Caractérisation génomique de la levure d'intérêt fromager, Geotrichum candidum - Colloque STELA

Caractérisation génomique de la levure d’intérêt
fromager, Geotrichum candidum.

   Vincent Perkins
                                           Présentation en 300
   Laboratoire de mycologie alimentaire        secondes

   Directeur : Steve Labrie Ph. D.          Colloque STELA

   Co-directeur : Michel Frenette Ph. D.
                                              27 mai 2019
   Co-directeur : Éric Dugat-Bony Ph. D.

Geotrichum candidum
Geotrichum candidum (téléomorphe Galactomyces candidus)
        • Utilise les composantes de la matrice fromagère
                • Alcalinisation de la croûte (↑ pH)
                • Production de composés précurseurs de flaveur
                • Modification de la texture
                        • Capacités métaboliques dépendantes de la souche et diversité
                          phénotypique et génétique élevée entre les souches

                                                                                                                                                                                   2
(Boutrou et al., 2005 ; Lessard et al., 2012 ; Fox et al., 2017 ; Lessard et al., 2014 ; Dugat-Bony et al., 2015 ; Monnet et al., 2016 ; Pracharova et al., 2018 ; Vignola et al., 2018)

Problématique et hypothèse
   Capacité d’affinage dépendante de la souche

   Sélection des souches par la méthode empirique

   Peu d’informations génétiques disponible

   Aucun outil disponible pour déterminer la fonction des gènes
   in vivo

 La caractérisation génomique permettra une
 meilleure compréhension de la diversité et du
 métabolisme de G. candidum en fromagerie.

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Objectifs spécifiques
    Évaluer la diversité génomique de 8 souches de G. candidum et
    de 3 souches de Galactomyces spp. par génomique
    comparative

                                                                    4

Méthodologie et résultats

                            5

Comparaison des génomes de G. candidum

                                                      GeoA

                                                      GeoB

                                                      GeoC

                                                      Galactomyces sp.

                                                                                        6
                               (Deraspe et al., 2017; Perkins et al., en préparation)

# 19
       MLST 2019
                   GeoB

                          GeoA
GeoC

                            (Perkins et al., en préparation)    7

Catabolisme de la méthionine chez G. candidum

                                                                                     8
                                  (Lessard et al., 2014 ; Pracharova et al., 2018)

Impact de la recherche
• Caractérisation génomique :
   • Développement d’une méthode de génotypage des souches
   • Meilleure compréhension de la diversité entre les souches
   • Meilleure compréhension du potentiel métabolique des souches

    Ultimement, aider à la sélection des souches de G. candidum
    pour l’affinage des fromages

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Remerciements

 • Directeur : Steve Labrie
 • Co-Directeur : Michel Frenette
 • Co-Directeur : Éric Dugat-Bony

                                    LMA Été 2018

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Références
•   Boutrou, R. and M. Gueguen (2005). "Interests in Geotrichum candidum for cheese technology." Int J Food Microbiol 102(1): 1-20.
•   Fox, P. F., Guinee, T. P., Cogan, T. M., & McSweeney, P. L. (2017). Fundamentals of cheese science: Springer.
•   Lessard, M.-H., Bélanger, G., St-Gelais, D., & Labrie, S. (2012). The composition of Camembert cheese-ripening cultures modulates both mycelial
    growth and appearance. Appl Environ Microbiol, 78(6), 1813-1819.
•   Lessard, M.-H., Viel, C., Boyle, B., St-Gelais, D., & Labrie, S. (2014). Metatranscriptome analysis of fungal strains Penicillium camemberti and
    Geotrichum candidum reveal cheese matrix breakdown and potential development of sensory properties of ripened Camembert-type cheese. Bmc
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    Community Functioning by Meta-Omics Analyses. Plos One, 10(4). doi:10.1371/journal.pone.0124360
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•   Monnet, C., Dugat-Bony, E., Swennen, D., Beckerich, J., Irlinger, F., Fraud, S., & Bonnarme, P. (2016). Investigation of the Activity of the
    Microorganisms in a Reblochon-Style Cheese by Metatranscriptomic Analysis. Front Microbiol, 7. doi:10.3389/fmicb.2016.00536
•   Pracharova, P., Lieben, P., Pollet, B., Beckerich, J., Bonnarme, P., Landaud, S., & Swennen, D. (2018). Geotrichum candidum gene expression and
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•   Jacques, N., Mallet, S., Laaghouiti, F., Tinsley, C. R., & Casaregola, S. (2017). Specific populations of the yeast Geotrichum candidum revealed by
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