25ème Journée d'Actualités en Ventilation Artificielle - PAVM : intérêt des techniques microbiologiques rapides
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25ème Journée d’Actualités en Ventilation Artificielle
PAVM : intérêt des techniques microbiologiques rapides
Dr Salah Gallah
Laurent Benzerara
Département de Bactériologie – GHUEP
Procédure diagnostique pneumonie associée aux soins (AVIS D’EXPERTS)
> 48h00
Recommandations SRLF/SFAR (2017)
Bermejo-Martin et al. Crit Care 2014
Kumar et al. Crit Care Med 2006
Diagnostic microbiologique rapide
Critères pour un test idéal :
Détection rapide (
Prélèvement Gram Culture Antibiogramme CMI
Identification
H0 H2-6 H24-48 H48-72 H72-96
MÉTHODES PHÉNOTYPIQUES & GENOTYPIQUE
MÉTHODES PHÉNOTYPIQUES MÉTHODES GÉNOTYPIQUES
MALDI-TOF TESTS COLORIMÉTRIQUES
MBT-ASTRA Milieux chromogènes
Identification de profils protéiques ESBL NP test
associés à la résistance Carba NP test
Identification des produits de dégradation GeneXpert™
d’un antibiotique bLacta™ test
bCarba™ test ePlex BCID GN (GenMark)
Délai +/- long
ePlex BCID GP (GenMark)
Mise au point difficile
TESTS IMMUNO-CHROMATOGRAPHIQUES
TESTS PHÉNOTYPIQUES COLORIMÉTRIQUES
ESBL/CARBA NP TEST ßLACTA™/ßCARBA™ TEST
HMRZ-86
ou carbapénémase
BLSE + Carbapénémase +/- Céphalosporinase
Nordmann et al. J Clin Microbiol 2012
Performances (%) par test: BLSE Rapid ESBL test (# 20 min) βLacta™ test (15 min) Rapid ESBL screen (2 H) CTX-M 100% (35/35) 94% (33/35) 94,3% Non CTX-M 84% (21/25) 92% (23/25) 88% Toutes BLSE 93% (56/60) 93% (56/60) 91,7%
BLSE Non BLSE
BLT + 241 27
BLT - 0 2062
241 2089
Sen 100% Spé 98,7%
Renvoisé et al. J Clin Microbiol 2013
Critical Care 2017
Détection de la résistance par MALDI-TOF
hydrolyse de l’ATB
Imipénème A partir de :
Colonies isolées
Imipénème + Case
Imipénème + ESBL
Détection de la résistance par MALDI-TOF
Impact de l’ATB sur la biomasse [protéines]
+ATB
Incubation 5 à 24h00 selon espèceTests immuno-chromatographiques
Eurobio Ingen
CORIS BioConcept
Rapide (15 min), fiable et peu cher
Utilisable sur colonies isolées,
Impact clinique peu étudié
Wareham et al., J Clin Microbiol 2017Tests qPCR
Nombreux kits de détection des EPC sur colonies isolées (certains applicable sur
culots d’HC +, selles ou écouvillonnages rectaux)
>90%
Sekyere et al., J Appl Microbiol 2015Méthodes génotypiques (Tests syndromiques)
et méthodes phénotypiques précoce
Prélèvement Gram Culture Antibiogramme CMI
H0 H2-6 H24-48 H48-72 H72-96
MÉTHODES GÉNOTYPIQUES
Détection d’acides nucléiques
Nombre de cibles variables (>30)
A partir de colonies ou prélèvement direct
Utilisation de plus en plus facile
Interprétation clinique ?
MÉTHODES PHÉNOTYPIQUES Délai +/- long
PRÉCOCE (Sur prélèvements) Coût ++ (machine + kits)
Ne trouve que ce qu’on chercheMETHODES GENOTYPIQUES
approche syndromique
identification/détection des supports de résistance
Marquage CE-IVD et FDA
Marquage CE- IVD et
approbation FDA en coursMETHODES GENOTYPIQUES
approche syndromique
identification
Unyvero- Curetis
Semi quantitatif
Solutions non exhaustives: en cours de développementUnyvero
Sensibilité
différente selon
espèces
Evaluation semi-
quantitativeEtiologie/prévalence
Entérobactéries : groupe 3 714 16,6
• Unyvero® répond à 82,5% couverture étiologique + agents des pneumopathies
atypiques
• FilmArray® répond à 73,3% couverture étiologique+ agents des pneumopathies
atypiques + virus
• Performances fortement dépendantes de l’écologie locale
Réa RAISIN 2015METHODES GENOTYPIQUES
Détection des supports de résistance
Unyvero- Curetis (< 4 H) Panel respiratoire bas (en développement):
FilmArray® (< 1,5 H)
GENE RESISTANCE AGAINST
mecA/c, MREJ Oxacillin
Ctx-M 3rd generation
Cephalosporin
Kpc Carbapenem
Ndm Carbapenem
Oxa-48 Carbapenem
Vim Carbapenem
ndm Carbapenem
P. aeruginosa ou EntérobactériesFréquence des résistances aux principaux ATB chez les BGN
Prévalence de la résistance en France (réseau EARS-Net) en 2016
chez les souches invasives
Bactérie Prévalence de la résistance (%)
TZP C3G/CAZ FQ AG Carba Multiple*
E. coli (>11000) - 11,2 16,7 7,9 2500) - 28,9 27,7 26,2 0,4 21,3
P. aeruginosa (>1900) 17,4 11,3 13,6 10,7 15,6 10,6
Acinetobacter spp. (>400) - - 15,0 12,2 7,1 6,7
*Résistance multiple à : C3G + FQ + AG (E. coli, K. pneumoniae), ≥3 ATB (P. aeruginosa), FQ + AG + Carba (Acinetobacter spp.)
EARS-Net (ECDC), 2016Etude pilote : PAVM/Réa-méd Tenon
Evaluation des cassettes Unyvero P55 et HPN sur des aspirations bronchiques
des patients avec une PAVM clinique/radiologique suspectée
Nombre de patients= 16 Nombre de prélèvements= 17
Période: Fev-Mai 2017 (P55) et Mars-Avril 2018 (HPN)
Gold Standard: Culture quantitative (Seuil= 104 UFC/mL)
Performance de la détection bactérienne
Identification correcte Faux positif
Bactéries Unyvero + / Culture + Unyvero+/ Culture-
Se (%) Sp (%) VPP (%) VPN (%)
Bactéries à Gram Staphylococcus aureus 2/2 0 100 100 100 100
positif Streptococcus pneumoniae 1/1 1 100 94,1 50 100
S. marcescens 1/1 0 100 100 100 100
K. pneumoniae 1/1 0 100 100 100 100
Enterobacteriaceae E. coli 2/2 0 100 100 100 100
E. aerogenes 1/1 0 100 100 100 100
C. freundii 0 1 - 94,1 - 100
Bacilles à Gram P. aeruginosa 6/6 0 100 100 100 100
négatif non- S. maltophilia
fermentaires 0 2 - 88,2 - 100
Autres bactéries à H. influenzae 1/1 0 100 100 100 100
Gram négatif M. catarrhalis 0 1 - 94,1 - 100
Total 15/15 5 100 97,3 93,7 100Etude pilote : PAVM/Réa-méd Tenon
Evaluation des cassettes Unyvero P55 et HPN sur des aspirations
bronchiques des patients avec une PAVM clinique/radiologique suspectée
Nombre de patients= 16 Nombre de prélèvement= 17
Période: Fev-Mai 2017 (P55) et Mars-Avril 2018 (HPN)
Gold Standard: Culture quantitative (Seuil= 104 UFC/mL)
Performance de la détection de la résistance
Détection concordante de la résistance: Faux positifs: Se (%) Sp (%)
Unyvero (+) / Phénotype R (+) Unyvero (+) / Phénotype R (-)
mecA / SARM 1/1 0 100 100
ctx-m / E-BLSE 1/1 0 100 100
tem / E. coli 1/1 0 100 100
tem / H. influenzae 1/1 0 100 100
gyrA83 /
1/1 2 100 88,2
P. aeruginosa FQ (R)Méthodes phénotypiques précoce
(Directement sur prélèvements)
1: GallahS. et al. JCM 2014
2:Gallah S. et al. (2015) Résultats non publiés
3:Prod’hom G et al. NMNI 2015
4:Gallah S. et al. CMI 2017
Evaluation en cours par PHRC Randomized, open-labelled non-inferiority clinical trial involving an in vitro diagnostic medical device
Multicentre study : 23 centres (ongoing…)
Total number of expected inclusions : 646 patients
Total duration of the study : 27 months :
- Inclusion period : 24 months
- Participation duration for 1 patient : 3 months
Randomization :
- Control Group : De-escalation of the empirical antimicrobial therapy based on the results of the antibiotics
sensitivity tests
- Experimental Group : De-escalation of the empirical antimicrobial therapy based on the results of the
betaLACTA® testL’avenir: Séquençage à haut débit (NGS)
MinION = Séquenceur ADN/ARN en temps réel, portable, USB et peu cher
A. Picture of a MinION DNA sequencer (Oxford Nanopore Technologies).
B. Diagram showing the workflow of the MinION POC sequencing
system. The DNA being analyzed are sequenced and base-called
instantaneously. The sequence readouts are aligned to a gene profile
database in parallel
Li et al., SLAS Technol 2017Conclusions
• Augmentation de la prévalence des • Tests syndromiques en évaluation
infections à BGN multi-résistants • Tests rapides applicables directement sur
• Risque de traitement inapproprié associé à prélèvements (ex. respiratoires, urinaires et
une surmortalité hémocultures)
• FDR d’infection à BGN multi-résistants peu • Désescalade ou escalade précoce
discriminants • Essor de méthodes prometteuses sur
prélèvements (PCR digitale, NGS)Vous pouvez aussi lire
