POINTS SUR LES TEST BIOLOGIQUES SARS-COV-2/COVID-19 - 29 AVRIL 2020

Points sur les test biologiques
 Sars-CoV-2/Covid-19
 29 avril 2020

Point sur les tests : Rappels
 Les effets biologiques du Sars-CoV-2 dans l’organisme : La production
 d’anticorps (Ac).

 • IgM précoce dès J5, détectable dès J7
 pendant 7 semaines
 • Ensuite IgG vers J14 (mais parfois en
 même temps que IgM tardifs) mais
 persiste au-delà de 7 semaines
 • Il y a aussi production d’IgA
 • Si cas sévères il y a plus d’Ig
 • Par contre cinétique IgM/IgG mal connue
 cas asymptomatiques ou
 paucisymptomatiques
 • La protection vient des Ac neutralisants,
 mais pas caractérisés pour le moment
 • Donc immunité oui très probablement,
 mais si production d’Ac neutralisants
 suffisante et durable dans le temps
 • Pas de « Passeport sérologique » possible
 pour le moment

Point sur les tests : Rappels
 Les effets biologiques du Sars-CoV-2 dans l’organisme : L’excrétion du virus
 ARN et antigènes

 • Excrétion précoce 1 à 2 jours avant
 début des symptômes
 • Excrétion maximale à J7-J8
 • Persistance jusqu’à J7-J12 chez cas
 modérés et jusqu’à J14 pour cas graves
 au niveau des espaces naso-pharyngés
 (mais plus longue dans les
 expectorations)
 • Excrétion également dans les selles, dans
 le sang et la salive
 • Idem si cas pauci ou asymptomatiques
 • ATTENTION : excrétion d’ARN viral
 n’équivaut pas directement à
 l’infectiosité

Diagnostics biologiques de l’infection
  Le diagnostic biologique d’une infection par la Sars-CoV-2, à l’origine de la
 maladie covid-19 (19 pour 2019 ), passe par la :

Détection de l’excrétion du virus lui-
 Détection d’anticorps dirigés contre le
même (mais pas forcément actif) par
 virus (test sérologique) :
la mise en évidence de :
  son ARN viral  IgM détectables chez certains
 patients dès 7 jours et pendant 7
  ses antigènes viraux
 semaines
 détection peu
 performante  IgG détectables un peu plus tard
 que IgM à 14 jours mais parfois
 concomitant et pendant au moins 7
 semaines mais on ne sait pas
 (encore) au-delà…
  On ne recherche pas les IgA

RT-PCR (reverse transcriptase -
 polymerase chain reaction)
 Technique : amplification de matériel génétique et détection d’au moins deux
 cibles (en cas de résultats discordants entre les différentes cibles du test, la
 réalisation d’un nouveau test sur un nouveau prélèvement est requise)
 Prélèvement : prélèvement de salive ou de sécrétions des voies aériennes effectué
 le plus souvent au niveau des fosses nasales ou des voies respiratoires
 Temps d’obtention du résultat : entre 3 à 6 heures
 Résultats qualitatifs (présence ou absence du virus, mais pas forcément
 infectants…)
 Risque de faux négatif dépendant de la qualité du prélèvement, de la charge virale
 et de l’évolution individuelle

 Il existe une forte tension sur la maîtrise des flux des
 réactifs et consommables, Taq polymérase et réactifs de
 RT-RC, kits/réactifs d’extractions, écouvillons, milieux de
 transports et matériel de protection, etc…

Tests sérologiques de type Elisa
 (enzyme-linked immunosorbent assay)
 Technique : automatisable
 Prélèvement : sang veineux
 Temps d’obtention du résultat : 1 à 5 heures
 Résultats soit qualitatifs soit quantitatifs
 Les cibles virales utilisées dans les tests sérologiques pour détecter les
 IgM/IgG, deux protéines sont fréquemment utilisées : la protéine S (spike),
 protéine de surface du virus permettant l’interaction (via son domaine RBD)
 et la fusion avec la cellule cible et la protéine N (protéine de la
 nucléocapside, interne au virus).

Test sérologique TDR, TROD et autotest

 Technique : généralement immunochromatographiques
 Prélèvement : sang capillaire
 Temps d’obtention du résultat : 10 à 30 minutes
 Résultats qualitatifs (en général)

 Mais attention aux faux négatifs liés à la limite de détection
 de ces tests unitaires.

Tests sérologiques quantifiant les Ac
 neutralisants (actifs et efficaces contre le
 virus)
 Prélèvement : sang veineux
 Temps d’obtention du résultat : 3 à 5 jours
 Résultats soit qualitatifs soit quantitatifs

Interprétation des résultats des tests
 sérologiques
 Les tests doivent être pratiqués à partir de la deuxième semaine suivant
 l’apparition des symptômes

 Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer si la
 personne est contagieuse ou pas. En effet, la
 séroconversion ne s’accompagne pas d’une baisse de la
 charge virale. Il n’y a pas de corrélation établie entre
 production d’anticorps et présence du virus infectieux.

Validation des Tests
  Dispositifs médicaux de diagnostic in vitro (DM-DIV) et obligation de marquage
 CE, mais dérogation possible depuis le 15 avril 2020

RT-PCR Tests sérologiques

  38 kits remboursables par la Sécu mais  Pas de remboursement pour le moment
 seulement 9 validés par le Centre (mais cela va changer…)
 national de référence (CNR) français.
 Les autres juste marquage CE  Aucune validation de la part du CNR
  Il existe au 22 avril 278 tests PCR  Elisa, TDR et TROD le marquage CE est
 commercialisés dans le monde. octroyé par automarquage par le
 fabricant (et arrêté ministériel pour
 réalisation des TROD en dehors des EBM)
  Autotests pourront être vendus en
 officine, après obtention du marquage
 CE octroyé par un organisme notifié
 Mais aucun disponible à ce jour
  Au 22 avril il y a 149 tests sérologiques
 rapides et 84 tests Elisa commercialisés
 dans le monde

Performances des tests sérologiques
 La sensibilité clinique correspond à la probabilité d’avoir un test positif chez
 les malades. Elle peut varier en fonction de la période de prélèvement du
 test (première ou deuxième semaine après l’apparition des symptômes par
 exemple),
 La spécificité clinique correspond à la probabilité d’avoir un test négatif chez
 les non-malades.
 Certains très mauvais en sensibilité et/ou spécificité.
 De nombreux tests, heureusement, ont une spécificité proche de 100%
 (presque pas de faux positifs), mais très peu avec une sensibilité supérieure à
 80% à condition d’être effectués plus de 7 jours après le début des
 symptômes, donc risque de faux négatifs plus ou moins élevé…

 Très variable d’un test à l’autre…

Les 10 commandements de la HAS :
Cahier des charges définissant les modalités d’évaluation des performances des tests
 sérologiques détectant les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 du 16 avril 2020
 La seule technique de diagnostic biologique du COVID-19 recommandée à ce jour est le test
 moléculaire par RT-PCR permettant la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2.
 Les tests sérologiques ne sont pas recommandés dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection
 COVID-19 lors de la première semaine suivant l’apparition des symptômes.
 Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer sur la contagiosité de la personne.
 Les tests sérologiques permettent uniquement de déterminer si une personne a produit des anticorps
 en réponse à une infection par le virus SARS-CoV-2.
 La cinétique de production des anticorps contre le virus est encore aujourd’hui mal caractérisée
 principalement chez les patients asymptomatiques. La durée de protection éventuelle est également
 mal connue.
 Il est primordial que les tests sérologiques puissent être validés sur leurs premières performances
 analytiques et cliniques dès aujourd’hui avant leur achat et leur utilisation en routine.
 C’est pourquoi la HAS propose le présent cahier des charges qui détaille des critères de qualité et
 d’exigence vis-à-vis de l’ensemble des tests sérologiques détectant les anticorps spécifiques dirigés
 contre le SARS-CoV-2 afin de faciliter leur développement et leur évaluation.
 La HAS considère que les valeurs seuils minimales sont estimées à 98 % pour la spécificité clinique et
 à 90 % ou 95 % selon l’usage du test pour la sensibilité clinique.
 La HAS recommande de disposer des résultats des évaluations de performances menées sur la base
 des éléments du présent cahier des charges préalablement à tout achat et utilisation de tests
 sérologiques.
 La stratégie d’utilisation de ces tests sera précisée dans un prochain avis.

Les recommandations de la Commission
 nationale de biologie médicale (CNBM)
pour le dépistage de l’infection et de l’immunisation des patients par le SARS-CoV-2 du
 14 avril 2020 :
  La CNBM recommande de n’autoriser que des tests rapides d’orientation
 diagnostique (TROD) et examens de biologie (RT-PCR ou trousses Elisa) dont les
 techniques ont été validées par les Centres nationaux de références (CNR). Tout
 usage de tests ou examens non validés par les CNR devrait être interdit au risque de
 laisser se diffuser des techniques non fiables et sources d’incertitudes aux
 conséquences graves pour la santé publique (faux négatifs en particulier).
  La CNBM souhaite la publication de textes réglementaires et de largement
 communiquer, y compris par voie de presse, sur cet impératif.

Politique de test en EHPAD
 En EHPAD :
 1) la recherche par RT-PCR de Covid19 devant tout symptôme ou doute
 chez les résidents et personnels ;
 2) si un cas au moins est confirmé, le dépistage par RT-PCR de l’ensemble
 des résidents et personnels et la prise de mesures appropriées pour sectoriser
 les personnes positives
 3) quand la sérologie sera validée, le dépistage sérologique de l’ensemble
 des résidents et personnels en complément de la stratégie précédente de
 diagnostic direct RT-PCR pour les nouveaux cas.

Politique de test en population générale
 Suivant l’estimation à la date du 11 mai réalisée par l’Institut Pasteur sur les
 données hospitalières et de mortalité, 5,7% de la population française devrait
 avoir été contaminée par le coronavirus, avec une proportion plus importante en
 Ile-de-France (12,3%) et dans le Grand Est (11,8%), régions très impactées par
 l’épidémie. Ce niveau d’immunité apparait très inférieur au niveau nécessaire
 pour éviter une seconde vague si toutes les mesures de contrôle devaient être
 levées. En effet, l’immunité collective nécessaire est actuellement estimée à 70%.
 Cette stratégie de dépistage sera élargie lors de la sortie du confinement strict
 prévue le 11 mai, afin de tester les personnes présentant des symptômes et celles
 ayant été en contact avec un malade du COVID-19. Objectifs 700 000 tests par
 semaine
 Édouard Philippe 28 avril 2020 « Dans chaque département, nous constituerons
 des brigades chargées de remonter la liste des cas contacts, de les appeler, de les
 inviter à se faire tester en leur indiquant à quel endroit ils doivent se rendre,
 puis à vérifier que ces tests ont bien eu lieu et que leurs résultats donnent bien
 lieu à l'application correcte de la doctrine nationale »

 Besoin de 30 000 personnes pour les brigades du covid en 15
 jours…
 Il va y avoir la queue devant les automates des
 laboratoires…

Et en Pharmacie ?
 TROD si arrêté et si formation (en ligne).
 Une étude en cours : Covipharma : une étude et un diagnostic sur un test
 sérologique Covid-19 réalisés à Châteauroux
 par Federgy en collaboration avec deux laboratoires : Biogyne et Monali, c'est
 une étude qui est en fait le prolongement de ce qui est fait dans les grands
 hôpitaux Parisiens comme Bichat, test sérologique sur une cinquantaine de
 professionnels de santé.
 https://www.francebleu.fr/infos/sante-sciences/coronavirus-un-diagnostic-
 par-test-serologique-realise-a-chateauroux-1587222557

 Il va y avoir la queue
 dans l’espace de
 confidentialité…