Normaliser le contenu des dossiers patients à l'aide de SNOMED CT - PHAST
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Normaliser le contenu
des dossiers patients
à l’aide de SNOMED CT
François Macary
co-chair SNOMED International French Translation Group (since 2018)
SNOMED CT Authoring Level 1 certified (since 2021)
Technical liaison of IHE International to SNOMED International (since 2018)
22/06/2022 SNOMED CT - Normaliser le contenu des dossiers patients Copyright 2022 –PHAST
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Plan de la session
1. Exemple concret d’interopérabilité sémantique
2. SNOMED CT - terminologie clinique au cœur de l’écosystème
3. Maintenance, distribution, utilisation
4. Couverture et composants de la terminologie
5. Exploitation des relations, ECL
6. Extensibilité : postcoordination de concepts
7. Synthèse : SNOMED langue de la santé pour les machines
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Cas d’usage prioritaire : l’interopérabilité sémantique en production de soins
- en particulier les e-prescriptions (biologie, imagerie , médicament) de la vague 2 du Ségur
La capacité d’échanger des données dotées d’un sens non ambigu, non vague, inaltérable,
interprétable par les professionnels et par leurs applications
→ Examen cytobactériologique
type de prélèvement ?
motif ?
traitements en cours ?
Message combinant une syntaxe et des concepts codés → Vérification prélèvement reçu
Température ?
interprétable par le système destinataire → Planification de l’examen
Dossier Demande :
• Examen : cytobactériologie SI
patient
• Type de prélèvement : échantillon d’expectoration laboratoire
• Motif : bronchopneumonie aigüe
• Traitement médicamenteux en cours :
- chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg
• Température corporelle : 39,5 °C
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Standardisation des mots de l’énoncé pour que DPI SIL
les applications puissent agir ou raisonner dessus
SNOMED CT:
|Examen de laboratoire|
(108252007) Demande d’examen de biologie médicale : SNOMED CT:
Cytobactériologie sur expectoration |échantillon
LOINC : d’expectoration|
|Cytobactériologie - expectoration| Motif : bronchopneumonie aigüe (119334006)
(88837-0) Traitement en cours : chlorhydrate de
vancomycine en gélule orale 250 mg
LOINC: Température : 39,5°C SNOMED CT:
|Motif de la demande| |bronchopneumonie aigüe|
(67098-4) LOINC: UCUM (123587001)
?
|température corporelle| 39.5 |degré celsius|
(8310-5) (Cel)
LOINC: SNOMED CT:
|traitement en cours| |chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg|
(18606-4) (262001002)
?
Articulation normale : Question LOINC ? -> réponse codée SNOMED CT ✓
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Retour des résultats DPI SIL
LOINC : SNOMED CT:
|Bactérie identifiée par culture sur expectoration| | Staphylococcus aureus |
(6460-0)
(3092008)
Culture positive : Staphylocoque doré UCUM
Antibiogramme : | µg/mL |
LOINC : (ug/mL)
CMI … SNOMED CT:
| sensibilité vancomycine |
(19000-9) CMI vancomycine ≥ 32 µg/mL -> Résistant | résistant |
CMI … (30714006)
LOINC : CMI linézolide < 3 mg/L -> Sensible
| sensibilité linézolide | SNOMED CT:
CMI … UCUM | sensible |
(29258-1)
… | mg/L | (131196009)
Conclusion : présence SARV (mg/L)
Traitement recommandé : linézolide
LOINC : SNOMED CT:
| interprétation du biologiste | SNOMED CT: |staphylocoque doré résistant à la vancomycine|
(50595-8) (404680007)
| médicament contenant linézolide |
(125695009)
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Les mots des deux énoncés sont placés dans une structure standardisée :
ressources HL7 FHIR® ou message HL7 v2 ou compte rendu CDA profilé par IHE
Un examen
demandé Prescription connectée LOINC
HL7 v2
Message HL7 v2 de demande d’examen de biologie
MSH|^~\&| … |OML^O33^OML_O33| … |EN|… Diffusion de CR de biologie
PID| … |EVERYMAN^ADAM^^JR^^^L|19800101|M|…
PV1|… Extrait du niveau 3 du compte rendu CDA
SPM|1|123^Card||119334006^échantillon d’expectoration^SCT|…
ORC|…
TQ1|…
|123587001^Acute bronchopneumonia^SCT|…
Code unité
OBX|2|CE|18606-4^Current medication, Name and Identifier^LN|
UCUM
|262001002^vancomycin chlorhydrate, oral caps 250 mg^SCT|…
observation
HL7 V2
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Terminologies de référence Terminologies d’agrégation
SNOMED CT, LOINC … CIM-10,11, ATC, CCAM, GHM, CISP-2
Cible première Données de soins des personnes Données de santé des populations
Structure Polyhiérarchique Mono-hiérarchique (classes exclusives)
❑ Interopérabilité des circuits de ❑ Statistiques globales des causes de
production de soins mortalité
❑ Echanges d’extraits de dossiers ❑ Statistiques des causes de morbidité (à
médicaux pour la continuité des soins tous les échelons, y compris global)
❑ Accès aux sources externes de ❑ PMSI établissements en France (appelé
Usages connaissance, aide à la décision DRG dans les autres pays)
❑ Fourniture de données harmonisées aux ❑ Fourniture de données
entrepôts big data pour la recherche épidémiologiques générales
❑ Déploiement de la santé numérique : ❑ Pilotage de l’allocation de ressource en
télémédecine, télé-soin … rapport avec la santé d’une population
Décrire et communiquer Classer et dénombrer
http://assess-ct.eu/fileadmin/assess_ct/final_brochure/assessct_final_brochure.pdf
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Les cas d’usage auxquels répond SNOMED CT
Représenter fidèlement et au niveau de granularité souhaité l’information
collectée ou produite par les cliniciens au cours de leurs activités de soins,
sous une forme normalisée, interprétable par les systèmes, communicable de
l’un à l’autre sans perte ni altération de sens, et favorisant l’automatisation
des traitements et des raisonnements au sein de chacun d’eux.
✓ réutilisation de données de sources multiples, analyse, raisonnement.
✓ efficacité de la coopération entre les acteurs de la chaîne de soins.
✓ accélération de la boucle vertueuse entre soins et recherche médicale.
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8SNOMED CT terminologie de
référence au centre de l’écosystème
Projet commandité par la CE terminologique pour le secteur santé
Reco 2 : SNOMED CT est la meilleure terminologie de référence disponible pour
servir la santé numérique, aux échelons global, européen, national et régional.
Reco 3 : SNOMED CT devrait être adoptée en tant que terminologie de référence
constituant le cœur d’un écosystème comprenant d’autres terminologies de
référence et d’agrégation.
http://assess-ct.eu/fileadmin/assess_ct/final_brochure/assessct_final_brochure.pdf
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9Acronyme Nom Domaine Portée Type
LOINC Logical Observations Identifiers Names & Codes Observations et examens Monde réf
de référence
Principales terminologies de référence (réf) ou
UCUM The Unified Code for Units of Measure Observations quantitatives Monde réf
et d’agrégation (agrég) d’agrégation
SNOMED CT utiles au
Systematized Nomenclature of Medicine secteur
Clinical Terms santé en France
Tout le champ de la santé Monde réf
CIM Classification internationale des maladies (versions 10 puis 11) Statistiques + PMSI Monde agrég
CIF Classification internationale du fonctionnement et du handicap Statistiques Monde agrég
ICHI classification internationale des interventions en santé Statistiques Monde agrég
CCAM Classification commune des actes médicaux PMSI France agrég
GHM Groupes homogènes de malades PMSI France agrég
UCD Unités communes de dispensation Médicament France réf
ATC Classification anatomique, thérapeutique et chimique Médicament Monde agrég
EDQM ST Standard Terms of European Directorate for Quality of Medicines Médicament Europe réf
MedDRA Medical dictionary for regulatory activities Médicament Europe réf
GMDN Global medical device nomenclature Dispositif medical Monde agrég
EMDN European medical device nomenclature Dispositif medical Europe agrég
LPP Liste des produits et prestations Dispositif medical France agrég
CLADIMED Classification des dispositifs médicaux Dispositif medical France agrég
ORPHA Codification des maladies rares Diagnostics Europe réf
OMIM Online mendelian inheritance in man Gènes et phenotypes génétiques Monde réf
HPO Human phenotype ontology Anormalités phénotypiques Monde réf
CISP Classification internationale des soins primaires Médecine de ville (généralistes) Monde agrég
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10Exemple d’écosystème terminologique pertinent pour la France
Regenstrief Institute
ORPHAcodes UCUM (codage des
observations) CISP-2
LOINC
OMS et
CIM-10 classifications
SNOMED -11 statistiques
CCAM,
GHM, CT associées
UCD,
ATC
LPP,
CLADIMED,
NABM
… EMDN
EDQM
Mappings entre SNOMED CT Standard
Terms MedDRA
et d’autres terminologies
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11Application dans deux catalogues de référence de PHAST
EDQM ATC
Standard
UCD,
Terms
CIP,
CIS,
NCHFS, médicament
LES
…
NABM
COFRAC
RIHN
LC
biologie médicale
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12SNOMED CT distribuée par l’association à but non lucratif
Snomed International dont les membres sont des Etats
• Gouvernance :
Association pilotée par l’Assemblée Générale de ses 42 États
membres (dont 22 en Europe). Plus haute instance de décision.
• Mission :
Produire durablement une langue clinique mondiale pour les
machines, et des services associés pour soutenir des échanges
de données clairs, le raisonnement et l’analyse des informations
de santé, par toutes les parties prenantes.
• Evolution rapide :
Jusque là semestrielle, la fréquence des versions est devenue
mensuelle en 2022 : 31/01, 28/02, 31/03 …
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13France en cours
d’adhésion
Finalisation en
2022
22 pays européens
membres,
4 du Moyen Orient
https://www.snomed.org/SNOMED/media/SNOMED/members-flag-header-images/Member%20Map/SNOMED_International_Member_Map_07282021_outlines.pdf?ext=.pdf
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14Conditions d’utilisation de la terminologie
• L’association SNOMED International gouvernée par l’assemblée de ses
États membres, détient les droits de propriété intellectuelle de SNOMED
CT. C’est ce qui garantit la co-construction harmonieuse du bien commun.
• Dans un pays membre : licence gratuite contractée auprès du centre
national de diffusion - National Release Center (NRC).
• Dans un pays non membre, « licence affilié » payante, contractée auprès
de SNOMED International
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15SNOMED CT en France
• Adhésion de la France en 2022. L’usage de SNOMED CT sur des données
réelles sera donc gratuit.
• L’implémentation dans les applications peut débuter dès à présent sans
attendre la finalisation de l’adhésion.
• Traduction française réalisée pour l’ensemble de l’espace francophone
par le French Translation Project Group de SNOMED International, alliant
les NRC de Belgique, Canada, Luxembourg, Suisse, et PHAST(*) pour la
France. Le futur NRC français en cours d’intégration au groupe.
https://confluence.ihtsdotools.org/display/FTCG/French+Translation+Collaboration+Group
Traduction visible dans le
browser SNOMED CT
https://browser.ihtsdotools.org/
(*) PHAST dispose d’un accord pour initier la traduction française de la terminologie, signé fin 2015 et dans la visionneuse de PHAST
avec SNOMED International et avec l’approbation du ministère en charge de la santé.
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16SNOMED CT est la terminologie la plus large et la plus
évolutive couvrant le domaine de la santé humaine
Les 19 hiérarchies de premier niveau (par ordre décroissant) :
> 350 000 concepts codés
actifs pour représenter
fidèlement l’information
clinique sous une forme
standardisée
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17Les principales hiérarchies
1/2 : constatations : plaintes, symptômes, signes, états normaux et anormaux (finding)
1/2 : maladies, troubles, blessures, pathologies, affections (disorder)
tous les actes intentionnels visant la santé :
médicaux, chirurgicaux, diagnostiques,
paramédicaux, administratifs, de conseil,
transport, traitement, régime …
structures corporelles (body structure), structures cellulaires (cell structure)
anomalies morphologiques (morphologic abnormality)
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18Composants
principaux de Concepts
SNOMED CT
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19Les 3 composants de base de SNOMED CT
Concept Numérique et
Une signification clinique associée à un identifiant unique (ou code) non signifiant
• La signification en clair est portée par le libellé de référence : Fully Specified Name (FSN). (6 à 18 chiffres)
• Le lien entre l’identifiant et la signification du concept est permanent et non modifiable
Description
L’expression dans une langue de la signification d’un concept.
Deux types principaux :
• FSN : la description de référence Synonyme
• Synonyme : un libellé pour l’affichage sur les écrans des applications
Synonyme
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20Le nombre de descriptions pour un concept n’est pas limité
L’organisation en charge de la traduction dans une langue peut ajouter autant de synonymes que souhaité.
en-US FSN - |Chronic obstructive lung disease (disorder)|
fr - |maladie pulmonaire obstructive chronique|
fr - |pathologie pulmonaire obstructive chronique| 13645005
fr - |bronchopneumopathie obstructive chronique|
fr - |BPCO|
en-US |Chronic obstructive lung disease|
✓ en-US |CAFL - Chronic airflow limitation|
✓ en-US |CAO - Chronic airflow obstruction|
✓ en-US |COPD - Chronic obstructive pulmonary disease|
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21Les 3 composants de base de SNOMED CT
Concept
Une signification clinique associée à un identifiant unique (ou code)
• La signification en clair est portée par le libellé de référence : Fully Specified Name (FSN).
• Le lien entre l’identifiant et la signification du concept est permanent et non modifiable
Description
L’expression dans une langue de la signification d’un concept.
Deux types principaux :
• FSN : la description de référence Synonyme
• Synonyme : un libellé pour l’affichage sur les écrans des applications
Synonyme
Relation du concept A vers le concept B
La modélisation d’une propriété toujours vraie du concept A, dont le concept B représente la valeur.
Exemple : |COVID-19| a comme |Agent responsable| le |SARS-CoV-2|
(840539006) (246075003) (840533007)
Concept A : Concept représentant Concept B représentant la valeur de la
source de la relation la propriété (la relation) propriété (cible de la relation)
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22Un exemple de concept avec ses relations
Constatation (finding)
Maladie (disorder)
Ascendants : Arthrite Maladie auto-immune
sous-type de
Attributs : structure articulaire site anatomique Arthrite rhumatoïde Polyhiérarchie
inflammation anomalie
morphologique
sous-type de
auto-immun processus
pathologique
Descendants : Arthrite
… …
rhumatoïde … de la Syndrome Arthrite
du coude hanche de Felty rhumatoïde
en rémission
22/06/2022
… coude gauche … coude droit
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23L’exploitation des plus de 3 millions de relations de SNOMED CT
ouvre la porte au raisonnement et à l’analyse
Exemple : Chercher tous les concepts représentant une arthrite auto-immune :
Les descendants du concept d’arthrite ayant un processus pathologique auto-immun.
La requête construite par l’application et exécutée par le service de terminologies
produit un jeu de valeurs de tous les concepts d’arthrite auto-immune.
Langage de
Jeu deQuelques exemples de requêtes ECL
à copier/coller dans le browser international ou dans la visionneuse de PHAST
ou à faire exécuter par un service de terminologies par exemple Snowstorm,Ontoserver ou STS
Exemples de requêtes ECL en FHIR : https://ontoserver.csiro.au/vstool/
Les problèmes de santé causés par le SARS-CoV-2 :
*:246075003 |agent responsable| =Exploitation des relations hiérarchiques en cascade pour
détecter une interaction entre traitement et examen
❑ Patient accueilli au laboratoire avec une demande d’examen :
|agent antibactérien|
(346325008) « test respiratoire à l’urée pour recherche d’Helicobacter pylori ».
à
distance |agent antiacide|
(60169008)
de ❑ Le référentiel CIOlab indique que cet examen doit être réalisé à
|inhibiteur de la distance de toute prise d'antibiotique, antiacide, ou inhibiteur de la
pompe à protons| pompe à protons.
(108665006)
❑ Le traitement en cours du patient est oméprazole, décrit dans le
descendant de référentiel CIOdc. Le module d’accueil détecte que le concept
représentant la dénomination commune de ce médicament dans le
référentiel CIOdc est un descendant du concept d’inhibiteur de la pompe
à protons.
|oméprazole comprimé oral 20 mg| ➢ Alerte déclenchée : Le patient est renvoyé chez lui sans être prélevé.
(317306008)
Il reviendra deux semaines après l’arrêt du traitement oméprazole.
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26Grammaire compositionnelle : exploiter les relations pour créer
dynamiquement de nouveaux concepts (extensibilité de SNOMED CT)
Créer de nouvelles significations en assemblant plusieurs concepts selon la grammaire :
L’un des élément de la syntaxe - le raffinement d’un concept : : =
Exemple 1 : Création du sens « maladie de Crohn modérée à sévère » préciser la gravité d’une maladie
34000006 |Crohn's disease (disorder)| : 246112005 |gravité| = 371924009 |modérée à sévère|
Exemple 2 : Création du sens « pose d’une prothèse du genou gauche » préciser la latéralité d’une intervention
392238003 |implantation d’une prothèse de l’articulation du genou| :
363704007 |site anatomique indirect de l’intervention| =
( 24136001 |structure de l’articulation du genou| : 272741003 |latéralité| = 7771000 |gauche| )
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27Utilisation de la grammaire compositionnelle pour représenter
une indication figurant sur le RCP d’un médicament
« Traitement curatif des infections à Mycobacterium avium chez les
patients infectés par le VIH, chez l'adulte » (Clarithromycine)
traitement 18629005 |administration de médicament (procédure)|
curatif : 363703001 |a comme intention (attribut)|
= 373808002 |intention curative (qualificateur)|
des , 363702006 |a pour cible (attribut)| =
infections à Mycobacterium avium ( 371685005 |infection causée par Mycobacterium avium|
chez les patients infectés par le VIH : 47429007 |associé à (attribut)| = 86406008 |infection à VIH| )
chez l’adulte , 370131001 |catégorie de sujet (attribut)| = 133936004 |adulte|
18629005: 363703001 = 373808002, 363702006 = (371685005 : 47429007 = 86406008), 370131001 = 133936004
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28Bénéfices de l’usage de la terminologie pivot
dans son écosystème terminologique
Soignants Chercheurs Payeurs
données ✓ alimentation de la recherche en données cliniques standardisées
119335007 |spécimen d’expectoration|
446870005 |Klebsiella pneumoniae carbapénème résistant|
action connaissance 773734006 |bactérie productrice de carbapénémase OXA-48 |
✓ Connaissance
→ aide à la décision en temps réel, accès aux preuves (exemples vus précédemment)
✓ dérivation du codage médico-économique des dossiers
SNOMED : 91675004 | retrait d’un corps étranger de l’articulation du coude par arthroscopie |
➢ CCAM : MFPC001 | Libération mobilisatrice de l'articulation du coude, par arthroscopie |
SNOMED : 283157006 |corps étranger dans le coude|
➢ CIM-10 : S50.8 | Autres lésions traumatiques superficielles de l'avant-bras |
✓ analyse des données sur les populations
Croisement entre pathologies, traitements et résultats.
Exemple : Pour un medicament ciblant l’arthrite rhumatoïde (autoimmune), évaluation de
l’accroissement du risque d’infection pulmonaire chez un patient fumeur atteint de BPCO
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29Intégration dans les DPI
En cible :
❑ Les praticiens notent leurs constatations et leurs actions dans leur
langue naturelle avec les finesses et nuances souhaitées.
❑ Leurs applications informatiques traduisent ces notations dans la langue
universelle de la santé comprise par les machines – SNOMED CT.
❑ Des mappings semi-automatiques permettent de déduire le codage dans
les terminologies d’agrégation (CIM-10, CCAM ou ICHI)
Un premier pas sur la trajectoire :
❑ Commencer à mettre en œuvre des jeux de valeurs SNOMED CT dans les
échanges de données entre DPI et les systèmes périphériques, en production
de soins (examens complémentaires …)
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30L’écosystème terminologique minimum pour un pays en Europe
Classifications
LOINC + UCUM de l’OMS
SNOMED CT
ATC, CIM …
Observations Unités de
mesure
- Concepts couvrant l’ensemble de la santé
- Relations
- Grammaire compositionnelle
- Requêtage ECL
Classifications et systèmes de Systèmes de codage
codages européens réglementaires nationaux
Quelques ontologies spécialisées :
EDQM, EMDN, MedDRA France : CCAM, NABM, GHM, LPP,
ORPHAcodes, OMIM, HPO
UCD …
Un écosystème en forme d’archipel morcelé, qui placerait par exemple les microorganismes dans
un premier silo terminologique, les médicaments dans un second silo, les substances dans un 3e,
l’anatomie dans un 4e …etc, interdirait l’exploitation des relations entre concepts, fermant ainsi la
porte au raisonnement par les applications au détriment des acteurs de la santé.
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31Service
contact@phast.fr
PHAST accompagne les
éditeurs (communauté SIPh)
et les établissements
❖ Mapping des codes locaux vers les
terminologies de référence
❖ Fourniture de jeux de valeurs SNOMED CT
avec la traduction en français
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32Opérateur d’interopérabilité sémantique
www.phast.fr
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