LE POINT SUR LES BIOMARQUEURS EN ONCOLOGIE DIGESTIVE - Dr Joseph Ciccolini SMARTc Centre de cancérologie de Marseille Inserm U1068 & APHM

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SMARTc: Simulation & Modeling:
   Adaptive Response for Therapeutics in Cancer

      LE POINT SUR LES BIOMARQUEURS EN
             ONCOLOGIE DIGESTIVE

                      Dr Joseph Ciccolini
SMARTc Centre de cancérologie de Marseille Inserm U1068 & APHM
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Les biomarqueurs :
la recherche se poursuit activement …

   La recherche de
   marqueurs prédictifs pour                             KRAS
                                         Predictive
   affiner la sélection des             biomarkers

   patients à traiter
                                                 Markers of
   par thérapie ciblée                            acquired
                                                 resistance
   (et immunothérapie)
   est une quête continue.

                                                                Milano G.
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Traitement du CCR métastatique (CCRm)

 Chimiothérapie : 5FU/oxaliplatine/irinotecan                    6 patients/10

 Thérapies ciblées
   Cetuximab (IgG1)                   Anti-EGFR
   Panitumumab (IgG2)                 Epidermal Growth
                                        Factor Receptor

   Bevacizumab (IgG1)                 Anti-VEGF
                                       Vascular Endothelial
   Aflibercept, Regorafenib             Growth Fractor

                              Recherche de facteurs prédictifs             Milano G.
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Traitement personnalisé :
un support technologique en constante évolution

                                                  MacConaill LE. J Clin Oncol. 2013;31:1815-24.
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Classification moléculaire CCR (CMS) :
 4 groupes distincts et de pronostic différent
                                                                                                                    CMS1

                                                       Hypermutations, méthylation, mutations BRAF
                                      MSI                                                                                       SAR mauvaise
                                                                              Dérégulation métabolique,
                                                                              mutations KRAS CMS3
                                                                                                                            CMS1 : immun
                                                                                                                            CMS2SAR,  SSR et SG
                                                                                                                                  : canonique
                                                                                                                            CMS3intermédiaires
                                                                                                                                  : métabolique
                                                                                                                    CMS2    CMS4 : mésenchymateux

                                                                                  Activation voie MYC et WNT
                                      CIN                                                                                     Meilleure SAR et SG
                                                                                                 CMS4

                                                                                                                              Moins bonne SSR et SG

                                                                              Activation voie TGF , angiogenèse, stroma,
CMS: consensus Molecular Subtype; MSI: Microsatellite instability;
CIN: chromosomic instability; TGFß: Transforming Growth Factor ß              transition épithélio-mésenchymateuse             D’après Guinney J et al. Nat Med. 2015;21:1350-6.
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Impact de la localisation dans le CCRm

                          Pronostic

                  DROIT
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Valeurs pronostique et prédictive
de la localisation
                                     Droit versus gauche

                                                                         Sensibilité aux anti-EGFR…

                                                             Côlon gauche
                       Côlon droit

             CMS1 et CMS3 plus fréquents                     CMS2 plus fréquent
        Sous-expression EGFR, ligands EGFR                 Sur-expression EGFR, ligands EGFR
        Mutations BRAF, MEK, PI3K, PTEN                    Mutations BRAF rares
        Statuts MSI et méthylé                             Addiction oncogénique à la voie EGFR
                                                           Absence de facteur pronostique péjoratif
                                                                       D’après Guinney J et al. Nat Med. 2015;21:1350-6.
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Valeurs pronostique et prédictive
de la localisation
            mir31-3p : microARN impliqué dans la résistance aux anti-EGFR
                              DROIT                      GAUCHE

                  61 % élevé                                27 % élevé

                    39 % bas                                73 % bas

 CCR gauche Mir 31-3p faible : cetuximab > bevacizumab
 CCR droit Mir 31-3p élevé : bevacizumab > cetuximab                     Laurent-Puig P et al. ESMO 2016. abstr 4570.
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Valeurs pronostique et prédictive
de la classification CMS
Données ASCO 2017, essais de 1ère ligne CCRm (anti-EGFR vs. Bevacizumab + CT)
  Mauvais pronostic CMS1 (GALB80405)

                                                                                                   Lenz HJ et al. J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; ASCO- abstr 3511)

  Sensibilité au cetuximab :
   CMS2 et CMS4 (GALB80405, FIRE3)               CMS2                        CMS1

  Sensibilité au bevacizumab :
   CMS1(GALB80405)

                                Lenz HJ et al. J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; ASCO- abstr 3511)   Stinzing S et al. J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; ASCO- abstr 3510)
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Biopsie liquide : une alternative ?

             RAS
             BRAF

                                      D’après Diaz LA Jr et al. J Clin Oncol 2014; 32:579-86.
Biopsie liquide : une alternative ?

 ADNtc ou CTC
  Valeur pronostique, quel que soit le stade
  Valeur prédictive de l’évolution précoce
                                                                        Garlan F et al. Clin Cancer Res 2017 (in press)

  Valeur prédictive de l’apparition de clones de résistance
                                                         Pietrantonio F, et al. Clin Cancer Res 2017;23(10):2414-2422.

  Nécessité de réaliser des essais prospectifs stratégiques sur l’ADNtc avant
 utilisation en routine
Traitement personnalisé :
Avoir un coup d’avance sur la tumeur
Traitement personnalisé :
Avoir un coup d’avance sur la tumeur

Il existe une évolution clonale naturelle au sein des tumeurs.

L’application d’une pression de sélection (thérapie ciblée, chimiothérapie) peut en outre favoriser l’émergence
de nouveaux sous-types moléculaires (clones) résistants.
Traitement personnalisé :
Avoir un coup d’avance sur la tumeur
Traitement personnalisé :
 Avoir un coup d’avance sur la tumeur

(Nat Med 2015;21(7):795-801)
L’analyse des mutations dans l’ADNc
permet la réintroduction thérapeutique

                                 Des allèles KRAS mut apparaissent dans
                                 l’ADNc en cours de traitement par anti-EGFR

                                 La mise en place d’un traitement de relais
                                 par chimiothérapie les fait décliner

                                 La réintroduction d’un traitement
                                 par anti-EGFR est rendue possible.

                                                                Siravegna G et al. Nat Med. 2015;21:795-801.
Diversification du profil moléculaire des CCRm

                        HER-2
                                                   Mutation
                                                  KRAS exon 2
                   RAS et BRAF WT

                       40%                           RAS muté
                                     MSI
                                     5%
                                                         50%
                                    Mut
                                    BRAF      Mut KRAS
                                               ex 3, 4
                                           Mut
                                10%        NRAS
                                                                Folprecht G et al. SPECTAcolor ESMO 2016. abstr 4580.
Thérapeutiques ciblées anti-EGFR
Mutations RAS = marqueur de résistance

                                 Cetuximab
                                 Panitumumab
Mutations RAS à rechercher

                     KRAS Exon 2, Codons
                           12 et 13                      NRAS Exon 2,
                             42%                          C12 et 13
                                                                    NRAS Exon 3,
                                           Autre                     C59 et 61
                                            10%
                                                   KRAS Exon 4,
                                                    C117 et 146
                                                                  KRAS Exon 3,
                        RAS wt                                     C59 et 61
                         48%

                « Ras sauvages »                   « Médecine de
               « Super Wild-Type »                   précision »
Impact thérapeutique des mutations RAS
(CCRm)
 Résistance aux anticorps anti-EGFR
   Pas de bénéfice, quelle que soit la ligne
   Effet délétère si associé à l’oxaliplatine
    en 1ère ligne                                        Mutation
                                                        KRAS exon 2
 Mutations exons 2,3,4 deRAS et BRAF WT

 KRAS/NRAS                    40%                          RAS muté
 Contre-indication aux anti-EGFR                               50%
 Intégration dans la stratégie
   Chirurgie, conversion                 Mut
                                          BRAF      Mut KRAS
   Contrôle de la maladie                       Mut
                                                     ex 3, 4                          Douillard JY et al. N Engl J Med. 2013;369:2159-60.
                                                                                           Douillard JY et al. Ann Oncol. 2014;25:1346-55.
                                        10%      NRAS                                  Van Cutsem E et al. J Clin Oncol. 2015;33:692-700.
                                                                                       Bokemeyer C et al. Eur J Cancer. 2015;51:1243-52.
                                                                      Van Cutsem E et al. ESMO guidelines. Ann Oncol. 2016;27:1386-422.
BRAF : important médiateur
de la prolifération cellulaire
        Facteurs de croissance         Signal              Signal
                                       normal           oncogénique
                 RTK                    RAF                 BRAFV600E
         Membrane

               Y-P     Y-P         Ras
                                   GTP
                                        MEK                     MEK
                                   P                       P
               Autres effecteurs

                                        ERK                     ERK
                                   P                       P

                             Translocation nucléaire   Prolifération cellulaire
                               Expression génique             anormale

                                                               Arrêt
Type de mutations BRAF
dans les tumeurs solides
                                                                                                            Majorité des mutations
                                                                                                            Valine  Glutamine
                               60
                               50
               des mutations
                Fréquence
                               40
                               30
                               20
                               10
                                0

                                                                                                                             V600E
                                                                    G465T
                                                                            G468E

                                                                                                                     G596R
                                                            G465E
                                    G463E
                                            G463V

                                                                                    G468A
                                                                                            E585K
                                                    G465A

                                                                                                             G596V
                                                                                                    F594L

                                                                                                                                     V599D
 Mutation ponctuelle : facile à identifier !
 Mutuellement exclusive de RAS !
Agressivité des mutations BRAF

                                                              Microsatellite stable
                                                              BRAF muté
                                                              Pronostic

                            Situation métastatique

 Chimiothérapie intensifiée : FOLFIRINOX+ Bevacizumab (si BRAF muté)
 Essais thérapeutiques en cours                             Masi G et al. Lancet Oncol. 2010;11:845-52.
                                                                               Loupakis F et al. Eur J Cancer. 2014;50:57-63.
                                                                           Cremolini C et al. Lancet Oncol. 2015;16:1306-15.
L’analyse des mutations dans l’ADNc
permet la réintroduction thérapeutique

                          Mutation
                         KRAS exon 2

                                 RAS muté
                                   50%

                        Mut
                        KRAS
                       ex 3, 4

                                            Van Cutsem E et al. ESMO guidelines.
                                                  Ann Oncol. 2016;27:1386-422.
Biomarqueurs Emergents
          Amplifications : 2,5%
          Mutations : 1,9%

                                                                        HER-2
       Résistance aux anti-EGFR ?                                                               Mutation
                                                                                               KRAS exon 2
Raghav KPS et al. J Clin Oncol 34, 2016
(suppl; ASCO- abstr 3517).                                  RAS et BRAF WT

                                                                    40%                           RAS muté
     Thérapies ciblées anti-HER2 ?
                                                                                                      50%
        Trastuzumab + lapatinib
              (HERACLES)                                                         Mut
                                                                                 BRAF      Mut KRAS
      Trastuzumab + pertuzumab                                                              ex 3, 4
                                                                                        Mut
Sartore-Bianchi A et al. Lancet Oncol. 2016 Jun;17(6):738-46.                   10%     NRAS
Hurwitz H et al. J Clin Oncol 34, 2016 (suppl 4S; ASCO-GI abstr 653).
                                                                                                             Folprecht G et al. SPECTAcolor ESMO 2016. abstr 4580.
Siena S, Marsoni S et al. AACR Annual Meeting 2017. abstr CT005.
Biomarqueurs Emergents

                      HER-2
                                                 Mutation
                                                KRAS exon 2
                 RAS et BRAF WT

                     40%                           RAS muté
                                   MSI
                                   5%
                                                       50%
                                  Mut
                                  BRAF      Mut KRAS
                                             ex 3, 4
                                         Mut
                              10%        NRAS
                                                              Folprecht G et al. SPECTAcolor ESMO 2016. abstr 4580.
Immunothérapie

       CCR MSI : tumeur immunogène                  CCR MSI métastatique (4%)

                                     Échappement
                                      immunitaire
Immunothérapie

       CCR MSI : tumeur immunogène                   Inhibiteurs check-points de l’immunité

                                      Relance de
                                      l’immunité

                               Taux de réponse : 90%
                               (anti-PD1 pembrolizumab)
                                                               Le DT et al. Le DT et al. N Eng J Med 2015;372:2509-20.
Biomarqueurs émergents

  « A quoi bon s’intéresser à la cible si on n’a aucune idée d’où va aller
  la flèche? »
  Pr F. Goldwasser
PK des biothérapies
 Trastuzumab in Gastric Cancer

                                        Cmin>36.9 µg/ml

                      Cmin
PK des biothérapies

 Ramucirumab in Gastric Cancer

                                                                              Efficacy             RAM      PBO4C     Median        Hazard Ratio*
                                                                                                                                                       p-value
                                                                              Parameter          N/#events N/#events (months)         (95% CI)
                      1.0                                                     REGARD PFS

                      0.9                                                      PBO4C                                         2.8
                                                                               RAM Cmin,1 low
                      0.8                                                      vs PBO4C
                                                                                                   36/25        35/30        2.8   0.70 (0.40, 1.23)   0.2168
    PFS Probability

                      0.7                                                      RAM Cmin,1 high
                                                                                                   36/27        35/30        5.2   0.37 (0.20, 0.70)   0.0019
                                                                               vs PBO4C
                      0.6
                      0.5
                      0.4
                      0.3
                      0.2
                                RAM Cmin,1 low (
PK des biothérapies

 Bevacizumab in Colorectal cancer patients
PK des biothérapies

 Bevacizumab in Colorectal cancer patients
PK des biothérapies
PK des biothérapies

  Cetuximab (in Head and Neck cancers)

                            Cmin                           Cmax
                      [0-74,2] µg/ml                  [65-210] µg/ml

             Inter-patient variability on cetuximab trough levels: > 50%!
PK des biothérapies

  Cetuximab (in Head and Neck cancers)

                                   P
PK des biothérapies
  Cetuximab in Head and Neck cancers: Cmin & Clinical Benefit

                                                  ROC analysis: a Cmin value of 34 ug/ml is
                                                   the threshold associated with cetuximab
                                                  efficacy in head and neck cancer patients!

                                                  •Sensitivity: 86%
                                                  •Specificity: 75%
PK des chimiothérapies

   Irinotecan: UGT1A1

                         irinotecan
PK des chimiothérapies

   Irinotecan: UGT1A1
PK des chimiothérapies

  5-FU/capécitabine: DPYD                             Tumor Tissues

                                                       Tumor Tissues

                                                               Efficacy-Toxicity
                                           ACTIVE
                             5-FU        METABOLITES   Tumor TissuesBalance
                 DPD                                            Efficacy-Toxicity
                                           ACTIVE
                             5-FU
                              Renal      METABOLITES
                                                                     Balance
                 DPD         Excretion                 Healthy Tissues
                                                                Efficacy-Toxicity
                                           ACTIVE
                              5-FU
                               Renal     METABOLITES
                                                                     Balance
                 DPD          FUH2
                             Excretion                 Healthy Tissues

                              Renal
                                
                              F AL
                              FUH2
                             Excretion                 Healthy Tissues

                              FUPA
                              F AL
                              FUH2

                              FUPA
                              F AL

                              FUPA
PK des chimiothérapies

  5-FU/capécitabine: DPYD
PK des chimiothérapies

  5-FU/capécitabine: DPYD
PK des chimiothérapies

  5-FU/capécitabine: DPYD
Biomarqueurs prédictifs validés
  Immunohistochimie : statut MSI/MSS à demander pour tous les cancers
 colorectaux, du stade II au stade IV
   Indications de chimiothérapie adjuvante pour stade II à haut risque
   Essais d’immunothérapie pour les stade IV, et demain dans le cadre des soins courants

  Mutations RAS et BRAF : impact majeur sur les possibilités et choix
 thérapeutiques, l’inclusion dans les essais en 1ère ligne
   L’ADNtc devrait remplacer à court terme le prélèvement tissulaire chez les patients
  avec des métastases hépatiques

                                                                                   Thierry A et al. Nat Med 2014;20(4):430-5.
                                                            Bachet JB et al. J Clin Oncol 2017,35 (suppl; ASCO- abstr 11509)
Enjeux cliniques : le délai !

           - Attente prescription
           - Regroupement des cas
                                             ! retarde envoi du bloc
           - Courrier standard

           - Métastase histologiquement
             documentée : testing d’emblée      temps prescription
             (demandé par le pathologiste)

           - Contrôle échantillons douteux
                                               temps test sur plateforme
           - Nouvelle extraction
Back up DPYD
Back up DPYD
 Phénotypage: contraintes acheminement.
Back up DPYD
 Phénotypage: instabilité des statuts DPD?

        - Acheminement non respecté
                                                                        JC
                                                12

                                                10
                Ratio UH2/U

                                                 8

                                                 6

                                                 4

                                                 2

                                                 0
                                                             2h         6h          12h         24h
                                  Réfrigirateur (4°C)    10,4           6           6,2         6,8

                                                                       NS 1
                                                        12

                                                        10
                    Ratio UH2/U

                                                         8

                                                         6

                                                         4

                                                         2

                                                         0
                                                                  2h          6h          12h    24h
                                   Température Ambiante
                                                                  11          9,3         4,8    3,6
                                          (20°C)
Back up DPYD
 Phénotypage: instabilité des statuts DPD?
- Rythme circadien

- Interactions médicamenteuses

- Evènements intercurrents (ex: chirurgie)
Back up DPYD
 Phénotypage: instabilité des statuts DPD?

- Prise Alimentaire
SECURING CHEMOTHERAPY

 Génotypage:
   110 euros (BHN 410, liste complémentaire)
   Activité hebdomadaire

 Phénotypage:
   40,5 euros (BHN 150, liste complémentaire)
   Activité hebdomadaire
SECURING CHEMOTHERAPY

         Algorithm-based
             Standard
        personalized   dosing
                     dosing

                                Pharmacometrics
                                    Model
 OnLine
Interface
Back up DPYD
Back up DPYD

• En l’état actuel et malgré ses limites technologiques, le typage DPD (génotypage et/ou phénotypage) permet
d’identifier les cas rares de déficit sévère ou total en DPD, susceptibles de déclencher une toxicité léthale.

• Il n’est pas possible de prévoir ce que sera la position du ministère quant à:
      - Le degré de remboursement des tests.
      - Le degré de recommandation du typage prospectif.

• L’INCa, la DGOS et la HAS bâtissent un groupe d’expert dont les conclusions éclaireront les futures décisions.
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