Le microbiote français - Projet Le French Gut, LIVRET DE PRÉSENTATION - INRAE

La page est créée Patrick Ferreira
 
CONTINUER À LIRE
Le microbiote français - Projet Le French Gut, LIVRET DE PRÉSENTATION - INRAE
LIVRET DE PRÉSENTATION

            Projet Le French Gut,
    le microbiote français

UN PROJET
Le microbiote français - Projet Le French Gut, LIVRET DE PRÉSENTATION - INRAE
N
       otre microbiote : ces milliers de microorganismes vivant en
       communautés complexes, avec qui nous sommes en symbiose
       depuis notre naissance. Près de 50 000 milliards de bactéries sont
présentes dans nos intestins par exemple, ce qui représente environ 1kg par
individu ! Ce microbiote intestinal, constitué principalement de bactéries,
mais aussi d’archées, de champignons et de virus, joue un rôle décisif pour
plusieurs fonctions vitales de notre corps. Les recherches récentes à ce sujet
montrent bien à quel point la santé du microbiote influe sur la bonne santé
d’un individu. Une piste prometteuse pour le développement d’approches
innovantes en santé.

Le microbiote est très variable d’un individu à l’autre, même chez les
personnes en bonne santé. Donc pour comprendre plus finement les
interactions microbiote, alimentation et santé il est capital d’accroître le
nombre d’individus analysés, pour avoir une vision plus exhaustive de la
population.

Le projet Le French Gut, le microbiote français, initié par l’équipe
MetaGenoPolis (MGP), basée en Île-de-France, est un projet porté par INRAE,
en association étroite avec l’AP-HP et en collaboration et avec le soutien d’un
consortium de membres du milieu médical, scientifique, et industriel.

Le French Gut, s’inscrit dans un vaste projet international, le « Million
Microbiome of Humans Project » (MMHP). Ce projet MMHP réunit plusieurs
instituts de recherche à travers le monde (Karolinska Institute of Sweden,
Shanghai National Clinical Research Center for Metabolic Diseases in China,
University of Copenhagen, Denmark, Shenzhen BGI Research...), dont l’unité
MetaGenoPolis d’INRAE pour représenter la France.

L’objectif de MMHP ? Constituer la plus grande base de données mondiale de
microbiotes humains avec un million d’échantillons microbiens provenant
notamment des intestins, bouche, peau, appareil reproducteur. INRAE
est l’un des membres fondateurs du projet MMHP et apportera 100 000
métagénomes intestinaux français grâce au projet Le French Gut.

Cette banque permettra de caractériser les microbiotes de personnes en
bonne santé selon l’âge, le genre, la taille, le poids, etc., pour définir des
références, à l’image des analyses de sang.

Le French Gut contribuera donc significativement à l’une des plus grandes
bases de données du microbiote à l’échelle mondiale. Sa puissance
statistique devrait permettre d’explorer le potentiel du microbiote intestinal
pour prévenir et soigner de nombreuses maladies chroniques.

                                        2
Le French Gut - c’est quoi ?
       Un projet de recherche ambitieux et unique en France

Le French Gut est une contribution nationale              •   Modéliser et prévoir les changements du
sur le microbiote. Son ambition ? Cartographier               microbiote intestinal associés aux maladies.
et comprendre l’hétérogénéité des microbiotes                 Les scientifiques étudieront le lien entre
intestinaux sains français, les facteurs qui les              microbiote intestinal et maladies chroniques
impactent, ainsi que leurs déviations dans                    (diabète, obésité, cancer…), les troubles
les maladies chroniques. D’ici 2027, les selles               neurodéveloppementaux (autisme, bipo-
de 100 000 volontaires ainsi que les données                  larité...) et les maladies neurodégénératives
nutritionnelles et cliniques associées seront                 (notamment la maladie de Parkinson).
recueillies.                                              •   Décrire les variations du microbiote intesti-
Le projet inclut trois axes scientifiques :                   nal associées à la présence et au développe-

•   Cartographier le microbiote intestinal en
                                                              ment de certaines maladies. Notamment le
                                                              lien entre microbiote intestinal et désordres
    France, pour mieux définir la composition
                                                              fonctionnels : syndrome de l’intestin irritable,
    des microbiotes intestinaux sains et appro-
                                                              diabète, obésité, cancer, Parkinson, autisme,
    fondir les connaissances sur les liens entre
                                                              bipolarité.
    microbiote, alimentation et mode de vie.

                    Le French Gut - pour qui ?
      Penser la nutrition préventive et la médecine de demain

Le French Gut permettra, à partir de la connais-          du projet, réseaux sociaux dédiés, intervention
sance scientifique générée, d’aller vers une              des experts du projet dans les médias et
nutrition préventive personnalisée. Il ouvrira            organisation d’événements.
également la voie à des diagnostics et des thé-
                                                          Collectivités locales, mutuelles, pharmacies,
rapies innovantes, notamment dans le contexte
                                                          associations de patients, sociétés médicales
des maladies chroniques en augmentation
                                                          scientifiques… sont essentielles pour aider à
constante et incontrôlée depuis trois généra-
                                                          communiquer sur Le French Gut dans toutes
tions.
                                                          les régions de France, au plus près des Français.
Il permettra aussi de sensibiliser le grand public,
adultes et enfants, sur le microbiote et son lien
avec la santé et l’alimentation.
                                                          Comment devenir acteur
                                                          du projet French Gut ?
                                                          La participation est gratuite et ouverte à toute
Les réseaux grand public :
                                                          personne majeure volontaire résidant en France
clé de la réussite                                        métropolitaine (sous réserve d’éligibilité, actée
Plusieurs canaux seront utilisés afin de cibler           après l’analyse des résultats d’un questionnaire).
toutes les tranches d’âges des habitants                  L’inscription se fait sur le site internet Le French
résidant en France métropolitaine : site internet         Gut. Le remplissage d’un questionnaire et en-

                                                      3
suite un don de selles seront requis pour partici-         Toutes les données sont recueillies dans un
per au projet. Le questionnaire, préparé par nos           environnement sécurisé, certifié hébergeur de
scientifiques et médecins experts, permet d’en             données de santé. Les participants Le French
savoir plus sur les habitudes alimentaires et la           Gut auront accès à des résultats collectifs du
santé des volontaires, et de faire le lien avec leur       projet par des newsletters ainsi que l’opportuni-
microbiote intestinal. Les données seront trai-            té d’interagir avec des experts lors de webi-
tées dans un environnement sécurisé et certifié            naires dédiés.
(voir démarches d’accréditation plus bas) pour
l’hébergement des données personnelles.                    Il est aussi possible de soutenir le projet en
                                                           participant au financement par un don sur
  Site internet Le French Gut : lefrenchgut.fr             le site de la Microbiome foundation micro-
                                                           biome-foundation.org/formulaire- de-don/
                                                           don-projet-french-gut/

                                                           INRAE et la Microbiome foundation sont
                                                           engagés dans un partenariat pour accélérer la
                                                           recherche sur le microbiote intestinal.

             La vidéo Le French Gut
            youtu.be/USLO6VXhQ5s

                                                       4
Le parcours
du participant

                 Sur le site Le French Gut,
                                                          Répondez à un questionnaire
                 le bouton Participer au projet
                                                          de 10 minutes sur vos
                 vous permet de vous inscrire
                                                          habitudes alimentaires
                 en quelques clics. Vous recevez
                                                          et votre santé.
                 ensuite vos identifiants de
                 connexion par mail.

                 Utilisez vos identifiants pour vous       Vous recevez un kit de collecte
                 connecter à l'espace participant.        à domicile, avec sa notice
                 Nous vérifions votre éligibilité au       explicative qui vous guide à
                 moyen d'un court questionnaire.          chaque étape.

                 Lisez attentivement la note
                 d'information qui récapitule
                 le projet Le French Gut et
                                                          Une fois votre échantillon reçu
                 le traitement des données
                                                          et vérifié par le centre de collecte,
                 collectées. Nous recueillons
                                                          bienvenue, vous reioignez
                 alors votre consentement.
                                                          Le French Gut !
                 Vous restez libre de quitter
                 le projet à tout moment !

                                                      5
Le French Gut - par qui ?
         Un projet de recherche ambitieux et unique en France

Le French Gut, est un projet mené en partena-                  Le consortium Le French Gut rassemble actuel-
riat avec des institutions publiques et acteurs                lement 4 institutions publiques (INRAE, AP-HP,
privés, impliqués dans le domaine du micro-                    Inserm, AgroParisTech) et 10 partenaires privés.
biote. Ce grand projet s’aligne avec le concept
                                                               Le coût total du projet Le French Gut est actuel-
One health, une seule santé, et s’inscrit dans
                                                               lement estimé à environ 32 M€ sur 5 ans.
l’un des objectifs stratégiques INRAE 2030 qui
est de favoriser une approche globale de la
santé.

Intérêts scientifiques                                         Intérêts industriels
•   Cartographier le microbiote intestinal français ;          •   Innover en matière de nutrition et de médecine
•   Comprendre sa composition chez des personnes                   personnalisée ;
    en bonne santé ;                                           •   Disposer de futurs prébiotiques en complé-
•   Étudier l’effet du régime alimentaire ;                        ments et/ou traitements d’intérêt ;

•   Décrire les changements du microbiote intesti-             •   Créer un effet de levier pour les industries im-
    nal liés à l’émergence des maladies ;                          plantées en France ;

•   Prédire à partir des variations microbiologiques           •   Donner un accès privilégié à un réseau d’experts
    l’apparition de certaines maladies et essayer de               microbiote de renommée mondiale (KOL).
    les prévenir.

                            Calendrier des étapes du projet :
                            Démarrage phase pilote du projet : septembre 2022
                                   Objectif à 2023 : 3 000 participants
                                  Objectif à 2027 : 100 000 participants

                              INRAE, avec l’AP-HP, a initié toutes les démarches
                              pour mener cette recherche conformément aux
                              dispositions du Code de la santé publique pour les
                              recherches impliquant la personne humaine. L’étude
                              Le microbiote français - Le French Gut est enre-
                              gistrée auprès de l’ANSM sous le numéro IDRCB-
                              2021-A01439-32. Le dossier pour la phase pilote de
                              3 000 participants a reçu un avis favorable du CPP Sud
                              Est IV (n° 21.00225.000006). Une fois la phase pilote
                              bien avancée, une nouvelle demande permettra de
                              lancer la phase de recrutement des 100 000 partici-
                              pants. Un avis favorable de la Commission nationale
                              de l’informatique et des libertés (CNIL) a également
                              été reçu (n° DR-2022-141).

                                                           6
Des établissements français                          de ses implications pour la santé et la nutrition
                                                     est largement reconnue dans la communauté
qui allient leurs forces
                                                     scientifique internationale depuis 2010. Depuis
INRAE, l’Institut national de recherche pour         sa création en 2012, MetaGenoPolis a collaboré
l’agriculture, l’alimentation et l’environnement,    sur 236 projets de recherche dont 154 projets en
est un acteur majeur de la recherche et de           partenariat avec les industriels.
l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de
                                                     MGP a pour missions principales :
recherche finalisée issu de la fusion entre l’Inra
et l’Irstea, INRAE rassemble une communauté
                                                     •    d’accélérer la science du microbiote en
                                                          France et l’innovation dans le domaine de la
de 12 000 personnes, avec 273 unités de re-
                                                          santé et de l’alimentation ;
cherche, service et expérimentales implantées
dans 18 centres sur toute la France. L’institut se   •    de proposer des technologies performantes
positionne parmi les tout premiers organismes             et à haut débit pour analyser la diversité des
de recherche au monde en sciences agricoles               microbiotes complexes et les interactions
et alimentaires, en sciences du végétal et de             entre les bactéries intestinales et les cellules
l’animal, et en écologie-environnement. Il est            humaines ;
le premier organisme de recherche mondial            •    de collaborer avec les acteurs industriels
spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimen-           pour la transformation de leurs découvertes
tation-environnement ». INRAE a pour ambition             en produits et services liés à la santé, pour
d’être un acteur clé des transitions nécessaires          identifier et traiter pleinement les pistes vers
pour répondre aux grands enjeux mondiaux.                 de futures applications industrielles, pour
Face à l’augmentation de la population,                   aider à concevoir et conduire des projets
au changement climatique, à la raréfaction                scientifiques vers des applications.
des ressources et au déclin de la biodiversi-
                                                         Site internet MetaGenoPolis : www.mgps.eu
té, l’institut construit des solutions pour des
agricultures multiperformantes, une alimen-
tation de qualité et une gestion durable des
ressources et des écosystèmes.

                  www.inrae.fr

L’infrastructure
MetaGenoPolis / INRAE
                                                     L’AP-HP
MetaGenoPolis (MGP), une des 273 unités de
                                                     L’AP-HP (Assistance publique-Hôpitaux de
recherche d’INRAE, est experte en recherche
                                                     Paris), premier promoteur d’essai clinique en
sur le microbiote intestinal appliquée à la santé
                                                     Europe, apporte son soutien et son expertise
et à la nutrition humaine et animale, pour
                                                     méthodologique, réglementaire et logistique
accélérer la science et l’innovation. Financée
                                                     en matière de conduite de recherche en santé
par le Programme des investissements d’avenir
                                                     à INRAE, promoteur de Le French Gut.
(lauréat 2012 et 2019), MGP a été coordinateur
                                                     Le professeur Robert Benamouzig chef
de deux grands projets qui ont permis de faire
                                                     du service de gastro-entérologie et oncologie
avancer la science du microbiote : le projet
                                                     digestive de l’hôpital Avicenne AP-HP est l’in-
MetaHIT qui publie le premier catalogue de
                                                     vestigateur coordinateur du projet
gènes microbiens intestinaux humains et le
                                                     Le French Gut.
projet IHMS pour aider à normaliser l’analyse
de l’ADN microbien. L’excellence scientifique de     Premier centre hospitalier et universitaire
MGP dans l’analyse du microbiote intestinal et       (CHU) d’Europe, l’AP-HP et ses 38 hôpitaux sont

                                                     7
organisés en 6 groupements hospitalo-univer-                Ses cliniciens chercheurs signent chaque année
sitaires (AP-HP. Centre - Université Paris Cité ;           plus de 10 000 publications scientifiques et plus
AP-HP. Sorbonne Université ; AP-HP. Nord - Uni-             de 4 000 projets de recherche sont aujourd’hui
versité Paris Cité ; AP-HP. Université Paris Saclay ;       en cours de développement, tous promoteurs
AP-HP. Hôpitaux Universitaires Henri Mondor                 confondus. L’AP-HP a obtenu en 2020 le label
et AP-HP. Hôpitaux Universitaires Paris Seine-              Institut Carnot, qui récompense la qualité de
Saint-Denis) et s’articulent autour de 5 univer-            la recherche partenariale : le Carnot@AP-HP
sités franciliennes. Étroitement liée aux grands            propose aux acteurs industriels des solutions
organismes de recherche, l’AP-HP compte                     en recherche appliquée et clinique dans le
4 instituts hospitalo-universitaires d’envergure            domaine de la santé. L’AP-HP a également créé
mondiale (ICM, ICAN, IMAGINE, FOReSIGHT)                    en 2015 la Fondation de l’AP-HP qui agit en lien
et le plus grand entrepôt de données de santé               direct avec les soignants afin de soutenir l’orga-
(EDS) français. Acteur majeur de la recherche               nisation des soins, le personnel hospitalier et la
appliquée et de l’innovation en santé, l’AP-HP              recherche au sein de l’AP-HP.
détient un portefeuille de 650 brevets actifs.                               www.aphp.fr

Les scientifiques impliqués
                Dr Joël Doré,
                Directeur scientifique du projet Le French Gut

                  Le Dr. Joël Doré, agronome de formation, travaille sur le microbiote intestinal et
               la santé depuis le début de sa carrière de chercheur. Il est directeur de recherche à
             l’Institut national de la recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
         (INRAE) au sein des unités Micalis et MetaGenoPolis. Il est également le directeur
scientifique du laboratoire INRAE MetaGenoPolis (MGP) qui étudie l’impact de l’alimentation sur
le microbiote intestinal (humain et animal), et l’impact de ce dernier sur la santé et la maladie.
Joël Doré coordonne d’ambitieux projets comme le projet ERC-advanced Homo symbiosus d’une
durée de 5 ans et d’un montant de 2,5 millions euros.

                     Pr Robert Benamouzig,
                       Médecin investigateur du projet Le French Gut

                        Le Pr. Robert Benamouzig est le chef du service de gastro-entérologie et
                       oncologie digestive de l’hôpital d’Avicenne AP-HP à Bobigny. Il est également
                    responsable du Centre de recherche en nutrition humaine d’Île-de-France et
                 enseignant à l’université Sorbonne Paris Nord. Le Pr. Robert Benamouzig est
            spécialiste des organes du tube digestif : œsophage, estomac, intestin, voies biliaires
et pancréas. Il est très impliqué dans la recherche et est notamment coordinateur de l’étude
AAS Lynch, essai clinique multicentrique national de phase 3, mené dans une quarantaine
d’établissements français. Il vise à recruter 852 patients âgés de 18 à 75 ans atteints du syndrome
de Lynch pour étudier l’efficacité de l’aspirine à faible dose dans la prévention de l’apparition ou des
récidives d’adénomes colorectaux.

                                                        8
Partenaires                              de l’Université Paris-Saclay et        pour vocation l’étude de toutes les
                                         membre fondateur de ParisTech et       maladies, des plus fréquentes aux
publics                                  Agreenium.                             plus rares.
                                                                                De nombreuses études pointent
                                               www.agroparistech.fr             le microbiome comme élément

                                         « Au regard de la santé humaine,       essentiel associé à la santé ou à des
                                                                                pathologies, ce qui a notamment
                                         les enseignements portés par
AgroParisTech est l’institut national                                           justifié le lancement en 2016 par
                                         AgroParisTech et les recherches
des sciences et industries du vivant                                            l’Inserm d’un programme scien-
                                         qui y sont menées s’intéressent à
et de l’environnement, sous tutelle                                             tifique interne dédié. Pour établir
                                         l’impact de l’alimentation et de
du ministère de l’Agriculture et de                                             ces associations, les cohortes repré-
                                         l’environnement sur la santé des
la Souveraineté alimentaire. Acteur                                             sentent une ressource essentielle.
                                         individus, ainsi qu’aux applica-
de l’enseignement supérieur et de                                               Ainsi dans son rôle clé de pilote de
                                         tions des technologies et des
la recherche, ce grand établisse-                                               l’entité « France Cohortes », l’Inserm
                                         biotechnologies en relation avec
ment de référence au plan interna-                                              a soutenu le développement de
                                         la santé. Acteur des transitions,
tional s’adresse aux grands enjeux                                              compétences en data science,
                                         notre établissement dispose d’une
du 21e siècle : nourrir les hommes en                                           en expertise juridique et régle-
                                         réelle expertise sur l’impact de la
gérant durablement les territoires,                                             mentaire indispensables au bon
                                         transition protéique sur la santé
préserver les ressources naturelles,                                            fonctionnement de cohortes et à
                                         humaine et sur le microbiote
favoriser les innovations et intégrer                                           la standardisation des données de
                                         intestinal. Il était donc naturel de
la bioéconomie.                                                                 santé produites.
                                         rejoindre le consortium Le French
En s’appuyant sur la recherche et                                               C’est par son apport dans ces
                                         Gut qui vise à approfondir les
sur ses liens étroits avec les milieux                                          métiers spécifiques que l’Inserm
                                         connaissances sur les liens entre
professionnels, l’établissement                                                 contribue au projet ambitieux Le
                                         microbiote, alimentation et mode
forme des cadres, ingénieurs, doc-                                              French Gut : savoir collecter, stocker,
                                         de vie. » Laurent Buisson, directeur
teurs et décideurs, dans le domaine                                             structurer, harmoniser et analyser
                                         général d’AgroParisTech
du vivant et de l’environnement, en                                             les données et les échantillons
déployant un cursus ingénieur, une                                              biologiques est crucial pour le dé-
offre de master et une formation                                                ploiement de ce projet dont la mise
doctorale en partenariat avec de                                                en œuvre se fera dans le cadre d’un
grandes universités françaises et                                               programme de recherche national
étrangères, ainsi qu’une gamme de                                               copiloté par l’Inserm et INRAE.
formation professionnelle continue                                              À terme les collaborations entre les
sous la marque « AgroParisTech                                                  équipes de French Gut et France
Executive ». Implantée sur 8 sites en                                           Cohortes contribueront à une
France métropolitaine et Outre-          Créé en 1964, l’Institut national de   meilleure compréhension des inte-
mer, AgroParisTech développe une         la santé et de la recherche médi-      ractions entre le microbiome et son
stratégie d’alliances au niveau ter-     cale (Inserm) est un établissement     hôte, et à proposer des opportuni-
ritorial par le biais de partenariats    public à caractère scientifique        tés d’interventions préventives ou
étroits avec les universités locales     et technologique, placé sous la        thérapeutiques en santé humaine.
et leurs initiatives d’excellence.       double tutelle du ministère de
                                         lʼEnseignement supérieur, de la                  www.inserm.fr
L’établissement se structure en 22
unités de recherche dont une unité       Recherche et de lʼInnovation et
de recherche et développement,           du ministère des Solidarités et de
une ferme expérimentale, une halle       la Santé. L’Inserm est le seul orga-
technologique, quatre tiers-lieux        nisme public français dédié à la
ouverts dits « InnLab » et compte        recherche biologique, médicale et
plus de 3000 étudiants et 280            à la santé humaine. Il se positionne
enseignants, chercheurs et ensei-        sur l’ensemble du parcours allant
gnants-chercheurs. AgroParisTech         du laboratoire de recherche au
est une grande école composante          lit du patient. Ses chercheurs ont

                                                          9
Partenaires                              sur les 5 continents, unis par des
                                         valeurs pasteuriennes communes,
                                                                                Erik Eckhardt, directeur Recherche
                                                                                et Développement Adare Biome
privés                                   qui contribuent à l’amélioration de
                                         la santé humaine.
                                         Les équipes de l’Institut Pasteur
                                         partageront leurs expertises en
                                         microbiologie, en infectiologie et
Fondation reconnue d’utilité             en immunologie des muqueuses
publique, créée par décret en            afin de mieux comprendre le rôle       Biocodex est une société pharma-
1887 à l’initiative de Louis Pasteur,    des différents types de microbiotes    ceutique française familiale dont le
l’Institut Pasteur est aujourd’hui un    sur la santé des porteurs.             siège se situe en région parisienne.
centre de recherche biomédicale                                                 La société a été fondée en 1953
de renommée internationale. Pour                  www.pasteur.fr                autour du développement et de la
mener sa mission dédiée à la lutte                                              commercialisation de la première
contre les maladies, en France et                                               souche de levure probiotique
dans le monde, l’Institut Pasteur                                               médicament au monde, Saccha-
développe ses activités dans                                                    romyces boulardii CNCM I-745,
quatre domaines : recherche, santé                                              découverte en 1923. Depuis,
publique, formation et dévelop-                                                 Biocodex est passé de pionnier à
pement des applications de la                                                   acteur international majeur dans le
recherche. Leader mondial recon-                                                domaine des microbiotes. Par
nu dans le domaine des maladies          Adare Biome est une division           ailleurs, le centre de R&D Biocodex
infectieuses, de la microbiologie et     d’Adare Pharma Solutions, un           a concentré ses activités de
de l’immunologie, l’Institut Pasteur     CDMO global axé sur la techno-         recherche sur le système nerveux
se consacre à l’étude de la biologie     logie. Adare Biome est basé à          central et développé un médica-
du vivant. Ses travaux portent           Houdan sur un site pharmaceu-          ment antiépileptique orphelin,
ainsi sur les maladies infectieuses      tique GMP dédié à la fermentation      Diacomit®. Fin 2019, Biocodex a
émergentes, la résistance aux            microbienne.                           poursuivi sa diversification avec
antimicrobiens, certains cancers,        En tant que pionnier des postbio-      l’acquisition des laboratoires Iprad,
les maladies neurodégénératives et       tiques, Adare Biome révolutionne       spécialisés dans la santé de la
les pathologies de la connectivité       la santé en offrant des solutions      femme.
cérébrale. Pour renforcer l’excel-       postbiotiques de haute qualité à       Biocodex se développe ainsi autour
lence de ses recherches, l’Institut      travers sa plateforme technolo-        de trois piliers :
Pasteur dispose et développe un          gique microbienne.                     • les microbiotes, pour sensibi-
environnement technologique                                                      liser le grand public ainsi que
                                                  adarebiome.com
de très haut niveau, comme en                                                    les professionnels de santé à
nano-imagerie ou en biologie             « En tant que pionnier des              l’importance du microbiote ; faire
computationnelle et intelligence         postbiotiques et fournisseur de         progresser la découverte scienti-
artificielle. Depuis sa création,        solutions pour la santé digestive       fique sur le microbiote en finan-
10 chercheurs travaillant au sein        tel que Lactéol, Adare Biome est        çant la recherche universitaire ;
de l’Institut Pasteur ont reçu le prix   enthousiaste de participer au pro-      fournir des solutions préservant
Nobel de médecine, les derniers en       jet French Gut. Cet immense projet      l’équilibre du microbiote avec le
2008 à titre de reconnaissance de        va mettre en lumière le rôle du         médicament probiotique unique
leur découverte en 1983 du virus de      microbiote intestinal dans la santé     Saccharomyces boulardii CNCM
l’immunodéficience humaine (VIH)         humaine et nous permettra de            I-745, innover avec la gamme
responsable du sida.                     développer de nouvelles solutions       Symbiosys et investir très tôt dans
Depuis le 1er juillet 2021, l’Institut   nutritionnelles afin de renforcer le    les entreprises en développe-
Pasteur est un organisme de              microbiote. Nous sommes heureux         ment ;
recherche partenaire d’Université
Paris Cité.
                                         et fiers de prendre part à cette       • les maladies orphelines, au
                                         aventure et sommes impatients           service des patients atteints de
L’Institut Pasteur est un des            d’échanger avec les scientifiques       pathologies orphelines graves.
membres du Pasteur Network, un           issus du monde universitaire et les     Diacomit® est indiqué dans
réseau mondial de 33 membres
                                         partenaires industriel. »               le traitement du syndrome de

                                                         10
Dravet, une forme d’épilepsie de      Depuis 20 ans, Biofortis apporte            microbiome. » Benoit Fouchaq,
 l’enfant rare et très sévère ;        son expertise scientifique, régle-          président et Françoise Le Vacon,
• la santé de la femme avec la         mentaire et clinique aux indus-             chief scientific officer
 marque Saforelle, dédiée aux          tries du secteur agroalimentaire,
 femmes de tous âges.                  biotechnologique, pharmaceutique
                                       et les académiques dans leurs
         www.biocodex.fr               projets d’innovation. Forte de ses

« Depuis sa création, Biocodex se      90 collaborateurs, l’équipe présente
                                       à son actif plus de 500 projets, 250
consacre à la recherche sur les mi-
                                       essais cliniques gérés full service en
crobiotes et les probiotiques. Nous
                                       France, en Europe et à l’interna-
avons à cœur de faciliter l’accès à
                                       tional.
la recherche, repousser les limites
                                       Du schéma de l’étude au rendu du
de nos connaissances, favoriser                                                    Danone Nutricia Research est
                                       rapport d’analyse, Biofortis assure
la diffusion de celles-ci auprès                                                   l’organisation mondiale de
                                       la gestion complète des essais
des professionnels de santé et                                                     recherche et d’innovation de
                                       cliniques sur des études mono-
du grand public. C’est pourquoi,                                                   Danone. Nos 2 principaux centres
                                       ou multicentriques pour évaluer
en 2016, nous créons la Biocodex                                                   de R&I sont situés à Paris-Saclay
                                       l’efficacité, la sécurité et la tolérance
Microbiota Foundation et le                                                        (France) et Utrecht (Pays-Bas), avec
                                       des produits dans le secteur de la
Biocodex Microbiota Institute.                                                     d’autres équipes de recherche
                                       nutrition.
Notre participation à l’élabora-                                                   situées dans le monde entier.
                                       Pionnier dans l’analyse du micro-
tion de la métabase de données                                                     Nous sommes représentés par des
                                       biome, Biofortis accélère les projets
générée par le projet Le French                                                    scientifiques, des nutritionnistes,
                                       de développement grâce à des
Gut constitue une opportunité                                                      des technologues de produits et de
                                       experts et des outils performants :
exceptionnelle sur le plan R&D.                                                    nombreux autres spécialistes. Chez
                                       de la fabrication de kits, de la
Celle-ci nous aidera à identifier                                                  Danone, nous sommes convaincus
                                       collecte de selles, de la logistique,
de nouveaux biomarqueurs, à éla-                                                   que l’alimentation joue un rôle
                                       du séquençage haut débit ou de
borer des outils diagnostiques et                                                  essentiel pour la santé tout au long
                                       l’analyse métagénomique jusqu’à
à proposer demain des solutions                                                    de la vie.
                                       l’analyse des données. Cette plate-
thérapeutiques par approche
                                       forme microbiome associée à un                       www.danone.com
personnalisée. Le partenariat avec
                                       laboratoire central de biologie ana-
le projet Le French Gut est pour
                                       lyse plus 360 paramètres dont des           « Le microbiome intestinal est au
nous une évidence et un aboutis-                                                   cœur de l’histoire de Danone, qui a
                                       biomarqueurs de l’hôte associés au
sement. Il s’inscrit dans la droite                                                été fondé il y a un peu plus de 100
                                       microbiome.
ligne de ce qui anime nos équipes                                                  ans sur ce concept révolutionnaire
                                       Biofortis bénéficie également
depuis de nombreuses années :                                                      de l’époque : les aliments fermen-
                                       d’une force interne Bio-IT et Data
mettre la science au service de                                                    tés et les bactéries bénéfiques
                                       Sciences dédiée aux projets d’ana-
nos patients. » Marie-Emmanuelle                                                   qu’ils contenaient pouvaient cibler
                                       lyse de données multivariés avec
Le Guern , vice-présidente R&D                                                     l’intestin pour apporter la santé à
                                       une approche innovante d’intelli-
Biocodex                                                                           tous. Être membre du consortium
                                       gence artificielle.
                                                                                   Le French Gut s’inscrit dans la
                                                 www.biofortis.fr                  continuité de notre stratégie de

                                       « Pionnier dans l’étude du mi-              recherche visant à mieux identifier
                                                                                   les interactions entre la santé
                                       crobiote intestinal depuis 15 ans,
                                                                                   humaine et le microbiome intes-
                                       nous soutenons et participons
                                                                                   tinal par le biais de l’alimentation.
                                       activement depuis sa genèse à ce
                                                                                   Comprendre de telles interactions
                                       projet national sans précédent.
                                                                                   est une étape importante vers
                                       Les données collectées vont per-
                                                                                   le développement futur d’une
Biofortis, CRO full service unique,    mettre de connaître le microbiote
                                                                                   alimentation plus personnalisée,
conduit des essais cliniques en        de la population française. Ces
                                                                                   et de probiotiques et prébiotiques
nutrition, propose des études sur le   nouvelles connaissances vont
                                                                                   de précision. »
microbiome et assure l’analyse des     définir des référentiels pertinents
                                                                                   Raish Oozeer, directeur Danone
données pour la santé humaine et       pour les études cliniques que nous
                                                                                   Nutricia Research
animale.                               conduisons avec investigation du

                                                         11
avec un éventail de solutions de
                                                                               marque, des conseils scientifiques,
                                                                               des études cliniques et bien plus
                                                                               encore.
                                                                               Nous explorons inlassablement le
GMT Science rend l’évaluation du        Les microorganismes sont des
                                                                               potentiel de la biotransformation
microbiote intestinal disponible au     vecteurs d’évolution invisibles,
                                                                               microbienne, une ressource de
laboratoire de biologie médicale,       facilitant notre mobilité, nous
                                                                               transformation inexploitée, dans
afin d’offrir au médecin des            aidant à nous protéger des
                                                                               le but de proposer des solutions
analyses de routine robustes et         maladies et à nous adapter à un
                                                                               naturelles, durables et efficaces.
fiables, aux standards de la biologie   environnement en constante
                                                                               Chez Gnosis, nous utilisons le vivant
médicale, qui lui permettent de         évolution. Chez Gnosis by Lesaffre,
                                                                               au service de la prospérité de notre
tenir compte de l’état du micro-        les microorganismes font partie
                                                                               planète et de ses habitants.
biote intestinal dans la prise en       intégrante de nos effectifs.
charge clinique de ses patients.        Nous mettons à profit leur pouvoir           gnosisbylesaffre.com
GMT Science est une jeune               de biotransformation comme
entreprise innovante française,         la fermentation, pour dévelop-
                                                                               « Pour Gnosis by Lesaffre, les
                                                                               probiotiques, qu’ils soient levures
experte de l’analyse des métagé-        per des actifs nutritionnels, des
                                                                               ou bactéries, sont un pilier des
nomes microbiens grâce à ses            probiotiques, ainsi que des levures
                                                                               solutions pour la santé et la nu-
outils bioinformatiques et              nutritionnelles qui contribuent
                                                                               trition humaine. En se dotant ces
biostatistiques, et à ses bases de      à apporter des bénéfices pour
                                                                               dernières années d’équipements
données propriétaires. Les              la santé et le bien-être des êtres
                                                                               comme les simulateurs gastro-
solutions développées par GMT           humains. Nous nous efforçons de
                                                                               intestinaux TIM et SHIME, le
Science pour la mesure de la            créer un monde qui bouge mieux,
                                                                               Groupe Lesaffre a placé l’étude du
richesse du microbiote intestinal,      digère mieux, vieillit mieux, se
                                                                               microbiote intestinal au cœur de
des espèces qui le composent et         sent mieux et, in fine, vit mieux
                                                                               ses activités de recherche et dé-
de ses capacités fonctionnelles,        grâce aux microorganismes et à la
                                                                               veloppement. Le projet Le French
sont marquées CE comme                  biotransformation.
                                                                               Gut est ainsi une opportunité pour
dispositifs médicaux de diagnostic      Nous nous appuyons sur nos exper-
                                                                               Gnosis by Lesaffre de renforcer son
in vitro. La R&D de GMT Science est     tises en recherche et application,
                                                                               engagement sur ce thème en ap-
d’une part consacrée à la               sur des normes réglementaires et
                                                                               portant son soutien à la recherche
stratification de ces mesures au        de qualités strictes, ainsi que sur
                                                                               fondamentale menée par des
sein de la population générale, et      des procédures robustes de valida-
                                                                               experts de renommée mondiale
d’autre part à l’identification de      tion clinique, pour concevoir des
                                                                               autour de ce microbiote intestinal,
signatures microbiomiques               solutions efficaces destinées aux
                                                                               sa diversité, et les facteurs qui
associées à certaines situations        marchés du bien-être et de la santé
                                                                               l’influencent. Gnosis by Lesaffre
pathologiques, et à leur développe-     immunitaire, de la digestion et de
                                                                               confirme ainsi son engagement
ment en analyses de biologie            la santé intestinale, de la mobilité
                                                                               pour une meilleure compréhen-
médicale spécifiques.                   et de la santé des articulations,
                                                                               sion du fonctionnement du micro-
                                        de la reproduction et de la santé
              gmt.bio                                                          biote intestinal au sein du corps
                                        féminine, ainsi que de l’humeur et
                                                                               humain. » Dr Bertrand Rodriguez,
« Afin de développer des outils         de la santé cognitive. Nos procédés
                                                                               Biotic innovation team leader,
d’analyse du microbiote perfor-         sont reproductibles, fiables et soi-
                                        gneusement étudiés, de manière         Gnosis by Lesaffre
mants, à usage médical, GMT
Science doit s’appuyer sur des pro-     à préserver une uniformité et une
fils métagénomiques de grande           qualité inégalées de nos produc-
qualité technique, associés à des       tions industrielles.
métadonnées précises. Participer        Nous collaborons avec des
au projet Le French Gut permettra       marques nutraceutiques et phar-
à GMT Science d’avoir accès à de        maceutiques afin de mettre au
telles données et ainsi d’accélé-       point des produits qui changent
rer considérablement sa R&D. »          la donne et sont bénéfiques pour       Pionnier de la biotechnologie
Étienne Formstecher, CEO, GMT           leurs clients. Nous instaurons         végétale à sa création en 1992,
Science                                 de véritables partenariats avec        GREENTECH développe et produit
                                        nos clients, les accompagnant          pour la cosmétique, la pharmacie

                                                        12
et la nutraceutique des ingrédients        probiotiques, prêtes à être             « Décrire et comprendre le rôle
de haute technologie, issus des            commercialisées ou personnalisées,      clé des microorganismes sur la
mécanismes profonds des plantes,           ciblent des populations et des          santé est au cœur de l’ADN de
algues, micro-algues et micro-or-          segments santé spécifiques,             Lallemand health solutions, et
ganismes sourcés dans le monde             notamment la santé intestinale,         c’est avec ce même élan que nous
entier.                                    les défenses naturelles, la santé       avons rejoint ce projet citoyen
À la croisée des mondes,                   mentale, la santé des femmes, la        ambitieux de cartographies des
GREENTECH est en perpétuel                 santé de la peau, la santé bucco-       microbiotes intestinaux des Fran-
mouvement : du cœur de la plante           dentaire, le sport et le métabolisme.   çais. Cette nouvelle « encyclopé-
au cœur de la peau, d’une science          Les probiotiques sont fabriqués         die » ouvrira un champ immense
à l’autre, de la terre à la mer, et d’un   dans des usines de pointe certifiées    de perspectives d’explorations du
continent à l’autre, elle produit          par les plus hauts standards de         potentiel du microbiote pour aider
grâce à ses technologies de pointe         qualité dans ce domaine.                la recherche internationale sur des
des actifs cosmétiques mimant les          Plus de 600 formules probiotiques
                                                                                   nouvelles solutions santé. »
mécanismes profonds de la nature           produites par LHS pour ses clients
                                                                                   Sylvie Binda, vice-présidente R&D
pour les appliquer à ceux de la            sont actuellement commercialisées
                                                                                   Lallemand health solutions
peau, et les réguler efficacement.         dans plus de 60 pays à travers
Les résultats se lisent en surface, la     les 5 continents.
peau est visiblement plus belle.           LHS possède le contrôle et
                                           l’expertise pour produire des
         www.greentech.fr
                                           solutions probiotiques haut de
« Une belle initiative que la              gamme, des mélanges et des
constitution du projet Le French           formulations personnalisées.
Gut pour que la France rayonne             En effet, chaque étape du
mondialement dans les applica-             développement d’un produit,
tions industrielles et médicales           du laboratoire jusqu’aux points         Fondée en 2019 par Chrystèle et
de la science du microbiote. La            de vente, est soutenue par des          Pierre Cressard, Nahibu est une
connaissance du microbiote et de           équipes internes expérimentées          société française experte dans
ses interactions avec la physiolo-         en assurance qualité, affaires          l’analyse du microbiote intestinal.
gie animale permettra de grandes           réglementaires, recherche               Nahibu propose un kit d’analyse du
avancées dans le domaine de la             et développement, affaires              microbiote à destination du grand
santé animale. Les résultats des           scientifiques, support technique,       public, disponible en ligne sur
travaux du projet Le French Gut            ainsi que ventes et marketing.          www.nahibu.com mais également
devraient permettre une ouver-             L’Institut Rosell® pour le              dans certains points de vente en
ture du carcan réglementaire et,           microbiome et les probiotiques,         France et à l’étranger. L’analyse du
par la suite, un développement             qui est le centre de recherche          microbiote intestinal proposée par
de solutions thérapeutiques                et développement de LHS, se             Nahibu répond aux plus hautes
salvatrices pour de nombreux pa-           spécialise, entre autres, dans la       exigences de qualité et aux
tients en souffrance. » Jean-Yves          recherche sur le microbiome             standards internationaux de
Berthon, CEO GREENTECH SA                  humain et le rôle clé des               métagénomiques (IHMS). Les
                                           compléments probiotiques                résultats de cartographie et de
                                           sur la santé en travaillant en          potentiels fonctionnels du
                                           collaboration avec un large             microbiote sont accompagnés de
                                           réseau d’institutions et d’experts      conseils alimentaires personnalisés,
                                           reconnus internationalement. Ces        disponibles en ligne sur une
                                           20 dernières années, les souches        application pensée pour vulgariser
                                           probiotiques de Lallemand health        la compréhension de notre second
Lallemand Health Solutions (LHS)           solutions ont été étudiées dans         cerveau. Au-delà du test du
est un fabricant de probiotiques           plus de 160 études cliniques et         microbiote, Nahibu offre égale-
intégré verticalement et spécialisé        études précliniques ayant mené          ment la possibilité à ses utilisateurs
dans la recherche, le développe-           à la publication de plus de 330         de poursuivre leur parcours par
ment, la production et la commer-          articles scientifiques.                 une consultation diététique avec
cialisation de levures et bactéries                                                l’un de ses 500 affiliés profession-
                                           lallemand-health-solutions.com/fr
probiotiques. Ses formulations                                                     nels de santé, formés au microbiote

                                                           13
intestinal. En 2022, Nahibu utilise    issus d’univers aussi variés que     l’avenir de la santé humaine. Notre
son expertise du microbiote            l’industrie, la médecine ou la       mission est d’identifier les meilleurs
intestinal pour lancer Baiotiku, sa    recherche, concrétise notre          projets de recherche et de les trans-
propre marque de probiotiques.         engagement au service de la          former en entreprises de biotech-
Nahibu contribue par son expertise     science et du progrès. »             nologie qui apporteront des
à faire progresser la science du       Pierre Cressard, président de        solutions de santé innovantes sur le
microbiote à travers son engage-       Nahibu                               marché. Notre ambition est de
ment scientifique ainsi que                                                 contribuer à l’émergence de
plusieurs études cliniques en cours,                                        champions mondiaux dans chaque
notamment sur les liens entre la                                            segment thérapeutique pour
performance sportive et le                                                  lequel la santé par le microbiome
microbiote intestinal.                                                      fait sens.

         www.nahibu.com                                                            www.nexbiome.com

« Nous sommes immensément              Nexbiome Therapeutics est le
                                                                            « En tant que premier incuba-
fiers de contribuer à l’initiative     premier incubateur privé
                                                                            teur privé du microbiote théra-
de Le French Gut. S’associer à Le      d’entreprises de biotechnologie du
                                                                            peutique, Nexbiome ne pouvait
French Gut, c’est faire progresser     microbiome. Nous définissons le
                                                                            faire autrement que de rejoindre
la connaissance du microbiote          microbiome comme un écosys-
                                                                            Le French Gut, pour soutenir
intestinal, et ainsi, découvrir de     tème de microorganismes dont la
                                                                            la recherche française dans ce
nouveaux territoires dans la           composition prédispose à la santé
                                                                            domaine et contribuer à créer des
nutrition, le bien-être et la santé.   ou à la maladie. Par conséquent,
                                                                            biotechs leaders mondiales dans
                                       nous sommes convaincus que le
La perspective de faire avancer                                             ce domaine. »
la recherche de façon concrète,        microbiome représente le réservoir
                                                                            Stanislas Desjonquères, CEO
aux côtés d’illustres partenaires      de solutions thérapeutiques pour

                                                      14
CONTACTS PRESSE
frenchgut-presse@inrae.fr
      presse@inrae.fr
  service.presse@aphp.fr

   Conception & Réalisation : Studio graphique

                      15
    INRAE - Direction de la Communication
UN PROJET
Vous pouvez aussi lire