EMMANUEL FAURE PHD COMPLEX SYSTEM COMPUTER SCIENCES
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Emmanuel Faure né le 30/06/1976
75 Rue Chateaubriand, 34070 Montpellier
H 0652972406
PhD Complex System B emmanuel.faure@inria.fr
Computer Sciences Marié, 2 enfants (13/03/12, 03/01/14)
Mon projet de recherche vise à développer de nouvelles méthodologies basées sur les systèmes
d’apprentissages permettant d’appréhender la modélisation de systèmes complexes par as-
similation de données. Les modèles que j’étudie sont optimisés et validés par la reconstruction
quantitative de données observées et, conjointement je développe des méthodes de catégorisation
semi-automatiques qui évoluent en fonction de l’observation par l’expert(Active machine learning).
Mes travaux portent sur des modèles probabilistes visant à reconstruire quantitativement les méca-
nismes sous-jacents à l’embryogenèse animale et sur la modélisation booléenne spatiale et temporelle
appliquée à la compréhension du réseau de régulation génétique. Mon ambition est de développer
des modèles intégrés multi-échelles combinant les dynamiques moléculaires et cellulaires. Mon
approche se concrétise par la mise en place de logiciels libres accessibles à la communauté scientifique
des mathématiques appliquées et de la biologie.
Position Actuelle
10/2014 Postdoctorat, Computational Biology Institute, IBC – Virtual Plants (INRIA) –
CRBM (CNRS UMR 5237) –Bâtiment 5, 860 rue de St Priest, 34095 Montpellier
Cedex 5 – France.
Thèmes de recherche : Modélisation multi-échelles de la morphogenèse par assimilation
de données reconstruites. Reconstruction théorique et phénoménologique par des systèmes
d’apprentissage appliquée au big data. Coupler les modèles des dynamiques génétiques et
cellulaires et les valider par la reconstruction quantitative multi-échelles de la morphodynamique
de l’embryogenèse.
Projets en cours
2013 GeNeTool, Dynamic Boolean model of endomesoderm gene regulatory network,
Manager : Emmanuel Faure.
2013 e-Laboratory on Embryome Digital Campus, Designing and sharing new theo-
retical and methodological tools, Manager : Nadine Peyriéras.
2012 ESEA - CLOUD, Plateforme Massivement Parallèle pour le Cloud Computing, ANR
Emergence, Coordinateur : Pierre Collet.
2011 MORPHOSCOPE, Multi-scale imaging and reconstruction of morphogenesis, Equi-
pex, Coordinateur : Emmanuel Beaurepaire.
2011 TEFOR, Transgenèse pour les Etudes Fonctionnelles sur les ORganismes modèles,
Infrastructure Biologie Santé, Coordinateur : Jean-Stéphane Joly.
2011 FBI, France Bio-Imaging, Infrastructure Nationale de Recherche, Coordinateur :
Maïté Coppey-Moisan.Positions Précédentes de Recherche
2010-2014 Ingénieur de Recherche (CDI), Centre de Recherche en Épistémologie Appliquée,
CREA – École Polytechnique – CNRS (UMR 7656) – 32, boulevard Victor - 75015
Paris – France.
Thèmes de recherche : Biologie du Développement, Biologie Computationnelle, Système
d’Apprentissage, Systèmes Complexes, Détection de patterns émergents.
2010-2014 Directeur Technique, Plateforme BioEmergences (IBISA), Neurobiologie et Déve-
loppement, Institut de Neurobiologie Alfred Fessard & CREA.
Thèmes de recherche : Reconstruction des dynamiques multi-échelles de la morphogénèse à
partir d’observations in vivo.
2010–2012 PostDoctorat, Davidson Laboratory - California Institute of Technology – USA.
Thèmes de recherche : Construction d’un modèle de réseau de régulation génétique
2009–2010 PostDoctorat, Institut des Systèmes Complexes Paris Ile de France (ISCPIF).
Thèmes de recherche : Systèmes d’apprentissage sur des données des systèmes complexes
Activités de Recherche
Conférence GridDay 2010, Masse de données multi-échelle et traitement sur grille,
10/2010 Organisateurs : Arnaud Banos, Emmanuel Faure, Jean-Louis Giavitto, Romain
Reuillon.
Contest Active Learning Challenge, Isabelle Guyon – Berkeley – USA,
01/2010 Organisateur des données du poisson Zèbre.
Coordination Projet Européen Embryomics, Reconstruire l’arbre généalogique des cellules d’un
2006-2009 embryon dans l’espace et le temps, Manager : Nadine Peyriéras,
Coordinateur Technique.
Coordination Machine Learning Lecture Group, Association Française pour l’Intelligence
2008-2009 Artificielle, Coordinateur du groupe de Lecture à l’ISCPIF.
Collaboration Séjour de Recherche, Département d’Electronique, Informatique et Système, Uni-
09-12/2007 versité de Bologne – Italie, Directeur : Alexandro Sarti.
Thèmes de recherche :Mise en place d’une méthode de suivi des cellules en embryologie
utilisant les caractéristiques haut niveaux des cellules
Autres Expériences Professionnelles
2001–2004 Ingénieur, Chef de projet, Relation publique, Association Rhazes – Toulouse,
Coordination et mise en place d’un système multi-agent pour l’aide au diagnostic
médical.
Education
2005–2009 Doctorat en Systèmes Complexes, École Polytechnique, effectué au CREA,
Mention Trés Honorable avec les félicitations du Jury, Directeur :Paul Bourgine.
Titre :Reconstruction automatisée de l’arbre de lignage spatio-temporel de l’embryon. pdf
2004–2005 Master en Sciences Cognitives, co-abilité avec l’Ecole des Hautes Etudes en
Sciences Sociales (EHESS), l’Ecole Normale Supérieure (ENS) et l’École Polytechnique,
Stage de Recherche effectué au CREA, encadré par Paul Bourgine pdf.
Thèmes de recherche :Création, Conception, et Analyses d’une nouvelle plateforme ex-
périmentale permettant d’étudier l’influence d’un groupe standard sur l’apprentissage par
renforcement.2000-2001 DEA en Intelligence Artificielle, Représentation de la Connaissance et Formalisa-
tion du Raisonnement, Université Paul Sabatier – Toulouse,
Stage de Recherche effectué au Laboratoire d’Analyse et d’Architecture des Systèmes
(LAAS) – Toulouse, encadré par Malik Ghallab.
Thèmes de recherche :Vers une synthèse entre hiérarchie des tâches et hiérarchie des
attributs en planification
1999-2000 Maitrise en Informatique / Intelligence Artificielle, Université Laval – Québec.
1996-1999 Licence en Informatique et DEUG MIAS, Université Bordeaux I.
Formations Complémentaires
10/2010 Gene Regulatory Networks for Development, Marine Biological Laboratory –
Woods Hole – USA.
10/2008 École d’Automne Interdisciplinaire de Biologie Systémique, BIOSYS – Aspet.
09/2008 École Thématique interdisciplinaire en Microscopie Fonctionnelle en Bio-
logie, MIFOBIO – Carquerainne.
09/2007 École sur le Calcul Parallèle, CINECA – Bologne – Italie.
09/2006 École sur la vision en Neuro-mathématique, École Normale Supérieure – Pise –
Italie.
Enseignement
MIFOBIO The BioEmergences workflow for the reconstruction of multiscale dynamics
2010 & 2012 in multicellular organisms, Atelier pour l’École Thématique interdisciplinaire en
Microscopie Fonctionnelle en Biologie – France.
BIAT 2011 Stratégies de reconstruction des données, Atelier pour l’École Thématique Bio-
Imaging Advanced Training – Lille.
Master 2009 Reconstruction des dynamiques multi-échelles dans la morphogénèse ani-
male, Atelier pour le Master Systèmes Complexes Naturels et Industriels – Université
de Rennes.
SSCS 2008 Desde los pixeles hasta los campos morfo-genéticos : Análisis, modelación
y aprendizaje sobre embriogénesis, E. Faure, L. Duloquin, M.A. Luengo-Oroz,
M. Funabashi., 6 Summer School in Complex System – Valparaiso – Chili.
Licence 2007 Java : Programmation Orienté Objet, Licence - LI230 – Université PARIS VI.
Cours 2007 Introduction to Machine Learning, Université de Bologne – Italie.
Encadrement
Master 2 Raphaël Gorrand, Reconstruction du suivi des dynamiques cellulaires, Master Ma-
2013 thématiques Vision Apprentissage – ENS Cachan.
Caltech Jennifer Kang, 4D Gene Expression of S. purpuratus throughout Embryogenesis,
Student 2011 SURF student - California Institute of Technology – USA.
Ingénieur Jonathan Denonain, Développement d’une application Web gérant un Workflow,
2010 Génie Informatique - Université de Technologie de Compiègne – France.
DUT 2010 Antoine Rougier, Migration d’une base de données Oracle vers Postgresql et mise
en place de droits d’accés, co-encadré par Thierry Savy, DUT Informatique – Limoges.Publications
Journaux
Nature Com An algorithmic workflow for the automated processing of 3D+time micro-
in press scopy images of developing organisms and the reconstruction of their cell
lineage,
E. Faure*, T. Savy*, B. Rizzi*, C. Melani*, M. Remesíková*, R. Spir*, O. Drblíková*,
R. Cunderlík*, G. Recher*, B. Lombardot*, M. Hammons, D. Fabrèges, L. Duloquin,
I. Colin, J. Kollár, S. Desnoulez, P. Affaticati, B. Maury, A. Boyreau, J.Y. Nief, P.
Calvat, P. Vernier, M. Frain, G. Lutfalla, Y. Kergosien, P. Suret, R. Doursat, A. Sarti,
K. Mikula, N. Peyriéras and P. Bourgine, (*contribution équivalente).
Nature Communication
ANM Nonlinear PDE based numerical methods for cell tracking in zebrafish
09/2014 embryogenesis,
K. Mikula, R. Spir, M. Smisek, E. Faure and N. Peyriéras, pdf.
Applied Numerical Mathematics.
JCB A New Software Package for Predictive GRN Modeling and Redesign,
06/2013 E. Faure*, I.S. Peter*, and E.H. Davidson, (*contribution équivalente), pdf.
Journal of Computational Biology
PNAS Predictive computation of genomic logic processing functions in embryonic
07/2012 development,
I.S. Peter*, E. Faure*, and E.H. Davidson, (*contribution équivalente), pdf.
Proceedings of the National Academy Of Sciences of the United States of America
identifié par le comité de rédaction d’une importance exceptionelle
TIP 2012 3D+t Morphological Processing : Applications to Embryogenesis Image
Analysis,
M.A. Luengo-Oroz, D. Pastor, C. Castro, E. Faure, T. Savy, B. Lombardot, J.L.
Rubio-Guivernau, L. Duloquin, M.J. Ledesma-Carbayo, P. Bourgine, N. Peyriéras and
A. Santos, Transactions on Image Processing – IEEE, pdf.
TIP 2011 Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo
multiphoton microscopy,
M.A. Luengo-Oroz, J.L. Rubio-Guivernau, E. Faure, T. Savy, L. Duloquin, N. Oli-
vier, D. Pastor, M.J. Ledesma-Carbayo, D. Debarre, P. Bourgine, E. Beaurepaire, N.
Peyriéras and A. Santos, Transactions on Image Processing – IEEE, pdf.
Science Cell Lineage Reconstruction of Early Zebrafish Embryos Using Label-Free
08/2010 Nonlinear Microscopy,
N. Olivier*, M.A. Luengo-Oroz*, L. Duloquin*, E. Faure, T. Savy, I. Veilleux, X. Solina,
D. Débarre, P. Bourgine, A. Santos, N. Peyriéras and E. Beaurepaire, (*contribution
équivalente), pdf.
Development Dual mechanism controls asymmetric spindle position in ascidian germ cell
05/2010 precursors,
F. Prodon, J. Chenevert, C. Hébras, R. Dumollard, E. Faure , J. Gonzalz-Garcia, H.
Nishida, C. Sarder and A. McDougall, pdf.
IVC 05/2010 Robust iris segmentation on uncalibrated noisy images using mathematical
morphology,
M.A Luengo-Oroz, E. Faure and J. Angulo, Iris Images Segmentation Special Issue,
Image and Vision Computing, Volume 28, Issue 2, pdf.
Papier Invité : 8/97 dans le concours NICE-I [nice1.di.ubi.pt]En cours
PNAS Biased Cell Division Orientation in the Zebrafish Embryo : a Quantitative
révision Study Based on in toto Imaging and Automated Cell Tracking,
E. Faure, R. Keller, B. Lombardot, T. Savy, B. Rizzi, C. Melani, M.A. Luengo-Oroz,
L. Duloquin, G. Lutfalla, P. Suret, P. Bourgine and N. Peyriéras.
Proceedings of the National Academy Of Sciences of the United States of America
PCB Probabilistic reconstruction of the embryogenesis lineage tree as a saptio-
préparation temporal branching-process,
E. Faure, R. Keller, B. Lombardot, N. Peyriéras and P. Bourgine.
Plos Computational Biology
Conférences Internationales avec proceedings et processus de reviewing
DBSU 2012 A quantitative framework to define normal embryonic development and its
Présentation range of variation,
P. Villoutreix, L. Duloquin, B. Rizzi, E. Faure ,T Savy and N. Peyriéras, Develop-
mental Biology of the Sea Urchin XXI, ppt.
DBSU 2012 Reconstruction of a Digital Sea Urchin Embryo during Early Development,
Présentation B. Rizzi, L. Duloquin,T Savy, P. Villoutreix, E. Faure and N. Peyriéras, Developmental
Biology of the Sea Urchin XXI, abstract.
ISBI 2011 Processing pipeline for the digitalizing the lineage tree of early zebrafish
Publication embryogenesis from multiharmonic imaging,
M.A. Luengo-Oroz, J.L. Rubio-Guivernau, E. Faure ,T Savy, L. Duloquin, N. Olivier,
M.J. Ledesma-Carbayo, D. Debarre, P. Bourgine, E. Beaurepaire, N. Peyriéras and A.
Santos, Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
and European Conference on Computational Biology – Chicago – USA, pdf.
MLS 2010 Relevance of the SPIM/DSLM for in toto, in vivo imaging,
poster V.V. Gurchenkov, J.L. Rubio,L. Duloquin, E. Faure, J.F. Gille, M. Frain, N. Peyriéras.,
Morphogenesis in Living Systems – Paris – France, abstract.
AINA 2010 Global Strategy of Active Machine Learning for Complex Systems : Em-
Publication bryogenesis Application on Cell Division Detection,
E. Faure , C. Taramasco, J. Demongeot, L. Duloquin, B. Lombardot, N. Peyriéras
and P. Bourgine, Advanced Information Networking and Applications – IEEE – Perth
– Australie, pdf.
ITMO 2010 BioEmergences Platform,
poster (L. Duloquin,T. Savy, E. Faure , C. Melani)* (* contribution équivalente) , P.
Bourgine and N. Peyriéras, ITMO Neurosciences, 10th Neurobiology Conferences
Ladislav Tauc – Gif sur Yvette – France, poster.
MLS 2009 Multi-Scale Reconstruction,
poster E. Faure, N.Peyriéras, P. Bourgine, Morphogenesis in Living Systems – Paris – France,
Prix du Meilleur poster - 4D images.
MICAI 2008 Evaluation of four 3D non rigid registration methods applied to early ze-
Publication brafish development sequences,
B.Lombardot, M.A.Luengo-Oroz, C.Melani, E. Faure, A.Santos, N.Peyriéras,
M.Ledesma-Carbayo and P. Bourgine, Microscopic image analysis with application in
biology – MIAAB08 workshop of IEEE – New-York – USA, pdf.ISBI 2008 Can voronoi diagram model cell geometries in early sea-urchin embryoge-
Publication nesis ?,
M.A. Luengo-Oroz, L. Duloquin, C. Castro, T. Savy, E. Faure, B. Lombardot, P.
Bourgine, N. Peyriéras and A. Santos, Biomedical Imaging : From Nano to Macro –
Paris, pdf.
ECCS 2007 Active Learning For Embryogenesis,
Publication E. Faure, B. Lombardot, M.A. Luengo-Oroz, M. Campana, N. Peyriéras, R. Doursat
and P. Bourgine, European Conference on Complex Systems – Dresden – Allemagne,
pdf.
ICIP 2007 Twister segment morphological filtering. A new method for live Zebrafish
Publication embryos confocal images processing,
M.A. Luengo-Oroz, E. Faure, B. Lombardot, R. Sance, P. Bourgine, N. Peyriéras and
A. Santos, IEEE International Conference on Image Processing – San Antonio, Texas
– USA, pdf.
ICWSM 2007 Intertemporal topic correlations in online media,
Publication J.P. Cointet, E. Faure and C. Roth, International Conference on Weblogs and Social
Media – Boulder – USA, pdf.
RNSC 2007 Embryomics,
poster E. Faure, B. Lombardot, and M.A. Luengo-Oroz, Réseau National des Systémes
Complexes – Paris – France, poster.
Conférencier Invité
GridDay Reconstruction multi-échelles automatisée du lignage cellulaire spatio-
2010 temporel de l’embryon, E. Faure, Masse de données multi-échelle et traitement
sur grille – Paris – France, ppt.
KIT 2010 Automatic Reconstruction of the spatio-temporal lineage tree, E. Faure,
N. Péyrieras, P. Bourgine, BioImage Analysis Workshop organisé par Uwe Straehle -
Karlsruhe Institute of Technology – Allemagne, ppt.
Genopole Multi-agent modeling for embryogenesis : Heterogeneous collective motion
2009 or moving pattern formation ?, E. Faure, I. Junier, R. Doursat, Atelier Epigenése
– Paris.
AFIA 2008 Active Learning For Embryogenesis, E. Faure, Machine Learning and Causality
Teleconference Seminars, organisé par Nicolas Brodu, Dominik Janzing, Isabelle Guyon
and Michele Sebag – Paris – France ppt.
CS 2008 Embryomics - BioEmergences European Project, E. Faure, Universidad de
los Andes – Bogota – Colombie, ppt.
Vulgarisation Scientifique
Le journal Incubateur de complexité, Institut des Systèmes Complexes, www.
du CNRS
05/2014
Le Nouvel De l’influence des blogs sur la presse, J.P. Cointet, E. Faure, C. Roth, pdf.
Observateur
2007& ...
Comité de Carlos Castro (2013) , Mathieu Bouyrie (2015), Alcia Madwwick (2016).
Thèse
Reviewer Developmental Biology, International Joint Conference on Neural
Networks.
Compétences C, C++, Java, JavaScript, Bash, Python, MATLAB, R, OpenCV, OpenGL,
Informatique GLSL, Database (SQL, Postgres, Oracle), HTML, ...
Languages Français, Anglais, Espagnol.
Passions Imaginer, Lire, Penser et Construire, Interactions homme-bois-électronique.
Arts 10/2014 - Inauguration nouvelle sphère Futuroscope, vidéo, article.
& 03/2014 - Inauguration ISCPIF, article.
Sciences 11/2013 - Exposition Mémoires cellulaires, vidéo.
05/2013 - Danse contemporaine, vidéo.Vous pouvez aussi lire
