Liste des projets dédiés au COVID-19 impliquant l'université de Bordeaux Projets en sciences humaines et sociales

Liste des projets dédiés au COVID-19 impliquant l’université de Bordeaux

Projets en sciences humaines et sociales

Projet n°1 - COV-POP : Comportements, Organisations, Vulnérabilités des POPulations en temps de
crise) / Olivier BARGAIN – en attente de démarrage
Le projet COV-POP est porté Olivier BARGAIN, chercheur au LAREFI, spécialiste reconnu de l’étude des
comportements. Le projet, qui prévoit de se dérouler sur 18 mois, associe 6 laboratoires de
l’Université de Bordeaux (EA LAREFI et UMER GRETHA, EA LABPSY, UMR BPH, EA IRGPO et UMR
COMPTRASEC) et associe principalement des économistes et des psychologues. Il s’agit d’étudier
trois comportements, la distanciation sociale, les comportements de consommation et les
comportements électoraux, dont il est supposé qu’ils ont été modifiés dans la crise actuelle afin de
saisir la perception de bien-être. La méthode de travail repose sur des enquêtes qualitatives menées en
ligne et un travail quantitatif sur la base de Google et de Google trends. Le travail des psychologues
intervient ensuite pour identifier les mécanismes supposés être à l’œuvre dans les modifications
comportementales observées.

Projet n°2 - SRASS : Stratégie Régionale néo-Aquitaine pour la Sécurité Sanitaire / Marie CORIS - en
attente de démarrage
Le projet SRASS porté par Marie CORIS, économiste au GRETHA, prévu pour une durée de 15 mois
part du constat, bien établi par la crise sanitaire, de la vulnérabilité des chaînes de valeur
globalisées. Le projet vise à étudier la place du niveau régional dans le renforcement de la
sécurité sanitaire des populations. Il repose sur des partenariats avec le GIPSO (cluster des industries
de Nouvelle-Aquitaine) et RDM-NA, Réseau du dispositif médical en région Nouvelle Aquitaine ainsi que
le CHU. Depuis l’hôpital, il s’agit d’identifier les consommables et les matériels nécessaires à la
sécurité sanitaire et d’établir l’ensemble des lieux et sources d’approvisionnement afin de
comprendre la matérialité de l’internationalisation des chaînes de valeur. Un des livrables est
d’établir des recommandations pour la stratégie régionale de politique sanitaire.

Projet n°3 - InTerSeP : Inégalités Territoriales et Services Publics - L’enseignement des crises
épidémiques passées au service des enjeux actuels de développement des territoires / Aurélie Lalanne-
en attente de démarrage
Le projet InTerSeP est porté par Aurélie Lalanne, maître de conférences en économie au GREThA, prévu
pour une durée de 14 mois, a pour objet principal l’évaluation des inégalités territoriales à l’égard de
l’accès aux services publics dans des contextes épidémiques. L’idée au coeur d’InTerSeP est de
comprendre l’effet des chocs épidémiques sur les économies territoriales et particulièrement sur
les services publics. Il s’agit d’un projet diachronique et comparatif qui repose sur le double objectif
(i) de tirer les enseignements des chocs épidémiques passés sur les infrastructures publiques et (ii)
d’analyser la situation actuelle. Le projet est porté par le GRETHA avec deux partenaires, l’INU
Champollion (Castres) et l’université fédérale de Toulouse et comprend outre les économistes, des
géographes et des aménageurs. Il est envisagé d’étudier la Nouvelle-Aquitaine et de comparer la crise
actuelle avec d’autres du passé.

Projet n°4 - IENAFIEM : Inégalités Éducatives en Nouvelle Aquitaine, en France et à l’International dans
l’École à la Maison / Filippo Pirone - en attente de démarrage
Le projet IENAFIEM est un projet de recherche action multi disciplinaire en sciences de l’éducation et en
sociologie mené avec la communauté éducative de la région Nouvelle Aquitaine.
Il inclut également l’Inspection générale de l’éducation, du sport et de la recherche (IGESR) IGESR), la
direction générale de l'enseignement scolaire (DGESCO), la direction de l’évaluation, de la prospective
et de la performance (DEPP) ainsi que les « Savanturiers École de la Recherche ».

Il entend, à l’occasion de la crise sanitaire actuelle, étudier les inégalités scolaires à l’aune de la notion
et de la pratique de la « souplesse pédagogique » . Les pratiques éducatives familiales et les pratiques
éducatives scolaires seront comparées, sur la base d’un ample questionnaire pour lequel 6 000
parents de la région Nouvelle Aquitaine ont déjà répondu. L’objectif est ainsi de les croiser avec des
entretiens qualitatifs. Une comparaison des données collectées en région Nouvelle Aquitaine avec
celles récupérées sur l’ensemble de la France et au Québec , où le même questionnaire a été diffusé,
sera également menée. Ce travail permettra d’infirmer ou de confirmer les hypothèses avancées sur
les déterminants sociaux des inégalités scolaires (fracture numérique, conditions de logement,
manque de disponibilité des parents, télétravail, éloignement de la culture scolaire).

Projet n°5 – OPPEE : Observatoire des Politiques Publiques En situation d’Epidémie / Bernard Chérubini-
Hinda Hedhili Azéma - en attente de démarrage
Porté par Bernard Chérubini, maitre de conférences spécialiste en politique sanitaire et de santé
publique et Hinda Hedhili Azéma, maitre de conférences spécialiste en politique et histoire de la
sécurité publique, ce projet d’observatoire cible l’impact sur les politiques publiques, d’une crise
sanitaire majeure et vise à analyser des outils pour la sortie de crise. La production pluridisciplinaire
apportera des outils pratiques et fondamentaux de manière à éclairer les politiques territoriales,
nationales et internationales, notamment dans un cadre global d’après crise, partant du postulat que
le savoir produit pourra constituer une base utilisable pour d’éventuelles crises à venir.

Projet n°6 – CovidPrison / Evelyne Bonis et Virginie Peltier - projet démarré/financé mission UB-C19
Le projet est porté par Evelyne Bonis et Virginie Peltier, deux pénalistes de l’ISCJ (unité de recherche de
UB), reconnues pour leur travaux en droit pénal et en droit pénitentiaire qui est au cœur de ce projet.
Sur une durée de 24 mois, le projet entend étudier la façon dont l’application de la norme de droit
pénitentiaire évolue dans les lieux de détention au gré de l’épidémie de SrasCov 2. L’équipe du projet
s’appuie sur des contacts existant avec l’administration pénitentiaire (DAP Paris, DISP Sud-ouest,
DISIP sud-ouest, ENM). L’équipe associe des juristes et des sociologues avec comme perspective de
mener une étude, principalement en Nouvelle-Aquitaine auprès du personnel pénitentiaire. A
terme CovidPrison entend construire un indice de « climat pénitentiaire » et étudier la façon dont ce
climat est pris en compte ou non par le droit pénitentiaire.

Projet n°7 – RESILIENCE : Tester et Renforcer la résilience de la Région Nouvelle-Aquitaine / Jean-Marie
Cardebat - en attente de démarrage
Le projet « Résilience » est porté par le Pr. Jean-Marie Cardebat qui est économiste au sein de l’UR
Larefi. Il s’appuie sur 5 centres de recherche dont trois de l’Université de Bordeaux (UR LAREFI-
économie, UR IRGO-sciences de gestion, UMR Labri-informatique), le Centre d'analyse théorique et
de traitement des données économiques (UR CATT-économie de l’UPPA), l’INSEEC U. Research
Center et 4 partenaires institutionnels privés. Le projet de recherche-action d’une durée de 24
mois est entièrement localisé sur la RNA et souhaite identifier les filières stratégiques et évaluer les
vulnérabilités des chaînes de valeur de ces filières stratégiques au moyen de l’élaboration d’un
indicateur de résilience territorial et des méthodes d’élaboration de stress test, afin de pouvoir
à terme adopter des recommandations de politiques publiques régionales pour renforcer les
filières stratégiques et valoriser un schéma global d’économie circulaire.

Projet n°8 - Quelles opportunités ouvertes par les technologies de l’usine du futur pour re-territorialiser
les filières productives ? / Vincent Frigant - en attente de démarrage
Ce projet de 18 mois est porté par Vincent Frigant (GREThA) qui est un spécialiste de l’intelligence
technologique. Il porte sur le constat de l’existence de chaînes de valeur largement globalisées. Dans ce
contexte, en croisant les travaux sur l’industrie 4.0 et ceux sur la problématique de la relocalisation, il
s’agit de voir le rôle que pourraient avoir les technologies associées à l’industrie du futur pour contribuer
à une reterritorialisation des filières productives. C’est un projet pluridisciplinaire associant 3 disciplines
(économie, productique, sciences de la communication et de l’information) et 3 laboratoires (GREThA,
IMS et MICA UR de l’Université Bordeaux-Montaigne). Le projet a prévu une gouvernance associant les
services de la Région et des industriels (peut-être des syndicats de salariés) ainsi que l’UIMM (Union des
industries et métiers de la métallurgie de Nouvelle-Aquitaine). C’est un projet de recherche action qui
comprend un volet de recommandations de politiques publiques régionales et nationales.

Projet n°9 - AFLE4S : Accompagnement et Formation en Ligne des Enseignants et Stagiaires en
Situation Sanitaire Singulière; Impact de la situation Covid-19 sur l’organisation et la
fonctionnalité de la formation professionnelle à distance / Vincent Liquette - en attente de
démarrage
Le projet de recherche sur 18 mois porté par Vincent Liquette associe cinq laboratoires néo-
aquitains (ULR IMS de l’UB, UMR CED de l’UB, EA MICA de l’UBM et EA LIUPPA de l’UPPA). Il
part du constat que la crise COVID-19 a bouleversé en profondeur les pratiques pédagogiques,
à commencer par celles des divers personnels impliqués dans les métiers de l’enseignement.
AFLE-4S est un projet pluridisciplinaire porté principalement par les sciences de l’éducation et
qui associe les sciences de l’information, le numérique et la sociologie. La recherche abordera
comment la formation à distance répond aux discontinuités pédagogiques engendrées par la
crise. Elle prendra en compte le fait qu’à l’occasion de la crise il y a eu de véritables innovations,
et non de simples transpositions des pratiques pédagogiques en présentiel. En menant une
enquête qualitative à 3 niveaux (formateurs, étudiants et stagiaires des métiers de
l’enseignement), elle entend mettre au jour ces nouvelles pratiques, formelles et informelles.
L’enquête sera menée sur 18 mois en NA et les résultats seront diffusés dans les autres
académies.

Projet n°10 - suivi de l’état psychique d’étudiants en situation de confinement / Christophe
Tzourio - en attente de démarrage
L’étude CONFINS porte sur le suivi de l’état psychique en situation de crise sanitaire
S’appuyant sur l’étude I-Share (Cohorte de plus de 20 000 étudiants portée par l’université de
Bordeaux et associant l’université de Versailles et l’université Paris Saclay), cette étude, qui
dispose de sa propre infrastructure site web a recruté au delà des étudiants
Les enquêtes ont rapidement donné des premiers résultats qui ont permis notamment à
l’université de Bordeaux de disposer d’éléments qualifiés pour entrer dans la phase de
déconfinement et préparer les conditions de la rentrée universitaire
L’expérience de I Share montre que ce type d’étude a de l’intérêt bien au delà des enquêtes
car, elle permet de créer un lien avec les publics visés (ici les jeunes étudiants)
L’étude CONFINS peut ainsi devenir une clé de voute pour mieux appréhender les enjeux de
santé psychique, et donc de réussite des étudiants.

Projets en ingénierie et numérique appliquée

Projet n°11 - Lampe UVC pulsée pour désinfection de surfaces / Yannick Deshayes - projet
démarré/financé mission UB-C19
Le projet est de concevoir un prototype de lampe permettant la décontamination de surfaces plus ou
moins complexes. Il est porté par l’IMS et associe une entreprise, LED Engineering Development, qui
est chargée de préparer le prototype, et des chercheurs du laboratoire MFP, qui mettent à disposition
leur équipement P3 nécessaire pour les essais de décontamination de surface polluées par le SARS-
CoV-2. Ce projet vise à réaliser ce prototype et à valider les méthodes en trois mois. Il a été démontré
que le rayonnement UVc en mode pulsé permet une désinfection ultra-performante, fiable, rapide et
simple d’utilisation. L’action désinfectante se trouve dans la gamme 270 - 280nm avec une intensité
de 4,5 mJ/cm² à 24 mJ/cm2 à une distance de 100 mm. Le projet vise donc à évaluer la performance
de la lumière UV pulsée sur des surfaces souillées par le SARS-CoV-2. L’appui du laboratoire MFP par la
mise à disposition du laboratoire P3 est essentiel pour cette évaluation.

Projet n°12 - Ingénierie (d’urgence) pour la santé et les dispositifs médicaux / Nicolas Perry - en attente
de démarrage
Les soignants peuvent se trouver en pénurie de Dispositifs Médicaux critiques en cas de crise sanitaire
imprévue et d’ampleur. L’objectif du projet porté par N Perry, professeur à l’ENSAM et membre de
l’I2M, est de constituer une task force pour le développement en urgence de dispositifs utiles aux
patients et aux soignants en cas de crise. Plus précisément, la task force sera amenée à identifier, voire
anticiper les besoins des personnels soignants et des patients en cas de crise sanitaire et, analyser,
concevoir, développer et définir les démarches d’homologation de nouveaux dispositifs médicaux et/ou
paramédicaux. Le projet s’appuie sur le retour d’expérience des mois de mars et avril 2020, pendant
lesquels la demande des soignants a concerné des visières de protection individuelle. Il s’est alors agit
de comprendre la demande, de concevoir les pièces à manufacturer, de les fabriquer, de les certifier et
de les distribuer. Une chaîne complète s’est ainsi constituée pour réaliser ces différentes étapes, qui
ont abouti à la production de visières homologuées par le service compétent du CHU de Bordeaux. Ce
projet vise à maintenir tous les partenaires présents sur cette chaîne vertueuse. Il les mobilisera pour
définir collectivement comment réussir la mise en œuvre de solutions innovantes d’un point de vue
technologique, organisationnel ou d’adaptation des processus de production dans une logique de
chaîne courte. Il s’attache également à penser de nouvelles organisations des entreprises et des acteurs
publics (agilité, gestion et anticipation du risque, nouvelles mobilités, etc.), l’émergence de nouveaux
acteurs économiques et d’initiatives citoyennes en réponse aux carences, identifiées par les acteurs de
terrain.

Projet n°13 - DecontaMax : Développement de protocole simple et universel de désinfection
domestique des masques grand-public, suffisamment robuste pour être mis en œuvre par la population
/ Simon Hemour - projet démarré/financé mission UB-C19
Le projet, basé sur une approche pluridisciplinaire, associant ingénierie et biologie des virus, affiche
plusieurs objectifs dont le principal est de permettre une décontamination des masques par l’utilisation
des fours micro-onde. Les besoins de pouvoir réutiliser les masques se sont exprimés et la question de
l’inactivation de possibles traces de virus est à l’étude dans de nombreux projets nationaux et
internationaux. Il apparait donc deux verrous importants que les porteurs souhaitent lever pour
atteindre l’objectif de décontaminer des masques dans la perspective d’une réutilisation fiable et
robuste : i) trouver les paramètres d’inactivation du virus à haute température, et le moyen de les
mettre en œuvre avec un four à micro-ondes ii) définir des protocoles applicables par la population en
fonction des fours à disposition. Si les premiers livrables qui visent à déterminer les paramètres
d’inactivation du virus semblent faciles à atteindre compte tenu des premiers résultats exploratoires et

de l’expertise des équipes impliquées, la partie du projet qui consiste à solliciter les citoyens par une
action participative par l’intermédiaire d’une plateforme web visant la qualification de leurs propres
fours micro-onde domestiques, via un protocole disponible sur un site participatif dédié à ce projet, en
termes de température et de temps pour atteindre la température requise.

Projet n°14 - Détection Optique de Bioaérosols et Reconnaissance Chirale des Virus / Yann Louyer - en
attente de démarrage
Il n’existe aucune méthode commerciale de quantification fiable et sans-marquage des particules virales
avec une sensibilité à l’échelle de la particule individuelle. Le projet vise à fabriquer un instrument
transportable pour détecter et classer en taille des bio-aérosols comme les virus après nébulisation de
la salive préparée d’un patient. Un second module est envisagé pour les discriminer en s’appuyant sur
le dichroïsme circulaire et en piégeant optiquement le virus dans l’air via une reconnaissance chirale de
l’énantiomère individuel (le virus). Le SARS-CoV-2 possède en effet un génome d’ARN à sens positif
simple brin que la méthode de diffusion d’intensité circulaire (MDIC) permet de discriminer. Le LOMA,
qui a déjà développé les techniques de pince optique pour des particules de tailles similaire au SARS-
CoV-2 dans les liquides ou dans l’air, a la capacité de réaliser un tel instrument. Les premières
expériences se feront avec l’équipement propre de l’équipe mais il sera nécessaire d’intégrer
l’instrument pour le rendre transportable et peu coûteux, ce qui requiert l’achat du matériel dédié. Des
tests très préliminaires pourront être réalisés en juin-juillet 2020 sur la détection d’aérosols solide.
Avant d’utiliser la méthode du dichroïsme circulaire, un prototype d’instrument portatif devra être
construit pour l’utiliser avec des virions d’abord inoffensifs pour l’homme puis en collaboration avec un
laboratoire de virologie (MFP) au cours de l’année prochaine. La détection par dichroïsme circulaire
permettra de construire une banque de données sur les agents biopathogènes. Au bout de ces deux
ans d’études, l’instrument sera ensuite déployé à MFP. En cas de succès, l’instrument final transportable
et modulaire intéressera sans aucun doute les hôpitaux, les industries pharmaceutiques ainsi que la
défense dans la prévention précoce du bioterrorisme.

Projet n°15 - ECHOVID : Nouvelles méthodes de diagnostic de l’infection SRAS-CoV-2 et d’un éventuel
portage asymptomatique, basées sur des modèles et outils numériques pour permettre la détection
précoce et le suivi personnalisé des patients/ Angelo Iollo - en attente de démarrage
Ce projet, porté par A Iollo, vise à développer une aide au diagnostic des atteintes SDRA spécifiques à
l’infection Covid-19 par voie d’échographie. Cela suppose un traitement logiciel par des techniques du
registre de l’intelligence artificielle (apprentissage supervisé) qui permettrait de poser un diagnostic
sans l’intervention d’un radiologue confirmé. L’opportunité de ce projet, notamment en ce qu’il
permettrait de développer un dispositif d’aide au diagnostic transportable qui viendrait renforcer
l’attirail de méthodes facilitant la prévention et la prise en charge des patients, est confirmée par
différents spécialistes.

Projets en biologie de synthèse

Projet n°16 - Rapid identification and development of peptide-based inhibitors of SARS-CoV-2 fusion
with target cells / Gilles Guichard - en attente de démarrage
L’ambition de cette étude est d’identifier de nouveaux inhibiteurs de l’infection au Covid-19 ciblés sur
le processus de fusion du virus avec la cellule hôte au cours des étapes précoces de l’infection. Il s’agit
de concevoir des ligands de haute affinité avec la protéine S en capacité de bloquer le processus de
fusion du virus. L’idée de peptides dirigés contre la fusion de virus est déjà utilisée et des peptides dirigés
contre la fusion de covid 19 ont déjà été créés et testés chez l’homme. L’objectif ici est de produire de
nouveaux peptides plus efficaces. Au-delà de l’équipe de Gilles Guichard à l’IECB (CBMN), le consortium

regroupe UREkA Pharma (Bordeaux) et le groupe de Branka Horvat (Immunobiologie des infections
virales, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI à l’ENS Lyon). Il regroupe toutes les
expertises qui devraient permettre de développer la technologie originale des peptides agrafés,
associée à la technologie URELIXTM, de concevoir les outils moléculaires utiles pour cribler plus
rapidement et caractériser les inhibiteurs de fusion et de valider les meilleurs inhibiteurs in vitro, ex vivo
et in vivo (animal). Ce projet ambitieux et bien monté, a le potentiel pour produire des résultats
précliniques attendus à 18 mois. Les recherches ne produiront pas de résultats utilisables en clinique
rapidement mais sont d’un intérêt important en cas d’une nouvelle épidémie ou d’une prolongation de
l’épidémie dans le monde. Le projet montre un fort potentiel de transfert de technologie et de
développement de la startup Ureka, équipe reconnue.

Projet n°17 - Rôle des convertases et TMPRSS2 dans la maturation de la glycoprotéine Spike du SARS-
CoV-2 et impact sur l’infection et le phénotype malin des cellules cancéreuses lors de l’infection virale.
Approches thérapeutiques et pronostiques / Majid Kahtib - en attente de démarrage
Ce projet vise à mettre au point de nouvelles molécules pour limiter l’infection par Covid-19 et ses
conséquences en s’appuyant sur de molécules déjà agrées et en ciblant un processus qui pourrait
expliquer la sensibilité accrue des patients atteints de cancer. L’étude est basée sur le fait que l’infection,
la virulence et la dissémination du virus dépendent du clivage de la protéine S et de son récepteur l’ACE2
(angiotensin-converting enzyme) par les sérine-protéases, en particulier la furine, présente en
abondance dans les tissus cibles du Covid. Elle s’appuie une démonstration récente par une équipe
marseillaise associée au projet. Par screening et test in vitro, des molécules issues d’une banque de
molécules approuvées comme médicament (repositionnement), inhibiteurs de la furine et de TMPRSS
ont déjà été identifiées. Majid Kahtib vient de déposer un brevet (2020) sur l’utilisation des inhibiteurs
de Furine et Tmprss2 pour le traitement de l’infection par Covid 19. L’originalité de l’étude vient du fait
que les sérine protéases sont fortement induites dans le contexte tumoral et qu’elles semblent
indispensables à l’infection virale. L’association de cellules tumorale avec l’infection Covid apparait
légitime mais n’est pas déterminant pour le projet. L’équipe de Majid Kathib est spécialiste des sérine
protéases dans le cancer et ses compétences sur les sérine protéases et l’identification sont reconnues.
L’identification de nouvelles molécules issues des banques agrées est réaliste mais nécessitera quand
même un certain délai.

Projet n°18 - CoV2BRET : Overcoming the limitations of existing SARS-CoV viroporins high-throughput
screening and analysis methods by using Bioluminescence Resonance Energy Transfer / Yann
Percherancier / Yann Chappe - en attente de démarrage
Le projet concerne l’utilisation d’une technique intitulée resonance energy-transfer (RET) qui permet
de tester l’activité d’un grand nombre de protéines dans des cellules vivantes, en temps réel. Ces
techniques sont basées sur un transfert non radiatif d’énergie de florescence entre un donneur et un
accepteur. C’est un système très pertinent, permettant des approches à la fois qualitatives et
quantitatives, pour détecter des interactions inter- et intra-moléculaires, à l’échelle de la centaines
d’angström et dépendante de l’orientation des dipôles impliqués dans le transfert d’énergie. L’équipe
bordelaise est spécialisée dans une technique dérivée de la RET, utilisant la luciferase comme agent bio-
luminescent (Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET)), qui a connu un développement
important pour l’étude de l’activité de protéines. Ce projet demeure très amont, la technologie devant
faire ses preuves pour répondre à l’objectif fixé. Dans ce sens, des données préliminaires devraient être
obtenues pour enrichir le projet et garantir sa faisabilité dans le cas du COVID-19, à l’échéance de 18
mois.

Projet n°19 - COVID-19 et vaisseaux sanguins : Etudes des interactions entre SARS-Cov-2 et
l'endothélium vasculaire dans des modèles 3D et validation Clinique / Andreas Bikfalvi - en attente de
démarrage

Ce programme s’appuie sur un modèle de vaisseaux artificiels cultivés en 3D, développé au LAMC et qui
montre des propriétés fonctionnelles proches des vaisseaux natifs (VESSELOID), pour mettre en place
un modèle de test qui doit permettre d’étudier les interactions entre les cellules endothéliales et
l’inhibiteur ACE (enzyme de conversion de l'angiotensine ACE). Le sujet d’étude ACE est très
concurrentiel dans le contexte de crise Covid actuel. Plus précisément, il s’agit d’étudier (i) l'expression
du système angiotensine (récepteurs ACE) dans le modèle ainsi que l’effet inhibiteur (ii) le SARS-CoV2
dans le vesseloid avec/sans inhibiteurs d'ACE, (iii) comment les infections endothéliales liées au Covid-
19 altèrent la signalisation angiocrine et enfin (iv) valider l'implication de l'activation des cellules
endothéliales chez les patients infectés par le SARS-CoV2. Les forces de ce projet résident dans
l’existence du modèle de vaisseaux artificiels et l’expérience de son utilisation par une équipe de haut
niveau, le fort potentiel de transfert, une large possibilité de tests de molécules diverses pour empêcher
l’internalisation du Covid par les cellules endothéliales.

Projet n°20 - Utilisation des concepts d'inhibition des virus par des complexes à base de lipides /
Philippe Barthelemy - en attente de démarrage
L’objectif de ce projet est de mettre à profit les résultats portés par la plateforme nationale
« anti-sense », promue par l’Inserm, dont Ph. Barthélémy est l’un des contributeurs. Si plusieurs équipes
dans le monde ont déjà démontré tout l’intérêt d’étudier les inhibiteurs de type nucléotide contre
COVID-19, le porteur de ce projet propose une stratégie alternative en utilisant des nucléotides anti-
sense (ASOs) dont il est un spécialiste. Ces molécules, qui ciblent l’ARN des virus, ont prouvé leur
efficacité pour inhiber la réplication dans de nombreux cas de virus, dont le HIV, démontrant ainsi leur
efficacité. Le projet s’appuie sur une expertise reconnue de chimie des acides nucléiques, qui a été
largement publiée et qui a fait également l’objet de dépôts de brevets actifs par Ph Barthélémy. Des
chercheurs d’ARNA, de MFP et de BPH seront associés dans ce projet. Il vise à préparer et évaluer de
nouvelles séquences oligo-nucléotides sur des cellules humaines infectées par le SARS-CoV-2.

Projet n°21 - Développement et validation de nouveaux tests diagnostic à partir d’aptamères et
d’anticorps spécifique les IgG et IgM anti SARS Cov-2 / Catherine Bennetteau-Pellisero - en attente de
démarrage
Le projet porté conjointement par ARNA et la start-up NOVAPTECH vise le développement de nouveaux
tests basés sur l’approche « aptamère » développée par la start-up. Le dossier ne permet pas d’en
évaluer la faisabilité, ni la capacité à produire un test robuste et qualifié. Il n’en demeure pas moins que
le soutien à une start-up peut être un enjeu important, même si l’on sait que la compétition, notamment
avec des acteurs industriels mondiaux majeurs, est déjà engagée. Il est également difficile de juger si
les partenaires impliqués dans ce projet seront en capacité de mettre au point des tests sérologiques
dans des délais raisonnables, la transposition de l’approche « aptamère » au SARS-CoV2 nécessitant
encore des recherches.

Projet n°22 - CORONET : rôle des NETs dans le SDRA et les complications thrombotiques liés à l’infection
/ Chloé James - projet démarré/financé mission UB-C19
L’étude clinique CORONET est menée par Chloé James et cherche à évaluer le rôle de l’augmentation
des NET et de la diminution des DNAses comme biomarqueur du syndrome de détresse respiratoire
aigu (SDRA) chez les patients Covid, permettant de donner un rationnel à l’utilisation des DNAses
(Pulmozyne) comme traitement (en intraveineuse) pour détruire les NET (Neutrophil Extracellular Trap)
responsables de la formation de microthrombis dans la circulation pulmonaire, voire de thromboses
veineuses plus importantes. Environ 5-10% des patients affectés par le COVID-19 sont pris en charge en
réanimation pour un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Ce SDRA est associé à une
mortalité importante et à un engorgement des services de réanimation puisque les patients avec un
SDRA lié au covid ont souvent besoin de 10 à 20 jours de ventilation mécanique. Il est fait l’hypothèse
que au cours du SDRA lié au COVID, les polynucléaires neutrophiles (PNN) jouent un rôle important par

le biais de la libération de leur ADN sous forme de filets appelés NET (Neutrophil Extracellular Trap) et
que ces NETs seraient responsables de la formation de microthrombis dans la circulation pulmonaire,
voire de thromboses veineuses plus importantes. L’étude propose l’inclusion de 40 patients covid
hospitalisés dans un service de médecine (notamment service Pr Viallard à Haut Lévèque) et 40 patients
covid hospitalisés en réanimation avec un SDRA (notamment service Pr Gruson à Pellegrin).

Projet en épidémiologie et clinique – data science

Projet n°23 - Validation d’un modèle physiologique cellulaire d’épithélium bronchique différencié pour
le test d’inhibiteurs de la réplication du SARS CoV 2 / Marie-Line Andreola - projet démarré/financé
mission UB-C19
Le but de ce projet, porté par Marie-Line Andreola, est d'évaluer la pertinence d’un modèle cellulaire
d'épithélium bronchique primaire comme outil pour tester de nouveaux antiviraux afin de le proposer
à la communauté. Ce projet s’articule avec le projet de recherche ANACONDA, porté avec succès dans
le cadre de l’ANR Flash covid-19 en début de crise. L’objectif était de suivre l’infection de SARS-CoV-2
dans un modèle d'épithélium bronchique différencié, développé au CRCTB, et d’évaluer la réponse
inflammatoire en réponse à l’infection. Ce nouveau projet est une extension d’ANACONDA qui doit
permettre l’évaluation de ce modèle épithélial, pour tester des candidats médicaments ainsi que l’étude
du comportement viral, de fortes recommandations émises à l’époque par les rapporteurs du projet
Anaconda. Afin d’établir une preuve de concept, quatre inhibiteurs décrits comme présentant une
efficacité in vitro sur la réplication du SARS-CoV-2 et qui ciblent des étapes différentes tout au long du
cycle viral, seront testés - le camostat mésylate, un inhibiteur dont il a été montré in vitro qu’il empêche
l’entrée du virus sur des cellules – l’antipaludéen hydroxychloroquine, qui fait partie de l’essai Discovery
- le remdesivir utilisé dans la lutte contre différents virus – le Kaletra, utilisé dans le traitement du SIDA.
Le consortium est composé de trois équipes de pointe entre les unités MFP et CRCTB du site présentant
des expertises très complémentaires.

Projet n°24 - COVID-IMMUNOLD : The role of de novo cellular responsiveness and long-term immune
response in the age-distribution and severity of COVID-19 / Julie Dechanet-Merville - projet
démarré/financé mission UB-C19
Durant l’infection virale, la réponse de l’hôte peut s’appuyer sur différentes lignes de défense qui
incluent des mécanismes immunitaires cellulaires, basés en particulier sur l’action des lymphocytes T.
L’étude part de l’hypothèse que ces processus sont modulés par la distribution en âge des patients âgés,
contribuant ainsi à la sévérité et l’immunité à long terme. L’avancement en âge correspondant à un
déclin dans la réponse des cellules T naïves et donc potentiellement à une plus grande vulnérabilité des
patients. Le projet, porté par Julie Dechanet-Merville, vient conforter une stratégie de site portée d’une
part par la cohorte/biobanque Colcov19-BX qui a déjà le consentement de patients pour une revisite
entre 3 et 6 mois, permettant un suivi immunologique longitudinal, et d’autre part sur le réseau Ange-
Gardien – Ville-HOP cohorte qui permet un accès aux matériels collecté spar RAFAEL et le programme
Ville-hôpital.

Projet n°25 - COLCOV19-BIO-BX : Caractérisation clinico-biologique de la collection COLCOV19-BX /
Isabelle Pellegrin - en attente de démarrage
La collection COLCOV19-BX est une bio-banque d’échantillons biologiques de patients pris en charge au
CHU de Bordeaux pour infection asymptomatique ou symptomatique par le SARS-CoV-2 ou de soignants
du CHU de Bordeaux exposés, certains patients étant suivis dans le Programme Ange Gardien. Cette
collection a été construite dans l’objectif d’être associée aux données épidémio-clinico-biologiques et
d’imagerie pour constituer un outil permettant de répondre aux demandes de projets de recherche en

cours et à venir. La demande actuelle COLCOV19-BIO-BX concerne une extension de ce programme afin
(i) de caractériser le statut sérologique de la totalité des sérums des patients inclus, (ii) d’extraire les
ARN à partir de ces échantillons pour répondre aux besoins d’analyses transcriptomiques, (iii) de
constituer une base de données clinico-biologique et d’imagerie adossée à COLCOV19-BX et enfin (iv)
d’enrichir la collection par les données issues des projets applicatifs de recherche et l’aide aux
demandes de requêtes sur la base. Ce programme, très soutenu par le CHU, est extrêmement
structurant, puisqu’il se positionne en ressource d’une douzaine de projets démarrés sur le site pendant
la crise Covid et alimente en matériels biologiques autant d’équipes de recherche.

Projet n°26 - Etude Coverage : essai clinique en ambulatoire, au domicile des patients afin d’éviter
l’hospitalisation / Denis Malvy - projet démarré/financé mission UB-C19
Le projet est lancé par l’université de Bordeaux et le CHU et porté par Denis Malvy, infectiologue et
responsable de l’unité des maladies tropicales et du voyageur au CHU de Bordeaux, chercheur de
l'équipe « Maladies infectieuses dans les pays à ressources limitées » dirigée par le Docteur Xavier
Anglaret au sein du Centre de recherche Bordeaux Population Health. Cet essai de grande ampleur
comparera 4 types de traitement, permettra d’analyser les conditions d’un déconfinement optimal pour
la population de plus de 65 ans (et de proposer des pistes aux pouvoirs publics locaux et nationaux) et
permettra d’expérimenter des modalités d’implication des médecins de ville engagés dans la recherche
clinique dans un continuum entre laboratoires de recherche publique et hôpital.
Des équipes mobiles, constituées d’un médecin et d’un infirmer/infirmière, se déplaceront pour inclure
les patients testés positifs au Covid-19, afin de leur administrer l’un des médicaments évalués dans
l’étude. Les patients de la métropole bordelaise ciblés dans cet essai sont les hommes et femmes de
plus de 65 ans, une population particulièrement concernée par les infections au Covid-19 et qui
présentent un risque important d’aggravation de la maladie. Le traitement de ces patients à domicile,
dans le cadre de cet essai, leur évite une hospitalisation et leur apporte un suivi continu par téléphone
ou avec des outils digitaux : cela apporte un fort bénéfice pour eux, en leur évitant de bouleverser leur
quotidien tout en bénéficiant d’un traitement et d’un suivi très strict.
La première inclusion de patients a eu lieu mercredi 15 avril. 4 types de traitements vont être
administrés dans 4 groupes de patients différents. L’hydroxychloroquine fait partie des traitements
proposés. Au total, ce sont plus de 1000 patients qui devraient être inclus et faire l’objet d’un suivi très
précis tout au long du traitement afin de suivre l’évolution de la maladie. La médecine de ville est
fortement associée à la démarche et constitue un maillon essentiel dans le bon déroulement de l’essai.
Enfin, intéressés par la démarche, les pouvoirs publics nationaux ont demandé au CHU de Bordeaux et
à l’université d’envisager une extension de l’étude à d’autres métropoles et CHU français. Des
demandes de financement ont été déposés au Ministère des Solidarités et de la Santé et à la
Commission Européenne.

Projet n°27 – ASCOVID : Détection des cicatrices myocardiques occultes dans la population des sportifs
de haut niveau, avant la reprise de l’entrainement intensif et écriture de recommandations nationales.
/ Isabelle Pellegrin - en attente de démarrage
Le projet, porté par Isabelle Pellegrin, vise à l’étude d’un ensemble des jeunes sportifs de haut et de
bon niveau (N=500) de l’université de bordeaux. L’objectif est de détecter les éventuelles affections
cardiaques qui auraient pu résulter d’une infection au Covid-19, y compris sur des sujets apparus
comme a-symptomatiques. Le cas échéant, cela permettrait de les prendre en charge par une
rééducation adaptée pour éviter les baisses de performance (dans la perspective des jeux olympiques)
ou des séquelles aggravées par une pratique sportive intense. L’affection cardiaque suspectée étant
l’arythmie, ce projet est extrêmement pertinent dans le cadre de l’IHU Liryc. Des recommandations
nationales ne se limiteront pas aux sportifs de haut niveau et au rugby, mais s’appliqueront à la

population générale, aux sports loisirs, aux étudiants de STAPS... et aux autres disciplines
professionnelles de sportifs.

Projet n°28 – COVISTA : Intelligence artificielle et analyse spatio-temporelle des Appels au SAMU / Eric
Tellier - en attente de démarrage
Ce projet a pour objet la modélisation épidémiologique spatiale et temporelle à l’aide des données
géolocalisées de régulation des centres d’appels des SAMU. Il est porté par Eric Tellier (Bordeaux
population Health Research Center) et s’inscrit pleinement dans les axes de la stratégie de l’université
de Bordeaux en matière d’intelligence artificielle et de santé. Il repose sur une collaboration bien établie
entre le Pôle Urgences-SAMU du CHU de Bordeaux et l’équipe IETO du centre de recherche INSERM
U1219 « Bordeaux Population Health », facteur indispensable pour atteindre l’objectif de
développement d’un outil d’optimisation. Le projet est susceptible de s’inscrire dans le cadre d’un
observatoire plus large (projet porté par R. Thiébaud) qui est en cours d’élaboration.
La reconnaissance des cas covid et de leurs contacts exposés durant la période infectante est une étape
primordiale pour la circonscription de l’épidémie sans recourir au confinement. Les appels aux Services
d’Aides Médicale Urgente (SAMU)-Centre 15 font l’objet d’un dossier de régulation avec une
observation médicale et un diagnostic suspecté (les appels sont tous géolocalisés et horodatés avec
précisions). L’analyse des appels évocateurs de COVID-19 passés aux CRRA départementaux pourrait
permettre de suivre l’épidémie précocement.
Le projet propose ainsi un outil pour classifier automatiquement et en temps réel les notes cliniques
(algorithme d’intelligence artificielle et modèles de type Natural Language Processing) et de suivre les
appels suggérant des infections par le SARS-CoV-2 dans les périodes pré et post-confinement, de façon
à participer à la surveillance épidémiologique de la période post-confinement, et la détection d’une
éventuelle résurgence.

Projet n°29 - MA-COVGEN : Multi-Ancestry COVid-19 host GENomics / Stéphanie Debette - projet
démarré/financé mission UB-C19
Ce projet, piloté par S Debette, porte sur la recherche de facteurs génétiques pouvant expliquer la
grande variabilité du risque d'infection par SARS-COV2 et la grande variabilité de la gravité de l'infection
dans la population. Cette variabilité semble notamment importante entre groupes ethniques (entre
autre), avec des formes beaucoup plus graves en Europe et aux USA dans les populations d'origine
africaine. L’extension de ces études à l'Afrique (pour l'instant inexistante) permettrait d'inclure un
continent actuellement totalement absent. Le projet est conduit au sein d’un consortium de très haut
plan au niveau international, associant également l’institut Pasteur. Ce consortium a le potentiel pour
devenir l’un des consortiums de référence pour une meilleure connaissance du rôle des facteurs
génétiques dans l’infection, avec des retombées thérapeutiques avec l'identification de cibles
médicamenteuses ou des stratégies préventives. Ce projet a le potentiel de positionner Bordeaux et la
région en leadership pour cette composante multiethnique (avec un objectif à la fois de solidarité et
scientifique). Un premier financement de l’université a permis de constituer une biobanque sur tissus
frais.

Projet n°30 - PredVacc : la mémoire vaccinale comme indicateur de la capacité à répondre au Sars-Cov2
? / Maria Mamani Matsuda et Nathalie Schmitt - en attente de démarrage
L’objectif de ce projet, porté par Maria MAMANI MATSUDA et Nathalie SCHMITT d’IMMUNOCONCEPT,
est ici de comprendre la réponse immunitaire à l’infection, une dérégulation de l'amplitude ou du type
de réponse immune adaptative pouvant conduire à des formes graves de l’infection Covid (SDRA). Cette
étude devrait permettre d’identifier des marqueurs de risques pronostiques. Le projet propose donc de
tester la corrélation entre l’état de la mémoire immunitaire humorale d’un individu (déterminé par le

niveau de réponse aux infections et aux vaccins antérieurs) et son pronostic clinique lors de l’infection.
Il s’appuie sur les prélèvements en stock au CRB et qui seront réalisés dans le cadre de Coverage et sur
les compétences reconnues de l’équipe de recherche Immunoconcept. L’état actuel des connaissances
fait état de marqueurs prédictifs précoces de gravité mais pas d’étude de ce type faisant le lien entre
risque individuel et l’état de sa réponse immunitaire avant et pendant l’infection. Bien que cette étude
soit rétrospective, les résultats sont attendus dans un délai compatible avec un usage pour la
stratification des patients à risque de développer un SDRA. Elle s’appuie sur un nombre de prélèvements
raisonnables dans le contexte local. Cette étude a également vocation à répondre à une hypothétique
future épidémie en validant un marqueur à long terme.

Projet n°31 - Suivi de l’épidémie via les données au niveau des CHU/CH (dont Poitiers / Limoges) et hors
des hôpitaux associé à la modélisation de ces données / Rodolphe Thiebaud - en attente de démarrage
Le projet porté par THIEBAUD Rodolphe, du laboratoire BPH, vise à développer un outil d’aide au suivi
et à l’analyse prédictive de l’épidémie en « temps réel » en Nouvelle Aquitaine. Il repose sur 3 volets qui
sont chacun à leur niveau d’intérêt, et ensemble font du projet un outil indispensable pour élaborer des
stratégies de santé publique : (i) l’organisation d’un flux des données disponibles sur l’épidémie à la fois
intra et extra-hospitalières sur une base quotidienne, notamment celles provenant des 3 CHU de
Nouvelle Aquitaine ; (ii) le développement et la génération d’indicateurs de suivis de l’épidémie COVID-
19 permettant de disposer d’information en temps réel ; (iii) la modélisation de la dynamique de
l’épidémie à partir des indicateurs afin d’estimer des paramètres clés (taux de reproduction de base,
taux d’attaque) et prédire l’évolution de l’épidémie. La crédibilité de ce projet repose d’une part sur la
participation confirmée de la majorité des fournisseurs de données essentielles à son fonctionnement
(dont les 3 CHU de Nouvelle Aquitaine qui sont mobilisés sur ce projet), et d’autre part sur le portage
par l’équipe SISTM de R. Thiebaut qui fait référence au plan national sur le cycle de vie des données de
santé publique. L’architecture proposée pour l’observatoire permettra d’enrichir dans le temps les
données et la base des indicateurs avec d’autres projets et acteurs (dont les projets COVISTA & Raphael).
L’intérêt d’un tel observatoire pour accompagner la période d’incertitude à laquelle nous allons devoir
faire face dans les mois avenir est énorme. Au-delà, les procédures installées et le travail de définition
d’indicateurs stratégiques seront transposables à d’autres situations, dotant la région nouvelle
aquitaine d’un outil qui pourrait constituer un atout majeur dans le futur pour définir des politiques de
santé publique.

Projet n°32 - Étude statistique à l’échelle mondiale du facteur climatique sur l’épidémie de Covid19 en
relation avec les politiques de confinement et la démographie des pays concernés / Blaise Touzard et
Richard Michalet - en attente de démarrage
Le projet porte sur le développement d’un modèle numérique d’analyse des facteurs
environnementaux (climat, démographie, politique) dans la propagation de l’épidémie. Le
développement du modèle est estimé à 1 an. Il est porté par B TOUZARD et R MICHALET, du laboratoire
EPOC. L’approche proposée est fondée sur des études préliminaires semblant mettre en évidence des
effets de corrélation de ces facteurs environnementaux. Toutefois, de l’aveu même des porteurs, le
faible recul et son corolaire en termes de manque de données environnementales peuvent être un frein
à cette modélisation. Pour cela, il est proposé de conduire un travail sur d’autres épidémies pour
approfondir les modèles dans la perspective de pouvoir les appliquer ultérieurement au cas du Covid
19. Ce projet est très intéressant dans le sens où c’est l’un des rares proposant une modélisation des
facteurs environnementaux (climatiques mais également géo-politiques).

Projet n°33 - HEART MR : étude clinique mono-centrique sur les lésions cardiaques dues au Covid /
Hubert Cochet - projet démarré/financé mission UB-C19

Le projet HEART MR est développé par Hubert Cochet (radiologie, IHU Liryc), en collaboration avec
Pierre Jais (cardiologie, IHU Lyric) et Isabelle Pellegrin (immunologie, CHU).
Des études récentes (Chine, CHU Pellegrin) montrent une implication du covid dans des
cas d’inflammation cardiaque. L’expérience avec d’autres virus causant des myocardites
(atteinte inflammatoire du myocarde) indique qu’il y a dans ces cas un fort taux de lésions
cardiaques non détectées ; ces cicatrices « occultes » - mais visibles en imagerie médicale/IRM -
exposent les patients à des risques plus élevés d’arythmie ou d’arrêt cardiaque soudain sur le long
terme. Il y a donc un intérêt fort à définir la prévalence de ces cicatrices dans la population infectée
par le SARS-CoV-2.
Le projet HEART-MR est une étude clinique mono-centrique de 3 mois ayant pour objectif de comparer
la prévalence des lésions occultes chez 100 patients suivis au CHU de Bordeaux pour des formes non
sévères de covid par rapport à celle chez des volontaires au test sérologique négatif. Une
méthode spécifique est développée pour l’étude : IRM haute résolution, électrocardiogramme,
questionnaire concernant leurs habitudes, facteurs de risque et historique médical.

Projet n°34 - KANOPEE : application de compagnons virtuels pour aider aux problèmes de sommeil,
d’addiction et de stress liés au confinement / Pierre Philip - en attente de démarrage
Le projet Kanopée, porté par Pierre Philip, est une application proposant un repérage clinique et des
conseils par un compagnon virtuel pour limiter des problèmes de sommeil et de
comportements addictifs marqueurs précoces de l'anxiété, du stress et de la dépression liés à la
crise du COVID-19. Il s’adresse à l’ensemble de la population dont la crise sanitaire a impacté le
rythme de vie. Les publications récentes ayant analysé les crises sanitaires entraînant un
confinement montrent un accroissement des plaintes insomniaques et la consommation d’alcool et
de tabac en réponse au stress lié aux épidémies. Kanopée propose un entretien avec des agents
virtuels et des conseils pour s'adapter au confinement et au stress lié au COVID-19. Si besoin, le
logiciel propose un suivi hebdomadaire pour évaluer l'évolution de l’état de la personne. Les
données sont analysées par la plateforme et un adressage ciblé à un professionnel peut être
organisé en appui du suivi numérique si les données montrent que l’accompagnement virtuel n’est
pas suffisant.

Projet n°35 - PATIENT : Pré diAgnostic eT suIvi dE coNTacts de Covid-19 (tracking de population à l'aide
de données mobiles pour le suivi d’épidémie (Afrique) et la sensibilisation du grand public aux
consignes sanitaires) / Gayo Diallo - projet démarré/financé mission UB-C19
L’Afrique est caractérisée par des infrastructures sanitaires très limitées, une expertise médicale et
épidémiologique insuffisante, un taux d’analphabétisme conséquent qui limite l’accès à l’information
médicale (illettrisme), des populations majoritairement rurales éloignées des centres urbains. Le
projet PATIENT propose de contribuer à réduire la désinformation sur le coronavirus et à favoriser
l’identification précoce et l’orientation des personnes à risque psycho sociaux (violences conjugales)
dû à la pandémie, la réduction du nombre de personnes demandeuses de tests auprès des centres de
tests Covid 19 . La plateforme reposera sur l’Intelligence Artificielle (Traitement du Langage Naturel,
ChatBot conversationnel, Knowledge Graph, Text To Speech), sera déclinée sur internet et sur mobile,
et sera accessible dans les langues locales les plus parlées dans les pays cibles : Français, Wolof, Peul,
Moré, Fan, Ewondo, Malinké, Haoussa et Dioula. Elle proposera un module de pré diagnostic du Covid
19 basé sur un algorithme validé par les autorités de santé, un module de détection précoce de
risques psychosociaux , un module d’aide au suivi des personnes contacts qui sera basé sur la
technologie mobile Bluetooth , un module de sensibilisation et de lutte contre la désinformation. Le
projet a obtenu de premiers soutiens financiers auprès de l’AUF (Agence universitaire de la
Francophonie) et de l’université de Bordeaux.