Impact de la grippe pandémique A (H1N1) sur les services de laboratoire
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Mai 2012
Impact de la grippe pandémique A
(H1N1) sur les services de laboratoire
Samir N Patel, Jonathan B Gubbay et les membres du Réseau de préparation des laboratoires à une pandémie d’influenza (RPLPI)*
*Nathalie Bastien, Tim Booth, Hugues Charest, Max Chernesky, Michel Couillard, Steven Drews, Richard Garceau, Jonathan Gub-
bay, Steven Guercio, Margaret Fearon, Kevin Fonseca, Todd Hatchette, Greg Horsman, Bryce Larke, Yan Li, Anna Majury, Claude
Ouellette, Martin Petric, Sam Ratnam, Claire Sevenhuysen, Paul Van Caeseele
Points clés :
• Avant la pandémie de grippe de 2009, de nombreux laboratoires avaient recours à des essais d’immuno-ab-
sorption enzymatique (ELISA) ou à des tests immunochromatographiques (tests de diagnostic rapide de la
grippe; TDRG), à l’immunofluoromicroscopie (épreuves d’immunofluorescence directe; IFD), ou à la culture
de virus classique ou en flacon cylindrique pour dépister la grippe. Certains laboratoires employaient des
méthodes d’amplification des acides nucléiques telles que l’épreuve de transcription inverse-amplification
en chaîne par polymérase (RT-PCR).
• Suite à l’apparition de la grippe pandémique A/H1N1 (pH1N1), les TAN sont devenus la méthode de réfé-
rence pour la détection de virus respiratoires. Au 28 avril 2009, le Laboratoire national de microbiologie avait
fourni des amorces et un protocole permettant d’identifier cette nouvelle souche, et la plupart des labo-
ratoires de santé publique (LSP) de tout le pays, ainsi que de nombreux laboratoires de microbiologie de
centres hospitaliers universitaires, avaient rapidement évalué et mis en application une méthode de RT-PCR
visant à détecter la grippe pH1N1. Cette méthode était basée sur l’amplification des gènes matriciels (M) et
hémagglutinants (HA).
• Au cours de la pandémie de 2009, en plus des rRT-PCR, les essais multiplexes ont également été utilisés
dans certaines provinces du Canada afin de détecter d’autres pathogènes respiratoires viraux en ciruclation.
• En prévision d’activités de dépistage plus intenses au cours de la seconde vague de la pandémie, le Réseau
de préparation des laboratoires à une pandémie d’influenza (RPLPI) a publié des directives sur la détection
de la grippe pH1N1 en laboratoire. En se fondant sur ces lignes directrices et sur les capacités de test, la
plupart des provinces ont donné la priorité en matière de dépistage aux groupes à risque, et tout particuliè-
rement aux patients hospitalisés ou participant à une enquête sur une éclosion.
• Afin de faire face à une augmentation des besoins en matière de tests de dépistage de la grippe, des
membres du personnel des LSP travaillant dans d’autres départements ont reçu une formation polyvalente
afin d’être en mesure de réaliser ces tests. En outre, certains LSP ont cessé de réaliser les tests portant sur
d’autres agents infectieux, y compris les PCR pour les norovirus, la culture virale de spécimens génitaux, la
sérologie, la culture de virus respiratoires et de bactéries Mycoplasma pneumoniae, les tests de dépistage
d’œufs et de parasites, le typage bactérien et le génotypage du VIH.
• Au printemps 2009, l’apparition de la gippe pH1N1 a changé la méthode utilisée par de nombreux labora-
toires de microbiologie pour détecter non seulement le virus de la grippe, mais aussi d’autres virus à l’origine
d’infections respiratoires.
knowledge that’s contagious!
Des saviors qui se transmettent!
Introduction nombreux sites chargés d’effectuer de virus de la grippe au Laboratoire
Au printemps 2009, l’apparition les tests sur les lieux de dispensation national de microbiologie (LNM),
du virus de la grippe pandémique des soins. Le laboratoire provin- qui travaille en collaboration avec
A (pH1N1) a changé la méthode cial de l’Alberta mène des tests l’Organisation mondiale de la santé
utilisée par de nombreux labora- de détection de la grippe sur des (OMS), pour procéder à une carac-
toires de microbiologie pour détecter spécimens provenant des Territoires térisation plus poussée, notamment
non seulement le virus de la grippe, du Nord-Ouest (T.N.-O) et de par le biais de tests par inhibition
mais aussi d’autres virus à l’origine l’est du Yukon. C’est la Colombie- de l’hémagglutination (HAI) et de
d’infections respiratoires. Si l’on Britannique qui réalise les tests tests phénotypiques de résistance aux
craignait au départ que la mortalité et pour le territoire du Yukon. Les antiviraux. Ces activités de surveil-
la morbidité associées à cette pandé- spécimens provenant des Territoires lance servent à suivre les variations
mie ne soient importantes, celles-ci se sont soumis à des tests qui suivent le et les cassures antigéniques, qui
sont avérées modérées dans la plupart même algorithme que celui appliqué peuvent avoir des répercussions sur
des régions. Partout au Canada, les par ces provinces pour leurs propres l’efficacité des vaccins. Avant la pan-
laboratoires de santé publique ont spécimens. Les tests de suivi tels que démie, les provinces ne disposaient
joué un rôle majeur non seulement que de ressources limitées pour
en multipliant leurs interventions mener des analyses de résistance aux
et en fournissant des services visant
à détecter ce nouveau virus, mais
La méthode la plus antiviraux, celles-ci étant réalisées
principalement par le LNM sur les
aussi en assurant le maintien d’autres sensible en termes spécimens qui lui étaient soumis à
services essentiels pour la prise en des fins de surveillance, ou dans des
charge des patients et la gestion des de détection de cas cliniques où l’on soupçonnait
éclosions. La présente analyse porte
sur les approches adoptées vis-à-vis
cette maladie et l’existence d’une résistance.
des tests à effectuer en laboratoire de distinction des Les tests de détection de la grippe
avant le déclenchement de la pan-
pour dépister la grippe pH1N1, au
Canada et dans un sous-ensemble de
sous-types est la démie de 2009
pays possédant un système de santé RT-PCR. Avant la pandémie, de nom-
breux laboratoires avaient re-
similaire, et sur les atouts et les points
faibles de ces stratégies. cours à des essais d’immuno-
absorption enzymatique (ELISA)
Indications pour les tests le sous-typage, la caractérisation des ou à des tests immunochro-
souches et les analyses de résistance matographiques (tests de diagnos-
En ce qui concerne le recours aux
aux antiviraux ont en général été tic rapide de la grippe; TDRG),
tests de diagnostic pour la grippe, on
effectués dans des établissements à l’immunofluoromicroscopie
peut partir du principe qu’il existe
faisant fonction de cadres de ré- (épreuves d’immunofluorescence di-
deux grandes catégories d’approches :
férence, tels que les laboratoires de recte; IFD), ou à la culture de virus
la prise en charge de chaque patient
santé publique provinciaux (LSP) classique ou en flacon cylindrique
et de chaque population considérés
et un nombre limité de laboratoires pour dépister la grippe. Certains
isolément, et la surveillance de la
hospitaliers. Le sous-typage des virus laboratoires employaient des mé-
santé publique. Les tests de diagnos-
de la grippe, qui est important pour thodes d’amplification des acides
tic facilitent la prise en charge des
les activités de surveillance continue, nucléiques telles que l’épreuve de
patients du point de vue clinique,
s’est également avéré utile sur le plan transcription inverse-amplification
et plus particulièrement de ceux qui
clinique en cas de co-circulation en chaîne par polymérase (RT-PCR).
auraient intérêt à recevoir un traite-
de sous-types présentant des profils Le délai d’exécution des TDRG est
ment antiviral, et ils jouent un rôle
de sensibilité différents, comme au bref, et ils ne nécessitent que peu de
clef dans la lutte contre les infections.
cours de l’hiver 2008-2009 (1). connaissances techniques, mais ils
Ce type de service a été mis en place
selon des modalités différentes dans Dans le cadre du programme na- sont bien moins sensibles et spéci-
les diverses provinces du Canada : tional de surveillance de la grippe, fiques que d’autres méthodes (2).
il a été confié soit exclusivement à les LSP canadiens transmettent L’IFD offre une sensibilité supérieure
un seul laboratoire central, soit à de systématiquement un sous-ensemble à celle des TDRG, mais elle nécessite
2Tableau 1. Algorithme de test de laboratoire pour la grippe A pandémique (H1N1) au Canada
Algorithme Période 1re vague 2e vague Période postpandémique
Province
de test prépandémique (printemps 2009) (hiver 2009) (printemps 2010)
Patients hospitalisés, éclosions, surveillance
Restriction : Aucune Aucune Aucune
ou demandesA4
IFDA1, tests
IFDA1, tests IFDA5, RT-PCR pour
multiplexesA2, RT- IFDA5, RT-PCR pour la grippe A/BA6,
Méthode : la grippe A/BA6, tests
multiplexesA2 PCR pour la grippe tests multiplexesA7 multiplexesA7
A/BA3
Alberta Sous-typage : Confié au LNM Réalisé au LSP Réalisé au LSP Réalisé au LSP
Patients en soins intensifs
Patients en soins intensifs ou
Conformément aux ou immunocompromis,
Spécimens de immunocompromis, surveillance exercée
Résistance instructions, spécimens surveillance exercée au sein
surveillance au sein de la collectivité par le LSP, autres
génotypique : envoyés au LNM pour de la collectivité par le LSP,
envoyés au LNM demandes présentant une importance
confirmation autres demandes présentant
clinique une importance clinique
Restriction : Aucune Aucune Aucune Aucune
RT-PCR pour
la grippe A/ RT-PCR pour la RT-PCR pour la grippe A/B, TAAN RT-PCR pour la grippe A/B,
Méthode : BB8, TAAN grippe A/BB8, TAAN
Colombie- multiplexeB9 TAAN multiplexeB9
multiplexeB9
Britannique multiplexeB9
Sous-typage : Grippe A Grippe A Grippe A non pH1N1 Grippe A
Résistance Spécimens positifs Spécimens Spécimens représentatifs
génotypique : pour la grippe A représentatifs
Certaines activités de dépistage ont été
confiées à des laboratoires hospitaliers.
Tests réalisés sur tous les spécimens
correspondant aux critères en vigueurM10.
Après le 20 novembre 2009 (pic), seules
Restriction : Aucune Aucune les personnes hospitalisées (y compris
aux urgences ou en ambulatoire),
immunodéprimées, à risque et touchées
par une éclosion ont fait l’objet de
testsM10.
Manitoba Culture virale,
Méthode : ELISA, rRT-PCR rRT-PCR pour la Culture virale, ELISA, rRT-
rRT-PCR pour la grippe A
pour la grippe AM11 grippe AM12 PCR pour la grippe AM11
Tous les spécimens positifs
Tous les spécimens positifs pour la grippe
Spécimens Tous les spécimens pour la grippe ont été soumis
A (le sous-typage de la grippe A détectée
Sous-typage : provenant d’une positifs pour la grippe à un test de détection de la
dans les hôpitaux par RT-PCR a été réalisé
éclosion A grippe pH1N1. Spécimens
par le LSP) provenant d’une éclosion
Résistance Une épreuve a été élaborée mais jamais
Confiée au LNM Confiée au LNM Confiée au LNM
génotypique : mise en œuvre. Confiée au LNM.
Restriction : Aucune Aucune AucuneN13 Aucune
La culture virale est utilisée,
mais on songe avoir recours
rRT-PCR pour la
Méthode : Culture virale rRT-PCR pour la grippe A à des épreuves moléculaires
grippe A/B
Nouveau- multiplexes dans le cadre du
Brunswick dépistage systématique.
Spécimens positifs Spécimens positifs pour la grippe A. Spécimens positifs pour la
Sous-typage : Confié au LNM pour la grippe A Spécimens non typables envoyés au LNM grippe A
Résistance Confiée au LNM Confiée au LNM Confiée au LNM Confiée au LNM
génotypique :
Limité à ceux qui
ont voyagé ou qui
ont eu des contacts
Restriction : Aucune avec des cas connus. AucuneN13 Aucune
Cette restriction a été
supprimée à la fin de la
première vague.
rRT-PCR pour la
Terre-Neuve Méthode : IFD, culture grippe A/BN14, IFD, rRT-PCR pour la grippe A, IFD, culture Introduction de tests
multiplexes envisagée
culture
Tous les spécimens
Quantités Tous les spécimens positifs pour la grippe
positifs pour la grippe
Sous-typage : représentatives A ont été testés pour la grippe pH1N1. S/O
A ont été testés pour la
envoyées au LNM Spécimens non typables envoyés au LNM.
grippe H1 et H3
Résistance Confiée au LNM Confiée au LNM Confiée au LNM Confiée au LNM
génotypique :
3Tableau 1. Continued
Algorithme Période 1re vague 2e vague Période postpandémique
Province
de test prépandémique (printemps 2009) (hiver 2009) (printemps 2010)
Restriction : Aucune Aucune Patients hospitalisés, éclosions, surveillance Aucune
Culture virale et PCR pour la grippe A,
rRT-PCR pour la
RT-PCR pour la on évalue la possibilité
Méthode : grippe pH1N1, la rRT-PCR pour la grippe pH1N1, la de remplacer la méthode
grippe A/B et le grippe B/le RSV, grippe B/le RSV, culture viraleN15
RSVN14 de culture virale par une
Nouvelle- culture viraleN15 méthode multiplexeN16.
Écosse
Tous les spécimens
Sous-typage : positifs pour la Effectué Effectué Effectué
grippe A
Résistance Une épreuve a été élaborée mais jamais
Confiée au LNM Confiée au LNM S/O
génotypique : mise en œuvre. Confiée au LNM.
Restriction : Aucune Aucune Aucune Aucune
Culture virale, Culture virale,
TDRG, PCR pour Culture virale, TDRG, PCR
TDRG, PCR pour la Culture virale, TDRG, PCR pour la
Méthode : la grippe A/BO17, pour la grippe A/BO20, tests
grippe A/BO17, tests grippe A/BO17, tests multiplexesO19 multiplexesO21
tests multiplexesO18 multiplexes19
Patients hospitalisés, Patients hospitalisés,
spécimens provenant spécimens provenant d’une
Sélection de Patients hospitalisés, spécimens provenant
d’une éclosion, éclosion, et tous les patients
Sous-typage : spécimens positifs d’une éclosion, et 20 % de tous les
et 20 % de tous de la collectivité jusqu’à
pour la grippe A patients de la collectivité
Ontario les patients de la l’identification d’un sous-type
collectivité dominant dans la province
Tous les spécimens
provenant d’une Tous les spécimens provenant
éclosion, une sélection Tous les spécimens provenant d’une d’une éclosion, une sélection
de spécimens éclosion, une sélection de spécimens de spécimens provenant de
Résistance Confiée au LNM provenant de patients provenant de patients hospitalisés, et des patients hospitalisés, et des
génotypique : hospitalisés, et spécimens de surveillance prélevés au sein spécimens de surveillance
des spécimens de de la collectivité prélevés au sein de la
surveillance prélevés au collectivité
sein de la collectivité
Seuls les patients
hospitalisés à partir du Seuls les patients hospitalisés, et à des fins
Restriction : Aucune Aucune
15 mai 2009, et à des de surveillance
fins de surveillance
PCR pour la grippe A
TDRG, culture à des fins de dépistage PCR pour la grippe A à des fins de
virale, IFD, PCR et PCR pour la grippe dépistage et PCR pour la grippe pH1N1 IFD, TDRG, culture, rRT-
Méthode : pour la grippe A/B, pH1N1 réalisées réalisées par 9 laboratoires hospitaliers et PCR, tests multiplexesQ23
Québec tests multiplexesQ22 par 4 laboratoires au LSP
hospitaliers et au LSP
Réalisé par le LSP ou Réalisé par le LSP pour le
le LNM pour le sous- Réalisé par le LSP pour le sous-typage
Sous-typage : Réalisé par le LSP sous-typage saisonnier et la
typage saisonnier et la saisonnier et la confirmation confirmation
confirmation
Résistance Réalisée au LSP et envoyé au LNM pour
Confiée au LNM Confiée au LNM Réalisée au LSP
génotypique : confirmation
A1
On a réalisé des épreuves d’IFD sur des spécimens obtenus par prélèvement naso-pharyngé chez des sujets de moins de 5 ans, et à l’occasion d’éclosions.
A2
Des tests multiplexes ont été réalisés sur tous les spécimens négatifs aux tests d’IFD.
A3
Les spécimens négatifs aux tests d’IFD et aux tests multiplexes ont fait l’objet d’une rRT-PCR pour la grippe A/B
A4
Restriction appliquée du 28 octobre au 3 décembre 2009.
A5
Des tests d’IFD ont été menés sur des spécimens prélevés chez des sujets de moins d’un an, ou sur demande.
A6
La rRT-PCR pour la grippe A/B a été réalisée en tant que test de première ligne.
A7
Les spécimens négatifs aux tests d’IFD ou aux rRT-PCR pour la grippe A/B, ou les spécimens de surveillance provenant d’un milieu extra-hospitalier ont été
soumis à des tests multiplexes.
B8
Les spécimens ont été soumis à des tests rRT-PCR pour la grippe A/B. Une sélection de spécimens positifs pour la grippe A ont été mis en culture cellulaire.
B9
On a réalisé des tests multiplexes sur des spécimens négatifs pour la grippe A/B prélevés chez des patients hospitalisés et des enfants, et dans le cadre d’éclosions.
M10
Les tests étaient indiqués dans le cas d’éclosions, chez des patients hospitalisés et dans le cadre de la surveillance exercée au sein de la collectivité. Cette restriction a été
levée une fois que le taux de spécimens positifs pour la grippe A est passé sous la barre des 10 %.
M11
La culture virale a été employée en tant que méthode de première ligne pour le dépistage de tous les virus respiratoires. On a soumis les spécimens provenant d’une éclo-
sion à des essais d’immuno-absorption enzymatiques (ELISA) et à des rRT-PCR spécifiques à la grippe.
M12
On a eu recours à la rRT-PCR pour la grippe A en vue de dépister les spécimens. Ceux qui s’étaient révélés positifs ont été sous-typés par le biais d’une rRT-PCR pour la
grippe pH1N1.
N13
Le dépistage n’a pas été soumis à des restrictions. Cependant, une hiérarchie en fonction du contexte a été mise en place afin de donner la priorité aux patients traités en
unité de soins intensifs et de faire passer en dernier les spécimens prélevés en milieu extra-hospitalier.
4N14
Au cours de la saison grippale, la rRT-PCR a été utilisée pour analyser des spécimens provenant d’éclosions ou prélevés chez des patients hospitalisés, et
à des fins de surveillance au sein de la collectivité. On a eu recours à la culture virale pour les spécimens prélevés en milieu extra-hospitalier durant
la saison grippale, et pour tous les spécimens en dehors de la saison grippale.
N15
Une rRT-PCR spécifique à la grippe pH1N1 a été employée pour dépister tous les spécimens respiratoires. En outre, des rRT-PCR spécifiques à la
grippe A et au RSV ont été utilisées pour les spécimens provenant de patients hospitalisés et d’éclosions. Les spécimens négatifs pour la grippe A, la
grippe B et le RSV prélevés chez des patients hospitalisés, dans le cadre d’une éclosion ou de la surveillance exercée au sein de la collectivité ont été mis
en culture virale.
N16
On s’attend à ce que le passage de la culture de virus aux tests multiplexes nécessite de restreindre ces derniers aux spécimens prélevés chez des patients
hospitalisés, lors d’éclosions et dans le cadre de la surveillance exercée au sein de la collectivité.
O17
Le TDRG pour la grippe A/B a été réalisé sur tous les spécimens provenant d’éclosions. Ceux qui se sont révélés négatifs avec cette méthode ont été
soumis à une rRT-PCR pour la grippe A/B. De plus, tous les spécimens prélevés chez des patients hospitalisés, chez des groupes à haut risque en milieu
extra-hospitalier, dans des collectivités éloignées et dans le cadre de la surveillance exercée au sein de la collectivité ont été soumis à une rRT-PCR pour
la grippe A/B. Tous les spécimens récoltés dans tous les autres contextes extra-hospitaliers ont été mis en culture virale.
O18
Les spécimens prélevés dans le cadre d’une éclosion ont fait l’objet de tests multiplexes
O19
Les spécimens prélevés chez des patients hospitalisés, dans des collectivités éloignées et dans le cadre d’éclosions ou de la surveillance exercée au sein de
la collectivité ont été soumis à des tests multiplexes.
O20
Tous les spécimens prélevés chez des patients hospitalisés, dans des collectivités éloignées et dans le cadre de la surveillance exercée au sein de la col-
lectivité sont soumis à une rRT-PCR pour la grippe A/B. Tous les spécimens récoltés dans tous les autres contextes extra-hospitaliers sont mis
en culture virale.
O21
Les spécimens prélevés chez des patients traités en unité de soins intensifs, dans le cadre d’une éclosion ou lors de la surveillance exercée au sein de la
collectivité sont soumis à des tests multiplexes.
Q22
Au Québec, le dépistage de première ligne pour les virus respiratoires est effectué dans les laboratoires hospitaliers. Chaque hôpital établit ses propres
critères de test. Le laboratoire provincial réalise les tests de PCR pour la grippe A/B, et le laboratoire provincial se charge du sous-typage pour les
spécimens provenant d’éclosions.
Q23
Au cours de la période postpandémique, les laboratoires hospitaliers sont responsables de la détermination des critères et de la méthodologie des tests.
Au LSP, les spécimens prélevés dans le cadre d’éclosions ou de programmes de surveillance sont dépistés par le biais d’une épreuve de rRT-PCR.
des connaissances techniques et un intégré cette méthode à ses activités la détection des virus de grippe, et
équipement particulier, et ses résultats de détection de la grippe A dans le notamment dans les enquêtes sur les
dépendent de la qualité des spécimens cadre des préparatifs entrepris pour éclosions. Certaines provinces, dont
prélevés par le personnel de santé. faire face à une pandémie (3). l’Alberta, la Colombie-Britannique,
L’isolement en culture cellulaire clas- l’Ontario et le Québec, procédaient à
Bien qu’elle ait été utilisée de façon
sique présente un délai d’exécution des tests multiplexes, qui permettent
continue par le passé, la sérologie est
pouvant être long (jusqu’à 14 jours), de détecter les virus de la grippe A et
d’une utilité limitée sur le plan cli-
et n’est réalisable que si les conditions B, ainsi que de nombreux autres virus
nique, car elle nécessite la soumission
de transport permettent de préserver respiratoires, y compris le virus respi-
de spécimens prélevés en phase aiguë
la viabilité du virus. En outre, la ratoire syncytial (RSV), l’adénovirus,
et pendant la convalescence. Elle est
présence du virus de la grippe dans la le rhinovirus/l’entérovirus, les corona-
réalisée par le biais de tests par inhibi-
culture cellulaire doit être confirmée virus extra-hospitaliers, le virus para-
tion de l’hémagglutination (HAI)
au moyen d’une autre méthode (IFD influenza, et le métapneumovirus
ou de microneutralisation (MN);
ou test des acides nucléiques [TAN]). humain. En plus d’être soumis à des
ces derniers nécessitent beaucoup
Ni les TDRG, ni les épreuves d’IFD, TAN, les spécimens, en particulier
de main-d’œuvre. En général, on la
ni l’isolement du virus ne permettent ceux qui provenaient d’un milieu
réserve aux études de séroprévalence
d’établir une distinction entre les extra-hospitalier, étaient testés par
réalisées à des fins de surveillance et à
divers sous-types du virus de la grippe isolement en culture cellulaire.
la recherche sur les vaccins, mais on
A. La méthode la plus sensible en
peut également y avoir recours dans Réponse à la pandémie de grippe A
termes de détection de cette maladie
le cadre d’un diagnostic rétrospectif survenue en 2009
et de distinction des sous-types est
de grippe pandémique, lorsque l’on
la RT-PCR (2). Les méthodes utilis- Au cours des dix dernières années,
dispose de spécimens sanguins ap-
ables en temps réel offrent l’avantage de nombreux pays, dont le Canada,
propriés.
d’un délai d’exécution réduit (4 à avaient élaboré des plans de prépara-
6 heures) par rapport aux techniques Avant la pandémie, les LSP de tout tion à une pandémie. En général,
classiques de PCR (8 heures). En le Canada suivaient une approche ces plans reposaient sur l’hypothèse
raison de la sensibilité accrue des tests algorithmique comprenant une que lors d’une pandémie, et surtout
d’amplification des acides nuclé- combinaison de diverses méthodes pendant sa phase initiale, les tests
iques (TAAN) et de leur aptitude à de détection des virus respiratoires. de laboratoire étaient essentiels pour
distinguer les sous-types du virus de Comme le montre le Tableau 1, les détecter le virus et en déterminer la
la grippe, chaque LSP au Canada a TAN jouaient un rôle important dans prévalence et les caractéristiques de
5Tableau 2. Caractéristiques de performances des méthodes de test de diagnostic pour la détection de la grippe
A pandémique (H1N1)
Références Plateforme évaluée Sensibilité en % Spécificité en %
Test de diagnostic rapide de la grippe (TRDG)
Binax NOW Influenza A & B 40 --
Balish et al BD Directigen EZ Flu A + B 49 --
QuickVue A + B 69 --
BinaxNOW Influenza A & B 38,3 100
Vasoo et al BD Directigen EZ Flu A + B 46,7 100
QuickVue A + B 53,3 100
Hawkes et al BinaxNOW Influenza A & B 62 99
de la Tabla ClearView® Exact Influenza A + B 19 100
Ginocchio et al Binax NOW Influenza A & B 9,6
3M Rapid Detection Flu A + B 40
LeBlanc et al BinaxNOW Influenza A & B 13 100
Test d’immunofluorescence directe
Sandora et al Simulofluor Flu A/B DFA 57,3 > 99
Gniocchio et al D3 Respiratory Virus Reagents 46,7 94,5
Hawkes et al Influenza A/B Chemicon 83 96
contagion, car cela pouvait influencer employée par les CDC (Tableau 2) EUA accordées pour lutter contre la
les mesures de lutte et de gestion (3). (7). Même si les TDRG offrent un pandémie (9).
Suite à l’apparition de la grippe délai d’exécution réduit et peuvent Comme nous l’avons déjà dit, les
pH1N1, dans de nombreux labo- être réalisés ailleurs qu’en laboratoire, TAN constituent la méthode offrant
ratoires, les TAN sont devenus la la prévalence exerce un impact impor- le degré de précision le plus élevé,
méthode de référence pour la détec- tant sur la valeur prédictive obtenue, dans la mesure où ils permettent de
tion de virus respiratoires. Au départ, aussi bien positive que négative, ce détecter et de distinguer de façon
les caractéristiques de performance qui rend cette technique peu utile en fiable divers sous-types de virus de
de méthodes rapides telles que les tant que moyen de détection de la la grippe A. Lorsque la pandémie a
TDRG et l’IFD étaient inconnues grippe pH1N1. C’est pourquoi des pris naissance au Mexique, les CDC,
pour le virus de la grippe qui venait résultats négatifs à ces tests nécessi- l’Agence de la santé publique du
d’apparaître, ce qui en compliquait taient une confirmation par TAN. Canada (ASPC) et l’OMS ont iden-
encore davantage le diagnostic. À C’est dans le même ordre d’idées que tifié le virus par le biais d’une analyse
un stade précoce de la pandémie, les caractéristiques de performance de de séquence génomique (11).
divers rapports, dont un émanait diverses épreuves d’IFD en matière Au 28 avril 2009, le Laboratoire
des Centers for Disease Control and de détection de la grippe pH1N1 ont national de microbiologie avait fourni
Prevention (CDC), ont évalué les été évaluées (8-9). Comme le montre des amorces et un protocole permet-
caractéristiques de performance des le tableau 2, la sensibilité de l’IFD, tant d’identifier cette nouvelle souche,
TDRG en matière de détection de comprise entre 46,7 et 93 % , était et la plupart des LSP de tout le pays,
la grippe pH1N1 (Tableau 2). Cette comparable ou supérieure à celle des ainsi que de nombreux laboratoires
étude a signalé une sensibilité com- TDRG (8, 10). Aux États-Unis, une de microbiologie de centres hospit-
prise entre 40 et 69 % (2). D’autres autorisation d’utilisation d’urgence aliers universitaires, avaient rapide-
études portant sur l’un de ces TDRG (EUA) a été accordée par la Food and ment évalué et mis en application une
(BinaxNOW Influenza A&B) a fait Drug Administration (FDA) pour méthode de RT-PCR visant à détecter
état de sensibilités atteignant à peine le recours à au moins une épreuve la grippe pH1N1. Cette méthode
10 % (4-6). La sensibilité du test d’IFD spécifique à la grippe pH1N1 était basée sur la RT-PCR des gènes
ClearView ® Exact Influenza A&B dans un contexte commercial, mais matriciels (M) et hémagglutinants
était également faible (19 %) par celle-ci a été résiliée le 23 juin 2010, (HA) (12-13). Au 30 avril 2009, les
rapport à la méthode de rRT-PCR en même temps que toutes les autres CDC avaient publié le protocole de
6rRT-PCR pour la détection de tous tant outil de détection des pathogènes précautions plus rigoureuses, notam-
les virus de grippe A et le sous-typage respiratoires viraux. Ces plateformes ment l’utilisation d’un respirateur
de la grippe pH1N1, lequel a été ont pratiquement fait disparaître, N95 étant donné que la Direction de
adopté par de nombreux laboratoires dans de nombreux laboratoires, la la réglementation d’agents patho-
canadiens (14). Au 7 mai 2009, de nécessité de mettre en culture des gènes avait initialement considéré le
nombreux pays du monde entier échantillons de virus courants. En virus de la grippe pH1N1 comme un
avaient accès au protocole des CDC général, ces essais sont non seule- pathogène nécessitant un niveau de
et pouvaient réaliser des rRT-PCR ment plus sensibles que les cultures confinement 3 (NC3). La détection
pour détecter la grippe pH1N1. (4), mais en outre, d’un point de vue par TAN n’imposait pas le respect de
opérationnel, on les préférait aux telles précautions, puisque ces tests
En plus des rRT-PCR, les essais
cultures virales, car la manipulation ne nécessitent pas l’utilisation de
multiplexes sont devenus un impor-
de ces dernières impliquait la prise de virus vivants.
Tests de laboratoire menés en réponse à la pandémie dans divers pays
Royaume-Uni feraient l’objet de tests de dépistage efforts ont été consentis au niveau
Au Royaume-Uni, la Health de la grippe. Ces données ont du soutien administratif, ce qui a
Protection Agency (HPA) [Agence indiqué que du 28 mai au 30 juin, permis de téléphoner aux personnes
de protection de la santé] a lancé 1 385 spécimens ont été prélevés qui avaient fourni un spécimen pour
une phase de « confinement » dans par écouvillonnage; la présence de la leur transmettre les résultats, qu’ils
le cadre de la réponse à la pandé- grippe pH1N1 a été confirmée dans soient positifs ou négatifs. Au cours
mie après que les deux premiers 91 (7 %) d’entre eux (15, 16). Il est de la dernière semaine de juin 2009,
cas de grippe pH1N1 confirmés important de noter que comme les les laboratoires du RMN ont réalisé
ont été identifiés le 27 avril 2009. spécimens sont prélevés et envoyés plus de 10 000 tests. À la fin du mois
Initialement, c’était le laboratoire par des personnes inexpérimentées, de juin, la transmission à grande
national de référence de l’HPA qui leur qualité n’est pas toujours opti- échelle du virus dans les collectivités
réalisait les tests et les confirmations. male, ce qui peut avoir un impact a justifié le passage à une phase de
À partir du 4 juin 2009, en raison sur la sensibilité des tests. « priorité au traitement » pendant
de la demande massive de tests, Au cours des premières semaines laquelle les cas soupçonnés ne fai-
cette approche a été décentralisée de la pandémie, les laboratoires saient plus systématiquement l’objet
au profit d’une répartition entre les du Regional Microbiology Network de tests de dépistage du virus de la
laboratoires du réseau régional de la (RMN) [Réseau régional de micro- grippe, et les patients présentant
HPA (15, 16). Celle-ci a également biologie] ont pu gérer la demande les caractéristiques cliniques d’une
mis sur pied le « First Few Hundred accrue en tests de dépistage; cepen- infection grippale étaient traités par
Project » (FF100), un projet de sur- dant, à mesure que le nombre de cas antiviraux (16).
veillance visant à recueillir des don- augmentait, il est apparu qu’ils fonc-
Australie (Nouvelle-Galles du Sud)
nées démographiques et virologiques tionnaient au maximum de leurs
détaillées, ainsi que des informations capacités d’analyse. Pour pallier ce En Australie, le premier cas de grippe
sur l’exposition, le traitement et les manque de ressources, le RMN a pH1N1 a été signalé le 9 mai 2009
résultats cliniques au sujet de cas de élaboré des plans de transport des dans le Queensland. Dès la première
grippe pH1N1 confirmés par des spécimens vers d’autres laboratoires semaine de mai, le ministère de la
analyses de laboratoire et des per- du réseau, et il a augmenté la ca- Santé et des services aux personnes
sonnes avec lesquelles ils avaient eu pacité en réalisant plusieurs séries de âgées a annoncé le passage à la phase
des contacts étroits au cours de cette tests par jour, 24 heures sur 24, sept DELAY [retarder]. Au cours de cette
phase. Pour déterminer l’étendue de jours sur sept. Afin de répondre à phase, on a cherché à dépister la
la transmission dans la collectivité, cette croissance soudaine des besoins grippe chez les voyageurs rentrant en
on a envoyé aux personnes qui ont en matière de dépistage, des matéri- Australie et dans la population géné-
contacté leur infirmière de santé els ont été acquis rapidement, ce qui rale, en vue de prévenir la transmis-
publique des trousses d’auto-échan- a permis d’atteindre une capacité sion du virus. Même si la réponse à
tillonnage pour prélever des spéci- globale de 5 500 tests/jour dans la pandémie relevait des États et ter-
mens par écouvillonnage nasal qui toute l’Angleterre (16). De plus, des ritoires agissant individuellement, un
7grand nombre de ces ressorts ont ali- privés. D’après Adamson et al., au nue de façon continue au cours de
gné leurs recommandations, y com- début de la pandémie, les résultats la phase PROTECT, en dépit des
pris en ce qui concerne les tests de étaient diffusés assez rapidement, mesures vigoureuses prises pour la
laboratoire, sur les lignes directrices mais cela n’a pas duré lors des phases décourager. En raison de la politique
nationales. Le 22 mai 2009, la phase CONTAIN et protect, car les de la Nouvelle-Galles du Sud selon
CONTAIN (confiner), dans le cadre laboratoires n’ont plus été en mesure laquelle aucun spécimen ne devait
de laquelle on a encouragé tous les de faire face à la demande en tests de être rejeté, ces volumes excessifs ont
cas suspects à se soumettre à un test dépistage qui, s’ils étaient réclamés eu de graves répercussions négatives
de dépistage de la grippe pH1N1, a par la collectivité, n’étaient pas né- sur la fourniture des services, notam-
débuté (17, 18). Les mesures prises cessaires pour assurer la gestion des ment sur les délais d’exécution. C’est
se voulaient un instrument de lutte besoins en matière de santé publique pour éviter que cette expérience
contre la transmission du virus au ou des aspects cliniques (19). Cette ne se renouvelle qu’on a suggéré
sein des collectivités. Ensuite, le 23 demande importante s’est mainte- d’envisager, à l’avenir, un dépistage
juin, la phase PROTECT (protéger)
a commencé. Au cours de celle-ci, Le Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC)
on a d’abord soumis à des tests de et le Réseau de préparation des laboratoires à une pandémie
laboratoire les cas qui présentaient d’influenza (RPLPI)
une affection d’intensité sévère à
Créé en 2001, le Réseau des laboratoires de santé publique du Canada
modérée, ainsi que les membres de
(RLSPC) est une association nationale de professionnels des laboratoires
populations à risque élevé. De plus,
de santé publique dont le rôle est de servir de tribune aux chefs de file
on a recommandé de poursuivre les
des laboratoires de santé publique, leur permettant ainsi d’échanger
tests chez les patients hospitalisés, et
leurs connaissances et leur savoir-faire dans un climat de confiance. La
un groupe représentatif de spéci-
mission du RLSCP consiste à jouer un rôle de leadership et de consulta-
mens prélevés dans la collectivité a
tion dans tous les aspects du système de santé publique en poursuivant
été soumis à des épreuves à des fins
l’élaboration d’un réseau proactif de laboratoires de santé publique,
de surveillance. En Nouvelle-Galles
en vue de protéger et d’améliorer la santé des Canadiens. C’est par
du Sud, pour pouvoir prélever des
l’entremise des groupes thématiques/de travail du RLSPC que des ques-
spécimens ou réaliser des tests de dé-
tions présentant de l’importance pour les laboratoires de santé publique
pistage de la grippe, il fallait obtenir
sont identifiées, examinées et abordées, ou que les mesures à caractère
le consentement des services de santé
opérationnel qui s’imposent sont prises à l’échelle nationale. Les groupes
publique ou d’un clinicien auto-
thématiques/de travail feront également fonction de groupes d’experts,
risé (19), et celui qui fournissait le
leur rôle étant d’échanger des vues au sujet de problèmes spécifiques,
spécimen devait remplir un formu-
d’analyser ces derniers au nom du RLSPC, et de mettre en œuvre des
laire en ligne conçu spécialement à
initiatives précises.
cette fin. On entrait les résultats, qui
En tant que groupe thématique du RLSPC, le Réseau de préparation
étaient ensuite transmis et présen-
des laboratoires à une pandémie d’influenza (RPLPI) s’efforce d’aider
tés dans un système Web unique,
les laboratoires de santé publique à mieux se préparer à faire face à une
NetEpi. En Nouvelle-Galles du Sud,
grippe pandémique et à d’autres menaces potentielles pour la santé pub-
les tests moléculaires de détection
lique, en mettant en place des réseaux et des collaborations entre les clin-
de la grippe pH1N1 étaient seule-
iciens, les épidémiologistes fédéraux et les laboratoires de santé publique
ment réalisés dans deux laboratoires
aux niveaux fédéral, provincial, régional, local et hospitalier. Le RPLPI
publics de référence, à Sydney. À
est chargé d’émettre des recommandations destinées aux laboratoires de
mesure que le nombre de tests néces-
santé publique concernant les mesures à prendre en cas de pandémie. Les
saires augmentait, six autres labo-
laboratoires jouent un rôle crucial sur le plan de la réponse à la grippe
ratoires d’analyse ont participé aux
pandémique; c’est pourquoi le RPLPI coordonne l’élaboration de lignes
activités d’intervention en utilisant
directrices applicables aux interventions en santé publique, et ses ef-
des tests conçus pour des applica-
forts ont abouti aux résultats présentés à lAnnexe C : Lignes directrices à
tions commerciales. Au cours de la
l’intention des laboratoires en cas de pandémie d’influenza, diffusées dans
phase PROTECT, les TDRG étaient
le cadre du Plan canadien de lutte contre la pandémie d’influenza dans le
effectués dans des laboratoires
secteur de la santé.
8ciblé conçu pour permettre aux labo- un nouveau système de traitement Canada
ratoires de répondre à une urgence des renseignements sur les nouveaux Comme en Australie, la réponse à
infectieuse (19). tests a été mis sur pied, et un système la grippe pandémique relevait des
de communication conçu pour gérer systèmes de santé provinciaux du
États-Unis (North Shore Long l’augmentation du nombre d’appels Canada. Les premiers cas canadiens
Island Jewish Health System, téléphoniques a été instauré. Au
New York City) de grippe pH1N1 ont été signalés
cours de cette période, un essai molé- en Nouvelle-Écosse et en Colombie-
Aux États-Unis, les CDC ont fourni culaire multiplexe a été mis en œuvre Britannique, le 26 avril 2009. En
des réactifs et des protocoles de afin d’analyser les spécimens respi- conséquence, les LSP de tout le
détection par TAN de la grippe ratoires. En outre, le protocole de la Canada ont procédé à des TAN pour
pH1N1 aux laboratoires publics de culture rapide en tube cylindrique a détecter ce nouveau virus. Si cela a
microbiologie des États. De nom- été modifié pour dépister les cultures été rendu possible, c’est parce que
breux laboratoires d’État ont aidé les à 24, et non 48 heures, afin de rac- chaque LSP du Canada s’était doté
laboratoires cliniques en effectuant courcir le délai d’exécution pour les de capacités de test dans le cadre des
des tests RT-PCR ciblant la grippe A spécimens positifs. À la fin du mois plans de préparation à la pandémie,
ou en procédant à un sous-typage. Le de juin, plus de 34 000 tests avaient et parce qu’il réalisait avant la pan-
laboratoire de microbiologie de l’État été réalisés, dont des TDRG, des démie des TAN sur des spécimens
de New York a d’abord été autorisé épreuves d’IFD, des mises en culture d’éclosion. De plus, l’importance ac-
à effectuer des tests moléculaires de et des tests moléculaires multiplexes. cordée au respect des précautions en
détection de la grippe pH1N1. Une Ce volume d’analyses était similaire matière de biosécurité et la diffusion
étude menée par Crawford et al. a au nombre moyen de tests menés au rapide des techniques de rRT-PCR
abouti à la publication d’un compte cours d’une saison entière de grippe pour détecter la grippe pH1N1
rendu sur les résultats obtenus par saisonnière. Étant donné que beau- expliquent pourquoi de nombreux
son équipe pendant la phase initiale coup de ces tests nécessitaient des laboratoires ont été amenés à
de la pandémie (20). Le laboratoire connaissances spécialisées, la gestion préférer des méthodes moléculaires
de microbiologie du North Shore du personnel est devenue le princi- plutôt que des techniques de mise en
Long Island Jewish Health System pal défi à relever. Des membres du culture virale. Les LSP de l’Alberta,
(NSLIJSH), qui dessert 15 hôpitaux personnel travaillant dans d’autres de la Colombie-Britannique et de
et cabinets de médecins régionaux départements ont été recrutés et ont l’Ontario ont étendu le champ
de l’agglomération métropolitaine reçu une formation polyvalente afin d’application des essais multiplexes
de New York, a reçu des spécimens de répondre aux besoins croissants dans leurs algorithmes de test, car
prélevés auprès de 20 étudiants en tests de dépistage de la grippe. d’autres virus respiratoires circulai-
présentant un syndrome grippal qui En raison de l’alourdissement de ent également au cours de la pandé-
s’étaient présentés à l’un des services la charge de travail et de la prolon- mie (Tableau 1). Marchand-Austin
d’urgence des hôpitaux, le 24 avril gation des heures de service, une et al. ont examiné 83 éclosions de
2009. Certains de ces spécimens rotation des personnels, avec temps maladies respiratoires signalées
ont donné des résultats positifs de pause obligatoires, a été mise dans des établissements de soins
aux tests de détection du virus de en place afin de s’assurer que tous prolongés (ESP) de l’Ontario entre
la grippe A, après quoi ils ont été les employés étaient suffisamment le 20 avril et le 12 juin 2009, qui
envoyés aux CDC pour sous-typage. reposés et que le laboratoire pouvait ont fait l’objet d’une série de tests
Les CDC ont signalé que 28 de ces conserver ses capacités d’analyse sur commerciaux multiplexes (21).
35 spécimens étaient positifs pour la le long terme. S’étant préparé à faire Parmi les éclosions analysées, 37,
grippe pH1N1. Au 29 avril 2009, le face à des situations d’urgence telles 27 et 20 % avaient été causées par
nombre de spécimens soumis quoti- que celles créées par des actes de un entérovirus/rhinovirus, par un
diennement au laboratoire avait été bioterrorisme, le laboratoire a réussi virus para-influenza 3 et par un
multiplié par plus de 7,5 par rapport à surmonter efficacement ce défi. De métapneumovirus humain, respec-
au nombre journalier moyen avant la plus, on a eu le sentiment que la mise tivement, tandis qu’une seule d’entre
pandémie, avec un total de 308 spé- en œuvre rapide de TAN a été la clé elles (1 %) était due au virus de la
cimens. Afin de faire face à cet afflux, de son succès dans la lutte contre la grippe pH1N1 (21). Ces données
les heures de travail ont été prolon- grippe pH1N1 (20). ont démontré qu’en plus du virus
gées, l’espace de travail a été agrandi,
9de la grippe pH1N1, d’autres virus
respiratoires étaient en circulation au
cours de la pandémie et qu’ils étaient
en fait à l’origine de la majeure partie
des éclosions survenant dans les ESP.
Cette information a joué un rôle cru-
cial dans la gestion des éclosions et la
lutte contre celles-ci, et c’est elle qui
a permis d’éviter, lorsque des éclo-
sions sont survenues, d’administrer
inutilement des antiviraux à des fins
de prophylaxie et de traitement.
Au printemps, lors de la première
vague, tous les spécimens respira-
toires ont été analysés par le biais de
TAN (Tableau 1), et ceux qui affi-
chaient des résultats négatifs ont en-
suite été mis en culture. Par ailleurs,
le Manitoba et l’Ontario ont d’abord d’une caractérisation plus poussée de grippe pH1N1 dans des établisse-
eu recours aux TDRG pour dépister (confirmation, sous-typage, iden- ments de soins de longue durée, où
les spécimens d’éclosion et détecter tification de la souche et tests de les pratiques de prophylaxie et de
la grippe, pour réaliser ensuite un résistance). Globalement, la première lutte contre les infections jouent un
TAN. Au Québec, les TDRG ont vague a duré environ 8 à 16 semaines rôle important pour combattre le
principalement été utilisés dans le au Canada; la pandémie a atteint son virus et l’empêcher de continuer à se
cadre du processus d’examen préal- pic à des moments légèrement dif- transmettre). Cela a poussé les LSP
able, à des fins de lutte contre les férents selon les provinces. à prendre les mesures nécessaires
infections plutôt que pour diagnosti- en prévision de la seconde vague, à
Au cours de la première vague, tous
quer une infection grippale. La forte l’automne 2009, dont on s’attendait
les spécimens respiratoires étaient
spécificité des TDRG a permis aux à ce qu’elle soit plus intense. À
soumis à des tests de détection du
unités de santé publique de gérer cette même période, le Réseau de
virus de la grippe A. Cependant, à
une éclosion en présumant qu’elle préparation des laboratoires à une
mesure que la pandémie progres-
était due au virus pH1N1 lorsqu’un pandémie d’influenza (RPLPI) a
sait, avec une propagation à grande
TDRG affichait un résultat positif publié des directives sur la détection
échelle dans les collectivités, les
pour la grippe A. de la grippe pH1N1 en laboratoire
laboratoires ont mis sur pied des
(22). D’après lui, les tests molécu-
On reconnaissait l’importance d’un stratégies consistant à analyser les
laires constituaient la méthode de
sous-typage rapide, et la plupart spécimens de manière sélective,
prédilection pour la détection de
des LSP du Canada ont mené des c’est-à-dire en n’évaluant que ceux
cette maladie, et le dépistage devait
essais de sous-typage. En Colombie- prélevés chez les patients réputés les
être réalisé à des fins de surveillance
Britannique et en Ontario seule- plus susceptibles de bénéficier d’un
au sein de la collectivité et chez
ment, on a mené des tests géno- diagnostic de laboratoire définitif.
des patients présentant une mala-
typiques de résistance, et ce surtout Ces sujets comprenaient des patients
die d’intensité sévère pouvant faire
lors de la première vague, alors hospitalisés, certaines personnes à
penser à la grippe, ainsi que chez des
que la majorité des LSP continu- haut risque (p. ex. patients présent-
groupes à haut risque, ou en cas de
aient de compter sur les services du ant des facteurs de risque tels que
décès à la suite d’une maladie aiguë
LNM pour assurer cette fonction grossesse ou état immunocom-
lorsqu’une grippe était soupçonnée,
(Tableau 1). Conformément au promis, jeunes enfants, etc.) ou
et pour les enquêtes sur les éclosions.
programme de surveillance national des populations précises (p. ex. les
Le dépistage n’était pas recommandé
adopté précédemment, le LMN a communautés autochtones) et les
chez des patients présentant une
continué de recevoir des spécimens cas signalés lors d’éclosions (p. ex.
infection sans complications qui
positifs pour la grippe A en vue personnes affectées par une éclosion
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