Solutions thérapeutiques et intelligence artificielle - Numéro spécial - Owkin
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Numéro spécial
Solutions
thérapeutiques
et
intelligence
artificielle
mai 2020
société émergente
Owkin veut démocratiser l’accès à l’IA
pour les chercheurs
La startup a lancé le 5 mars 2020 sa plateforme de machine learning, Owkin STUDIO, et signé deux
nouveaux contrats de recherche, allongeant ainsi la liste des centres avec lesquels elle travaille, par
effet réseau. La confiance, la transparence, est la clé de cette synergie.
L
auréate du Challenge IA Tech en Ile-de- Grâce à ces financements, Owkin a pu depuis dix ans sur la notion d’apprentissage
France en septembre 2019, Owkin a développer sa technologie phare, Owkin fédéré.
passé le stade de la preuve de concept Studio, une plateforme d’apprentissage Thomas Clozel a pu établir de nombreux
et met ses algorithmes à la disposition des automatique mise à la disposition des contrats de collaboration avec des hôpitaux
plus grands centres de recherche sur le médecins, non experts en la matière, pour aux Etats-Unis et en Europe grâce à son
cancer et des groupes pharmaceutiques, analyser leurs bibliothèques d’imagerie réseau en milieu hospitalier. Depuis qu’il a
en Europe et aux Etats-Unis. Clé de son médicale (pathologie et radiologie). Pour rejoint la filiale new-yorkaise, Meriem Sefta,
succès, la technologie d’apprentissage fédéré accélérer la découverte de mécanismes responsable des partenariats chez Owkin
qu’elle a développée permettant d’entraîner sous-jacents et de nouveaux médicaments, à Paris, joue un rôle actif en France. Deux
des algorithmes à distance sans extraire ni ces explorateurs de la médecine du futur contrats viennent d’être conclus en mars
agréger les données de santé. En augmentant ont besoin, selon leurs dires, « d’une dernier, l’un avec le Pittsburgh Hospital aux
le volume de données d’entraînement, cartographie des cancers ». Etats-Unis, l’autre pour 5 ans avec la FFCD
Owkin garantit que les modèles bénéficient « Notre objectif est de mieux comprendre (Fédération Française de Cancérologie
d’apprentissage sur des données hétérogènes, les maladies et faire des découvertes » Digestive). « Pour comprendre et prédire les
sans que celles-ci ne sortent des hôpitaux déclare Thomas Clozel, CEO d’Owkin. rechutes de cancers digestifs, les équipes
ni des groupes pharmas. Ce médecin, ancien chef de clinique en de Owkin vont analyser les données de 3
oncologie et hématologie (professeur- 000 patients atteints d’un cancer colorectal
La pépite brille de mille feux assistant en hématologie clinique à de stade II ou III” indique le communiqué
« Nous en sommes actuellement à 30 l’hôpital Henri Mondor) a cofondé la ( …) “En parallèle, Owkin mettra à la
M$ levés depuis le démarrage, sans startup fin 2016 avec le mathématicien disposition des médecins chercheurs
compter la toute récente levée de fonds de Gilles Wainrib. Polytechnicien et docteur à de la FFCD sa plateforme de recherche
25 M$ avec Bpifrance, Cathay Innovation Stanford, cet ancien maître de conférences Owkin Studio. Ceux-ci pourront collaborer
et MACSF » indique Anna Huygues- en sciences appliquées à l’ENS, est directement avec les data scientists et
Despointes, directrice du marketing quant à lui un pionnier dans le domaine experts de la startup pour interpréter les
et de la stratégie à New-York. En 2018, d’application de l’IA en biologie. Il travaille
Google Ventures, filiale d’Alphabet Inc., est
entré au capital, suivi en 2019 par F-Prime,
fonds d’investissement américain spécialisé.
Une filiale d’Owkin a alors été créée à
New-York où est présente une partie du
management, soit dix personnes. L’équipe
constituée au total d’une centaine de
salariés est internationale, multidisciplinaire,
avec « des talents incroyables en machine
learning, en médecine et en business. Nous
avons développé une grande expertise
sur ce type de savoir et, par effet réseau,
des datascientists parmi les meilleurs au
monde veulent nous rejoindre » explique Dans l’équipe d’Owkin, des datascientists “incroyables” : Kaggle
Masters(top global 100) , un top lauréat de DREAM Challenge, et
Anna H.-D. animée elle aussi d’un bel des publications dans des conférences telles qu’ICML (International
enthousiasme. Conference on Machine Learning, NIPS (Neural Information Processing
System). © Owkin
Page 14 | Biotech.info - Numéro spécial "Solutions thérapeutiques et Intelligence Artificielle" - mai 2020
résultats des algorithmes entraînés sur sensibles de santé. Avec l’ambition selon données, à la suite de l’accord-cadre signé
leurs données”. les termes de Gilles Wainrib « de contribuer en février 2019, en se concentrant sur trois
à la recherche médicale et de mettre au domaines : l’oncologie, l’immunologie et
point des outils prédictifs qui pourront la cardiologie.
Une nouvelle approche de deep
être utilisés à l’hôpital. En cancérologie, Last but not least, le 4 décembre 2019,
learning
par exemple, cela peut permettre de Owkin dévoilait sa collaboration avec
Publié le 7 octobre 2019, un article prédire la réponse à un traitement comme NVIDIA et King’s College London (KCL),
dans Nature Medecine, co-signé par les l’immunothérapie » . dont le Medical Imaging and AI Centre
co-fondateurs, annonçait une nouvelle
Le consortium est également constitué for Value Based Healthcare (AI4VBH)
approche de deep learning pour prédire
sous la forme d’une association à but développe l’un des plus ambitieux projets
et expliquer les facteurs de diagnostic clef
non lucratif, la Substra Foundation. d’apprentissage fédéré au monde. Ce
pour les patients atteints de Mésotheliome,
« Celle-ci a été mise en place pour créer dernier reliera en premier lieu quatre
une forme rare et virulente de cancer
l’infrastructure de traçabilité qui permet des principaux hôpitaux universitaires
des surfaces mésothéliales qui affecte
de suivre quel jeu de données a été utilisé londoniens avant de s’étendre au reste
le revêtement des poumons (la plèvre).
dans l’entraînement de quel modèle. Là- de ces établissements au Royaume-
La survie des patients est variable, de
dessus, on utilise Ledger/blockchain » Uni. Il proposera des services d’IA pour
quelques mois à quelques années. Owkin
précise Anna. accélérer la recherche et améliorer les
décrit comment le modèle entraîné sur des
essais dans des aires thérapeutiques
images de biopsies du poumon, prédit
variées : cancer, insuffisance cardiaque,
l’évolution de ce cancer et en identifie De la Fondation Substra à la recherche
accidents vasculaires cérébraux ou maladies
les facteurs biologiques. en pharma
neurodégénératives.
« La particularité d’Owkin, c’est la capacité Via la Fondation Substra, Owkin coordonne
KLC utilisera les technologies
de garantir la protection et la sécurité un consortium de 17 partenaires,
d’apprentissage fédéré de Owkin et
des données », insiste Anna H-D. « Nous industriels de la pharma, technologiques,
la plateforme EGX « Intelligente Edge
n’extrayons jamais de données, ni ne et universitaires européens, pour accélérer
Computing » de NVIDIA pour développer
les confondons avec d’autres sources la découverte de médicaments. Le projet
des solutions cliniques, de recherches et
de données. Les modèles peuvent être MELLODDY ((Machine Learning Ledger
opérationnelles. Le logiciel d’Owkin est
entraînés simultanément ou de façon Orchestration for Drug Discovery) vise à
extrêmement flexible, sécurisé, traçable
séquentielle sur de multiples jeux de exploiter la plus grande base de données
et préserve la confidentialité des données,
données, mêmes si tous sont restés dans mondiale de petites molécules ayant une
ce qui est essentiel dans un contexte
les sites de stockage des partenaires ». activité biochimique ou cellulaire connue
européen où le RGPD est une exigence.
Comment ? « Nous travaillons avec le pour permettre l’élaboration de modèles
Cet ensemble de données fédérées sera
chercheur qui a recueilli telle cohorte pour prédictifs plus précis et accroître l’efficacité
mis à la disposition de ses chercheurs par
comprendre comment elle a été créée et de la découverte de médicaments.
KLC ainsi qu’auprès d’une communauté
toutes les variables associées. Nous testons MELLODDY se donne pour objectif d’utiliser
d’entreprises du secteur de la santé
un échantillon anonymisé pour vérifier que les méthodes d’apprentissage automatique
membres du consortium “AI Centre”
nous avons tous les bons « labels » afin dans les chimiothèques de 10 sociétés
financé par Innovate UK.
de pouvoir ensuite mener les recherches à pharmaceutiques. A terme, les membres
distance » explique Anna, ajoutant « Nous vont développer une plateforme créant Car le modèle économique d’Owkin est
avons développé une plateforme en open des modèles plus précis pour prédire quels le suivant : d’une part la startup propose
source, Substra, pour exploiter les données composés pourraient être prometteurs dans la plateforme Studio aux chercheurs qui
médicales grâce à l’IA avec un dispositif de les dernières étapes de la découverte et trouvent ainsi des modèles de machine
blockchain garantissant la transparence du développement de médicaments. Porté learning très en avance, ne nécessitant
et la protection des données sensibles. par Janssen Pharmaceutical NV, le projet pas de formation de data scientist. D’autre
Nous nous y étions engagés pour gagner d’une durée de 3 ans ( fin 2019-22) a reçu part, cette plateforme propriétaire permet
la confiance de nos partenaires ». un financement public/privé (18,4 M€) ensuite à la startup de collaborer avec
de l’IMI (Innovative Medicines Initiative). les équipes d’entreprises et de groupes
Le projet Substra a été lancé dans le cadre
Le consortium inclut notamment NVIDIA, pharma “dans le cadre de contrats qui
du projet collaboratif « Healthchain »
un groupe d’IA computing qui alimente sont alors monétisés ». Ainsi, en oncologie/
démarré en novembre 2018 (et financé
une grande majorité des infrastructures cardiologie, utilisons-nous les modèles
par Bpifrance à hauteur de 10 M€). Le
d’apprentissage automatique dans le créés avec des partenaires pour améliorer le
consortium est constitué d’Owkin, de l’AP-
monde. développement de nouveaux medicaments,
HP, de Polytechnique, de l’Institut Curie, du
Owkin partageant alors les revenus des
Centre Léon Bérard à Lyon, de l’Université Le 30 octobre 2019, l’AP-HP et Owkin
découvertes » précise Anna Huygues-
Paris Descartes, du CHU de Nantes et de s’associaient à leur tour pour accélérer
Despointes
la startup Apricity. Ce programme visait la recherche clinique grâce à l’IA. Ils ont
à développer l’entraînement de modèles lancé ensemble une première série de
d’apprentissage fédéré sur des données projets de recherche appliquant l’IA à leurs g therese bouveret
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