacteriaceae in the Commensal Gut Flora of Young
tal d’entérobactéries. Seuls 2 animaux sur 48 étaient porteurs d’entérobactéries résistantes Cattle: Discussion of Data from 2 Study Populations.” Foodborne Pathog Dis. 2017 Mar;
avant traitement et un seul JB a présenté des entérobactéries résistantes après traitement. 14(3): 152-159. DOI: 10.1089/fpd.2016.2176.
Inversement, tous les veaux étaient porteurs d’entérobactéries résistantes avant traitement Contact : Sébastien Assié, UMR BIOEPAR, sebastien.assie@oniris-nantes.fr
Traitement anthelminthique sélectif chez la génisse laitière
Les vitesses de croissance des animaux permettent de choisir ceux qu’il faut traiter
La conduite de pâturage des génisses (mois de sortie, supplémentation, durée du pâtu-
rage) a permis de répartir 12 lots d’animaux (291 animaux) en 3 niveaux d’exposition
aux SGI (faible, moyen, fort). La variabilité de leur croissance individuelle a été expliquée
par des paramètres individuels (niveau d’infestation parasitaire mesuré par un taux d’an-
ticorps dirigés contre les SGI et score de diarrhée) ainsi que par des paramètres de groupe
(niveau d’exposition). La croissance des génisses était d’autant plus faible que leur ni-
veau d’infestation parasitaire était élevé, cette corrélation étant retrouvée uniquement
dans les groupes moyennement à fortement exposés aux SGI. Ces résultats indiquent
qu’un repérage des lots à risque à partir de la conduite des génisses et des animaux
parasités à partir de leurs performances de croissance est possible dans la perspective
d’un traitement anthelminthique sélectif.
Partenaires : ce travail a été réalisé en collaboration avec les unités de l’Inra (UMR 1348
Les anthelminthiques restent l’outil principal voire exclusif mis en œuvre pour le contrôle et UE 0326) et des Chambres de l’Agriculture et sur financement du métaprogramme
des strongles gastro-intestinaux (SGI) des jeunes bovins au pâturage. Toutefois, leur Inra GISA Strep et de la chaire AEI.
usage non rationalisé (fréquence et période de traitement) représente un double risque :
l’émergence de vers résistants et la perturbation du développement de l’immunité an- Publication associée : Merlin A., Chauvin A., Madouasse A., Froger S., Bareille N.,
tiparasitaire des bovins. La rationalisation de l’usage des anthelminthiques passe par le Chartier C. (2016). Explaining variability in first season grazing heifer growth com-
développement d’indicateurs permettant de cibler les interventions sur les animaux les bining individually measured parasitological and clinical indicators with exposure to
plus infestés ou souffrant le plus des infestations. Cette étude a eu pour objet d’évaluer gastrointestinal nematode infection based on grazing management practices. Veterinary
l’intérêt d’un indicateur simple, la vitesse de croissance pendant la 1ère saison de pâtu- Parasitology, 2016, 225, 61-69. DOI: 10.1016/j.vetpar.2016.05.006.
rage, pour repérer les animaux les plus parasités. Contact : Christophe Chartier, UMR BIOEPAR, christophe.chartier@oniris-nantes.fr
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
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Rationaliser les traitements anthelminthiques
La conduite de pâturage et les pesées individuelles permettent le repérage des génisses à
traiter
sit’Sim). En se basant sur des données météorologiques et de conduite de pâturage, ce
système expert modélise le nombre de générations larvaires s’accumulant sur les par-
celles tout au long de la saison. Cette approche a permis d’estimer prudemment le niveau
d’exposition réel des groupes de génisses aux SGI, tout en évitant l’utilisation d’examen
complémentaire coûteux.
Au niveau individuel, les baisses de croissance étaient associées au parasitisme seulement
dans les groupes fortement exposés (NCP fort). Plusieurs seuils de traitement basés sur
la croissance individuelle ont pu être alors évalués. Un seuil de GMQ autour de 683 g/j a
permis un repérage correct des animaux souffrant le plus de l’exposition au parasitisme.
En conclusion, la mise en place d’une stratégie de traitement sélectif chez les génisses en
fin de saison de pâturage est possible en combinant des données simples de conduites
de pâturage et de croissance individuelle.
Partenaires : ce travail a été réalisé en collaboration avec les unités de l’INRA (UMR 1348
Les traitements anthelminthiques (médicament antiparasitaire, AH) visant à maîtriser et UE 0326) et des Chambres de l’Agriculture et sur financement du métaprogramme
l’impact des strongles gastro-intestinaux (SGI, vers parasitant le tube digestif) sur la GISA Strep et de la Chaire AEI.
croissance des jeunes bovins doivent être rationalisés afin de préserver durablement leur
efficacité. Cette étude a eu pour objectif de valider une stratégie de traitement sélectif à Publication associée : Merlin A., Chauvin, A., Lehebel, A., Brisseau, N., Froger, S., Ba-
la rentrée en stabulation basée sur l’identification des groupes à risque par la conduite reille, N., Chartier, C. (2017). End-season daily weight gains as rationale for targeted
de pâturage et, dans ces groupes, l’identification des génisses à traiter par leur moindre selective treatment against gastrointestinal nematodes in highly exposed first-grazing
croissance (faible GMQ). season cattle. Preventive Veterinary Medicine. 138, 104-112. DOI : 10.1016/j.prevet-
med.2017.01.011
A l’issue de la première saison de pâturage, les niveaux de contamination des parcelles
(NCP) avec les larves infestantes de SGI ont été estimés via un système expert (Para- Contact : Christophe Chartier, UMR BIOEPAR, christophe.chartier@oniris-nantes.fr
Strongles gastro-intestinaux chez la chèvre
L’efficacité de l’éprinomectine formulée pour la voie transcutanée se révèle être meilleure par
voie orale
Les résultats pharmacocinétiques montrent une absorption plus rapide et plus complète
et donc une meilleure biodisponibilité du médicament par voie orale par rapport à la
voie transcutanée. En outre, l’excrétion d’éprinomectine dans le lait reste toujours infé-
rieure à la limite maximale de résidus (20µg/kg). L’efficacité est de plus de 99,8% vis-vis
des principaux strongles gastro-intestinaux dès la posologie de 0,5 mg/kg. Ces données
expliquent les bons résultats constatés sur le terrain. Néanmoins, l’usage de l’éprinomec-
tine transcutanée par voie orale ne peut se faire que dans le cadre réglementaire de la
prescription hors AMM (Autorisation de Mise sur le Marché). Par ailleurs, cette étude ne
préjuge pas d’éventuels autres résidus liés à la formulation transcutanée que l’on pourrait
retrouver dans le lait.
Partenaires : ce travail a été réalisé par l’UMR BIOEPAR en collaboration avec l’unité Inra
Le contrôle des strongles gastro-intestinaux chez la chèvre fait appel principalement aux Toxalim de Toulouse.
médicaments anthelminthiques comprenant plusieurs familles. L’éprinomectine, de la
famille des lactones macrocycliques, a été développée pour les bovins pour une admi- Publication associée : Badie C., Lespine A., Devos J., Sutra J. F., Chartier C. (2015). Ki-
nistration transcutanée et elle est également utilisée chez la chèvre. Toutefois, l’efficacité netics and anthelmintic efficacy of topical eprinomectin when given orally to goats. Ve-
par voie transcutanée n’étant pas complète (coproscopies positives après traitement), de terinary Parasitology, 209(1-2), 56-61. http://dx.doi.org/10.1016/j.vetpar.2015.02.013.
nombreux éleveurs sur le terrain ont commencé à utiliser de manière empirique ce pro- Contact : Christophe Chartier, UMR BIOEPAR, christophe.chartier@oniris-nantes.fr
duit par voie orale pour en améliorer l’efficacité. Afin de préciser l’intérêt ou les limites de
cet usage, l’UMR BIOEPAR a évalué l’efficacité et la pharmacocinétique de l’éprinomec-
tine administrée par voie orale à 0,5 ou 1 mg/kg de poids vif chez la chèvre en conditions
d’infestations expérimentale ou naturelle.
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
9
Vaccination contre la babésiose des ruminants : une course de vitesse ?
Les anticorps post-vaccinaux pourraient bloquer le processus d’invasion des globules rouges par
Babesia divergens
• être peu variable. Le séquençage du gène Bdama1 de 9 souches de B. divergens isolés
dans 7 régions françaises, a permis d’identifier seulement 2 haplotypes différents par 2
mutations. L’étude in silico des épitopes B a révélé le faible impact de ces mutations sur
la spécificité antigénique des 2 protéines ;
• être immunogène et induire une réponse immunitaire protectrice. Bien que non immu-
nodominante en conditions d’infection expérimentale (nos travaux), BdAMA-1 est im-
munogène et les anticorps produits diminuent in vitro l’invasion érythrocytaire d’environ
50%. Un avantage pour un candidat vaccin : produit en faible quantité lors de l’infection,
il ne «submergera» pas les anticorps post-vaccinaux. BdAMA-1 semble ainsi répondre à
la définition d’antigène «caché» de Willadsen et collaborateurs, induisant une réponse
immunitaire protectrice chez les individus vaccinés mais absente chez les individus in-
fectés naturellement.
BdAMA-1 utilisé comme antigène vaccinal peut induire une production forte d’anticorps
La babésiose des ruminants est une maladie vectorielle potentiellement zoonotique de
spécifiques, et pourrait ainsi «prendre de vitesse» le parasite en bloquant précocement
répartition mondiale, due à Babesia spp et principalement B. divergens en France. La
l’invasion des globules rouges par B. divergens. Ces résultats préliminaires sur le potentiel
vaccination pourrait être une bonne alternative pour diminuer les coûts économiques
vaccinal de BdAMA-1 offrent de nouvelles perspectives pour le contrôle de l’infection à
et environnementaux par comparaison avec les moyens de contrôle actuels que sont les
B. divergens.
acaricides et babésicides.
Partenaires : ce travail a été réalisé par I’UMR BIOEPAR, en collaboration avec le Centro
Les Babesia sont des parasites intracellulaires obligatoires des globules rouges. L’invasion Nacional de Microbiologia, Instituto de Salud Carlos III (Espagne) et le Lindsley F. Kimball
de ces cellules est un processus complexe faisant intervenir plusieurs protéines, dont Research Institute (USA).
AMA-1 (apical membrane antigen-1). Nous avons évalué le potentiel vaccinal d’AMA-1
Publication associée : Moreau E., Bonsergent C., Al Dybiat I., Gonzalez L. M., Lobo C. A.,
de B. divergens (BdAMA-1). Un antigène candidat - vaccin «idéal» contre la babésiose
Montero E., Malandrin L. (2015). Babesia divergens apical membrane antigen-1 (BdA-
devrait remplir plusieurs conditions :
MA-1) : a poorly polymorphic protein that induces a weak and late immune response.
• être commun aux 2 formes parasitaires infectant les globules rouges (sporozoïtes et
Experimental Parasitology, 155 : 40-45.
mérozoïtes), ce qui est le cas pour BdAMA-1 ;
Contact : Laurence Malandrin, UMR BIOEPAR, laurence.malandrin@oniris-nantes.fr
Vaccination contre la piroplasmose ovine
La protéine RAP-1a constitue une cible pour bloquer l’invasion parasitaire
Chez Babesia sp. BQ1 (Lintan), le locus rap-1 est complexe, comprenant 12 gènes clas-
sés en 3 types différents : rap-1a, rap-1b et rap-1c. Notre étude a révélé que, si ces 3
types de gènes sont transcrits, seule la protéine RAP-1a est exprimée dans les extraits
antigéniques du parasite. La production d’anticorps dirigés contre RAP-1a est précoce,
importante et dure pendant toute la période d’infection (11 semaines) chez les 8 mou-
tons infectés expérimentalement par Babesia sp. BQ1 (Lintan). En revanche RAP-1b et
RAP-1c ne sont reconnues que par 2 ou 3 moutons respectivement, de façon plus tardive
et moins intense que RAP-1a.
En conclusion, du fait de sa reconnaissance immunitaire précoce durant l’infection à
Babesia sp. BQ1 (Lintan), de la production importante d’anticorps spécifiques et de son
faible polymorphisme, la protéine RAP-1a s’avère être un candidat-vaccin intéressant
contre la piroplasmose ovine.
La piroplasmose ovine (ou babésiose car due à un protozoaire du genre Babesia sp.) est Partenaires : ce travail a été réalisé par Q. Niu (dans le cadre de sa thèse d’université
une parasitose sanguine, transmise par les tiques, la plus importante d’un point de vue financée par le projet européen Pirovac et la Région Pays de la Loire), C. Bonsergent, L.
médical et économique pour cette espèce. En Chine, différents isolats géographiques de Malandrin et E. Moreau (UMR Inra/Oniris 1300 BIOEPAR, Nantes) en collaboration avec
Babesia et notamment Babesia sp. BQ1 (Lintan), appartenant au groupe B. motasi-like, G. Guan (State Key Laboratory of Veterinary Biological Biology, LVRI, Lanzhou, China) et
ont été mis en évidence dans de nombreuses régions. H. Rogniaux (UR BIA Inra Angers-Nantes Pays de la Loire).
Les Babesia sont des parasites intracellulaires obligatoires des globules rouges et la com- Publication associée : Niu Q., Bonsergent C., Rogniaux H., Guan G., Malandrin L., Mo-
préhension du processus d’invasion de ces cellules et du rôle des protéines impliquées reau E. (2016). RAP-1a is the main rhoptry-associated-protein-1 (RAP-1) recognized
est nécessaire pour développer des méthodes de contrôle, notamment la vaccination. during infection with Babesia sp. BQ1 (Lintan) (B. motasi-like phylogenetic group), a
Notre étude a ciblé la protéine RAP-1 (rhoptry associated protein 1), identifiée chez de pathogen of sheep in China. Veterinary parasitology. 232, 48-57.
nombreuses espèces de Babesia sp. et semblant avoir un bon potentiel comme antigène
vaccinal. Contact : Emmanuelle Moreau, UMR BIOEPAR, emmanuelle.moreau@oniris-nantes.fr
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
10Des pratiques vers-tueuses
Rationaliser l’usage des antiparasitaires en identifiant le profil des vaches à traiter
sélectivement
plus spécifique et on minimise alors le risque de traiter à tort. Par exemple, le profil mul-
ticritère de traitement des «jeunes vaches laitières provenant de troupeaux insuffisamment
immunisés contre les strongles gastro-intestinaux, mais fortement exposés à ces parasites»
est apparu pertinent pour réduire le taux de traitement tout en optimisant la production
laitière. Dans ce profil, l’immunité était évaluée indirectement par le Temps de Contact
Effectif (TCE) des génisses avec ces parasites avant le premier vêlage. En effet, on sait que
l’immunité anti-strongle digestif dépend largement de la durée de contact avec ces para-
sites : en estimant le TCE, via des données relatives à la conduite de pâturage et aux trai-
tements avant le 1er vêlage, on peut ainsi évaluer si les conditions d’élevage des génisses
sont favorables à une forte immunisation ou pas avant l’entrée dans le troupeau adulte.
Ce profil multicritère, constitué d’indicateurs opérationnels et peu coûteux, permet de créer
un arbre décisionnel de traitement qui doit maintenant être validé dans un plus grand
nombre de troupeaux. Une telle stratégie de vermifugation raisonnée devrait permettre de
Les vaches qui pâturent sont infestées par des vers du tube digestif (strongles gastro-in- réduire le risque d’émergence de résistance, de maîtriser l’impact environnemental de ces
testinaux), notamment Ostertagia ostertagi qui se trouve dans la caillette des bovins. Ces molécules antiparasitaires, et de répondre aux attentes sociétales de réduction des intrants
parasites peuvent, dans certaines conditions, induire une diminution de production lai- chimiques en élevages.
tière. Cependant, vermifuger «à l’aveugle» toutes les vaches dans le but de sécuriser les
productions n’est pas approprié : des traitements systématiques risquent de conduire à Partenaires : Cette étude a été conduite dans l’UMR BIOEPAR en partenariat avec l’Institut
l’émergence de populations de parasites résistants aux molécules antiparasitaires. Il est de l’Elevage (thèse CIFRE), avec les GDS Bretagne, l’URGTV Bretagne et Pays de la Loire, et
donc nécessaire de connaître le profil des troupeaux à risque et des animaux à traiter. la Chambre régionale d’agriculture de Bretagne dans le cadre du projet CASDAR n°1127.
La variation de production laitière après traitement contre ces vers a été analysée. Plu- Publication associée : Ravinet N., Lehebel A., Bareille N., Lopez C., Chartier C., Chauvin
sieurs critères ont été évalués pour caractériser (i) les vaches qui ont une augmentation de A. and Madouasse A. (2017). Design and evaluation of multi-indicator profiles for tar-
production post-traitement (vaches à traiter) et (ii) les troupeaux où la proportion de ces geted-selective treatment against gastrointestinal nematodes at housing in dairy cows.
vaches est importante (>50% parmi les jeunes vaches) c’est-à-dire les troupeaux à risque. Veterinary Parasitology 237, 17-29.
Plusieurs critères ont été combinés plutôt que de les considérer un à un, ainsi le profil est Contact : Nadine Ravinet, UMR BIOEPAR, nadine.ravinet@oniris-nantes.fr
Stratégies de contrôle des maladies vectorielles
Approche par modélisation appliquée à la Fièvre Hémorragique de Crimée-Congo, transmise
par une tique
rologiques et de la densité d’hôtes sur la dynamique de l’infection. Ce modèle permet de
simuler de manière réaliste la dynamique de populations de la tique et la prévalence de
l’infection chez les bovins.
Deux grands types de stratégie de maîtrise ont été par la suite testés : un traitement
acaricide et une baisse de la densité de lièvres, hôtes des stades immatures (larve et
nymphe) de la tique. Le résultat des simulations montre que si les traitements acaricides
permettent de diminuer la prévalence chez les bovins, une décroissance du risque pour
l’Homme serait surtout obtenue par une action sur la densité de lièvres.
Les recherches actuelles portent sur l’influence du changement climatique sur la distri-
bution de la tique H. marginatum. Elles ont montré une installation de la tique dans le
La Fièvre Hémorragique de Crimée-Congo est une maladie en ré-émergence, notam- Sud de la France (Vial et al, 2016 ou dossier Inra «Tactiques anti-tiques»).
ment en Turquie, où il a été rapporté plus de 7000 cas entre 2002 et 2012, dont 5% se
Partenaires : Cette étude a été menée au sein de l’UMR BIOEPAR, dans le cadre du pro-
sont avérés mortels. Cette maladie est due à un virus (CCHFV) principalement transmis
jet européen EDENext (FP7). Les travaux sur la distribution de la tique H. marginatum
par une tique, Hyalomma marginatum, dans cette zone. Cette tique se nourrit principa-
en France, initiés par des chercheurs du CIRAD (UMR ASTRE), s’inscrivent dans le projet
lement sur des hôtes rongeurs (lièvres) et des ruminants (bovins dans le cas présent).
Climatick (méta-programme ACCAF), coordonné par K. Chalvet-Monfray (UMR EpiA).
Un modèle mathématique a été développé à l’UMR BIOEPAR afin de pouvoir tester par
simulation différentes stratégies de maîtrise de l’infection. Le développement d’un tel Publication associée : Hoch T., Breton E., and Vatansever Z. (2018). Dynamic Modeling
modèle résulte du couplage entre un modèle de dynamique de populations de la tique of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Spread to Test Control Strategies.
et un modèle de transmission du virus et prend en compte l’effet des conditions météo- Journal of Medical Entomology. 55:1124-1132.
Contact : Thierry Hoch, UMR BIOEPAR, thierry.hoch@inra.fr
Sélection de résultats de recherche 2015-2018 BIOEPAR (Inra-Oniris)
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