2021 1an RECHERCHES à l'Université de Bretagne Occidentale - Université de Bretagne Occidentale (UBO)
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Sommaire © ComUBO 05 Édito 06 32 unités de recherche MA THÈSE et 4 Instituts au service de l‘innovation et du savoir EN 180 SECONDES 08 5 faits marquants Chaque année, l'UBO organise la demi- finale du concours « Ma thèse en 180 12 Nos chercheurs à la une secondes » pour les doctorants de Brest, Lorient et Vannes. Les règles sont simples, chaque candidat à seulement 3 minutes et 14 Nos doctorants à la une 1 seule diapositive pour présenter et faire comprendre ses travaux de recherche. Après 16 Les enjeux scientifiques forts une édition en ligne en 2021, les 6 nouveaux candidats ont repris le chemin de la scène en 2022. C'était pour eux une occasion 18 Défis comtemporains de la recherche 22 unique de transmettre leur passion pour les sciences devant un public large et diversifié. Un écosystème au service de la valorisation 25 Rayonnement international de la recherche 2 27 La culture scientifique et technique à l’UBO 3
32 Édito Unités de recherche Sous le prisme de la Recherche et de Retour également sur l’évaluation l’Innovation, 2021 résonnera comme HCERES des unités de recherche et de étant l’année de l’évaluation HCERES, l’Etablissement qui a permis de mon- 70 et de la poursuite de la contractua- trer la qualité des projets, des recom- lisation d’une dizaine d’UMR avec le mandations pour des changements Millions d’€ : budget de la recherche CNRS ainsi que 4 UMR INSERM, dont ciblés, et des stratégies pour les mettre une nouvelle venue, en l’occurrence en place. L’affirmation du nouveau le GETBO dont nous nous félicitons modèle de la DRIVe, en support aux 813 qu’elle puisse porter l’excellence et la enseignants-chercheurs et chercheurs visibilité internationale de l’établisse- hébergés de notre Établissement a ment dans le futur contrat. Félicitations été soulignée, avec des compétences Enseignant·e·s-chercheur·e·s au professeur Francis Couturaud et son nouvelles pour être en phase avec les et chercheur·e·s des organismes équipe pour leur travail acharné depuis régulations en matière de science et plusieurs années, ayant mené à cette 353 données ouvertes jusqu’à l’accompa- reconnaissance de haut niveau, ce qui gnement pour la calibration des projets valide également notre stratégie de européens. C’est donc une reconnais- Habilité·e·s à diriger la recherche soutien continu à cette unité. sance de notre organisation et de la Retour en arrière, deux ans plus tôt. déclinaison politique de la structuration RECHERCHE 342 Les méta projets du volet Recherche de la Recherche et de l’Innovation, de LA du CPER 2021-2027 sont collectés, puis leurs financements négociés par coor- son dynamisme et de sa résilience vis- à-vis de la logique de financement par Contrats de recherche dination entre l’État et les collectivités appel à projets, qui est confortée. territoriales pendant la crise sanitaire C’est dans un contexte d’optimisme que À L’UBO du Covid-19. Les maquettes financières 31 débute le nouveau contrat 2022-2027 nous sont enfin parvenues et les pre- avec un impératif, celui de l’excellence EN 10 Doctorant·e·s CIFRE* miers engagements de dépense qui nous parviennent fin 2021 doivent per- dans le domaine de la Recherche et du INDICATEURS passage vers l’Innovation pour acquérir mettre d’irriguer les unités de recherche notre pleine place dans le concert inter- en équipements lourds en phase avec 34% national des universités qui devient de le travail de précision pour construire plus en plus concurrentiel. Enfin, 2021 ces méta projets. a été l’occasion de procéder à la mise Doctorant·e·s internationaux À y regarder de près et bien que l’année en place progressive et coordonnée passée ait été largement perturbée par des actions de Research-EU de façon à la crise sanitaire du Covid-19, le bilan consolider notre université européenne 11 Christian Brosseau, Recherche de 2021 contient pratique- SEA-EU sur le volet Recherche. Vice-Président Recherche et Innovation ment tous les marqueurs d’excellence Notre ambition au moment où nous fê- Écoles doctorales des années précédentes. À quelques tons les 50 ans de l’UBO : relever le défi échelons qu’ils se situent, régional avec de taille de continuer à être une univer- le rang de leader de l’UBO sur l’AAP 115 sité pluridisciplinaire avec une très forte COFUND Bienvenue, national avec la valeur ajoutée en termes de recherche création de la quatrième UMR INSERM et d’innovation pour relever les défis Diplômé.e.s de doctorat du GETBO ou la nomination du profes- associés aux transitions énergétique et seur Barrat comme IUF senior sur une environnementale. chaire Innovation, et international avec 488 plusieurs projets européens financés, Je terminerai en adressant mes remer- la lecture de ce Bilan renforce la vision ciements aux services de l’UBO mobili- sés pour la réalisation de ce Bilan de la © Benjami Deroche Doctorant·e·s toutes disciplines confondues constante depuis 2016 d’une dyna- mique collective forte au sein de l’Éta- Recherche. blissement. *CIFRE : Convention industrielle de Formation par la Recherche 4 5
32 Unités de recherche et 4 instituts au service de l’innovation et du savoir Santé Numérique Sciences Sciences Agro Matière Mathématiques de la mer Humaines et Sociales OSU IUEM IBSHS IBSAM IBNM Institut Brestois Sciences Humaines et Sociales Institut Brestois Santé Agro Matière Institut Brestois Numérique Mathématiques Institut Universitaire Européen de la Mer Dir : Frédéric JEAN (UBO) Dir : Marie-Thérèse CAM Dir : Laurent CORCOS (INSERM) Dir : Laurent NANA Effectifs Nbre Nbre Nbre Nbre Effectifs Nbre Nbre Effectifs EC* HDR* EC* HDR* globaux EC* HDR* globaux Nbre Nbre AXE globaux SHS Tutelles AXE SANTÉ AGRO MATIÈRE Tutelles AXE MATH-STIC Tutelles AXE MER EC* HDR* Tutelles 289 102 192 108 262 105 48 312 CECJI 538 LATIM LAB-STICC IMT Atlantique 150 71 EA 7289 Centre d’Etudes des Correspondances INSERM UMR 6285 Laboratoire des Sciences UBO 5 4 UBO UMR-S 1101 Laboratoire de Traitement LOPS CNRS et Journaux Intimes. de l’Information Médicale 22 14 IMT Atlantiqueet Techniques 56 de l’Information, de la UBS Dir : Sophie GUERMES UBO 70 29 UMR 6523 Laboratoire d’Océanographie 256 IFREMER Dir : Eric STINDEL Communication et de la Connaissance CNRS 9 5 52 Physique et Spatiale IRD CRBC Dir : Christian PERSON ENSTA Bretagne Dir : Jérôme PAILLET (CNRS) GGB (IMT Atlantique) ENIB UBO EA 4451 Centre de Recherche Bretonne et Celtique UBO UMR-S 1078 Génétique, Génomique EFS 40 21 LGO CRBC - Documentation UMS3554 Univ. Renne Fonctionnelle et Biotechnologies 26 17 INSERM LMBA36 CNRS Dir : Yves COATIVY UBO UBO UMR 6538 Laboratoire Géosciences Dir : Emmanuelle GENIN (INSERM) UMR 6205 Laboratoire de Mathématiques 28 15 UBO 85 de Bretagne Atlantique 35 19 UBS 56Océan UBS HCTI LBAI Dir : Marc QUINCAMPOIX CNRS Dir : Marc-André GUTSCHER (CNRS) EA 4249 Héritages et Construction dans le Texte et UBO UBO 49 20 UMR-S 1227 Lymphocyte B et Auto Immunité 17 13 18 l’Image. UBS INSERM Dir : Jacques-Olivier PERS Nbre de doctorants 64 LEMAR CNRS Dir : Alain KERHERVE UMR 6539 Laboratoire des Sciences IFREMER CEMCA ED MATH-STIC. de l’Environnement Marin 38 24 LEGO 79 IRD UBO UMR 6521 Laboratoire de Chimie, UBO Dir. Adj EA 2652 Laboratoire d’Économie et de Gestion 23 15 27site Brest : Christian PERSON 57 Dir : Luis TITO DE MORAIS (IRD) UBO 28 9 UBS Électrochimie Moléculaires et Chimie Analytique CNRS (IMT Atlantique) de l’Ouest. IMT Atlantiq Dir : Philippe SCHOLLHAMMER Dir : Patrick GABRIEL Univ Caen Norm. ED 3M. Dir. Adj site Brest : Smail TRIKI 7 LETG GETBO Univ Nantes CREAD EA 3878 Groupe d’Étude de la Thrombose UMR 6554 Littoral, Environnement, Univ Rennes 2EA 3875 Centre de Recherche sur l’Education, les Univ Renne 25 16 UBO 26 11 5 50 43 11 de Bretagne Occidentale Télédétection, Géomatique UBO - CNRS Apprentissages et la Didactique UBO Dir : Francis COUTURAUD Dir : Françoise GOURMELON (CNRS) Univ Angers Dir : Patrica MARZIN EPHE ORPHY UBO EA 4324 Optimisation des Régulations LM2E GÉOARCHITECTURE 14 5 UBO 21 UBO 20 7 Univ Renne PHYsiologiques UMR 6197 Laboratoire de Microbiologie EA 2219 Dir : Lionel PRIGENT 5 2 IFREMER 23 UBS Dir : Mickaël THERON des Environnements Extrêmes CNRS LABERS Dir : Mohamed JEBBAR LUBEM EA 3149 Laboratoire d’Études et de Recherche en EA 3882 Laboratoire Universitaire de Biodiversité AMURE 38 3 UBO 22 10 UBO 23 Sociologie. et Écologie Microbienne UMR 6308 Aménagement des Usages Dir : Nicole ROUX UBO Dir : Emmanuel COTON des Ressources et des Espaces Marins et Littoraux – Centre de Droit et d’économie 34 12 IFREMER LAB-LEX45 LIEN CNRS UBO de la mer Laboratoire de Recherche en Droit 40 17 EA 4685 Laboratoire des Interactions Epithelium UBS 15 9 UBO 17 Dir : Gaëlle GUEGUEN-HALLOUET Dir : Gilles RAOUL-CORMEIL Neurone Dir : Laurent MISERY LBCM LP3C UBS EA 3884 Laboratoire de Biotechnologie UBO EA 1285 Laboratoire de Psychologie : Cognition, SPURBO 5 1 20 Comportement, Communication. 11 1 UBO EA Soins Primaires, Santé Publique, et Chimie Marines UBS Univ Renne 16 1 UBO 26 Dir : Isabelle LINOSSIER (UBS) Dir : Maud BESANÇON Registre des cancers de Bretagne Dir : Jean-Yves LE RESTE CRPC-CLCS IRDL CNRS / UBS EA 4050 Composante de Recherches en Univ Renne OPTIMAG FRE 3744 Institut de Recherche Psychopathologie - Clinique du Lien et Création 20 7 ENSTA Bretagne 184 16 1 Univ Poitier EA 938 Laboratoire d’Optique et de Magnétisme 12 8 UBO 12 Dupuy de Lôme UBO / ENIB Subjective. UBO Dir : Yann LE GRAND Dir : Philippe LE MASSON Dir : Luz ZAPATA CIC 0502 UBO CFV Centre d’Investigation Clinique de Brest INSERM Effectifs septembre 2021 Univ Nantes EA 1161 Centre Francois Viète 5 Dir : Christophe LEROYER EC : enseignant·e-chercheur·e CHRU HDR : habilitation à diriger des recherches UBO Dir : Pierre TESSIER (Nantes) Associés Associés GEIHP VISA 6 Groupe d’Étude des Interactions UBO UBO 7 SF 4217 Vidéo de Simulation d’enseignements Hôte-Pathogène (Angers) Univ Angers ENS de Lyo et d’ Apprentissage. Dir :Gérard SENSEVY (UBO)
5 FAITS MARQUANTS 1. Pourquoi vous êtes-vous lancés dans le proces- 50 sus de labellisation UMR pour le GETBO ? Francis Couturaud : Parfois, les unités de re- cherche rencontrent des difficultés pour leur pé- rennisation. La labellisation UMR est une sécurité L’UBO : 50 ANS DE CONQUÊTE pour le laboratoire et le personnel. Cela permet aussi d’inscrire nos thématiques de recherche à UNIVERSITAIRE un niveau national. En 2021, notre rapport HCERES était excellent, ce qui nous a permis de postuler et de déposer un dossier auprès de l’INSERM* 3. Quels sont les futurs projets de la nouvelle pour devenir une UMR. L’INSERM nous soutient UMR GETBO ? Créée en 1971, l’UBO a fêté ses 50 ans en 2021. depuis le début dans ce processus et nous avons Cette année était l’occasion de célébrer le passé de été accompagnés par l’UBO et le CHU de Brest. C.L : L’enjeu principal est d’avoir une recherche l’université, mais aussi de se projeter vers son avenir. fondamentale qui produise autant de résultat Catherine Lemarié : En plus de sécuriser les sta- que la recherche clinique. À court terme, ces ré- tuts, l’UMRisation nous a permis de développer sultats seront visibles grâce aux prochaines sou- et d’agrandir le laboratoire de recherche fon- Ans/vloaz tenances de thèse. Pour découvrir les événements damentale. Nous avons bénéficié d’aides de la Par ailleurs, les demandes de collaborations qui ont marqué les 50 ans de l’UBO région Bretagne, du conseil départemental du sont de plus en plus nombreuses depuis l’UMRi- Finistère et de Brest Métropole. Nous avons aussi sation. Grâce à notre double compétence, nous reçu des bourses de la Fédération française de sommes fréquemment sollicités pour des pro- cardiologie et de la Fondation du souffle. jets de recherche translationnelle*. LE GETBO DEVIENT LA 4e UMR INSERM DE L’UBO 2. Que signifie cette labellisation pour vous et F.C : Le GETBO a de nombreux projets en re- pour l’ensemble de l’équipe ? cherche clinique et fondamentale : 1 projet ANR L a thrombose, ou maladie thrombo-embo- la recherche fondamentale, visant à mieux com- est en cours et 2 sont à venir. Nous avons égale- F.C : La labellisation ouvre des perspectives. Nous lique veineuse est la conséquence de la prendre les phénomènes biologiques et physio- ment été retenus dans le cadre de l’appel à pro- allons pouvoir agrandir l’équipe en intégrant de formation de bouchon de sang au niveau logiques, pour trouver de nouveaux traitements. jet « préfiguration de chaire » lancé par la Fonda- nouveaux chercheurs. Ce statut va également d’une veine. Cette maladie est un véritable enjeu Ces liens étroits ont permis à l’équipe d’avoir une tion de l’UBO. Cette chaire, issue d’un consortium nous permettre de répondre à de nouveaux ap- de santé publique puisque c’est la 3e cause de production scientifique très importante, avec une avec une école d’ingénieur, portera sur les mi- pels d’offres auxquels nous n’avions pas accès mortalité cardio-vasculaire. augmentation de la qualité et de la quantité des lieux hétérogènes et les fluides pour étudier la auparavant. L’UMR nous apporte une crédibilité Le groupe d’étude de la thrombose de Bretagne publications. structure physico-chimique des thromboses. scientifique au niveau national, notamment au- Occidentale (GETBO), créé en 1992, compte au- Le GETBO se distingue aussi par ses choix de Côté recherche, notre objectif est d’explorer les près de l’ANR*, mais aussi au niveau international, jourd’hui 64 membres, chercheurs, ingénieurs de méthodologies. C’est, en effet, l’une des trois récidives au niveau fondamental, au même ni- ce qui va nous permettre de diriger des projets recherche et techniciens, ainsi qu’une dizaine de seules équipes au monde à utiliser le modèle veau que la recherche clinique. Actuellement, il européens. Par ailleurs, être labellisé INSERM doctorants. animal pour définir des modèles de récidives et n’y a pas d’équipe qui fait aussi bien sur ces deux nous donne accès à leurs plateformes techno- Les recherches du GETBO portent sur l’étude déterminer les familles à risque. aspects. Nous souhaitons également développer logiques, ce qui nous offre plus de possibilités. de la thrombose, son épidémiologie et les trai- Grâce à ses spécificités, le GETBO est reconnu l’approche fondamentale dans nos recherches C.L : L’INSERM est un grand institut national. Nous sur l’exposition hormonale chez les femmes. tements possibles, avec un axe de recherche à l’échelle internationale et figure parmi les pre- pouvons bénéficier de leur soutien organisation- consacré à un sujet innovant et peu exploré : les mières équipes de recherche sur les thromboses. Nous avons besoin de plus de chercheurs sur ce nel et financier pour le montage de nouveaux sujet. liens entre thrombose et exposition hormonale En 2021, le GETBO a obtenu le statut d’unité projets, en renforçant également notre crédibilité chez la femme. mixte de recherche (UMR) en co-tutelle avec Finalement, l’objectif principal est de garder la auprès des financeurs. Le label INSERM permet labellisation UMR sur le long terme pour stabili- Le GETBO est également l’une des 4 équipes au l’INSERM*. également de nous rendre plus attractifs pour monde à s’intéresser au risque de récidive. Pour Pour en savoir plus sur ce processus « d’UMRisation » ser nos ressources et les développer. certains chercheurs qui n’auraient pas forcément cela, l’unité de recherche a mis en place une rencontre avec Francis Couturaud, directeur du voulu venir jusqu’à Brest. *Institut national de la santé et de la recherche médicale réelle complémentarité scientifique entre re- GETBO, et Catherine Lemarié, directrice adjointe. *Agence Nationale de la recherche F.C : Brest est à la pointe et en bord de mer, nous cherche fondamentale et recherche clinique. La *La recherche translationnelle se situe à l’interface entre recherche n’avons pas le choix que d’être bons dans notre clinique et fondamentale, elle permet de produire des applications recherche clinique s'appuie sur les résultats de *Institut national de la santé et de la recherche médicale domaine ! concrètes à partir de connaissances fondamentales 8 9
EC002 : LA DALLE DE LEUHAN, L’UBO N°1 DE L’APPEL À PROJET BIENVENÜE FINANCÉ LA PLUS ANCIENNE MÉTÉORITE PLUS ANCIENNE CARTE D’EUROPE PAR LA RÉGION BRETAGNE DU SYSTÈME SOLAIRE ET GRANDE DÉCOUVERTE DE L’ANNÉE L es premières petites planètes sont appa- rues au tout début de la formation du sys- tème solaire, il y a 4,566 millions d’années. Les météorites métalliques forment des traces D visibles des noyaux de ces planètes, mais la par- ans un article publié en avril 2021 dans le tie rocheuse était, elle, totalement inconnue. Une Bulletin de la Société préhistorique fran- équipe de recherche dirigée par Jean-Alix Barrat, çaise, Clément Nicolas, post-doctorant géochimiste au LEMAR*, a pu se procurer un mor- à l’université de Bournemouth, et Yvan Pailler, ceau de la météorite EC002 découverte en mai chercheur titulaire de la chaire ArMeRIE*, pré- 2020 dans le désert du Sahara. L’analyse com- sentent ce qui pourrait être la plus ancienne plète de cette roche a permis de déterminer sa carte connue d’un territoire en Europe. composition en minéraux et en gaz rares, sa géo- La dalle de Leuhan (Finistère) est une dalle chimie, ses propriétés physiques, mais également P gravée en schiste de 2 mètres de long, décou- révu pour une durée de 5 ans, le programme sa datation. Ces éléments montrent qu’il s’agit verte en 1900 dans un tumulus datant de l’âge postdoctoral Bienvenüe est porté par la ré- d’une roche unique, elle est la seule à présen- du Bronze (2150 – 1600 avant notre ère). Après gion Bretagne, en partenariat avec l’UBO et ter l’ensemble de ces caractéristiques. Dans un avoir retrouvé la dalle dans la cave du musée 7 autres établissements d’enseignements supé- article publié en mars 2021 dans la revue PNAS, d’Archéologie nationale, l’équipe de recherche rieurs et de de recherche. L’objectif est d’encou- les chercheurs montrent qu’il s’agit d’un morceau a mené une série d’analyses grâce à la photo- rager et de valoriser l’excellence de la recherche de la croûte d’un des premiers objets du système grammétrie et à la modélisation 3D. Les résul- en Bretagne. Au total, ce sont 75 post-doctorats solaire. EC002 est, à ce jour, reconnue comme la tats mettent en évidence des similitudes entre qui seront co-financés par l’Union européenne plus ancienne météorite. Un record enregistré en les représentations sur la dalle et les cartes du au travers de son programme de recherche et avril 2021 dans le Guinness World Records. territoire environnant du tumulus où elle a été d’innovation Horizon 2020. Une étude approfondie de cette roche très an- découverte. La première phase du projet a permis de sélec- cienne va ensuite permettre de reconstituer le contexte de formation et d’imaginer comment les Pour valider statistiquement et mathémati- tionner 25 lauréats, sur plus de 120 candidatures, toutes premières planètes primordiales ont évolué quement cette hypothèse, Julie Pierson, géo- en se basant sur leur projet scientifique : intérêt au cours du temps. La météorite EC002 est donc maticienne au LETG* a réalisé des analyses de scientifique, potentiel d’application, faisabilité un témoin unique du passé du système solaire. concordance des réseaux. Ils montrent une cor- du projet et résultats scientifiques attendus sont respondance de 80% entre la dalle et la vallée pris en compte dans l’évaluation. de l’Odet. Il s’agirait donc bien d’une carte de ce Sur les 25 post-doctorants retenus, 11 ont rejoint territoire, représenté sur environ 30 kilomètres. les laboratoires de l’UBO en septembre 2021. La publication en novembre 2021 de la version Leurs projets portent sur des thématiques très anglaise de l’article dans Oxford Journal of Ar- diverses (immunologie, chimie, science de l’édu- chaeology a offert à la dalle de Leuhan une re- cation, écologie marine…) qui s’inscrivent dans 3 nommée internationale. Le caractère inédit de des 4 axes de recherche de l’UBO. cette découverte est également souligné par Au-delà de la réalisation d’un projet de recherche le magazine de l'Institut Américaine d'Archéo- d’excellence, ce programme est un véritable logie, Archaeology Magazine, qui la classe dans accélérateur de carrière pour les jeunes cher- son Top 10 des découvertes archéologiques de cheurs. Ils bénéficient des meilleures conditions l’année 2021. possibles pour mener à bien leur projet et se constituer un réseau. Rendez-vous en 2022 pour la deuxième phase du programme et pour découvrir les 25 nou- veaux post-doctorants ! *Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin - (LEMAR, UMR 6539, UBO-CNRS-IRD-Ifremer) *ArMeRIE : chaire d’Archéologie maritime et recherche interdiscipli- naire environnementale. Pour en savoir plus, voir pages 25-56 Jean-Alix Barrat, géochimiste au LEMAR, *Littoral, Environnement, Géomatique, Télédétection (LETG, UMR a été nommé membre Senior de l'Institut Universitaire de France 6554 (CNRS-École Pratique de Hautes Études-Université d’Angers- au titre de l'Innovation, pour ses travaux sur les terres rares, UBO-Université Caen Normandie-Université de Nantes-Université de et leur rôle dans les chaînes trophiques marines. Rennes 2) 10 11
NOS CHERCHEUR·E·S à la une Matthieu TALAGAS prix Charles Grupper 2021 Geneviève HÉRY-ARNAUD PU-PH* de l’UMR 1078* Géraldine LE ROUX prix 2021 du livre engagé LES RELATIONS ENTRE LA PEAU pour la planète ET LE SYSTÈME NERVEUX CES MICROBES ETHNOGRAPHIE À l’occasion des Journées Dermatologiques de Paris, QUI NOUS VEULENT DU BIEN DES MICROPLASTIQUES Matthieu Talagas, professeur des universités et praticien hospitalier, a reçu le prix Charles Grupper 2021. Ce prix, Pour répondre aux attentes grandissantes du grand public, Publié en juin, Sea Sisters a reçu le prix 2021 du livre engagé remis par le laboratoire pharmaceutique Leo Pharma, François LUCIA mais aussi des professionnels de la santé, Geneviève Héry- prix Lucien Mallet pour la planète au festival de Mouans-Sartoux. Géraldine récompense de jeunes chercheurs pour leur publica- Arnaud, PU-PH* de l’UMR 1078*, a publié en avril 2021 un de la Fondation de France Le Roux y retrace le récit d’eXXpedition : un projet de tion de haut niveau dans le domaine de la dermatologie. livre consacré aux microbes. Nourri d’exemples concrets science participative pour documenter la présence du « C'est une reconnaissance de l’importance de nos tra- et de données sur tous les microbiotes de nos organes, plastique dans les océans, réalisé à l’occasion d’un tour du vaux par les pairs, pour moi, comme pour le laboratoire », cet ouvrage permet « d’expliquer ce que font les bactéries monde en voilier avec un équipage 100% féminin. reconnaît Matthieu Talagas. chez nous, de les relier avec des maladies que l’on connaît AMÉLIORER LA RADIOTHÉRAPIE Lors de son périple de Rapa Nui (île de Pâques) à Tahiti Ses travaux, menés avec l’équipe du LIEN*, portent sur et que l’on redoute, d’expliquer les mécanismes et don- GRÂCE À L’IMAGERIE MÉDICALE en 2020, l’eXXpedition a été rattrapée à mi-parcours par l’identification des relations entre les keratinocytes, prin- nées obtenues grâce à la recherche, de donner des pers- la pandémie, ce qui a contraint les participantes à un huis cipales cellules de l’épiderme, et les neurones sensoriels. pectives et d’aiguiser la curiosité ». clos nautique, mais ne les a pas découragées ! Géraldine Cette avancée pourrait, à terme, ouvrir la voie à de nou- François Lucia, oncologue radiothérapeute au CHU de Avec son livre, Geneviève Héry-Arnaud se place ainsi Le Roux, maître de conférence en anthropologie au CRBC*, velles perspectives de thérapies ciblées contre les dou- Brest, a reçu en mars dernier le prix Lucien Mallet de la en défenseuse de nos microbes et veut surtout nous a ainsi agrémenté son livre d’une analyse sociale en condi- leurs et démangeaisons cutanées. Fondation de France. Ce prix vient récompenser ses tra- prouver qu’ils nous veulent du bien, comme elle le fait au vaux de thèse, réalisés au sein du LaTIM* sous la direction tion de confinement. quotidien dans son laboratoire de recherche et auprès de du Pr Ulrike Schick et de Mathieu Hatt, sur l’imagerie fonc- Au-delà du récit d’aventure, Géraldine Le Roux propose ses étudiants. tionnelle pour améliorer la curiethérapie. Cette technique dans son livre une véritable ethnographie d’un projet de de radiothérapie vient cibler directement la tumeur. science participative. Elle fait également le lien avec la per- Sa thèse porte sur le cancer du col de l’utérus, qui touche ception culturelle des déchets plastiques par les sociétés en France près de 3000 femmes par an, avec pour ambi- océaniennes, son domaine de recherche principal. tion d’améliorer leur prise en charge grâce à l’imagerie médicale, notamment l’IRM* et la TEP*. Les images obte- nues permettraient ensuite de personnaliser et d’adapter les traitements selon les spécificités de chaq ue patiente Pour en savoir plus : et ainsi d’obtenir une meilleure efficacité et une moindre Pour en savoir plus sur eXXpedition : Ces microbes qui nous veulent du bien toxicité. Sea sisters - Indigène éditions Pour en savoir plus Édition Humen Sciences *Laboratoire des Interactions Epithelium-Neurone (EA 4685) Pour en savoir plus sur les travaux de *PU-PH : Professeur des Universités et Praticien Hospitalier Géraldine Le Roux * Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (GGB, *Laboratoire de traitement de l’information médicale (LaTIM, UMR UMR 1078, Inserm-UBO-Établissement Français du Sang-CHRU 1101, UBO- IMTA-Inserm) de Brest) *Imagerie par résonnance magnétique *Centre de Recherche Bretonne et Celtique (EA 4451) *Tomographie par émission de positons 12 13
Un article issu du « Bilan ISblue 2020/2021 » ÉCOLE UNIVERSITA Sciences et technol IRE DE RECHERCH ogies marines pour la planète E bleue NOS DOCTORANT·E·S UN MAGAZINE VIDÉO POUR UNE THÈSE À TÉBÉO Laura Corsi a réalisé une thèse en géographie sociale au sein de la télévision locale ont du talent finistérienne, Tébéo. Après avoir soutenu son doctorat en janvier 2020, elle est main- tenant post-doctorante au Labex Dynamite. « J’ai mené une thèse dans le cadre d’une convention CIFRE* au sein de Tébéo et du Projets laboratoire LETG* de l’IUEM* pour le programme ID-îles (Initiatives et Développement Projets 201021 2020/2 9 dans les îles du Ponant). ISBLUE.indd 1 01/09/2020 11:33 Mon travail consistait à contribuer à la recherche sur l’installation de néo-arrivants insulaires et les interactions de ce phénomène avec les dynamiques territoriales. Laura CORSI À partir de nos travaux, j’écrivais de façon collaborative le scénario d’un film, dont une thèse en géographie sociale j’assurais ensuite le tournage, l’animation, le montage et la diffusion sur les îles. J’ai ainsi réalisé une série de 19 émissions de 26 minutes chacune, mettant en scène 179 intervenants. J’ai ensuite analysé cette expérience à travers le concept de médiation, entre les sphères de la recherche, des territoires et de la télévision. La thèse a obtenu le Pour voir tous les second accessit du prix de thèse du Comité National Français de Géographie. » documentaires Élyne DUGÉNY réalisés dans le *Conventions Industrielles de Formation par la Recherche Finaliste de * Littoral, Environnement, Géomatique, Télédétection (LETG, UMR 6554, CNRS-École Pratique de Hautes cadre de la thèse Études-Université d’Angers-UBO-Université Caen Normandie-Université de Nantes-Université de Rennes 2) "Ma Thèse en 180 secondes" *Institut Universitaire Européen de la Mer Axel AYET Meilleure thèse dans le LE MICROBIOTE DES HUÎTRES domaine de la météorologie, des sciences de l'atmosphère EXPLIQUÉ EN 3 MINUTES et du climat Après avoir remporté deux fois la finale régio- UNE NOUVELLE APPROCHE DE nale Bretagne/Pays de la Loire du concours L’INTERFACE AIR-MER « Ma Thèse en 180 secondes » (en mars 2020 Le prix André Prudhomme 2021, qui récompense la meil- avant annulation de la suite du concours dû leure thèse dans le domaine de la météorologie, des aux conditions sanitaires, puis en mars 2021), sciences de l'atmosphère et du climat, a été remis à pour Élyne Dugény, ancienne doctorante au LE- sa thèse intitulée "Flux de quantité de mouvement à l'in- MAR*, a enfin pu participer à la demi-finale terface air-mer : Approche théorique du couplage entre nationale du concours en avril 2021. turbulence et vagues de vent" réalisée au sein du LOPS* et Son exposé clair sur l’influence des espèces environ- soutenue en 2020 à l’UBO. nantes de l’huître sur son microbiote, transmis avec pas- Dominique ABGRALL La thèse d’Axe Ayet revisite la façon de décrire le couplage sion et une touche d’humour, a su convaincre le jury. Elle lauréat du prix SCOR 2021 vent-vague. Ce nouveau cadre théorique conduit à des a rejoint les 15 autres candidats sélectionnés pour la finale avancées significatives pour la modélisation de l’atmos- nationale du concours, le 11 juin 2021 à Paris. Même si elle José-Luis GARCIA CORONA phère et de l’océan, mais également pour la mise en place de paramétrisations de flux air-mer. ne fait pas partie du trio gagnant, c’est un parcours remar- Prix Maureen Kellerman DÉTECTER LES RUPTURES quable dans le concours pour la jeune chercheuse qui a soutenu sa thèse le 7 septembre 2021 à l’IUEM. APPLIQUÉES AUX ASSURANCES *Laboratoire d’Océanographie Physique et Spatiale (LOPS, UMR 6523, CNRS-Ifremer-IRD-UBO) DES ALGUES TOXIQUES POUR Actuaire au GIE AXA et docteur en mathématiques appli- *Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR, UMR 6539, UBO-CNRS-IRD-Ifremer) LES COQUILLES SAINT-JACQUES quées, Dominique Abgrall est lauréat du prix SCOR 2021 des jeunes docteurs. Ce prix récompense ses travaux de José-Luis Garcia Corona est doctorant en écotoxicologie thèse réalisés au sein du laboratoire de mathématiques au sein du LEMAR*. Sa thèse porte sur la détection d’une de Brest (LMBA*) adossé à l’EURIA, institut universitaire algue contenant une toxine amnésique, l’acide domoïque, d’actuaire de l’UBO. dans les tissus d’un bivalve marins. Grâce à une approche “Les travaux de ma thèse portent sur deux études de qui utilise la physiologie intégrative et la génomique fonc- DES ALGORITHMES PLUS RAPIDES tionnelle, il a pu découvrir les mécanismes impliqués détection de rupture. Nous y étudions des phénomènes aléatoires dont les propriétés sous-jacentes sont suppo- QUE LES MÉDECINS dans l’accumulation et la rétention de cette toxine chez la sées constantes mais, à un moment, changent. On parle coquille Saint-Jacques. alors de rupture.” explique Dominique Abgrall. La pre- Andrei Iantsen, doctorant au LaTIM*, a remporté la première compétition d’algorithme Lors de la 19ème édition de la conférence internationale mière étude permet d’estimer rapidement le nombre pour la détection et le contourage automatique de tumeur grâce à l’intelligence arti- ICHA (International Conference on Harmful Algae) sur les moyen de décès suite à un changement. Dans un second ficielle, HECKTO 2020. algues toxiques, organisée en octobre dernier au Mexique, temps, Dominique Abgrall a développé une technique L’équipe du LaTIM, dirigée par Andrei Iantsen, a su se démarquer des 17 autres José-Luis Garcia Corona a reçu le prix Maureen Kellerman qui permet aux actuaires de détecter une rupture dans équipes internationales grâce à une approche basée sur du deep learning, parfois de la meilleure présentation orale. Ce prix lui a été remis une population qui contient plusieurs sous-populations. plus performante que les médecins. Les algorithmes développés pendant la com- après une délibération portant sur 77 présentations pré- pétition pourront avoir des applications concrètes, notamment pour faciliter le travail sentées par des doctorants de 13 pays différents. * Laboratoire de Mathématiques de Bretagne Atlantique (LMBA, des médecins dans l’évaluation de l’évolution des tumeurs au cours du traitement, ou UMR 6205, CNRS-UBO-UBS) Andrei IANTSEN pour permettre des études de médecine personnalisée à grande échelle. HECKTO 2020 *Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR, UMR 6539, UBO-CNRS-IRD-Ifremer) *LaTIM : Laboratoire de traitement de l’information médicale (LaTIM, UMR 1101, UBO- IMTA- Inserm) 14 15
DES ENJEUX SCIENTIFIQUES LES FORTS ENJEUX SCIENTIFIQUES FORTS ÉTHIQUE ET INTÉGRITÉ SCIENTIFIQUE AU COEUR DES PRÉOCCUPATIONS L ’annuelle journée de la recherche de l’UBO fut fait en mars 2017 : il est un département de a été consacrée à l’éthique et à l’intégrité l’HCERES et ses travaux sont supervisés par le scientifique, deux notions consubstantielles Conseil français de l’intégrité scientifique (COFIS). à la recherche et donc considérées dans les uni- D’emblée, l’OFIS suggéra la désignation, dans versités depuis leur création. Cependant, depuis chaque établissement d’enseignement supé- une quinzaine d’années, les problèmes afférents rieur ou de recherche, d’un référent à l’intégrité ont crû et changé d’ampleur. Pour expliquer cette scientifique : l’UBO s‘en est doté en mars 2018. inflation, trois raisons principales sont alléguées : Au nombre de 170 aujourd’hui, ils sont organisés les budgets de plus en plus lourds et difficiles à en réseau (RESINT) et ont notamment rédigé un réunir pour mener à bien les recherches ; la formi- guide visant à normaliser l’élaboration des dos- dable augmentation de la quantité d’informations siers constitués lorsqu’un manquement est si- en circulation et la facilité accrue à s’en saisir ; le gnalé ou subodoré. Mais, bien sûr, la prévention rôle attribué aux critères quantitatifs (bibliomé- doit primer. Pour cela, les modules de formation trie, ordre des signatures, etc.) dans la construc- ad hoc proposés aux doctorants se sont étoffés et tion des carrières. la garantie de bonnes pratiques est désormais un La prise de conscience de ces évolutions a critère d’appréciation dans la plupart des appels conduit à l’organisation, en 2007 à Lisbonne, d’offres de recherche, qui posent des conditions d’une première conférence mondiale sur l’inté- en la matière et demandent des avis autorisés sur grité scientifique définie comme « l’ensemble les protocoles envisagés. Cette exigence intro- des règles qui gouvernent les pratiques de la re- duite par la loi Jardé en 2012 pour les registres Focus : le CERNI de l’AUB Retour sur la Journée cherche pour en garantir le caractère honnête et scientifiquement rigoureux ». interventionnels a été élargie aux sciences hu- maines et sociales par une ordonnance du 16 juin Depuis 2021, l’Alliance Universitaire de Bretagne de la Recherche 2021 La notion, on le voit, est plus pragmatique que 2016. l’éthique, qui traite de façon surplombante des Pour satisfaire à cette obligation, l’UBO a décidé, (AUB) a mis en place un Comité d’éthique pour la recherche non-interventionnelle (CERNI). Le en quelques chiffres grandes questions que posent les progrès de dans le cadre de l’AUB, conjointement avec l’UBS la science et de leurs répercussions sociétales. et l’ENIB, de se doter d’un Comité d’éthique pour comité AUB a pour rôle de justifier du respect des règles d’éthique dans les projets de recherche 14 Octobre 2021 Dans ce dernier registre, la France disposait, de- puis 1983, d’un Comité consultatif national, alors la recherche non-interventionnelle (CERNI). La Journée de la Recherche a permis de situer les menés par les membres de l’UBO, de l’UBS et que l’intégrité scientifique demeurait un parent enjeux, de préciser les modalités en place ou en de l’ENIB. Un avis favorable délivré par le CER- 1 thématique centrale : pauvre. Au terme d’une seconde conférence devenir, et de sensibiliser à ces questions les per- NI indique que le projet a été considéré comme éthique et intégrité scientifique mondiale, tenue à Singapour en 2010, les choses sonnels et usagers de l’UBO. répondant aux principes éthiques de recherche. allaient changer. En 2015, une charte nationale de Le CERNI assure également une veille sur les 5 intervenants experts déontologie de la recherche a été promulguée et évolutions législatives et réglementaires concer- sur ces questions, dont 1 intervenante une conférence de ses signataires — dont l’UBO — nant les recherches sur la personne humaine et la de l’université de Split, membre de installée. L’année suivante, un rapport demandé à protection des données. l’alliance SEA-EU Pierre Corvol, médecin et biologiste, membre de l’Académie des sciences qu’il préside aujourd’hui, Pour en savoir plus : 200 participants allait ouvrir un nouveau champ. Intitulé « Bilan Daniel Le Couedic, https://aub.bzh/recherche/cerni/ dont 96 doctorants et propositions de mise en œuvre de la charte Référent intégrité scientifique à l’UBO nationale d’intégrité scientifique », il comportait de 2018 à 2021 500 vues 16 recommandations, dont la création d’un Office sur les rediffusions sur Youtube français de l’intégrité scientifique (OFIS), ce qui 16 17
DÉFIS CONTEMPORAINS ©Mathieu Le Gall ©Entre-vue DE LA RECHERCHE Deux disciplines pour un même objectif : À chaque maladie auto-immune rare, son traitement en finir avec le gaspillage alimentaire L A e projet de recherche FoodRest est né d’un fruits et légumes altérés, ainsi que dans les lieux ujourd’hui, on estime que 5 à 8 % de la Dans un premier temps, une série d’analyses mo- constat éloquent : les ménages produisent de stockage. Cette méthodologie permet d’étu- population mondiale est atteinte d’une léculaires a permis de classer les patients atteints 53% des déchets alimentaires en Europe. Un dier l’ensemble du processus de gaspillage dans maladie auto-immune rare. Connaître et de SGS dans 4 groupes, ou clusters, selon leur gaspillage qui pourrait être en grande partie évité. les ménages : le comportement face aux fruits et comprendre les origines de ces pathologies est profil immunitaire. Ces clusters sont ensuite ca- Pour comprendre son origine, et trouver des so- légumes altérés, les pratiques de conservation et essentiel pour mettre en œuvre des stratégies de ractérisés spécifiquement à l’aide d’un algorithme lutions pour limiter le gaspillage des fruits et lé- les contaminations microbiennes. médecine personnalisée. C’est précisément l’ob- d’apprentissage dérivé du machine learning. En gumes frais, deux laboratoires de l’UBO se sont L’objectif final de FoodRest est de réaliser un jectif du projet européen IMI PRECISESADS qui a déterminant les biomarqueurs moléculaires res- associés : le LEGO* pour le volet comportemental guide des bonnes pratiques d’hygiène pour ac- réuni, pendant 5 ans, 28 partenaires de 12 pays ponsables du SGS, l’étude du LBAI fournit une et communicationnel, et le LUBEM* pour le volet compagner les consommateurs et les aider à li- différents, dont l’équipe de recherche du LBAI*, le compréhension claire de l’hétérogénéité de la microbiologique. miter le gaspillage des fruits et légumes frais. laboratoire d'immunologie de l’UBO. maladie, et donc de ses causes, et ouvre la voie Dans un article publié en juin 2021 dans Nature vers des thérapies ciblées pour ces patients. Lancé début 2021, le projet FoodRest est financé par l’ANR* pour une durée de 4 ans. Pour le mener Communications, le LBAI s’est particulièrement à bien et être au plus près de la réalité, 50 familles intéressé au syndrome Gougerot-Sjögren (SGS). volontaires ont été recrutées dans le pays de Cette maladie auto-immune se manifeste par une Brest. Des poubelles connectées sont installées destruction des glandes qui produisent la salive et dans chaque foyer, afin de peser précisément le *Laboratoire d'Économie et de Gestion de l'Ouest (LEGO, UR 2652, les larmes. Actuellement, il n’existe aucune théra- volume de fruits et légumes jetés. En complé- UBO-IMTA-UBS) pie efficace contre le SGS, en raison de l’hétérogé- ment, des entretiens sont menés auprès des par- *Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Écologie Microbienne néité des symptômes. C’est cette hétérogénéité, *Lymphocytes B et Autoimmunité (LBAI, UMR 1227, UBO-Inserm-CHRU (LUBEM, UR 3882, UBO) de Brest) ticipants et des prélèvements sont réalisés sur les *Agence Nationale de la Recherche et notamment son origine, qui intéresse le LBAI. 18 19
© Natalia Llopis monferrer / UBO ; Philippe Elies / UBO ; Valentin Foulon/CNRS, réalisée au sein de la plateforme d'Imagerie et de Mesures en Micrsocopie ©Mathieu Le Gall Le LUBEM renforce ses liens avec l’INRAe IUEM Le LUBEM* est aujourd’hui le seul laboratoire en agriculture et alimentation de l’UBO. Il étudie ces leader des recherches domaines sous l'angle microbiologique en s'inté- ressant aux bactéries sporulées et aux champi- sur le silicium gnons (levures & moisissures). Si les équipes tra- ©NASA vaillent fréquemment avec d’autres laboratoires Les organismes vivants sont faits de carbone. On locaux comme le LEGO* ou le BEEP*, des colla- ignore souvent qu’une bonne partie d’entre eux borations historiques et régulières existent avec utilisent l’élément silicium pour constituer des l’INRAe*, et en particulier avec le département De petits courants influencent le climat enveloppes externes et internes. C’est notam- MICA, qui s’intéresse aux micro-organismes dans ment le cas des diatomées, des algues microsco- la chaîne alimentaire. piques qui fournissent 25% de l’oxygène que nous Une convention entre les deux organismes a été La surface des océans est balayée par de mul- Ces modifications du courant des Aiguilles, même respirons. établie pour formaliser ces liens historiques et tiples courants de tailles et de formes différentes, de petite échelle, pourraient alors entraîner un Une étude de synthèse, pilotée par Paul Tréguer fructueux. Depuis le 1er janvier 2022, le LUBEM est qui contribuent à la circulation d’éléments phy- déséquilibre et avoir des répercussions majeures et Jill Sutton du LEMAR*, montre que les apports donc officiellement une unité sous contrat (USC) siques. Le courant des Aiguilles, situé au large sur le climat, notamment avec l’augmentation de de silicium dans l’océan (dus aux fleuves, à la de l’INRAe. Si l’INRAe ne devient pas encore une de l’Afrique du Sud, est un courant océanique qui la fréquence et l’intensité des cyclones. dissolution des roches siliceuses, aux vents...) tutelle du LUBEM, cette convention permet, entre contribue à la circulation d’eau chaude et salée sont actuellement équilibrés par les bio-dépôts autre, de renforcer les échanges, faciliter le mon- depuis l’océan Indien jusqu’à l’Atlantique. Ces dans les sédiments. Cependant, le cycle du sili- tage de projets et favoriser l'accès à des contrats masses d’eau alimentent ensuite la circulation cium est, comme celui du carbone, soumis à de doctoraux d’établissement pour des thèses en thermohaline, à l’origine de la régulation du cli- fortes pressions des activités humaines : pra- commun. mat. tiques agricoles qui engendrent l’érosion des Dans le cadre de cette convention, le LUBEM a Dans une étude publiée en septembre 2021 dans sols, constructions de barrage qui détournent les dû se projeter dans le plan « INRAe 2030 », une Nature Communications, Jonathan Gula, cher- rivières, changement climatique… Ces activités Jonathan Gula, océanographe physicien au feuille de route qui définit les grands objectifs cheur au LOPS*, et ses collaborateurs du centre viennent modifier la composition des sédiments LOPS a été nommé, en 2020, membre Junior scientifiques de l’institut pour la prochaine dé- GEOMAR Helmholtz pour la recherche océanique et les éléments disponibles pour les organismes. de l’Institut Universitaire de France pour ses cennie. Dans ce contexte, le LUBEM s’est inscrit de Kiel, démontrent pour la première fois l’impact travaux sur la turbulence océanique et les Au cours du 21e siècle, ces perturbations pour- dans 2 axes : « Comprendre le fonctionnement significatif de la dynamique de fine échelle dans processus dynamiques. raient fortement affecter les organismes siliceux des microbiotes alimentaires pour accompagner la région du courant des Aiguilles sur la circula- Ce statut, obtenu pour une durée de 5 ans, lui et déséquilibrer le cycle global du silicium, avec la transition écologique » et « Étudier et optimi- tion océanique. Pour cela, les chercheurs ont uti- permet de se concentrer uniquement sur ses des conséquences à grande échelle. ser les systèmes microbiens pour les biotech- lisé des simulations de très haute résolution per- projets de recherche pour créer et innover. En 25 ans, c’est le troisième article de synthèse nologies », en particulier dans les domaines de mettant de modéliser les structures dynamiques sur le cycle du silicium piloté par des chercheurs l’agroalimentaire, de l'environnement et de la (courants, tourbillons…) sur des surfaces d’environ de l’IUEM* qui confirme ainsi son rôle de leader santé. Des sujets d’avenir à suivre de près ! 1km. Les résultats montrent que ces structures mondial sur ce thème scientifique. de petites échelles modifient les échanges entre *Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Écologie Microbienne (LUBEM, UR 3882, UBO) les océans et peuvent conduire à une augmen- * Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR, UMR *Laboratoire d'Économie et de Gestion de l'Ouest (LEGO, UR 2652, *Laboratoire d’Océanographie Physique et Spatiale (LOPS, UMR 6523, tation de 40% du flux d’eau chaude et salée vers CNRS-Ifremer-IRD-UBO) 6539, UBO-CNRS-IRD-Ifremer) UBO-IMTA-UBS) *Institut Universitaire Européen de la Mer *Laboratoire Biologie et Ecologie des Environnements marins Pro- l’Atlantique. fonds (BEEP, UMR 6197, Ifremer-UBO-CNRS) *Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'en- vironnement 20 21
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