Surveillance de l'infection à Middle East Respiratory Syndrome (MERS) Coronavirus Bilan du dispositif de détection en Ile-de-France - Annie-Claude ...
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Surveillance de l’infection à Middle East
Respiratory Syndrome (MERS) Coronavirus
Bilan du dispositif de détection
en Ile-de-France
Annie-Claude Paty
CIRE Ile de France, Champagne Ardenne
JRVS, 21 novembre 2013CONTEXTE
• 22 septembre 2012: le Royaume-Uni informe l’OMS d’un cas de syndrome
respiratoire aigu avec insuffisance rénale, chez un sujet ayant séjourné en Arabie
saoudite et au Qatar. Identification d’un nouveau coronavirus
• L’OMS fait rapprochement avec un signal identique en avril 2012 chez un
ressortissant Saoudian
• Mise en place d’une surveillance internationale sous coordination de l’OMS
• En France, à la demande de la DGS
• Surveillance spécifique coordonnée par InVS
• Avis HCSP pour gestion en mars 2013
• 7 mai 2013: 1er cas confirmé en France
• 12 mai : 2nd cas (par contamination nosocomiale du 1er cas)
=> Vigilance renforcée en FranceDéfinition de cas de l’OMS Cas possible : a) Toute personne ayant voyagé ou séjourné dans les pays à risque, qui, au cours des 14 jours après son retour, a présenté : des signes cliniques et/ou radiologiques de SDRA ou d’infection du parenchyme pulmonaire, avec une fièvre ≥38°C et de la toux, sans autre étiologie identifiée pouvant expliquer la pathologie. Pour les personnes immunodéprimées ou présentant une pathologie chronique, considérer également la survenue d’un syndrome fébrile avec diarrhée et/ou tableau clinique sévère. b) Tout contact (ex : famille, soignants) d’un cas possible ou confirmé, ayant présenté une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant le dernier contact avec le cas possible/confirmé pendant que ce dernier était malade (i.e symptomatique). Pour les contacts immunodéprimés ou présentant une pathologie chronique, considérer également la survenue d’un syndrome fébrile avec diarrhée et/ou tableau clinique sévère. Cas confirmé : Cas possible avec prélèvements indiquant la présence du nouveau coronavirus MERS-CoV.
Signalement d’un cas suspect à Coronavirus
sur plateforme ARS
Saisie de tous
les signaux
ARS/CIRE en base par
CAS EXCLU Evaluation du cas InVS
avec le clinicien
VALIDATION de la classification de cas InVS
CIRE/InVS
CAS POSSIBLE
Traçabilité des Cas possible
prélèvements notifié aux
référents
Mesures d’hygiène CLINICIEN InVS, DGS,
Isolement du patient ARS et
cabinet
Prélèvements
respiratoires et autres
prélèvements pour CNR
diagnostic d’exclusion Laboratoires
Référents
Directeur d’établissement
Coordonnées d’un
EOH
référent proche du cas Prévenir laboratoire du CH
Référent infectiologie
Médecin traitant
pour précaution hygiènePrélèvements et Algorithme de décision
Évaluation avec clinicien, ARS et CIRE
• Signal exclu d’emblée quand
• Hors définition (sur clinique ou hors zone à risque)
• Pas de prélèvement
• Signal classé en cas possible : avec appui InVS si besoin
• Nécessite un prélèvement : prélèvement profond recommandé
• Lavage broncho-alvéolaire, aspiration, expectorations
• Autres prélèvements : naso-pharyngien, sang, selles
• Recherche d’ autres étiologies
• Envoi des prélèvements avec procédure sécurisée
• Aux laboratoires de référence franciliens en semaine (aux heures ouvrées)
• Pitié Salpétrière, Bichat, Necker, Paul Brousse, Begin
• A ce jour : uniquement pour les patients hospitalisés sur place
• Au CNR (demande faite obligatoirement par l’astreinte de l’InVS)
• La nuit et le week-end
• CNR sollicité sur demande InVS (en urgence avec la CIBU)Prélèvements et Algorithme de décision
Prélèvements profonds (LBA, aspiration, expectorations)
Prélèvements rhino-pharyngiens
< J4 des premiers signes ≥ J4 des premiers signes
Résultat Résultat Résultat négatif Résultat positif
négatif positif
Pas d’autres étiologies
Pas d’amélioration clinique
Demander
prélèvement Demander
profond ≥ J4 des Cas Cas prélèvement Cas
premiers signes confirmé exclus profond ≥J4 des confirmé
premiers signesBilan de la surveillance en Ile-de-France
Bilan des 6 mois de surveillance en Ile-de-France
– Du 1er mai au 3 novembre 2013 (semaine 18 à semaine 44)
– Aucun cas confirmé en IDF
– Signaux classés en cas exclu ou cas possible
– Analyse des signaux reçus :
• Hypothèse: évolution de la typologie des signaux
– Evolution au cours du temps: identification de 3 périodes
1) Mai: impact médiatique après les 2 cas confirmés à Lille
2) Juin à septembre: appropriation de la surveillance du coronavirus
3) Octobre: retour grand pèlerinage à la Mecque (Hadj) en Arabie Saoudite
et impact du « cas probable »
– Évolution des signaux par les cliniciens : description des déclarants
– Evolution des signaux selon la population concernée: description des
patientsSignalements Mers CoV en Ile de France
cas possible cas exclu
30
25
20
15
10
5
0
S18 S19 S20 S21 S22 S23 S24 S25 S26 S27 S28 S29 S30 S31 S32 S33 S34 S35 S36 S37 S38 S39 S40 S41 S42 S43 S44
• 171 signalements en Ile-de-France soit 40 % de la base national (n=431 sur la France entière)
• 43 classés en cas possibles (tous exclus après résultats biologiques)
– Soit 25 % des signalements en IDF
– Soit 38% des cas possibles de la base national (n=113, dont 2 confirmés, sur la France entière)
• Impact médiatique plus important en nombre de signaux (inverse pour les autres régions)
effectif cas possible cas possible/période en %
mai 67 14 20,9
juin à septembre 65 19 29,2
octobre 39 10 25,6
Total 171 43 25,1Typologie des déclarants
Département Effectif en % cas possible /total IDF, en % cas possible /sur total dép, en %
PARIS 60 35,1 51,2 36,7
VAL-DE-MARNE 30 17,5 9,3 13,3
HAUTS-DE-SEINE 21 12,3 11,6 23,8
SEINE-ST-DENIS 20 11,7 9,3 20,0
YVELINES 17 9,9 7,0 17,6
VAL-D'OISE 8 4,7 4,7 25,0
SEINE-ET-MARNE 7 4,1
ESSONNE 7 4,1 7,0 42,9
Département inconnu 0,6
Total 171 100 100 25,1
Nombre de signalements différents par période et département:
• Paris : de 24 % en période 1 à 46 % des signalements en période 2, puis 36 %
• Hauts de Seine, plutôt en période 1 et 2, Seine-St-Denis et Val de Marne : période 1 et 3.
Effectif en % Mai Juin à septembre Octobre
Service d'urgence 85 49,7 46,3 44,6 64,1
Service infectieux 27 15,8 13,4 20,0 12,8
Autres services hospitaliers 19 11,1 9,0 16,9 5,1
Réanimation 10 5,8 10,4 4,6
Médecin Généraliste 13 7,6 7,5 6,2 10,3
Centre 15 7 4,1 6,0 4,6
Autre 6 3,5 4,5 3,1
Inconnu 4 2,3 3,0 5,1
Total 171 100 100 100 100Description des patients signalés
Mai Juin à septembre Octobre Total
Total 65 65 37 167
sex ratio H/F 0,9 1,6 0,8 1,1
Effectif en % Sex ratio Nb cas possible/total en % possible / classe âge en %
< 5 ans 12 7,5 1,0 4,7 16,7
5-14 ans 6 3,8 2,0 7,0 50,0
15-24 ans 14 8,8 0,8 7,0 21,4
25-49 ans 66 41,3 1,5 41,9 27,3
50-64 ans 37 23,1 0,8 11,6 13,5
> 65 ans 25 15,6 1,1 25,6 44,0
âge inconnu 11 6,9 2,3 9,1
Total 171 1,1 100 25,1
• Age médian : 40 ans pour ensemble des patients signalés (vs 47 ans niveau national)
• De 1 à 91 ans
• Age médian des cas possibles : 41 ans (vs 58 ans niveau national)
• Age médian par période :
• Mai : 35 ans pour cas exclu versus 48 ans pour cas possible
• Juin à sept : 40 ans pour cas exclu versus 31 ans pour cas possible
• Octobre : 54 ans pour cas exclu versus 69 ans pour cas possibleCritères d’inclusion et exclusion
Pays visités Effectif en % Radiographie Pulmonaire Cas possible
en %
ARABIE SAOUDITE 64 37,4
Pas de Rx 0
ÉMIRATS ARABES UNIS 59 34,5
Rx normale 4,7
KOWEÏT 7 4,1
Rx anormale 74,4
QATAR 7 4,1 dont syndrome interstitiel 43,8
Autre 13 1,8
Pays hors zones 10 5,8 Informations manquantes 21
Pas de notion de voyages 11 6,4
Cas exclu en % Cas possible en % Total en %
Hospitalisation 19,5 62,8 30,4
IRA grave 3,1 14,0 5,8
SDRA 3,9 16,3 7,0
Fièvre 46,1 93,0 57,9
Signes digestifs 11,7 27,9 15,8
Comorbidités 27,0 51,0 33,0Discussion/conclusion
• Pas d’épidémie à Mers CoV en France
• Importance de l’impact médiatique sur la surveillance
• Dispositif de surveillance francilien repose sur:
– Signalement à la plateforme ARS
– Classification des signalements par InVS
– Dispositif national mis en place par l’InVS
• Retour expérience en NPDC (2 cas confirmés)
– Retard au diagnostic car syndromes atypiques
– Investigation et mesures préventives auprès de l’entourage proche (n=48), des
personnes ayant pris l’avion (n=37)et personnel soignant (n=112), soit au total
197Bibliographie
• Surveillance OMS: situation au 18 novembre
– 157 cas confirmés dans le monde dont 66 décès
– 81% en Arabie Saoudite
• Epidémiologie des cas confirmés :
– Âge moyen: 51,5 ans (14 mois à 94 ans)
• 53 ans chez homme / 49 ans chez femme
– Sex ratio H/F: 1,6 (mais cas asymptomatiques chez entourage et personnel soignant
font diminuer ratio)
– Tous les patients ont eu des signes respiratoires (fièvre, toux, dyspnée)
– Comorbidité fréquente: insuffisance rénale, pathologie respiratoire, diabète…
– Tableau atypique possible chez immunodéprimés
– Signes digestifs pour 8 cas sur 23 dans cluster saoudien
– La plupart des patients ont été hospitalisés
– Formes asymptomatiques ou bénignes: 22 % (23 sur les 104 décrits)Bibliographie
Connaissance sur le virus
• Virus à ARN simple, Béta coronavirus (idem SRAS)
• Proche coronavirus chauve-souris
• Survie pendant 48h dans milieu stable à 20% C (et basse température)
• Perte de son pouvoir infectant (-30%) après 3h de dissécation
• Sensible à l’eau de Javel à 0,5%
• Durée incubation: en moyenne 5,2 jours, maxi 14 jours
• Intervalle intergénérationnel: 7,6 jours IC 95% [ 2,1j: 23j ]
• Taux de reproduction: R0= 0,6 à 0,69 (SRAS était à 0,89)
• Transmission:
– Un virus apparenté au MERS-CoV avait déjà été détecté dans les déjections de chauves-souris
– Une étude sérologique a été réalisée chez 50 dromadaires d’Oman (100% anti-MERS-CoV
positifs) et 105 dromadaires autochtones des Iles Canaries (14% positifs), mais échec de la mise
en évidence du virus MERS-CoV chez ces animaux
– Un chameau a été retrouvé infecté par le MERS-CoV (PCR positive) et cet animal appartenait à un
cas confirmé d’infection à MERS-CoV. Les séquences virales sont en train d’être comparées.Vous pouvez aussi lire
