Microbiologie de l'alimentation au service de la santé - Wedia
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Microbiologie de l’alimentation au service de la santé
Historique et Structure 23 équipes de recherche réparties dans
3 pôles thématiques aux objectifs
scientifiques complémentaires
➡ Écosystèmes : le microbiote,
l’hôte et l’aliment
• Caractériser différents écosystèmes microbiens
par l'analyse de leur métagénome
Créée le 1er janvier 2010, Micalis est une • Comprendre comment et pourquoi la diversité
unité mixte de recherche issue de la fusion des populations microbiennes, s’établit et se
de 8 unités de recherche dispersées sur les maintient au sein des écosystèmes alimentaires
sites de Jouy-en-Josas, Massy, Guyancourt et digestifs
et Grignon. Elle a pour but de fédérer les • Étudier les mécanismes de dialogue entre
microbiologistes d'Île-de-France puis de les le microbiote humain et les cellules humaines
rassembler sur le site du Domaine de ➤ écosystèmes étudiés : microbiote humain intestinal et buccal, écosystèmes fromagers
Vilvert du Centre de Recherche Inra de et carnés, levures alimentaires…
Jouy-en-Josas.
Micalis est sous la tutelle conjointe de :
• l'Inra (Institut national de la recherche
➡ Risques et sécurité microbiologique
de l’alimentation
agronomique), où elle est rattachée à 2
• Étudier les conditions et les mécanismes
départements scientifiques :
moléculaires d’émergence des microorganismes
- Microbiologie et chaîne alimentaire
pathogènes dits opportunistes
(Mica)
- Alimentation humaine (AlimH) • Développer des outils d’identification et définir
des stratégies de prévention et de lutte contre
• AgroParisTech, grande école euro-
les microorganismes pathogènes
péenne d'ingénieurs et de managers dans
le domaine du vivant et de l'environnement. • Étudier la réponse des microorganismes utiles, d'altération ou pathogènes,
aux contraintes de fabrication et de conservation des aliments
Quelques définitions : ➤ microorganismes étudiés : bactéries lactiques, streptocoques, entérocoques, staphylocoques,
•Écosystème microbien : communauté de
Bacillus cereus, bactériophages…
microorganismes qui interagissent entre eux et
➡
avec le milieu dans lequel ils vivent.
•Métagénome : ensemble des gènes d'un éco -
Biologie systémique et synthétique :
système microbien (par exemple : le métagénome une approche globale des processus
du tube digestif humain). biologiques
•Microbiote humain : ensemble des microorga- • Étudier des microorganismes ou des processus
nismes hébergés par notre corps (peau, bouche,
intestin,…).
biologiques en tant que systèmes intégrés
•Pathogène opportuniste : microorganisme • Modéliser pour pouvoir prédire et contrôler
responsable de maladies infectieuses chez les leur comportement
personnes fragiles ou immunodéprimées.
• Exploiter leurs capacités de biosynthèse
•Chimie blanche : branche des biotechnologies
qui utilise des enzymes ou des microorganismes pour des applications en alimentation, chimie blanche ou santé
pour réaliser des conversions chimiques indus- ➤ microorganismes étudiés : Bacillus subtilis, firmicutes commensaux et pathogènes opportunistes,
trielles. levures oléagineuses,…
Dispositifs expérimentaux partagés
des projets collaboratifs aux prestations de service :
➡ MIMA2 : Microscopie et imagerie
des microorganismes, animaux, aliments
➡ ANAXEM : Animalerie axénique
Animalerie confinée de rongeurs sans microbiote
Analyses optiques, confocales et électroniques ou à microbiote contrôlé, pour l'étude
sous atmosphère contrôlée de l'écosystème digestif
(sécurité microbiologique P2)
➡ ATALIS : Atelier de technologie alimentaire
➡ PAPPSO : Analyse protéomique de Paris Sud-
Ouest
au service de la santé
Atelier de type industriel de transformation
Identification, analyse structurale et quantifica- des aliments en environnement contrôlé (P2)
tion des protéines par spectrométrie de masse pour l'analyse du risque microbien
➡ METAQUANT : Métagénomique quantitative
Séquençage d'ADN à très haut débit
➡ CIRM-LEVURES : Centre de ressources
biologiques-levures
pour l'analyse structurale et quantitative Connaissance, conservation et valorisation
du métagénome de la biodiversité des levures d'intérêt
➡
biotechnologique
PHENOS : Clonage et phénotypage cellulaire
Criblage robotisé à haut débit des fonctions ➡ Pour prendre contact :
consultez les sites web de chaque plateforme
d'interaction bactériennes sur des cellules
humaines sur www.micalis.fr
Des partenariats économiques axés sur l’innovation
Dans les secteurs de l'agro-alimentaire, des biotechnologies et de la santé, nos partenariats visent à :
• Faire produire des molécules d'intérêt par des bactéries ou des levures (chimie blanche pour la production
de carburant, bioplastiques, enzymes, vitamines…)
• Améliorer la production de levains alimentaires
• Prévenir le risque microbiologique dans la chaîne alimentaire
• Proposer des outils de diagnostic et pronostic de pathologies humaines, et des stratégies nutritionnelles,
basées sur les connaissances des interactions du microbiote avec l'hôte
Un projet immobilier ambitieux à l'horizon 2013
Une architecture intégrée dans l'environnement exceptionnel de la Vallée de la Bièvre
➤ 4 000 m2²venant s'ajouter aux 6 000 m2²existants
➤ Une démarche de haute qualité environnementale
➤ Des espaces dédiés à la rencontre et au partage
➤ Des services techniques et logistiques mutualisés
Avec le soutien de la région Île-de-France et du ministère de l'Enseignement Supérieur et de la RechercheRessources humaines
Un collectif regroupant Des liens privilégiés avec l’enseignement
plus de 320 personnes
• 120 Scientifiques : chercheurs, ➤ Une implication forte au sein d'AgroParisTech et des partenariats
privilégiés avec l’Université Paris-Sud, l'Université de Versailles
ingénieurs et enseignants-chercheurs
Saint-Quentin-en Yvelines, et les écoles doctorales :
(Inra, AgroParisTech, CNRS, Université…)
• ABIES (Agriculture, alimentation,
• 70 Techniciens de laboratoire
biologie, environnement, santé)
• 20 Gestionnaires et Informaticiens
• GGC (Gènes, génomes, cellules)
• 50 Doctorants
• IT (Innovation thérapeutique)
• 30 Post-doctorants et CDD
• PP (Physiologie et physiopathologie)
• 30 Masters et autres étudiants
Directeur de la publication : S. Aymerich, directeur d'unité • Conception et réalisation : E. Lhoste, PY Holtzmann, D. Canceill
• FdV (Frontières du vivant)
➤ Site d’accueil « Marie Curie » pour
Chiffres-clés 2010 des projets européens de formation
de jeunes chercheurs :
• Budget annuel : ~ 18 M¤ • CrossTalk (Étude des interactions entre le microbiote intestinal et l'hôte)
(salaires inclus) • FinSysB (Biologie systémique de pathogènes fongiques)
• 26 familles de brevets valorisés
au travers de contrats de recherche
et de 20 licences d'exploitation
• 90 contrats en cours
(ANR, Europe, Région, Industries, Insertion régionale et visibilité internationale
Pôles de compétitivité)
Maquette : P. Perrot • Impression : GROUPE GT • Crédits photos : Inra
• Partie intégrante du campus Paris-Saclay, dont l’Inra et AgroParisTech
sont membres fondateurs
Accès • Lien étroit et permanent avec
les laboratoires franciliens des universités
et des grands instituts de recherche :
Anses, AP-HP, CEA, Cemagref, CNRS,
Inserm, Institut Pasteur…
• Multiples collaborations européennes
et mondiales se traduisant par :
- plus de 100 publications annuelles
dans des revues scientifiques de haut niveau
- plus de 100 invitations et communications orales dans des congrès
internationaux
Juin 2011
- l'accueil chaque année de nombreux chercheurs et étudiants étrangers
Micalis
Contact : accueil-micalis@jouy.inra.fr
www.inra.fr
Centre de Recherche Inra de Jouy-en-Josas
Domaine de Vilvert www.micalis.fr
78352 Jouy-en-Josa Cedex – FranceVous pouvez aussi lire
