NOUVEAUTÉES EN MÉDECINE MOLÉCULAIRE - CCH-QUÉBEC 2018 - CARE
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NOUVEAUTÉES EN MÉDECINE
MOLÉCULAIRE
CCH-QUÉBEC 2018
DÉCLARATION D’INTÉRÊT
• AUCUN RELIÉ À CETTE PRÉSENTATION
• PAR AILLEURS
• AD BOARD
• NOVARTIS
• PFIZER
• BMS
• PALADIN
PLAN • INTRODUCTION • NGS • CLONALITÉ DE L’HÉMATOPOÏÈSE • PANEL DES GÈNES MYÉLOIDES • SMD • NMP • PHARMACOGÉNOMIQUE ONCOLOGIQUE • TPMT • DPD
DÉFINITIONS Médecine moléculaire • Compréhension des mécanismes moléculaires des maladies • Équipe interdisciplinaire-recherche translationnelle • Permet la découverte d’éléments génétiques qui pourront devenir des test diagnostic.
DÉFINITIONS
Médecine personnalisée
• Médecine basées sur une
caractérisation fine du
patient permettant de
choisir un traitement
optimal
L’ÉVOLUTION DU DIAGNOSTIC MOLÉCULAIRE • Historiquement le caryotype était le seul test disponible pour regarder les gènes
PREMIÈRE RÉVOLUTION:LA PCR
• Invention de Karry Mullis, Cetus corporation, 1987
• Prix Nobel de chimie 1993
• 442 264 publications...
• C’est la PCR qui permet l’expansion du diagnostic moléculaire.
• Rapide
• Facile
• Peu coûteux
APPLICATIONS
• PCR simple:
• translocations
• Panel multiplexe pour LMC
• Longueur de fragment
• Chimérisme, CALR, MPL, Jak2-Exon12, FLT-3, etc
• Clonalité B et T
• PCR Taqman
• Qualitatif
• Mutation (HFE, FV leiden, prothrombine, BRAF, etc)
• Quantitatif
• Bcr-abl, Jak2v617f, D816V, etc
LE SÉQUENÇAGE
Déterminer la séquence nucléo-
tidique complète d’un
fragment d’ADN
Méthode Sanger
Peu sensible (20%)
300pb
Long et coûteux
Révolution # 2 Séquençage de nouvelle génération (NGS)
NGS: Ion PGM™ Sequencer Illumina Myseq
ÉTAPES NGS
Préparation de Amplification des Séquençage
fragments clonaux Analyse des résultats
la librairie
De 1 million à 360 millions de nano puits Tiré de www.lifetechnologies.comSANGER Vs NGS
• 100 000 000 % amélioré!
• Analyse de gènes
immenses rendu facile
• Sensibilité accrue (1000
reads) 1%
• Possibilité d’analyse
simultanée de patients
différents
• Réduction des coûtsPossibilité du NGS
CLINIQUE RECHERCHERÉVOLUTION NGS
• Recherche:
• Découverte de gènes causaux
• Identification de biomarqueurs
Le pipeline de nouveaux tests génétiques va
augmenter rapidementACCESSIBILITÉ
•Démocratisation extrême et rapide de la
technologie
• Appareil 75K
• Bioinformatique gérable avec les outils web
• Plusieurs indications INESSS-approved!
• Disponible dans le réseau
• Peut permettre de réduire les coûts
• HLA: 50% moins cherLA CLONALITÉ DE L’HÉMATOPOÏÈSE
ASSOCIÉE AU VIEILLISSEMENT: LE PACTE DE LA CELLULE SOUCHE
AVEC LE DIABLELA CLONALITÉ
1996: ACQUIRED SKEWING OF X-INACTIVATION
RATIOS
40
35
30
% females
25
20
15
10
5
0
>3:1 >10:1
Neonates 28-32 y-o > 60 y-o
Busque et al. Blood 1996À LA RECHERCHE DE MUTATIONS SOMATIQUES
• Exome complet de 3 femmes
avec skewing myéloïde
(lymphocytes T et cellules
épithéliales normales)
• 1 avec mutation dans TET2,
DNMT3A et SLC39A12; 2
negatives
• Séquençage (SANGER)
• 179 femmes avec skewing
myéloïde
• 10 TET2
• 105 sans skewing
• Aucune mutée
• 96 < 60 ans avec skewing
• Aucune mutée
• Toutes les mutées avaient une
FSC normale.
Vol 44, 1179-1181, doi:10.1038/ng.2413 (2012).2014: L’HÉMATOPOÏÈSE CLONALE EST ASSOCIÉE À DES ÉVÉNEMENTS
DÉFAVORABLES ET TOUCHE PLUSIEURS GÈNESTEMPÉRANCE CHIP
L. Busque et al, Stem Cell , in press
NOUVELLE CLASSIFICATION
Non-clonal Lower Risk Higher Risk
CHIP
ICUS MDS MDS
Clonality - + + + +
Dysplasia - - - + +
Cytopenia + - + (CCUS) + +
BM Blast %PANEL DE GÈNES MYÉLOÏDES
SMD
NMPNGS et SMD • Plusieurs cohortes de patients avec SMD ont été séquencées • Approche ciblée par panels de gènes • Approche génomique: exomes et génomes • 80% des patients ont des mutations dans un ou plusieurs gènes. • Plus de 100 gènes ont été impliqués
MUTATIONS DANS LES PATIENTS AVEC SMD Blood. 2013 Nov 21;122(22):3616-27
UTILITÉ CLINIQUE POUR LE DIAGNSOTIC
FSC normale: ne doit pas être fait.
CHIP
Cytopénie(s) sans dysplasie
+ Risque important de développer un cancer myéloïde
- Autres cause que maladie clonale
Cytopénie, dysplasie et cytogénétique normale
Supporte le diagnostic de SMDUTILITÉ CLINIQUE POUR LE PRONOSTIC
FIGURE 2 . Mutated genes with independent prognostic
significance by MDS bone marrow blast proportion.
Mutated genes associated with overall survival in MDS
patients after adjustment for IPSS-R risk groups are
listed below. Those in the blue circle are significant in
patients with less than 5% blasts in their bone marrow.
Those in the red circle are significant in patients with 5-
30% blasts. Gene listed above the straight line are
prognostically adverse. Only mutations of SF3B1, listed
below the line, are independently favorable. Data
based on IWG-PM presentation at ASH 2015 [13[black
small square][black small square]].
Implications of molecular genetic diversity in
myelodysplastic syndromes.
Bejar, Rafael
Current Opinion in Hematology. 24(2):73-78, March
2017.
DOI: 10.1097/MOH.0000000000000313
Copyright © 2017 Wolters Kluwer Health, Inc. All rights reserved. Published by Lippincott Williams & Wilkins, 4
Inc.PRONOSTIC ET NOMBRE DE MUTATIONS Blood 201321;122:3616-27
MUTATIONS INFLUENCES LE PRONOSTICS DANS
TOUS LES SOUS-GROUPESPANEL MYÉLOÏDE ET NMP
Polycythemia Vera Essential Thrombocythemia Primary Myelofibrosis
(N=382) (N=311) (N=203)
Notion de triple négatifs
Klampfl T, et al. N Engl J Med. 2013;369(25):2379-2390.PREFIBROTIC/EARLY PRIMARY MYELOFIBROSIS
(prePMF-OMS 2016)
Megakaryocyte proliferation and atypia without reticulin
Présence de fibrosis > grade 1, accompanied by increased age-ajusted
3/3 critères BM cellularity, granulocytic proliferation and often
majeurs decreased erythhrocytosis
Not meeting WHO criteria for ET, PV, BCR-ABL1+CML, myelodysplastic
syndromes,
or other myeloid neoplasms
ET
Presence of JAK2 , CALR, or MPL mutation or in absence of these
mutations, presence of another clonal marker or absence of
reactive reticulin fibrosis *
D’au moins
Increase in serum LDH level Palpable splenomegaly
1/4
critères
Leukoerythroblastosis ≥ 11 x 109/L Anemia
mineurs
* ASXL1,EZH2,TET2,IDH1,1DH2,SRSF2,SF3B1
ArberA, Orazi A, Hasserjian R, Thiele J, Borowitz MJ, Le Beau M, Bloomfield CD, Cazzola M, Vardiman, W.Lyon,
Swerdlow SH. BLOOD
France:April 11 2016
IARC; 2008.NGS ET PRONOSTIC
PPHARMACOGÉNOMIQUE DU CANCER
• Double rôle
• 1. Effets indésirables
• Modulation par les caractéristiques génétiques du sujet.
• 2. Effets thérapeutiques
• Modulation par les caractéristiques génétiques acquises de la
tumeur.LE PARADIGME:TPMT
•Thiopurine methyltransferase
• Catalyse la S-méthylation de l’Azathioprine, la
Mercaptopurine et la Thioguanine pour les inactiver
• Si TPMT est déficiente, il y a accumulation de la
forme active, et potentiellement, plus de toxicité.
La neutropénie et l’aplasie médullaire peuvent être
léthale.TPMT •L’activité de TPMT est dosable dans les érythrocytes •Il y a une distribution tri-modale dans la population • 0,3% pas d’activité • 10% intermédaire • 90% normale
TPMT
• Test génétique disponible
• Patent
• Prométhéus à San Diego
• La bonne pratique suppose que l’on test pour les trois
variants les plus fréquents avant de traiter avec un des 3
agents
• Leucémie lymphoblastique
• Immunosuppression avec AzathioprineDIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE(DPD) • Dégrade le fluorouracil (5-Fu) en dihydrofluorouracil • Métabolisme du Capecitabine • 1/10 000 sujets ne présentera pas d’activité de l’enzyme et est sujet à des complications potentiellement mortelles du 5-FU
DPD
• La presse 8 septembre
2015: la roulette russe.
• Cas de mortalité lié au 5-
Fu.
• Test fait allieurs dans le
monde
• Questionnement:
pourquoi pas au Québec?DPD variants délétères
• DPYD*2A
• Nomenclature:
• IVS14+1G>A, ou 50% des déficiences
• c.1905+1G>A, ou
• rs3918290
• C.2846A>T
• c.1679 T>G
• Autres en investigationDPD variants
• 1% heterozygote
• Réduction de 50% de la dose
• Limite à l’introduction?
• Test avant de débuter
• Rapide
• Couvert par réseau
• MD doit savoir l’utiliser
• N’explique pas tout.DPD
• Approuvé par l’INESSS 2017
• Test DPYD*2A
• 50% des déficiences
• Laboratoire CHUM Montréal
• Dr D. Soulière
• Disponible rapidementCONCLUSIONS • Le diagnostic moléculaire évolue rapidement • Importance du NGS • Intégration rapide en clinique • Complexité du génome des tumeurs • Prudence dans l’interprétation des résultats • Contexte important • Pression des patients pour tests non-validés cliniquement
REMERCIEMENTS
• Hôpital Maisonneuve-Rosemont-Université de Montréal
• Manuel Buscarlet Ph.D
• Guylaine Lépine, Ph.D
• Vincent Bourgoin, M.Sc
• Sylvie Provost, M.Sc (MHI)
• Marie-Pierre Dubé, Ph.D (MHI)
• Luigina Mollica, MD
• Concordia University
• Alain Tessier and Ann English
• MSKCC
• Ross L. Levine
• Fonds
• Leukemia Lymphoma Society of Canada (TET2)
• Canadian Cancer Society (Epigenetics)
• Canadian Institute of Health Research
• Les sujets de la cohorteVous pouvez aussi lire
