Virus Ebola MSASMSAS Dr Mouhamadou Lamine DIA Direction des Laboratoires
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Virus Ebola
Dr Mouhamadou Lamine DIA
Direction des Laboratoires
MSAS
OBJECTIFS 1. Connaitre les caractères du virus 2. Citer deux produits pathologiques pour la confirmation virologique 3 Décrire 3. les conditions de transport des échantillons 4. Citer deux techniques utilisées pour la confirmation virologique
PLAN • INTRODUCTION • CLASSIFICATION • CARACTERES VIROLOGIQUES • DIAGNOSTIQUE AU LABORATOIRE • CONCLUSION
Introduction
Introduction
• 1976: deux épidémies de fièvre hémorragique ont
débuté à Nzara (Soudan) et Yambuku (Zaire) avec
taux de létalité élevés (53% et 88%),
88%)
• Deux virus proches isolés et nommés Ebola
(rivière coulant près de Yambuku): Ebola‐Zaire et
Eb l S d
Ebola‐Soudan,
•1989: Virginie (USA) plusieurs singes macaques
(Macaca fascicularis) importés des philippines
morts de fièvre hémorragique: Ebola‐RestonIntroduction
• 1994: au parc national de Taï en Côte d
d’Ivoire
Ivoire une
personne infectée en effectuant la nécropsie d’un
singe trouvé mort (elle a survécu): Ebola‐Côte
d’ivoire rebaptisé Ebola‐Forêt de Taï
• 2008: Ebola‐Bundibugyo, identifiée à Bundibugyo
en Ouganda
O d
• E. Zaïre et E. Soudan responsables quasi‐totalité
cas humains; Ebola Reston transmissible à l'homme
sans donner de signes cliniquesClassification
Classification • Ordre : Mononegavirale • Famille: Filoviridae • Genre : Virus Ebola ou Ebolavirus • Espèces: Zaire, Soudan, Reston, Forêt de Taï, Bundibugyo
Principales FHV 9
Classification
•
EBOLA MARBURGCaractères virologiques
Caractères virologiques
gq
• Structure du virus:
Virus ayant une forme filamenteuse parfois
bifurquée prenant la forme d
d’un
un U ou d
d’un
un «6»
Taille des filaments
f très
è variable, jusqu’à
’à
1 400 nm, diamètre = 80 nm
Forme infectieuse mesure 790 nm
Virus enveloppé avec une nucléocapside
tubulaire à symétrie hélicoïdaleVirus Ebola
Virus Ebola Zaïre en microscopie électronique
Structure des Filoviridae
Caractères virologiques
gq
• Le génome:
ARN , monocaténaire
té i linéaire,
li é i non segmenté,
té
à polarité négative, d’environ 19 kb
ARN polymérase
p y
Code sept protéines viralesCaractères virologiques
gq
• Caractères physico‐chimiques :
o Virus enveloppé fragile ne survit pas dans milieu
extérieur
o Détruit par la chaleur: 30 minutes à 60 °C, par les UV,
les rayons gamma, les solvants des lipides (éther), la
bêtapropiolactone
o Inactivé par: eau de javel, savon, détergents, formol…Diagnostic au laboratoire
Produits pathologiques
p gq
o Prélever du sang dans deux tubes: un
tube sec de 10 ml et un tube EDTA de 10 ml
o Prélever des tissus
o Autres:
Autres urines,
urines LCR
‐ Manipuler avec extrême précaution
‐ Envoi à un laboratoire de haute sécurité (P4)Pré traitement p
produit p
pathologique
gq
• Chauffage:
Ch ff 56°C pendant
d t 30 min
i
• Ajout de détergentTransport:
p Triple
p emballage
g
Tube 1er emballage doit être mis dans un sachet
‐ Tube,
avec un tissu absorbant,
‐ puis ce sachet sera mis dans un pot bien fermé
(2ème emballage),
emballage)
‐ enfin
fi ce pot sera mis i dans
d un carton ou une
glacière (3ème emballage).Transport:
p Triple
p emballage
g
Sac en plastique scelle
Parafilm
Tube a bouchon a vis
Echantillon
c a t o
Papier absorbant
Pot bien ferméTransport:
p Triple
p emballage
gCodes UN
• Les agents représentants un danger biologique sont
classés pour le transport par code UN :
• UN 2814: (Substance infectieuse, affecte les humains)
• UN 2900 ((Substance infectieuse,, affecte les animaux))
• UN 3373 (Échantillon diagnostique ou Échantillon
clinique ou Substance biologique,
biologique Catégorie B)
• UN 3291 (Déchets médicaux)Transport:
p Triple
p emballage
g
‐ Les boites UN 2814 de la société Emball Infor
((www.emballinfor)) ppeuvent être utilisées.
Toutefois un autre type d’emballage (exemples :
glacière, carton, …) peut être accepté en veillant
au respect du triple emballage.
‐ Acheminer les échantillons de façon sécurisée
en respectant
t t la
l chaine
h i d froid
de (+4°C) après
f id (+4°C),
accord obtenu par téléphone de l’IPD.Transport:
p Triple
p emballage
g
A contacter
t t
Informer,
‐ Institut Pasteur de
d Dakar:
k 77 270 77 93; 33 839
92 00
‐ la DP: 33 869 42 31Transport:
p Triple
p emballage
g
‐Adresser
Adresser échantillons à: Unité des Arbovirus et
virus des Fièvres Hémorragiques Institut Pasteur de
D k 36 Avenue
Dakar A P t
Pasteur, D k
Dakar.
‐Mentionner le l nom et lesl coordonnées
d é d
de
l’expéditeur (numéro de mobile) .
‐ Fiche clinique dûment renseignée par un
médecin/personnel de santé qui doit être
accessible sans ouvrir l’emballage
gTransport:
p Triple
p emballage
g
A NE PAS FAIRE
Ne pas Congeler le sang total
Ne p
pas laisser les tubes de sangg ouverts sur la
paillasse
Ne pas secouer le tube de sang total
Ne pas mettre les formulaires d’enquête au
contact de (s) échantillon (s)Techniques
q au Laboratoire
Nécessité d’un laboratoire de type
yp P4
(ou P3 amélioré)Mesures de confinement des laboratoires
MESURES DE CONFINEMENT A METTRE EN NIVEAUX DE
ŒUVRE DANS LES LABORATOIRES DE CONFINEMENT
RECHERCHE, DE DÉVELOPPEMENT ET 2 3 4
D'ENSEIGNEMENT
A Conception du laboratoire
1. Signalisation du laboratoire (pictogramme " danger Oui Oui Oui
biologique ").
2. Laboratoire séparé des autres locaux au moins par une Oui Oui Oui
porte.
3. Accès au laboratoire via un sas. Non Optionnel Oui
Conception et * (oui si pression négative) *
équipement 4. Accès réglementé
g et verrouillable. - Accès p
possible ppour Oui Oui Oui p
par
les seuls travailleurs autorisés. sas
du laboratoire
5. Possibilité de fermer hermétiquement le lieu de travail Optionnel Oui Oui
de pour permettre la désinfection.
microbiologie 6 Filtration de ll’air
6. air extrait du lieu de travail (filtre HEPA) Non Oui Oui
(Mesures de avec évacuation de l'air à l'extérieur.
confinement) 7. Filtration de l'air entrant dans le lieu de travail. Non Optionnel Oui
8. Présence d'une fenêtre d'observation ou d'un système Optionnel Oui Oui
é i l
équivalent permettant de d voir
i les
l occupants.
9. Moyen de communication avec l'extérieur. Non Optionnel Oui
10. Maintien d'une pression négative dans le laboratoire Non Oui (1) Oui
par rapport
p ppo aux u zones
o es voisines.
vo s es.
11. Système d'alarme pour détecter tout changement Non Oui Oui
inacceptable de la pression de l'air.
12 Approvisionnement en énergie électrique de secours. Non Optionnel Oui
13 S tè d til ti d N N O iPictogrammes
De
Sécurité
Risques biologiquesMesures de confinement des laboratoires
MESURES DE CONFINEMENT A METTRE EN NIVEAUX DE
ŒUVRE DANS LES LABORATOIRES DE CONFINEMENT
RECHERCHE, DE DÉVELOPPEMENT ET 2 3 4
D'ENSEIGNEMENT
A Conception du laboratoire
B Aménagements internes
C Pratiques opératoires
1. Stockage des agents biologiques en lieu sûr. Oui Oui Oui lieu
protégé
Conception et 2. Manipulation des matières infectées et de tout Optionnel Oui Oui
équipement animal contaminé dans un système approprié de
du laboratoire confinement (5)
3. Utilisation de conteneurs spécifiques pour aiguilles Oui Oui Oui
de
contaminées, objets piquants ou tranchants souillés.
microbiologie 4 Mi
4. Minimisation
i i ti de d la
l formation
f ti d'aérosols.
d' é l O i
Oui O i
Oui O i
Oui
(Mesures de 5. Contrôle de la dissémination des aérosols formés. Minimise Empêcher Empêcher
confinement) r
6. Gants Optionnel Oui Oui
7. Inactivation du matériel contaminé et des déchets. Oui Oui Oui
8. Sortie du laboratoire après décontamination des Oui Oui Oui
équipements susceptibles d'être contaminés
(centrifugeuses. PSM...).
* Oui : exigence. Non : pas d’exigence. Optionnel : doit être décidé, au cas par cas
9. Inactivation des effluents des éviers et des douches. Non Oui OuiClasse de risque
q des virus
Groupe de risque Risque Risque de Prophylaxie ou
Infectieux propagation dans traitement
l collectivité
la ll ti ité efficace
ffi
1 Pas de Sans objet
j Sans objet
j
pathologie
2 Peuvent
P P
Peu probable
b bl O i
Oui
provoquer une
maladie
3 Peuvent Probable Généralement
provoquer
p q une possible
p
grave maladie
4 Provoquent une Élevé Non connu à ce
maladie grave jourExemples de virus pathogènes Virus Groupe Vaccin Adénovirus 2 - CMV 2 - VZV 2 + EBV 2 - HPV 2 - Rougeole 2 + Oreillons 2 + HBV 3 + HCV 3 - HIV 3 - HTLV 3 - Rage 3 - Fièvre jaune 3 + Fièvres hémorragiques 4 - (Virus Ebola …)
Techniques
q au Laboratoire
PCR (RT‐PCR)
Détecte ARN viraux dans le sang ou les tissus à la
phase aiguë.
Séquençage permet de typer les souches virales.
virales
ELISA:
Détecte antigène circulant dans le sang ou présent
d
dans l pièces
les iè nécropsiques.
é iTechniques
q au Laboratoire
Microscopie électronique
Détecte le virus dans les tissus,
tissus les prélèvement
biologiques et les isolements en culture cellulaire.
Culture cellulaire:
Sur cellules
ll l Vero E6 . ECP (7
( à 10 jours)
j ) pas toujours
j
évident, confirmation par IFD.Techniques
q au Laboratoire
Sérologie
o Tests ELISA de capture d’IgM
d IgM et de détection
d’IgG spécifiques
o Tests utilisant antigènes viraux inactivés
o Bonne spécificité et sensibilité mais positive
tardivementConclusion :
• Virus
Vi f il mais
fragile i hautement
h t t pathogène
th è
• Triple emballage obligatoire pour le transport
• Confirmation p
par un laboratoire spécialisé
p
(IPD)Nous vous remercions pour votre
aimable attention
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