Cours 14 : Virus responsables d'infections respiratoires - L3 BICHAT ...

UE9 – Infectiologie
Pr J. Le Goff
Vendredi 14 décembre, 8h30-10h30
Ronéotypeur/ Ronéoficheur : Sarah Polit
Ronéotypeur/ Ronéoficheur : Emylie Lentzner

          Cours 14 : Virus responsables d’infections
                         respiratoires

Ce cours était un cours inversé donné par les étudiants avec des remarques orales du professeur. Je vous
recommande chaudement de vous référer au référentiel qui est presque complet et très bien fait.

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Sommaire

   I)  Généralités – virus de la grippe
       A)    Les virus respiratoires
       B)    Associations virus-symptômes
       C)    Le virus influenza
   II) Autres virus, traitements et diagnostic
       A)    Paramyxoviridae
       B)    Coronavirus
       C)    Picornaviridae
       D)    Adénovirus
       E)    Traitements
       F)    Prévention

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Objectifs :
    -    Connaître les différents virus respiratoires
    -    Comprendre la variabilité des virus grippaux
    -    Définir un syndrome grippal
    -    Connaître les manifestations associées au VRS
    -    Connaître les stratégies de diagnostic des infections respiratoires virales
    -    Connaître les antiviraux disponibles
    -    Savoir réaliser un prélèvement respiratoire pour un diagnostic virologique

    I)       Généralités – virus de la grippe
             A) Les virus respiratoires

Les virus respiratoires sont des virus ayant pour organe-cible principal l’arbre respiratoire, la partie haute (rhinite,
pharyngite, rhinopharyngite, laryngite) ou la partie basse (bronchite, bronchiolite, pneumonie).
La porte d’entrée et l’organe cible sont donc confondus et l’incubation est donc courte (24 heures à 3-4 jours mais
pas plus). Les virus se multiplient dans l’épithélium respiratoire et sont excrétés dans les sécrétions, leur
transmission se fait essentiellement par voie respiratoire.
Attention une transmission indirecte (par les surfaces, les mains, …) est possible, ainsi que le portage
asymptomatique.

             B) Associations virus-symptômes

Le diagnostic étiologique « clinique » est très difficile, les symptômes ne sont pas du tout spécifique d’un virus.
Etiologie et symptomatologie sont aussi très variables en fonction de
    - Epidémiologie (saison, région)
    - Population (enfant, adulte)
    - Co-morbidité (maladie respiratoire : asthme, BPCO ; immunodépression)

             C) Le virus influenza

Le virus influenza est un virus enveloppé
(synonyme très fréquemment de fragilité dans le
milieu extérieur chez les virus) à ARN segmenté
(source d’une très grande variabilité génétique,
l’ARN polymérase n’ayant pas de système de
correction). De plus le caractère segmenté de
l’ARN favorise les réassortiments génétiques
(échanges        de       segments       d’ADN).
Il contient deux protéines d’enveloppe majeures :

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-   L’hémagglutinine (H ou HA) : qui permet l’attachement du virus aux cellules
    -   La neuraminadase (N ou NA) : qui permet le détachement du virus de la cellule.
Au total, 17 hémagglutinines et 10
neuraminadases sont recensées dans toutes
les espèces. (H1 à H17 et N1 à N10).

La neuraminadase lyse l’acide sialique qui
retient les nouvelles particules virales
bourgeonnant à la surface de la cellule.
L’infection     entraine     la     production
d’anticorps ciblant la neuraminadase et
l’hémagglutinine, ils sont dits neutralisants
car ils s’opposent à la multiplication virale.

Il existe trois types de virus grippaux :
     - Type A : chez l’Homme et autres mammifères terrestres et marins, les oiseaux étant le réservoir
         naturel du virus.
     - Type B : chez l’Homme et le phoque
     - Type C : chez l’Homme, le porc, et le chien. Rarement observé chez les humains, peu pathogène avec une
         immunité protectrice.

                                                      Le virus grippaux sont très variables grâce :
                                                          - Aux glissements antigéniques fait des mutations
                                                      ponctuelles donnant des souches épidémiques.
                                                          - Aux échanges de fragments de gènes entre
                                                      différents virus avec apparition de nouvelles protéines HA
                                                      et NA (réassortiment).

Ci-contre, différents mode d’entrée dans
une pandémie grippale. Par réarrangement,
transmission directe ou adaptation.

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Comment s’informer ? Données du réseau des laboratoires hospitaliers (RENAL) ou données des syndromes
grippaux du réseau Sentinelles. Ces données sont en accès libre.

Le syndrome grippal :
    - Fièvre >39°C d’apparition brutale
    - Myalgies
    - Signes respiratoires

Attention la symptomatologie n’est pas toujours
évidente. Le syndrome grippal mais être du au virus de
la grippe mais aussi à d’autres virus, à l’inverse une
infection à virus influenza sans syndrome grippal est
possible.

Histoire naturelle
    - Réplication virales dans les voies aériennes supérieures et les voies respiratoires inférieurs.
    - Incubation ≈ 2j
    - Portage viral (=période de contagiosité) : 1-2 jours avant le début des symptômes jusqu’à 4-5 jours après le
        début des symptômes. Ce temps augmente chez l’enfant (10 jours) et l’immunodéprimé (60 jours).

Quelles sont les complications ? Chez les patients à risque +++
   - Pneumonie bactérienne (S pneumonia, H influenza, S aureus) : 1 à 10% des infections symptomatiques
   - Pneumonie virale : âges extrêmes, commorbidités
   - Infarctus du myocarde : facteur de risque majeur de survenue chez les plus de 65 ans
   - Emphysème, pneumothorax
   - Encéphalopathies, syndrome de Reye : atteinte cérébrale non inflammatoire et atteinte hépatique, l’aspirine
        n’est pas recommandée chez les moins de 16 ans.

    II)     Autres virus, traitements et diagnostic
            A) Paramyxoviridae

C’est un virus enveloppé, génome stable, qui possède des glycoprotéines d’enveloppe permettant l’attachement et
la fusion avec la membrane cellulaire.
NB : « dae » signifie famille et « nae » sous famille.

Le VRS est un virus de la famille des paramyxoviridae, il a une durée d’incubation de 2 à 4 jours. Il est responsable
de rhinite (durée 1 à 3 jours) et c’est le principal agent des bronchiolites du nourrisson. Ce virus détruit les cellules
ciliées et entraîne une réponse inflammatoire.
Les symptômes sont plus sévères chez les enfants de moins de 2 an :
     - Rhume
     - Fièvre (modérée)
     - Toux sèche
     - Dyspnée obstructive, polypnée, tirage, sifflements
     - Perte d’appétit
     - Otite, troubles digestifs
L’évolution est favorable en 10 jours.

Epidémiologie de la bronchiolite
   - 450 000 à 500 000 cas par an en France.
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-   Transmission aérienne +++
    -   Transmission indirecte : survie du virus de 20 secs sur la peau, 60 secs sur les vêtements et 6 heures sur les
        surfaces non poreuse.
    -   Infection nosocomiale possible

Formes graves de l’infection à VRS :
   - 0,5 – 2% hospitalisés pour insuffisance respiratoire grave
        Prématurité
        Age inférieur à 2-3 ans
        Co-morbidité (cardio, respiratoire, immunodépression)
   - Mortalité
        0,005 à 0,2%
        1 à 3% des cas hospitalisés
   - Adultes immunodéprimé – pneumonie (grippe)
   - Exacerbations asthme et BPCO
   NB : le VRS est le principal facteur de risque de développement de l’asthme chez l’enfant.

Le métapneumovirus humain hMPV appartient aussi à la famille des Paramyxoviridae.
Epidémiologie :
    - Virus ubiquitaire
    - Epidémies automno-hivernales
    - Séroprévalence >90% des enfants de plus de 5 ans.
Clinique
    - Infections respiratoires hautes et basses du nourrisson et du jeune enfant.
    - 5 à 15% des bronchiolites du nourrisson hospitalisées
    - Pneumopathies sévères chez les personnes âgées et les patients immunodéprimés.

Virus Para-inflenza (PIV) : famille des paramyxoviridae. Ils sont au nombre de 4 (PIV1 à PIV4).
    - PIV-3 (50% des infections à PIV chez l’enfant)
         Endémiques de l’automne jusqu’au printemps
         Bronchiolite, rhinites, laryngites, pneumonies
    - PIV-1 (20 à 30% infections PIV de l’enfant), PIV-2
         Epidémies 3-4 semaines en automne
         Laryngites, trachéites, rhinopharyngites, bronchites, pneumonies
    - Patients immunodéprimés
         Du portage asymptomatique à la pneumonie

            B) Coronavirus

Virus enveloppé à ARN, malgré son enveloppe ces virus sont plutôt résistants.
Coronavirus ubiquitaires : OC43 ; HKU1 ; 229E ; NL63
Epidémiologie
    - Séroprévalences élevées
    - Infections saisonnières
    - Infections respiratoires hautes et basses
    - Touchent toutes les tranches d’âge
    - Du rhume à la pneumonie sévère de l’immunodéprimé (rare)
    - Fréquemment associées à un syndrome digestif

SRAS – Syndrome respiratoire aigu sévère

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-   Apparition du SRAS-CoV en novembre 2002 dans la pronvince du Guangdong puis diffusion mondiale à
       partir de Hong Kong.
   -   8000 cas probables : 800 morts
   -   Transmission inter-humaine interrompue en juillet 2003
   -   Réservoir : chauve-souris ; hôte intermédiaire : civette palmée

MERS-CoV (« middle east respiratory syndrom »)
  - Apparu en 2012
  - Nouveau coronavirus identifié en Arabie Saoudite
  - Infection se manifeste par une fièvre et des signes respiratoires (toux, pneumonie) pour se compliquer par
     un syndrome de détresse respiratoire aigüe et une insuffisance rénale aigüe. La période d’incubation est
     estimée à 10-14 jours.
  - Réservoir probable : dromadaires
  - Cas autochtones principalement dans la Péninsule Arabique

           C) Picornaviridae

Virus nus à ARN, résistant :
    - Rhinovirus : 3 espèces A, B et C et 100 sérotypes.
    - Entérovirus
    - Parechovirus

Epidémiologie (pic épidémique en automne)
   - Rhinite +++
   - Sinusite
   - Otite moyenne aiguë
   - Bronchite, bronchiolite
   - Exacerbation différentes des espèces A, B et C à prouver
   - Interférence épidémiologique négative avec la grippe

           D) Adénovirus

Virus nu à ADN, 7 espèces de A à G et plus de 68 types.
Infections respiratoires

   -   50% asymptomatiques
   -   Fièvre
        Rhinopharyngite – conjonctivite
        Otite moyenne aiguë
        Laryngite
        Bronchiolite
        Pneumonie (1-3% pneumonies de l’enfant dont 8% hospitalisées)

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-   Infections sévères, disséminées chez le patient immunodéprimé, greffé de cellules souches
        hématopoïétiques (une des causes majeures de mortalité après les greffes de cellules souches
        hématopoïétiques).

            E) Traitements

Pour la grippe : inhibiteurs de neuraminadase
    - Inhibition de la coupure des acides sialiques
    - Absence de relargage des virions
    - Oseltamivir – Zanamivir
Inhibiteurs de polymérase en développement clinique
VRS – Parainfluenza
    - Inhibiteurs en cours d’évaluation clinique

Indication du traitement antiviral
    - Patient avec un syndrome grippal caractérisé ET forme grippe sévère ou compliquée :
         T°38,5° malgré antipyrétique
         Pulsations>120
         Fréquence respiratoire>30
         Troubles vigilance
         Détresse respiratoire
Traitement à donner précocement dans les 48h suivant le début des symptômes.

            F) Prévention

Une vaccination existe pour la grippe, c’est un vaccin inactivé trivalent cultivé sur des œufs de poule embryonné.
Sa composition change tous les ans.
On peut prévenir la transmission en mettant un masque, en se lavant les mains et en nettoyant les surfaces.

Indications du diagnostic virologique : si bénigne pas de diagnostique
    - Pour les formes graves ou chez les personnes à risque : grippe, bronchiolite à VRS du nourrison,
        pneumonies virales de l’immunodéprimé
    - Permet d’adapter le traitement anti-infectieux
    - Mise en œuvre de mesures d’isolement

Les méthodes de           diagnostic   seront
approfondies en ED

Méthodes de prélèvement (que nous avons pu
faire en amphi, le prof avait ramené des kits
de prélèvements)
    - Sécrétions       nasales :    aspiration
        nasopharyngée,         écouvillonnage
        nasopharyngé
    - Eventuellement :             sécrétions
        trachéobronchiques ;            lavage
        bronchoalvéolaire

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